1oqd

Crystal structure of sTALL-1 and BCMA

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 148.7 Å Quality: REASONABLE

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B, soluble form

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 108 PDB 声明：108-meric（108）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 142–285 链 B； UniProt 142–285 链 C； UniProt 142–285 链 D； UniProt 142–285 链 E； UniProt 142–285 链 F； UniProt 142–285 链 G； UniProt 142–285 链 H； UniProt 142–285 链 I； UniProt 142–285 链 J； UniProt 142–285	片段：extracellular domain	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17 × 48 （Q02223）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；277 K；dioxane, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1OQD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1JH5 Crystal Structure of sTALL-1 of TNF family ligand 提交 2001-06-27	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 60 PDB 声明：60-meric	链 A 142–285（144 aa）片段：sTALL-1, soluble part of TALL-1 链 B 142–285（144 aa）片段：sTALL-1, soluble part of TALL-1 链 C 142–285（144 aa）片段：sTALL-1, soluble part of TALL-1 链 D 142–285（144 aa）片段：sTALL-1, soluble part of TALL-1 链 E 142–285（144 aa）片段：sTALL-1, soluble part of TALL-1 链 F 142–285（144 aa）片段：sTALL-1, soluble part of TALL-1 链 G 142–285（144 aa）片段：sTALL-1, soluble part of TALL-1 链 H 142–285（144 aa）片段：sTALL-1, soluble part of TALL-1 链 I 142–285（144 aa）片段：sTALL-1, soluble part of TALL-1 链 J 142–285（144 aa）片段：sTALL-1, soluble part of TALL-1	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；277 K；35% dioxane, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 277K	分辨率 3.00 Å R-free 0.252
1KD7 Crystal structure of an extracellular domain fragment of human BAFF 提交 2001-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 122–285（164 aa）片段：Extracellular domain fragment 链 B 122–285（164 aa）片段：Extracellular domain fragment 链 C 122–285（164 aa）片段：Extracellular domain fragment	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；277 K；8% PEG 4000, 0.1 M sodium acetatesolution of 8% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.250
1KD7 Crystal structure of an extracellular domain fragment of human BAFF 提交 2001-11-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 122–285（164 aa）片段：Extracellular domain fragment 链 L 122–285（164 aa）片段：Extracellular domain fragment 链 M 122–285（164 aa）片段：Extracellular domain fragment	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；277 K；8% PEG 4000, 0.1 M sodium acetatesolution of 8% PEG 4000, 0.1 M sodium acetate pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.250
1KXG The 2.0 Ang Resolution Structure of BLyS, B Lymphocyte Stimulator. 提交 2002-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 134–285（152 aa）片段：soluble portion (residues 134-285) 链 B 134–285（152 aa）片段：soluble portion (residues 134-285) 链 C 134–285（152 aa）片段：soluble portion (residues 134-285)	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 CIT CITRIC ACID × 1 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 13	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；279 K；25% dioxane, 25 mM MgCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.209
1KXG The 2.0 Ang Resolution Structure of BLyS, B Lymphocyte Stimulator. 提交 2002-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 134–285（152 aa）片段：soluble portion (residues 134-285) 链 E 134–285（152 aa）片段：soluble portion (residues 134-285) 链 F 134–285（152 aa）片段：soluble portion (residues 134-285)	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 CIT CITRIC ACID × 1 DIO 1,4-DIETHYLENE DIOXIDE × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；279 K；25% dioxane, 25 mM MgCl2, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279.0K	分辨率 2.00 Å R-free 0.209
1OQE Crystal structure of sTALL-1 with BAFF-R 提交 2003-03-07	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 108 PDB 声明：108-meric	链 A 142–285（144 aa）片段：extracellular domain 链 B 142–285（144 aa）片段：extracellular domain 链 C 142–285（144 aa）片段：extracellular domain 链 D 142–285（144 aa）片段：extracellular domain 链 E 142–285（144 aa）片段：extracellular domain 链 F 142–285（144 aa）片段：extracellular domain 链 G 142–285（144 aa）片段：extracellular domain 链 H 142–285（144 aa）片段：extracellular domain 链 I 142–285（144 aa）片段：extracellular domain 链 J 142–285（144 aa）片段：extracellular domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；dioxane, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K	分辨率 2.50 Å R-free 0.259
1OSG Complex between BAFF and a BR3 derived peptide presented in a beta-hairpin scaffold 提交 2003-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 82–285（204 aa）片段：TNF domain 链 B 82–285（204 aa）片段：TNF domain 链 C 82–285（204 aa）片段：TNF domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；292 K；20% PEG 3350, 1.0 M LiCl, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 3.00 Å R-free 0.286
1OSG Complex between BAFF and a BR3 derived peptide presented in a beta-hairpin scaffold 提交 2003-03-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 82–285（204 aa）片段：TNF domain 链 E 82–285（204 aa）片段：TNF domain 链 F 82–285（204 aa）片段：TNF domain	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；292 K；20% PEG 3350, 1.0 M LiCl, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 3.00 Å R-free 0.286
3V56 Re-refinement of PDB entry 1OSG - Complex between BAFF and a BR3 derived peptide presented in a beta-hairpin scaffold - reveals an additonal copy of the peptide. 提交 2011-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 82–285（204 aa）链 B 82–285（204 aa）链 C 82–285（204 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.200
3V56 Re-refinement of PDB entry 1OSG - Complex between BAFF and a BR3 derived peptide presented in a beta-hairpin scaffold - reveals an additonal copy of the peptide. 提交 2011-12-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 82–285（204 aa）链 E 82–285（204 aa）链 F 82–285（204 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å R-free 0.200
