1nik

Wild Type RNA Polymerase II

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RPB1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	ORF YOR151c × 1 （P08518） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB3 × 1 （P16370） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB4 × 1 DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB5 × 1 （P20434） DNA-directed RNA polymerase I, II and III 23 kDa polypeptide × 1 （P20435） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB7 × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit RPB8 × 1 （P20436） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB9 × 1 （P27999） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB10 × 1 （P22139） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB11 × 1 （P38902） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB12 × 1 （P40422） ZINC ION × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPB1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1733； UniProt 1–1733

ORF YOR151c

物种未注明

UniProt P08518

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	RPB1 × 1 （P04050） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB3 × 1 （P16370） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB4 × 1 DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB5 × 1 （P20434） DNA-directed RNA polymerase I, II and III 23 kDa polypeptide × 1 （P20435） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB7 × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit RPB8 × 1 （P20436） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB9 × 1 （P27999） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB10 × 1 （P22139） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB11 × 1 （P38902） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB12 × 1 （P40422） ZINC ION × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPB2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–1224； UniProt 1–1224

DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB3

物种未注明

UniProt P16370

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	RPB1 × 1 （P04050） ORF YOR151c × 1 （P08518） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB4 × 1 DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB5 × 1 （P20434） DNA-directed RNA polymerase I, II and III 23 kDa polypeptide × 1 （P20435） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB7 × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit RPB8 × 1 （P20436） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB9 × 1 （P27999） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB10 × 1 （P22139） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB11 × 1 （P38902） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB12 × 1 （P40422） ZINC ION × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPB3_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–318； UniProt 1–318

DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB5

物种未注明

UniProt P20434

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	RPB1 × 1 （P04050） ORF YOR151c × 1 （P08518） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB3 × 1 （P16370） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB4 × 1 DNA-directed RNA polymerase I, II and III 23 kDa polypeptide × 1 （P20435） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB7 × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit RPB8 × 1 （P20436） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB9 × 1 （P27999） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB10 × 1 （P22139） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB11 × 1 （P38902） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB12 × 1 （P40422） ZINC ION × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPB5_YEAST
Isoform	—
PDB实体	5
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–215； UniProt 1–215

DNA-directed RNA polymerase I, II and III 23 kDa polypeptide

物种未注明

UniProt P20435

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	RPB1 × 1 （P04050） ORF YOR151c × 1 （P08518） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB3 × 1 （P16370） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB4 × 1 DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB5 × 1 （P20434） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB7 × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit RPB8 × 1 （P20436） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB9 × 1 （P27999） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB10 × 1 （P22139） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB11 × 1 （P38902） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB12 × 1 （P40422） ZINC ION × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPB6_YEAST
Isoform	—
PDB实体	6
链与序列区间	作者链 F； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155

DNA-directed RNA polymerase subunit RPB8

物种未注明

UniProt P20436

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	RPB1 × 1 （P04050） ORF YOR151c × 1 （P08518） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB3 × 1 （P16370） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB4 × 1 DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB5 × 1 （P20434） DNA-directed RNA polymerase I, II and III 23 kDa polypeptide × 1 （P20435） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB7 × 1 DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB9 × 1 （P27999） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB10 × 1 （P22139） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB11 × 1 （P38902） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB12 × 1 （P40422） ZINC ION × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPB8_YEAST
Isoform	—
PDB实体	8
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 1–146； UniProt 1–146

DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB9

物种未注明

UniProt P27999

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	RPB1 × 1 （P04050） ORF YOR151c × 1 （P08518） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB3 × 1 （P16370） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB4 × 1 DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB5 × 1 （P20434） DNA-directed RNA polymerase I, II and III 23 kDa polypeptide × 1 （P20435） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB7 × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit RPB8 × 1 （P20436） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB10 × 1 （P22139） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB11 × 1 （P38902） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB12 × 1 （P40422） ZINC ION × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPB9_YEAST
Isoform	—
PDB实体	9
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122

DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB10

物种未注明

UniProt P22139

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	RPB1 × 1 （P04050） ORF YOR151c × 1 （P08518） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB3 × 1 （P16370） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB4 × 1 DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB5 × 1 （P20434） DNA-directed RNA polymerase I, II and III 23 kDa polypeptide × 1 （P20435） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB7 × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit RPB8 × 1 （P20436） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB9 × 1 （P27999） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB11 × 1 （P38902） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB12 × 1 （P40422） ZINC ION × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPB10_YEAST
Isoform	—
PDB实体	10
链与序列区间	作者链 J； PDB构建体 1–70； UniProt 1–70

DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB11

物种未注明

UniProt P38902

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	RPB1 × 1 （P04050） ORF YOR151c × 1 （P08518） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB3 × 1 （P16370） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB4 × 1 DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB5 × 1 （P20434） DNA-directed RNA polymerase I, II and III 23 kDa polypeptide × 1 （P20435） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB7 × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit RPB8 × 1 （P20436） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB9 × 1 （P27999） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB10 × 1 （P22139） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB12 × 1 （P40422） ZINC ION × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPB11_YEAST
Isoform	—
PDB实体	11
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–120； UniProt 1–120

DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB12

物种未注明

UniProt P40422

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	RPB1 × 1 （P04050） ORF YOR151c × 1 （P08518） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB3 × 1 （P16370） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB4 × 1 DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB5 × 1 （P20434） DNA-directed RNA polymerase I, II and III 23 kDa polypeptide × 1 （P20435） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB7 × 1 DNA-directed RNA polymerase subunit RPB8 × 1 （P20436） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB9 × 1 （P27999） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB10 × 1 （P22139） DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB11 × 1 （P38902） ZINC ION × 7	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

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UniProt名称	RPC10_YEAST
Isoform	—
PDB实体	12
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 1–70； UniProt 1–70

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1nik
沉积日期 deposition_date	2002-12-24
结构标题 title	Wild Type RNA Polymerase II
关键词 keywords	TRANSFERASE, TRANSCRIPTION; TRANSCRIPTION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1nik__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1nik__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1nik__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	50.92 Å
Rg（电子密度）	50.97 Å
总 Rg	60.19 Å
原子数	27965
残基数	3519
排除体积	571170 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1nik__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (13)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	RPB1
分子量 formula_weight	191821.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	28295

