SAXSdb — 1noh

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HEAD MORPHOGENESIS PROTEIN

Bacillus phage phi29

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–97 链 B； UniProt 1–97	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；14.4 % Peg 8000, 0.08 M sodium cacodylate, 0.16 M calcium acetate, 20 % glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.290
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 1–97 链 D； UniProt 1–97	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；14.4 % Peg 8000, 0.08 M sodium cacodylate, 0.16 M calcium acetate, 20 % glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.290
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–97 链 B； UniProt 1–97 链 C； UniProt 1–97 链 D； UniProt 1–97	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；14.4 % Peg 8000, 0.08 M sodium cacodylate, 0.16 M calcium acetate, 20 % glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.290

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1NOH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1NO4 Crystal Structure of the pre-assembly scaffolding protein gp7 from the double-stranded DNA bacteriophage phi29 提交 2003-01-15	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–97（97 aa）链 B 1–97（97 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；4 % PEG 8000, 0.16 M calcium acetate, 0.08 M sodium cacodylate, 20 % glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.262
1NO4 Crystal Structure of the pre-assembly scaffolding protein gp7 from the double-stranded DNA bacteriophage phi29 提交 2003-01-15	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–97（97 aa）链 D 1–97（97 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；4 % PEG 8000, 0.16 M calcium acetate, 0.08 M sodium cacodylate, 20 % glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.262
1NO4 Crystal Structure of the pre-assembly scaffolding protein gp7 from the double-stranded DNA bacteriophage phi29 提交 2003-01-15	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–97（97 aa）链 B 1–97（97 aa）链 C 1–97（97 aa）链 D 1–97（97 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；4 % PEG 8000, 0.16 M calcium acetate, 0.08 M sodium cacodylate, 20 % glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.262
3MTU Structure of the Tropomyosin Overlap Complex from Chicken Smooth Muscle 提交 2010-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 2–46（45 aa）片段：;Fusion protein of residues 2-45 of phage phi29 Gp7 protein and residues 256-284 of chicken smooth muscle tropomyosin,Fusion protein of residues 2-45 of phage phi29 Gp7 protein and residues 256-284 of chicken smooth muscle tropomyosin ; 链 F 2–46（45 aa）片段：;Fusion protein of residues 2-45 of phage phi29 Gp7 protein and residues 256-284 of chicken smooth muscle tropomyosin,Fusion protein of residues 2-45 of phage phi29 Gp7 protein and residues 256-284 of chicken smooth muscle tropomyosin ;	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 EOH ETHANOL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；16% MePEG 5000, 100 mM MES, pH 6.0, 140 mM CaCl2, 2% methanol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.241
3MTU Structure of the Tropomyosin Overlap Complex from Chicken Smooth Muscle 提交 2010-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 2–46（45 aa）片段：;Fusion protein of residues 2-45 of phage phi29 Gp7 protein and residues 256-284 of chicken smooth muscle tropomyosin,Fusion protein of residues 2-45 of phage phi29 Gp7 protein and residues 256-284 of chicken smooth muscle tropomyosin ;	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CL CHLORIDE ION × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9 EOH ETHANOL × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；16% MePEG 5000, 100 mM MES, pH 6.0, 140 mM CaCl2, 2% methanol , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.241
3OA7 Structure of the C-terminal domain of Cnm67, a core component of the spindle pole body of Saccharomyces cerevisiae 提交 2010-08-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–50（49 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；293 K；10% monomethyl PEG 5000, 1.0M tetramethyl ammonium chloride, 100 mM CHES, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.30 Å R-free 0.271