4V46 Crystal structure of the BAFF-BAFF-R complex 提交 2003-03-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 120 PDB 声明：120-meric	链 A0 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 A1 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 A2 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 A3 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 A4 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 A5 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 A6 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 A7 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 A8 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 A9 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AA 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AB 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AC 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AD 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AE 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AF 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AG 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AH 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AI 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AJ 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AK 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AL 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AM 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AN 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AO 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AP 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AQ 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AR 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AS 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AT 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AU 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AV 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AW 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AX 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AY 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 AZ 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Aa 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Ab 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Ac 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Ad 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Ae 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Af 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Ag 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Ah 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Ai 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Aj 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Ak 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Al 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Am 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 An 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Ao 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Ap 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Aq 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Ar 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 As 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 At 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Au 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Av 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Aw 138–285（148 aa）片段：residues 138-285 链 Ax 138–285（148 aa）片段：residues 138-285	未记录	MG MAGNESIUM ION × 40	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；sodium formate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 3.30 Å R-free 0.226
4ZCH Single-chain human APRIL-BAFF-BAFF Heterotrimer 提交 2015-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 140–285（146 aa）	未记录	144 TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；RESERVOIR SOLUTION : 14% PEG6000 , 1M LiCL , TRIS-HCL pH 8.50	分辨率 2.43 Å R-free 0.234
4ZCH Single-chain human APRIL-BAFF-BAFF Heterotrimer 提交 2015-04-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 140–285（146 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；RESERVOIR SOLUTION : 14% PEG6000 , 1M LiCL , TRIS-HCL pH 8.50	分辨率 2.43 Å R-free 0.234
5Y9J BAFF in complex with belimumab 提交 2017-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 134–285（152 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；293 K；0.1 M Tris(hydroxymethyl)aminomethane pH 8.5, 20% (w/v)polyethylene glycol 1,000	分辨率 2.05 Å R-free 0.217
6FXN Crystal structure of human BAFF in complex with Fab fragment of anti-BAFF antibody belimumab 提交 2018-03-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 A 134–285（152 aa）链 B 134–285（152 aa）链 C 134–285（152 aa）	突变：H218A 突变：H218A 突变：H218A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；9% (w/v) PEG4000, 0.1 M MgCl2, 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 2.90 Å R-free 0.231
6FXN Crystal structure of human BAFF in complex with Fab fragment of anti-BAFF antibody belimumab 提交 2018-03-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：nonameric	链 J 134–285（152 aa）链 K 134–285（152 aa）链 L 134–285（152 aa）	突变：H218A 突变：H218A 突变：H218A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；293 K；9% (w/v) PEG4000, 0.1 M MgCl2, 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 2.90 Å R-free 0.231
8ZUJ Pentagonal cluster of BAFF-BAFFR ectodomain complex 提交 2024-06-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric	链 D 134–285（152 aa）链 E 134–285（152 aa）链 F 134–285（152 aa）链 J 134–285（152 aa）链 K 134–285（152 aa）链 L 134–285（152 aa）链 P 134–285（152 aa）链 Q 134–285（152 aa）链 R 134–285（152 aa）链 V 134–285（152 aa）链 W 134–285（152 aa）链 X 134–285（152 aa）链 b 134–285（152 aa）链 c 134–285（152 aa）链 d 134–285（152 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.58 Å