MVGQQYSSAPLRTVKEVQFGLFSPEEVRAISVAKIRFPETMDETQTRAKIGGLNDPRLGSIDRNLKCQTCQEGMNECPGHFGHIDLAKPVFHVGFIAKIKKVCECVCMHCGKLLLDEHNELMRQALAIKDSKKRFAAIWTLCKTKMVCETDVPSEDDPTQLVSRGGCGNTQPTIRKDGLKLVGSWKKDRATGDADEPELRVLSTEEILNIFKHISVKDFTSLGFNEVFSRPEWMILTCLPVPPPPVRPSISFNESQRGEDDLTFKLADILKANISLETLEHNGAPHHAIEEAESLLQFHVATYMDNDIAGQPQALQKSGRPVKSIRARLKGKEGRIRGNLMGKRVDFSARTVISGDPNLELDQVGVPKSIAKTLTYPEVVTPYNIDRLTQLVRNGPNEHPGAKYVIRDSGDRIDLRYSKRAGDIQLQYGWKVERHIMDNDPVLFNRQPSLHKMSMMAHRVKVIPYSTFRLNLSVTSPYNADFDGDEMNLHVPQSEETRAELSQLCAVPLQIVSPQSNKPCMGIVQDTLCGIRKLTLRDTFIELDQVLNMLYWVPDWDGVIPTPAIIKPKPLWSGKQILSVAIPNGIHLQRFDEGTTLLSPKDNGMLIIDGQIIFGVVEKKTVGSSNGGLIHVVTREKGPQVCAKLFGNIQKVVNFWLLHNGFSTGIGDTIADGPTMREITETIAEAKKKVLDVTKEAQANLLTAKHGMTLRESFEDNVVRFLNEARDKAGRLAEVNLKDLNNVKQMVMAGSKGSFINIAQMSACVGQQSVEGKRIAFGFVDRTLPHFSKDDYSPESKGFVENSYLRGLTPQEFFFHAMGGREGLIDTAVKTAETGYIQRRLVKALEDIMVHYDNTTRNSLGNVIQFIYGEDGMDAAHIEKQSLDTIGGSDAAFEKRYRVDLLNTDHTLDPSLLESGSEILGDLKLQVLLDEEYKQLVKDRKFLREVFVDGEANWPLPVNIRRIIQNAQQTFHIDHTKPSDLTIKDIVLGVKDLQENLLVLRGKNEIIQNAQRDAVTLFCCLLRSRLATRRVLQEYRLTKQAFDWVLSNIEAQFLRSVVHPGEMVGVLAAQSIGEPATQMTLNTFHFAGVASKKVTSGVPRLKEILNVAKNMKTPSLTVYLEPGHAADQEQAKLIRSAIEHTTLKSVTIASEIYYDPDPRSTVIPEDEEIIQLHFSLLDEEAEQSFDQQSPWLLRLELDRAAMNDKDLTMGQVGERIKQTFKNDLFVIWSEDNDEKLIIRCRVVRPKSLDAETEAEEDHMLKKIENTMLENITLRGVENIERVVMMKYDRKVPSPTGEYVKEPEWVLETDGVNLSEVMTVPGIDPTRIYTNSFIDIMEVLGIEAGRAALYKEVYNVIASDGSYVNYRHMALLVDVMTTQGGLTSVTRHGFNRSNTGALMRCSFEETVEILFEAGASAELDDCRGVSENVILGQMAPIGTGAFDVMIDEESLVKYMPEQKITEIEDGQDGGVTPYSNESGLVNADLDVKDELMFSPLVDSGSNDAMAGGFTAYGGADYGEATSPFGAYGEAPTSPGFGVSSPGFSPTSPTYSPTSPAYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPAYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPSYSPTSPNYSPTSPSYSPTSPGYSPGSPAYSPKQDEQKHNENENSR

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	ORF YOR151c
分子量 formula_weight	138937.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MSDLANSEKYYDEDPYGFEDESAPITAEDSWAVISAFFREKGLVSQQLDSFNQFVDYTLQDIICEDSTLILEQLAQHTTESDNISRKYEISFGKIYVTKPMVNESDGVTHALYPQEARLRNLTYSSGLFVDVKKRTYEAIDVPGRELKYELIAEESEDDSESGKVFIGRLPIMLRSKNCYLSEATESDLYKLKECPFDMGGYFIINGSEKVLIAQERSAGNIVQVFKKAAPSPISHVAEIRSALEKGSRFISTLQVKLYGREGSSARTIKATLPYIKQDIPIVIIFRALGIIPDGEILEHICYDVNDWQMLEMLKPCVEDGFVIQDRETALDFIGRRGTALGIKKEKRIQYAKDILQKEFLPHITQLEGFESRKAFFLGYMINRLLLCALDRKDQDDRDHFGKKRLDLAGPLLAQLFKTLFKKLTKDIFRYMQRTVEEAHDFNMKLAINAKTITSGLKYALATGNWGEQKKAMSSRAGVSQVLNRYTYSSTLSHLRRTNTPIGRDGKLAKPRQLHNTHWGLVCPAETPEGQACGLVKNLSLMSCISVGTDPMPIITFLSEWGMEPLEDYVPHQSPDATRVFVNGVWHGVHRNPARLMETLRTLRRKGDINPEVSMIRDIREKELKIFTDAGRVYRPLFIVEDDESLGHKELKVRKGHIAKLMATEYQDIEGGFEDVEEYTWSSLLNEGLVEYIDAEEEESILIAMQPEDLEPAEANEENDLDVDPAKRIRVSHHATTFTHCEIHPSMILGVAASIIPFPDHNQSPRNTYQSAMGKQAMGVFLTNYNVRMDTMANILYYPQKPLGTTRAMEYLKFRELPAGQNAIVAIACYSGYNQEDSMIMNQSSIDRGLFRSLFFRSYMDQEKKYGMSITETFEKPQRTNTLRMKHGTYDKLDDDGLIAPGVRVSGEDVIIGKTTPISPDEEELGQRTAYHSKRDASTPLRSTENGIVDQVLVTTNQDGLKFVKVRVRTTKIPQIGDKFASRHGQKGTIGITYRREDMPFTAEGIVPDLIINPHAIPSRMTVAHLIECLLSKVAALSGNEGDASPFTDITVEGISKLLREHGYQSRGFEVMYNGHTGKKLMAQIFFGPTYYQRLRHMVDDKIHARARGPMQVLTRQPVEGRSRDGGLRFGEMERDCMIAHGAASFLKERLMEASDAFRVHICGICGLMTVIAKLNHNQFECKGCDNKIDIYQIHIPYAAKLLFQELMAMNITPRLYTDRSRDF

