← 返回搜索
1pdm

Fitting of gp8 structure into the cryoEM reconstruction of the bacteriophage T4 baseplate

Method: ELECTRON MICROSCOPY
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Baseplate structural protein Gp8

物种未注明

UniProt P19062

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 12 无其他共同聚合物 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体
1n7z 1n7z 1n80 1n80 1n8b 1n8b

共 6 个 assembly

同源四聚体
1n80

共 1 个 assembly

其他同源多聚体
1pdm

共 1 个 assembly

异源或核酸复合物
1tja 1tja 1tja 5hx2 5hx2 5hx2 5iv5 5iv7

共 8 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 VG08_BPT4
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–334； UniProt 1–334 作者链 B； PDB构建体 1–334； UniProt 1–334 作者链 C； PDB构建体 1–334； UniProt 1–334 作者链 D； PDB构建体 1–334； UniProt 1–334 作者链 E； PDB构建体 1–334； UniProt 1–334 作者链 F； PDB构建体 1–334； UniProt 1–334 作者链 G； PDB构建体 1–334； UniProt 1–334 作者链 H； PDB构建体 1–334； UniProt 1–334 作者链 I； PDB构建体 1–334； UniProt 1–334 作者链 J； PDB构建体 1–334； UniProt 1–334 作者链 K； PDB构建体 1–334； UniProt 1–334 作者链 L； PDB构建体 1–334； UniProt 1–334

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1pdm
沉积日期 deposition_date2003-05-19
结构标题 titleFitting of gp8 structure into the cryoEM reconstruction of the bacteriophage T4 baseplate
关键词 keywordsStructural protein; STRUCTURAL PROTEIN
实验方法 methodELECTRON MICROSCOPY
▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1pdm__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1pdm__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1pdm__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）0.00 Å
Rg（电子密度）136.00 Å
总 Rg136.00 Å
原子数0
残基数0
排除体积543650 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 1pdm__assembly_1__model_1 dodecameric （12） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_idd1pdma_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.19 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
超家族 Superfamily superfamilyi.19.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
家族 Family familyi.19.1.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
结构域编号 domain_idd1pdmb_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.19 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
超家族 Superfamily superfamilyi.19.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
家族 Family familyi.19.1.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
结构域编号 domain_idd1pdmc_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.19 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
超家族 Superfamily superfamilyi.19.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
家族 Family familyi.19.1.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
结构域编号 domain_idd1pdmd_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.19 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
超家族 Superfamily superfamilyi.19.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
家族 Family familyi.19.1.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
结构域编号 domain_idd1pdme_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.19 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
超家族 Superfamily superfamilyi.19.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
家族 Family familyi.19.1.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
结构域编号 domain_idd1pdmf_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.19 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
超家族 Superfamily superfamilyi.19.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
家族 Family familyi.19.1.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
结构域编号 domain_idd1pdmg_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.19 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
超家族 Superfamily superfamilyi.19.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
家族 Family familyi.19.1.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
结构域编号 domain_idd1pdmh_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.19 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
超家族 Superfamily superfamilyi.19.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
家族 Family familyi.19.1.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
结构域编号 domain_idd1pdmi_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.19 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
超家族 Superfamily superfamilyi.19.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
家族 Family familyi.19.1.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
结构域编号 domain_idd1pdmj_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.19 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
超家族 Superfamily superfamilyi.19.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
家族 Family familyi.19.1.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
结构域编号 domain_idd1pdmk_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.19 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
超家族 Superfamily superfamilyi.19.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
家族 Family familyi.19.1.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
结构域编号 domain_idd1pdml_
类 Class classi — Low resolution protein structures
折叠类型 Fold foldi.19 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
超家族 Superfamily superfamilyi.19.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
家族 Family familyi.19.1.1 — Bacteriophage T4 3D cryo-EM reconstruction
▶

7. 引用文献 (2)