共 11 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TN13B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–144； UniProt 142–285 作者链 B； PDB构建体 1–144； UniProt 142–285 作者链 C； PDB构建体 1–144； UniProt 142–285 作者链 D； PDB构建体 1–144； UniProt 142–285 作者链 E； PDB构建体 1–144； UniProt 142–285 作者链 F； PDB构建体 1–144； UniProt 142–285 作者链 G； PDB构建体 1–144； UniProt 142–285 作者链 H； PDB构建体 1–144； UniProt 142–285 作者链 I； PDB构建体 1–144； UniProt 142–285 作者链 J； PDB构建体 1–144； UniProt 142–285

Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17

Homo sapiens

UniProt Q02223

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 108 PDB 声明：108-meric（108）与蛋白拷贝数一致	链 K； UniProt 8–46 链 L； UniProt 8–46 链 M； UniProt 8–46 链 N； UniProt 8–46 链 O； UniProt 8–46 链 P； UniProt 8–46 链 Q； UniProt 8–46 链 R； UniProt 8–46	片段：extracellular domain	Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B, soluble form × 60 （Q9Y275）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；277 K；dioxane, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 1OQD	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1XU2 The crystal structure of APRIL bound to BCMA 提交 2004-10-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 R 5–51（47 aa）片段：BCMA ECD 链 S 5–51（47 aa）片段：BCMA ECD 链 T 5–51（47 aa）片段：BCMA ECD	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；292 K；well solution: 0.1M MES, 5% Peg 8000, 10% Peg 1000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 292K	分辨率 2.35 Å R-free 0.213
2KN1 Solution NMR Structure of BCMA 提交 2009-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–50（49 aa）片段：residues 2-50	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 ambient NMR样品组成 900 uM BCMA, 10 mM sodium phosphate, 0.02 % sodium azide, 95% H2O, 5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
4ZFO J22.9-xi: chimeric mouse/human antibody against human BCMA (CD269) 提交 2015-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 1–54（54 aa）片段：Extracellular (N-terminal) domain, UNP residues 1-54	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；1 microliter of the complex at 8 mg/ml with 2 microliters of 21% PEG 3350, 0.1 M BisTris pH 6.5 and 5 mM CuCl2	分辨率 1.90 Å R-free 0.209
4ZFO J22.9-xi: chimeric mouse/human antibody against human BCMA (CD269) 提交 2015-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 1–54（54 aa）片段：Extracellular (N-terminal) domain, UNP residues 1-54	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 BTB 2-[BIS-(2-HYDROXY-ETHYL)-AMINO]-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；1 microliter of the complex at 8 mg/ml with 2 microliters of 21% PEG 3350, 0.1 M BisTris pH 6.5 and 5 mM CuCl2	分辨率 1.90 Å R-free 0.209
6J7W Crystal Structure of Human BCMA in complex with UniAb(TM) VH 提交 2019-01-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 6–44（39 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；0.2M sodium malonate pH 4.0 and 20% PEG 3350	分辨率 2.60 Å R-free 0.271
6J7W Crystal Structure of Human BCMA in complex with UniAb(TM) VH 提交 2019-01-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 6–44（39 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；293 K；0.2M sodium malonate pH 4.0 and 20% PEG 3350	分辨率 2.60 Å R-free 0.271
8HXQ Nanobody1 in complex with human BCMA ECD 提交 2023-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–54（54 aa）链 D 1–54（54 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.1；293 K；0.2 M Ammonium sulfate, 20% w/v Polyethylene glycol 3350, pH6.1	分辨率 2.40 Å R-free 0.274
8HXR Nanobody2 in complex with human BCMA ECD 提交 2023-01-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–54（54 aa）链 D 1–54（54 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；1.8 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Bis-Tris Propane pH7.0	分辨率 2.70 Å R-free 0.287
8QY9 J22.9-H, fully humanized Fab Fragment based on chimeric J22.9-xi IgG against BCMA 提交 2023-10-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 7–41（35 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293.15 K；14% PEG 3350 100 mM BisTris 7.5 mM Cu(II)	分辨率 3.10 Å R-free 0.301
8QYA J22.9-FNY, fully humanized, CDR optimized Fab Fragment based on chimeric J22.9-xi IgG against BCMA; with VH CDR2 glycosylation 提交 2023-10-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 6–41（36 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 3350 CuCl2 BisTris	分辨率 2.72 Å R-free 0.299
8QYB J22.9-ISY, fully humanized and CDR optimized Fab Fragment based on chimeric J22.9-xi IgG against BCMA 提交 2023-10-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 7–41（35 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；14% PEG 3350 7.5 mM CuCl2 BisTris	分辨率 3.09 Å R-free 0.288
9MQO Crystal structure of BCMA in complex with CA10v2 Fab 提交 2025-01-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：18-meric	链 A 1–54（54 aa）链 D 1–54（54 aa）链 G 1–54（54 aa）链 J 1–54（54 aa）链 M 1–54（54 aa）链 P 1–54（54 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.18 M Sodium Chloride, 0.09 M Phosphate/citrate pH 4.2, 20 % w/v PEG 8000, 0.1M Sodium Malonate	分辨率 3.18 Å R-free 0.272