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB3
分子量 formula_weight	35330.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

MSEEGPQVKIREASKDNVDFILSNVDLAMANSLRRVMIAEIPTLAIDSVEVETNTTVLADEFIAHRLGLIPLQSMDIEQLEYSRDCFCEDHCDKCSVVLTLQAFGESESTTNVYSKDLVIVSNLMGRNIGHPIIQDKEGNGVLICKLRKGQELKLTCVAKKGIAKEHAKWGPAAAIEFEYDPWNKLKHTDYWYEQDSAKEWPQSKNCEYEDPPNEGDPFDYKAQADTFYMNVESVGSIPVDQVVVRGIDTLQKKVASILLALTQMDQDKVNFASGDNNTASNMLGSNEDVMMTGAEQDPYSNASQMGNTGSGGYDNAW

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB4
分子量 formula_weight	13719.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB5
分子量 formula_weight	25117.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E

MDQENERNISRLWRAFRTVKEMVKDRGYFITQEEVELPLEDFKAKYCDSMGRPQRKMMSFQANPTEESISKFPDMGSLWVEFCDEPSVGVKTMKTFVIHIQEKNFQTGIFVYQNNITPSAMKLVPSIPPATIETFNEAALVVNITHHELVPKHIRLSSDEKRELLKRYRLKESQLPRIQRADPVALYLGLKRGEVVKIIRKSETSGRYASYRICM

实体 6 Entity 6 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase I, II and III 23 kDa polypeptide
分子量 formula_weight	17931.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F

MSDYEEAFNDGNENFEDFDVEHFSDEETYEEKPQFKDGETTDANGKTIVTGGNGPEDFQQHEQIRRKTLKEKAIPKDQRATTPYMTKYERARILGTRALQISMNAPVFVDLEGETDPLRIAMKELAEKKIPLVIRRYLPDGSFEDWSVEELIVDL

实体 7 Entity 7 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB7
分子量 formula_weight	14485.8 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G

XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX

实体 8 Entity 8 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase subunit RPB8
分子量 formula_weight	16525.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

MSNTLFDDIFQVSEVDPGRYNKVCRIEAASTTQDQCKLTLDINVELFPVAAQDSLTVTIASSLNLEDTPANDSSATRSWRPPQAGDRSLADDYDYVMYGTAYKFEEVSKDLIAVYYSFGGLLMRLEGNYRNLNNLKQENAYLLIRR

实体 9 Entity 9 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB9
分子量 formula_weight	14308.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

MTTFRFCRDCNNMLYPREDKENNRLLFECRTCSYVEEAGSPLVYRHELITNIGETAGVVQDIGSDPTLPRSDRECPKCHSRENVFFQSQQRRKDTSMVLFFVCLSCSHIFTSDQKNKRTQFS

