SAXSdb — 1p4i

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ANTIBODY VARIABLE LIGHT CHAIN

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 L； UniProt 22–117	突变：N36S	antibody variable heavy chain × 1 （P01820）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；293 K；ammonium sulfate, sodium citrate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1P4I	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1P4B Three-Dimensional Structure Of a Single Chain Fv Fragment Complexed With The peptide GCN4(7P-14P). 提交 2003-04-22	突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 22–117（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 4000, tris/HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293KK	分辨率 2.35 Å R-free 0.300
1Q0X Anti-morphine Antibody 9B1 Unliganded Form 提交 2003-07-17	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 L 22–117（96 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；298 K；22% PEG MME 2000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K, pH 4.60	分辨率 1.60 Å R-free 0.251
1SM3 CRYSTAL STRUCTURE OF THE TUMOR SPECIFIC ANTIBODY SM3 COMPLEX WITH ITS PEPTIDE EPITOPE 提交 1997-12-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 L 22–234（213 aa）片段：FAB FRAGMENT	未记录	CD CADMIUM ION × 8 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.0	分辨率 1.95 Å R-free 0.283

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LV1A_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 L； PDB构建体 7–102； UniProt 22–117

antibody variable heavy chain

Mus musculus

UniProt P01820

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 21–115	未记录	ANTIBODY VARIABLE LIGHT CHAIN × 1 （P01723）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.8；293 K；ammonium sulfate, sodium citrate, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.80 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1P4I	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A2Y HEN EGG WHITE LYSOZYME, D18A MUTANT, IN COMPLEX WITH MOUSE MONOCLONAL ANTIBODY D1.3 提交 1998-01-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 20–115（96 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 1.50 Å R-free 0.251
1A7N FV FRAGMENT OF MOUSE MONOCLONAL ANTIBODY D1.3 (BALB/C, IGG1, K) VARIANT FOR CHAIN L GLU81->ASP AND CHAIN H LEU312->VAL 提交 1998-03-16	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 133–248（116 aa）片段：FV FRAGMENT	突变：L312V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.01 Å
1A7O FV FRAGMENT OF MOUSE MONOCLONAL ANTIBODY D1.3 (BALB/C, IGG1, K) R96L DELETION MUTANT ON VARIANT FOR CHAIN L GLU81->ASP AND CHAIN H LEU312->VAL 提交 1998-03-16	构建体不同突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 133–248（116 aa）片段：FV FRAGMENT	突变：L312V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1A7P FV FRAGMENT OF MOUSE MONOCLONAL ANTIBODY D1.3 (BALB/C, IGG1, K) ENGINEERED MUTANT PRO95L->SER ON VARIANT CHAIN L GLU81->ASP AND CHAIN H LEU312->VAL 提交 1998-03-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 133–248（116 aa）片段：FV FRAGMENT	突变：L312V	ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.01 Å
1A7R FV FRAGMENT OF MOUSE MONOCLONAL ANTIBODY D1.3 (BALB/C, IGG1, K) VARIANT CHAIN L GLU81->ASP 提交 1998-03-16	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 133–248（116 aa）片段：FV FRAGMENT	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.01 Å
1DVF IDIOTOPIC ANTIBODY D1.3 FV FRAGMENT-ANTIIDIOTOPIC ANTIBODY E5.2 FV FRAGMENT COMPLEX 提交 1996-04-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 B 133–248（116 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å R-free 0.249
1DVF IDIOTOPIC ANTIBODY D1.3 FV FRAGMENT-ANTIIDIOTOPIC ANTIBODY E5.2 FV FRAGMENT COMPLEX 提交 1996-04-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 B 133–248（116 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å R-free 0.249
1G7H CRYSTAL STRUCTURE OF HEN EGG WHITE LYSOZYME (HEL) COMPLEXED WITH THE MUTANT ANTI-HEL MONOCLONAL ANTIBODY D1.3(VLW92A) 提交 2000-11-10	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 133–248（116 aa）片段：HEAVY CHAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；15-18% poly(ethylene glycol) 8000; 0.1 M potassium phosphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.85 Å
1G7I CRYSTAL STRUCTURE OF HEN EGG WHITE LYSOZYME (HEL) COMPLEXED WITH THE MUTANT ANTI-HEL MONOCLONAL ANTIBODY D1.3 (VLW92F) 提交 2000-11-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 133–248（116 aa）片段：HEAVY CHAIN	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；15-18%poly(ethylene glycol) 8000; 0.1 M potassium phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.248
1G7J CRYSTAL STRUCTURE OF HEN EGG WHITE LYSOZYME (HEL) COMPLEXED WITH THE MUTANT ANTI-HEL MONOCLONAL ANTIBODY D1.3 (VLW92H) 提交 2000-11-10	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 133–248（116 aa）片段：HEAVY CHAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；15-18% poly(ethylene glycol) 8000; 0.1 M potassium phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.229
1G7L CRYSTAL STRUCTURE OF HEN EGG WHITE LYSOZYME (HEL) COMPLEXED WITH THE MUTANT ANTI-HEL MONOCLONAL ANTIBODY D1.3 (VLW92S) 提交 2000-11-10	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 133–248（116 aa）片段：HEAVY CHAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；15-18% poly(ethylene glycol) 8000; 0.1 M potassium phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.240
1G7M CRYSTAL STRUCTURE OF HEN EGG WHITE LYSOZYME (HEL) COMPLEXED WITH THE MUTANT ANTI-HEL MONOCLONAL ANTIBODY D1.3 (VLW92V) 提交 2000-11-10	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 133–248（116 aa）片段：HEAVY CHAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；14% poly(ethylene glycol) 8000; 0.1 M sodium acetate; 0.05 M sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.226
1P4B Three-Dimensional Structure Of a Single Chain Fv Fragment Complexed With The peptide GCN4(7P-14P). 提交 2003-04-22	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 26–115（90 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；PEG 4000, tris/HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293KK	分辨率 2.35 Å R-free 0.300
43C9 CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF THE ESTEROLYTIC AND AMIDOLYTIC 43C9 ANTIBODY 提交 1999-03-10	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 20–114（95 aa）片段：FV	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；80% NACL, 50 MM MOPS PH 6.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.265
43C9 CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF THE ESTEROLYTIC AND AMIDOLYTIC 43C9 ANTIBODY 提交 1999-03-10	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 20–114（95 aa）片段：FV	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；80% NACL, 50 MM MOPS PH 6.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.265
43C9 CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF THE ESTEROLYTIC AND AMIDOLYTIC 43C9 ANTIBODY 提交 1999-03-10	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 20–114（95 aa）片段：FV	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；80% NACL, 50 MM MOPS PH 6.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.265
43C9 CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF THE ESTEROLYTIC AND AMIDOLYTIC 43C9 ANTIBODY 提交 1999-03-10	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 20–114（95 aa）片段：FV	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；80% NACL, 50 MM MOPS PH 6.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.265
43CA CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF THE ESTEROLYTIC AND AMIDOLYTIC 43C9 ANTIBODY WITH BOUND P-NITROPHENOL 提交 1999-03-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 20–114（95 aa）片段：FV	未记录	NPO P-NITROPHENOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；80% NACL, 50 MM MOPS PH 6.5, pH 7.00	分辨率 2.30 Å R-free 0.259
43CA CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF THE ESTEROLYTIC AND AMIDOLYTIC 43C9 ANTIBODY WITH BOUND P-NITROPHENOL 提交 1999-03-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 20–114（95 aa）片段：FV	未记录	NPO P-NITROPHENOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；80% NACL, 50 MM MOPS PH 6.5, pH 7.00	分辨率 2.30 Å R-free 0.259
43CA CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF THE ESTEROLYTIC AND AMIDOLYTIC 43C9 ANTIBODY WITH BOUND P-NITROPHENOL 提交 1999-03-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 20–114（95 aa）片段：FV	未记录	NPO P-NITROPHENOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；80% NACL, 50 MM MOPS PH 6.5, pH 7.00	分辨率 2.30 Å R-free 0.259
43CA CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF THE ESTEROLYTIC AND AMIDOLYTIC 43C9 ANTIBODY WITH BOUND P-NITROPHENOL 提交 1999-03-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 20–114（95 aa）片段：FV	未记录	NPO P-NITROPHENOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；80% NACL, 50 MM MOPS PH 6.5, pH 7.00	分辨率 2.30 Å R-free 0.259