共 10 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TNR17_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 K； PDB构建体 1–39； UniProt 8–46 作者链 L； PDB构建体 1–39； UniProt 8–46 作者链 M； PDB构建体 1–39； UniProt 8–46 作者链 N； PDB构建体 1–39； UniProt 8–46 作者链 O； PDB构建体 1–39； UniProt 8–46 作者链 P； PDB构建体 1–39； UniProt 8–46 作者链 Q； PDB构建体 1–39； UniProt 8–46 作者链 R； PDB构建体 1–39； UniProt 8–46

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1oqd
沉积日期 deposition_date	2003-03-07
结构标题 title	Crystal structure of sTALL-1 and BCMA
关键词 keywords	ligand receptor complex, IMMUNE RESPONSE; IMMUNE RESPONSE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	45.41 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	44.58 Å
零角强度 I(0) i0	539993000.00
分子量 molecular_weight	195250.0 kDa
排除体积 excluded_volume	245630 Å³
包络体积 envelope_volume	334070 Å³
水化壳体积 shell_volume	62020 Å³
包络直径 envelope_diameter	155.7 Å
壳层 Rg shell_rg	49.91 Å
包络 Rg envelope_rg	43.87 Å
形状 Rg shape_rg	44.54 Å
总 Rg total_rg	44.98 Å
总原子数 total_atoms	13704
残基数 n_residues	1734
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	148.7 Å
Rg (实空间) rg_real	45.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.18 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.4000e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.9660e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	45.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	540000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6725
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	42.5 Å
偏度 Skewness skewness	0.213
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.664
角度范围 angular_range	— – 0.1750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0001
最高正则化参数 α highest_alpha	69670000.0000
实空间数据点数 n_real_points	36
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.919; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.062; Positv: 1.000; Valcen: 0.955; Smooth: 0.841

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B, soluble form
分子量 formula_weight	16244.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	10

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J
原子数 atom_count	13704

VTQDCLQLIADSETPTIQKGSYTFVPWLLSFKRGSALEEKENKILVKETGYFFIYGQVLYTDKTYAMGHLIQRKKVHVFGDELSLVTLFRCIQNMPETLPNNSCYSAGIAKLEEGDELQLAIPRENAQISLDGDVTFFGALKLL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17
分子量 formula_weight	4370.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,L,M,N,O,P,Q,R

CSQNEYFDSLLHACIPCQLRCSSNTPPLTCQRYCNASVT

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

结构域编号 domain_id	d1oqda_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.22 — TNF-like
超家族 Superfamily superfamily	b.22.1 — TNF-like
家族 Family family	b.22.1.1 — TNF-like

结构域编号 domain_id	d1oqdb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.22 — TNF-like
超家族 Superfamily superfamily	b.22.1 — TNF-like
家族 Family family	b.22.1.1 — TNF-like

结构域编号 domain_id	d1oqdc_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.22 — TNF-like
超家族 Superfamily superfamily	b.22.1 — TNF-like
家族 Family family	b.22.1.1 — TNF-like