实体 10 Entity 10 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB10
分子量 formula_weight	8290.7 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

MIVPVRCFSCGKVVGDKWESYLNLLQEDELDEGTALSRLGLKRYCCRRMILTHVDLIEKFLRYNPLEKRD

实体 11 Entity 11 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB11
分子量 formula_weight	13633.5 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K

MNAPDRFELFLLGEGESKLKIDPDTKAPNAVVITFEKEDHTLGNLIRAELLNDRKVLFAAYKVEHPFFARFKLRIQTTEGYDPKDALKNACNSIINKLGALKTNFETEWNLQTLAADDAF

实体 12 Entity 12 polymer

描述 description	DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB12
分子量 formula_weight	7730.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.6
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

MSREGFQIPTNLDAAAAGTSQARTATLKYICAECSSKLSLSRTDAVRCKDCGHRILLKARTKRLVQFEAR

实体 13 Entity 13 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	7

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d1nika_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.8 — RNA polymerase
超家族 Superfamily superfamily	i.8.1 — RNA polymerase
家族 Family family	i.8.1.1 — RNA polymerase

结构域编号 domain_id	d1nikb_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.8 — RNA polymerase
超家族 Superfamily superfamily	i.8.1 — RNA polymerase
家族 Family family	i.8.1.1 — RNA polymerase

结构域编号 domain_id	d1nikc_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.8 — RNA polymerase
超家族 Superfamily superfamily	i.8.1 — RNA polymerase
家族 Family family	i.8.1.1 — RNA polymerase

结构域编号 domain_id	d1nikd_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.8 — RNA polymerase
超家族 Superfamily superfamily	i.8.1 — RNA polymerase
家族 Family family	i.8.1.1 — RNA polymerase

结构域编号 domain_id	d1nike_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.8 — RNA polymerase
超家族 Superfamily superfamily	i.8.1 — RNA polymerase
家族 Family family	i.8.1.1 — RNA polymerase

结构域编号 domain_id	d1nikf_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.8 — RNA polymerase
超家族 Superfamily superfamily	i.8.1 — RNA polymerase
家族 Family family	i.8.1.1 — RNA polymerase

结构域编号 domain_id	d1nikg_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.8 — RNA polymerase
超家族 Superfamily superfamily	i.8.1 — RNA polymerase
家族 Family family	i.8.1.1 — RNA polymerase

结构域编号 domain_id	d1nikh_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.8 — RNA polymerase
超家族 Superfamily superfamily	i.8.1 — RNA polymerase
家族 Family family	i.8.1.1 — RNA polymerase

结构域编号 domain_id	d1niki_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.8 — RNA polymerase
超家族 Superfamily superfamily	i.8.1 — RNA polymerase
家族 Family family	i.8.1.1 — RNA polymerase

结构域编号 domain_id	d1nikj_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.8 — RNA polymerase
超家族 Superfamily superfamily	i.8.1 — RNA polymerase
家族 Family family	i.8.1.1 — RNA polymerase

结构域编号 domain_id	d1nikk_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.8 — RNA polymerase
超家族 Superfamily superfamily	i.8.1 — RNA polymerase
家族 Family family	i.8.1.1 — RNA polymerase

结构域编号 domain_id	d1nikl_
类 Class class	i — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold fold	i.8 — RNA polymerase
超家族 Superfamily superfamily	i.8.1 — RNA polymerase
家族 Family family	i.8.1.1 — RNA polymerase

▶

晶胞边长 a length_a	224.098 Å
晶胞边长 b length_b	394.462 Å
晶胞边长 c length_c	284.343 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.100 Å
最低分辨率 resolution_low	40.000 Å
R 因子 r_factor	0.3335
R_work r_work	0.3335
R_free r_free	0.3604

Wild Type RNA Polymerase II

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

RPB1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ORF YOR151c

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB5

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase I, II and III 23 kDa polypeptide

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase subunit RPB8

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB10

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA-directed RNA polymerase II, chain RPB12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体