4IFF Structural organization of FtsB, a transmembrane protein of the bacterial divisome 提交 2012-12-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–48（47 aa）片段：UNP P13848 residues 2-48, UNP P0A6S5 residues 28-63 链 B 2–48（47 aa）片段：UNP P13848 residues 2-48, UNP P0A6S5 residues 28-63	未记录	GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；2.1 M ammonium sulfate, 0.6 M malonate, 5% glycerol, 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290 K	分辨率 2.30 Å R-free 0.256
4IFF Structural organization of FtsB, a transmembrane protein of the bacterial divisome 提交 2012-12-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–48（47 aa）片段：UNP P13848 residues 2-48, UNP P0A6S5 residues 28-63 链 D 2–48（47 aa）片段：UNP P13848 residues 2-48, UNP P0A6S5 residues 28-63	未记录	GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；290 K；2.1 M ammonium sulfate, 0.6 M malonate, 5% glycerol, 100 mM Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290 K	分辨率 2.30 Å R-free 0.256
4XA1 Crystal Structure of the coiled-coil surrounding Skip 1 of MYH7 提交 2014-12-12	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–49（49 aa）片段：UNP P13848 residues 1-49,UNP Q12883 residues 1173-1238,UNP Q15691 residues 211-251 链 B 1–49（49 aa）片段：UNP P13848 residues 1-49,UNP Q12883 residues 1173-1238,UNP Q15691 residues 211-251	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；298 K；20% (w/v) polyethylene glycol methyl ether 2000, 20 mM SrCl2, 100 mM HEPES pH 7.6, 5% pentaerythritol ethoxylate (17/8 PO/OH) 797, 0.5% 3-[(3-cholamidopropyl)dimethylammonio]-1-propanesulfonate (CHAPS)	分辨率 3.20 Å R-free 0.285
4XA1 Crystal Structure of the coiled-coil surrounding Skip 1 of MYH7 提交 2014-12-12	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–49（49 aa）片段：UNP P13848 residues 1-49,UNP Q12883 residues 1173-1238,UNP Q15691 residues 211-251 链 D 1–49（49 aa）片段：UNP P13848 residues 1-49,UNP Q12883 residues 1173-1238,UNP Q15691 residues 211-251	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；298 K；20% (w/v) polyethylene glycol methyl ether 2000, 20 mM SrCl2, 100 mM HEPES pH 7.6, 5% pentaerythritol ethoxylate (17/8 PO/OH) 797, 0.5% 3-[(3-cholamidopropyl)dimethylammonio]-1-propanesulfonate (CHAPS)	分辨率 3.20 Å R-free 0.285
4XA3 Crystal structure of the coiled-coil surrounding Skip 2 of MYH7 提交 2014-12-12	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–49（49 aa）片段：UNP P13848 residues 1-49,UNP P12883 residues 1361-1425,UNP Q15691 residues 215-251 链 B 1–49（49 aa）片段：UNP P13848 residues 1-49,UNP P12883 residues 1361-1425,UNP Q15691 residues 215-251	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；4.5% (w/v) polyethylene glycol 8000, 100 mM sodium acetate pH 5.0, 50 mM CaCl2, 2.5% (w/v) 3-methoxy-3-methyl-1-butanol	分辨率 2.55 Å R-free 0.311
4XA6 Crystal Structure of the coiled-coil surrounding Skip 4 of MYH7 提交 2014-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–50（49 aa）片段：UNP P13848 residues 2-50,UNP P02564 residues 1777-1855,UNP Q15691 residues 209-251 链 B 2–50（49 aa）片段：UNP P13848 residues 2-50,UNP P02564 residues 1777-1855,UNP Q15691 residues 209-251	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；18% (w/v) polyethylene glycol 2000 methyl ether, 100 mM piperazine-N,N-bis(2-ethanesulfonic acid) (PIPES)	分辨率 3.42 Å R-free 0.297
4XA6 Crystal Structure of the coiled-coil surrounding Skip 4 of MYH7 提交 2014-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–50（49 aa）片段：UNP P13848 residues 2-50,UNP P02564 residues 1777-1855,UNP Q15691 residues 209-251 链 D 2–50（49 aa）片段：UNP P13848 residues 2-50,UNP P02564 residues 1777-1855,UNP Q15691 residues 209-251	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；18% (w/v) polyethylene glycol 2000 methyl ether, 100 mM piperazine-N,N-bis(2-ethanesulfonic acid) (PIPES)	分辨率 3.42 Å R-free 0.297
5CJ1 Crystal structure of the coiled coil of MYH7 residues 1526 to 1571 fused to Gp7 提交 2015-07-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–52（51 aa）片段：UNP P13848 residues 2-52, UNP P12833 residues 1526-1571 链 B 2–52（51 aa）片段：UNP P13848 residues 2-52, UNP P12833 residues 1526-1571	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；16% (w/v) PEG 8000, 400 mM malonate pH 7.2, and 100 mM triethanolamine pH 7.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.250