共 14 个其他 PDB 条目、21 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HV44_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 2–96； UniProt 21–115

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1p4i
沉积日期 deposition_date	2003-04-23
结构标题 title	Crystal Structure of scFv against peptide GCN4
关键词 keywords	peptide binder, scFv, picomolar binder, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	17.23 Å
零角强度 I(0) i0	10300300.00
分子量 molecular_weight	23611.0 kDa
排除体积 excluded_volume	29432 Å³
包络体积 envelope_volume	33784 Å³
水化壳体积 shell_volume	16620 Å³
包络直径 envelope_diameter	59.2 Å
壳层 Rg shell_rg	23.14 Å
包络 Rg envelope_rg	17.43 Å
形状 Rg shape_rg	17.18 Å
总 Rg total_rg	18.33 Å
总原子数 total_atoms	1665
残基数 n_residues	222
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	58.3 Å
Rg (实空间) rg_real	18.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0300e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.1920e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.26 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	10300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8979
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.199
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.407
角度范围 angular_range	— – 0.4350 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2902000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.894; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.990

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ANTIBODY VARIABLE LIGHT CHAIN
分子量 formula_weight	13333.5 kDa
突变 mutation	N36S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	1726

MADYADAVVTQESALTTSPGETVTLTCRSSTGAVTTSNYASWVQEKPDHLFTGLIGGTNNRAPGVPARFSGSLIGDKAALTITGAQTEDEAIYFCALWYSNHWVFGGGTKLTVLGGGGGSGGGGSGGGGSGGGGS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	antibody variable heavy chain
分子量 formula_weight	13447.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

DVQLQESGPGLVAPSQSLSITCTVSGFSLTDYGVNWVRQSPGKGLEWLGVIWGDGITDYNSALKSRLSVTKDNSKSQVFLKMNSLQSGDSARYYCVTGLFDYWGQGTTLTVSSASGADHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	61

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1p4ih_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1p4il_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1p4iH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1p4iL00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	35.089 Å
晶胞边长 b length_b	60.533 Å
晶胞边长 c length_c	123.055 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	12.000 Å
R 因子 r_factor	0.2000
R_work r_work	0.2000
R_free r_free	0.2600

fit	/app/data/saxs_computation/p4/1p4i/1p4i.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p4/1p4i/1p4i.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p4/1p4i/1p4i.dat

Crystal Structure of scFv against peptide GCN4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ANTIBODY VARIABLE LIGHT CHAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

antibody variable heavy chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)