结构域编号 domain_id	d1oqdd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.22 — TNF-like
超家族 Superfamily superfamily	b.22.1 — TNF-like
家族 Family family	b.22.1.1 — TNF-like

结构域编号 domain_id	d1oqde_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.22 — TNF-like
超家族 Superfamily superfamily	b.22.1 — TNF-like
家族 Family family	b.22.1.1 — TNF-like

结构域编号 domain_id	d1oqdf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.22 — TNF-like
超家族 Superfamily superfamily	b.22.1 — TNF-like
家族 Family family	b.22.1.1 — TNF-like

结构域编号 domain_id	d1oqdg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.22 — TNF-like
超家族 Superfamily superfamily	b.22.1 — TNF-like
家族 Family family	b.22.1.1 — TNF-like

结构域编号 domain_id	d1oqdh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.22 — TNF-like
超家族 Superfamily superfamily	b.22.1 — TNF-like
家族 Family family	b.22.1.1 — TNF-like

结构域编号 domain_id	d1oqdi_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.22 — TNF-like
超家族 Superfamily superfamily	b.22.1 — TNF-like
家族 Family family	b.22.1.1 — TNF-like

结构域编号 domain_id	d1oqdj_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.22 — TNF-like
超家族 Superfamily superfamily	b.22.1 — TNF-like
家族 Family family	b.22.1.1 — TNF-like

结构域编号 domain_id	d1oqdk_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.24 — TNF receptor-like
超家族 Superfamily superfamily	g.24.1 — TNF receptor-like
家族 Family family	g.24.1.2 — BAFF receptor-like

结构域编号 domain_id	d1oqdl_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.24 — TNF receptor-like
超家族 Superfamily superfamily	g.24.1 — TNF receptor-like
家族 Family family	g.24.1.2 — BAFF receptor-like

结构域编号 domain_id	d1oqdm_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.24 — TNF receptor-like
超家族 Superfamily superfamily	g.24.1 — TNF receptor-like
家族 Family family	g.24.1.2 — BAFF receptor-like

结构域编号 domain_id	d1oqdn_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.24 — TNF receptor-like
超家族 Superfamily superfamily	g.24.1 — TNF receptor-like
家族 Family family	g.24.1.2 — BAFF receptor-like

结构域编号 domain_id	d1oqdo_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.24 — TNF receptor-like
超家族 Superfamily superfamily	g.24.1 — TNF receptor-like
家族 Family family	g.24.1.2 — BAFF receptor-like

结构域编号 domain_id	d1oqdp_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.24 — TNF receptor-like
超家族 Superfamily superfamily	g.24.1 — TNF receptor-like
家族 Family family	g.24.1.2 — BAFF receptor-like

结构域编号 domain_id	d1oqdq_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.24 — TNF receptor-like
超家族 Superfamily superfamily	g.24.1 — TNF receptor-like
家族 Family family	g.24.1.2 — BAFF receptor-like

结构域编号 domain_id	d1oqdr_
类 Class class	g — Small proteins
折叠类型 Fold fold	g.24 — TNF receptor-like
超家族 Superfamily superfamily	g.24.1 — TNF receptor-like
家族 Family family	g.24.1.2 — BAFF receptor-like

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	1oqdA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	1oqdB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	1oqdC00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	1oqdD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	1oqdE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	1oqdF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	1oqdG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	1oqdH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	1oqdI00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

结构域编号 domain_id	1oqdJ00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 —

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	232.854 Å
晶胞边长 b length_b	232.854 Å
晶胞边长 c length_c	212.477 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	120

空间群 space_group	P 63 2 2
空间群编号 int_tables_number	182
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.600 Å
最低分辨率 resolution_low	19.870 Å
R 因子 r_factor	0.2400
R_work r_work	0.2400
R_free r_free	0.2600

fit	/app/data/saxs_computation/oq/1oqd/1oqd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/oq/1oqd/1oqd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/oq/1oqd/1oqd.dat

Crystal structure of sTALL-1 and BCMA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Tumor necrosis factor ligand superfamily member 13B, soluble form

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Tumor necrosis factor receptor superfamily member 17

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 28 domains

SCOP 2.08 (18 domains)

CATH v4.4 (10 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)