5CJ1 Crystal structure of the coiled coil of MYH7 residues 1526 to 1571 fused to Gp7 提交 2015-07-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–52（51 aa）片段：UNP P13848 residues 2-52, UNP P12833 residues 1526-1571 链 D 2–52（51 aa）片段：UNP P13848 residues 2-52, UNP P12833 residues 1526-1571	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；16% (w/v) PEG 8000, 400 mM malonate pH 7.2, and 100 mM triethanolamine pH 7.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.250
5CJ1 Crystal structure of the coiled coil of MYH7 residues 1526 to 1571 fused to Gp7 提交 2015-07-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 2–52（51 aa）片段：UNP P13848 residues 2-52, UNP P12833 residues 1526-1571 链 F 2–52（51 aa）片段：UNP P13848 residues 2-52, UNP P12833 residues 1526-1571	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；16% (w/v) PEG 8000, 400 mM malonate pH 7.2, and 100 mM triethanolamine pH 7.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.250
5CJ1 Crystal structure of the coiled coil of MYH7 residues 1526 to 1571 fused to Gp7 提交 2015-07-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 2–52（51 aa）片段：UNP P13848 residues 2-52, UNP P12833 residues 1526-1571 链 H 2–52（51 aa）片段：UNP P13848 residues 2-52, UNP P12833 residues 1526-1571	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；16% (w/v) PEG 8000, 400 mM malonate pH 7.2, and 100 mM triethanolamine pH 7.5	分辨率 2.10 Å R-free 0.250
5WJB Crystal Structure of Amino Acids 1733-1797 of Human Beta Cardiac Myosin Fused to Gp7 提交 2017-07-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–48（47 aa）片段：UNP P13848 residues 2-47, UNP P12833 residues 1733-1797 链 B 2–48（47 aa）片段：UNP P13848 residues 2-47, UNP P12833 residues 1733-1797	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；14% (w/v) methyl-ether PEG 2K, 1.5%(w/v) myo-inositol, 100 mM HEPES pH 7.5, 50 mM magnesium chloride	分辨率 2.90 Å R-free 0.300
5WJB Crystal Structure of Amino Acids 1733-1797 of Human Beta Cardiac Myosin Fused to Gp7 提交 2017-07-21	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 2–48（47 aa）片段：UNP P13848 residues 2-47, UNP P12833 residues 1733-1797 链 D 2–48（47 aa）片段：UNP P13848 residues 2-47, UNP P12833 residues 1733-1797	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；14% (w/v) methyl-ether PEG 2K, 1.5%(w/v) myo-inositol, 100 mM HEPES pH 7.5, 50 mM magnesium chloride	分辨率 2.90 Å R-free 0.300
5WLQ Crystal Structure of Amino Acids 1677-1755 of Human Beta Cardiac Myosin Fused to Gp7 and Eb1 提交 2017-07-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–48（47 aa）片段：UNP P13848 residues 2-48 UNP Q15691 residues 208-256, UNP P12883 residues 1677-1755	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 TMO trimethylamine oxide × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；1.6 M Ammonium Aulfate, 500 mM Trimethyl Ammonium N-Oxide, 100 mM Bis-tris Propane pH 9.0	分辨率 3.10 Å R-free 0.236
5WME Crystal Structure of Amino Acids 1729-1786 of Human Beta Cardiac Myosin Fused to Gp7 as Anti-Parallel Four-Helix Bundle 提交 2017-07-28	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–47（46 aa）片段：UNP P13848 residues 2-48, UNP P12883 residues 1729-1786 链 B 2–47（46 aa）片段：UNP P13848 residues 2-48, UNP P12883 residues 1729-1786 链 C 2–47（46 aa）片段：UNP P13848 residues 2-48, UNP P12883 residues 1729-1786 链 D 2–47（46 aa）片段：UNP P13848 residues 2-48, UNP P12883 residues 1729-1786	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；18% (w/v) pentaerythritol ethoxylate 797, 150 mM ammonium thiocyanate, 100 mM sodium acetate pH 5.0.	分辨率 2.30 Å R-free 0.264
6YJD Lamin A coil2 dimer stabilized by N-terminal capping 提交 2020-04-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–48（48 aa）	突变：F40C	NI NICKEL (II) ION × 4 CL CHLORIDE ION × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；277 K；35% (v/v) methanol, 0.2 M MgCl2 and 0.1 M HEPES	分辨率 2.90 Å R-free 0.304
8F2M Phi-29 scaffolding protein bound to intermediate-state MCP 提交 2022-11-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–98（98 aa）链 C 1–98（98 aa）链 F 1–98（98 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å

共 13 个其他 PDB 条目、23 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VG7_BPPH2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 B； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 C； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97 作者链 D； PDB构建体 1–97； UniProt 1–97

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1noh
沉积日期 deposition_date	2003-01-16
结构标题 title	The structure of bacteriophage phi29 scaffolding protein gp7 after prohead assembly
关键词 keywords	coiled-coil, Viral protein; VIRAL PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.51 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.95 Å
零角强度 I(0) i0	18438300.00
分子量 molecular_weight	33381.0 kDa
排除体积 excluded_volume	41778 Å³
包络体积 envelope_volume	58309 Å³
水化壳体积 shell_volume	16840 Å³
包络直径 envelope_diameter	97.5 Å
壳层 Rg shell_rg	35.87 Å
包络 Rg envelope_rg	29.84 Å
形状 Rg shape_rg	30.93 Å
总 Rg total_rg	31.52 Å
总原子数 total_atoms	2356
残基数 n_residues	292
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	96.8 Å
Rg (实空间) rg_real	31.59 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.64 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8440e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5960e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.56 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	18440000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7826
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	17.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.058
峰度 Kurtosis kurtosis	-1.083
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	983400.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.559; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.582; Smooth: 0.912

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d1noha_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.24 — Head morphogenesis protein gp7
家族 Family family	h.1.24.1 — Head morphogenesis protein gp7

结构域编号 domain_id	d1nohb_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.24 — Head morphogenesis protein gp7
家族 Family family	h.1.24.1 — Head morphogenesis protein gp7

结构域编号 domain_id	d1nohc_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.24 — Head morphogenesis protein gp7
家族 Family family	h.1.24.1 — Head morphogenesis protein gp7

结构域编号 domain_id	d1nohd_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.1 — Parallel coiled-coil
超家族 Superfamily superfamily	h.1.24 — Head morphogenesis protein gp7
家族 Family family	h.1.24.1 — Head morphogenesis protein gp7

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1nohA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	400 —

结构域编号 domain_id	1nohB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	400 —

结构域编号 domain_id	1nohC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	400 —

结构域编号 domain_id	1nohD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	400 —

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	114.005 Å
晶胞边长 b length_b	117.301 Å
晶胞边长 c length_c	105.933 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	32

空间群 space_group	C 2 2 21
空间群编号 int_tables_number	20
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	36.150 Å
R 因子 r_factor	0.2540
R_work r_work	0.2540
R_free r_free	0.2900

描述 description	HEAD MORPHOGENESIS PROTEIN
分子量 formula_weight	11165.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	2356

The structure of bacteriophage phi29 scaffolding protein gp7 after prohead assembly

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HEAD MORPHOGENESIS PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Bacillus phage phi29
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10756
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

fit	/app/data/saxs_computation/no/1noh/1noh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/no/1noh/1noh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/no/1noh/1noh.dat