SAXSdb — 1pi1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mob1A

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 33–216	片段：sequence database residues 33-216	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.8；298 K；Sodium Citrate, Bis-Tris Propane, isopropanol, DTT, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1PI1	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4J1V Functional and structural studies of MOBKL1B, a Salvador/Warts/Hippo tumor suppressor pathway, in HCV replication 提交 2013-02-02	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 33–216（184 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；279 K；0.1 M HEPES, 0.1 M KCl, 15% PEG5000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K	分辨率 1.95 Å R-free 0.225
4J1V Functional and structural studies of MOBKL1B, a Salvador/Warts/Hippo tumor suppressor pathway, in HCV replication 提交 2013-02-02	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 33–216（184 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；279 K；0.1 M HEPES, 0.1 M KCl, 15% PEG5000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K	分辨率 1.95 Å R-free 0.225
4JIZ Human Mob1-phosphopeptide complex 提交 2013-03-07	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 40–211（172 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å R-free 0.226
5BRK pMob1-Lats1 complex 提交 2015-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–216（216 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.2 M di-Ammonium citrate 20% (W/V) PEG 3,350	分辨率 2.30 Å R-free 0.221
5BRM Structural basis for Mob1-dependent activation of the core Mst-Lats kinase cascade in Hippo signaling 提交 2015-05-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 15 PDB 声明：pentadecameric	链 A 41–216（176 aa）片段：UNP residues 41-216 链 B 41–216（176 aa）片段：UNP residues 41-216 链 C 41–216（176 aa）片段：UNP residues 41-216 链 D 41–216（176 aa）片段：UNP residues 41-216 链 E 41–216（176 aa）片段：UNP residues 41-216 链 F 41–216（176 aa）片段：UNP residues 41-216	未记录	ZN ZINC ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；2.4 M Na Malonate	分辨率 2.65 Å R-free 0.268
5TWF Regulation of protein interactions by MOB1 phosphorylation 提交 2016-11-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–216（216 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；298 K；0.1 M MES pH 5.5, 0.2 M NH4Cl, and 20% PEG 6000	分辨率 3.14 Å R-free 0.291
5TWF Regulation of protein interactions by MOB1 phosphorylation 提交 2016-11-13	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–216（216 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；298 K；0.1 M MES pH 5.5, 0.2 M NH4Cl, and 20% PEG 6000	分辨率 3.14 Å R-free 0.291
5TWF Regulation of protein interactions by MOB1 phosphorylation 提交 2016-11-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–216（216 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；298 K；0.1 M MES pH 5.5, 0.2 M NH4Cl, and 20% PEG 6000	分辨率 3.14 Å R-free 0.291
5TWF Regulation of protein interactions by MOB1 phosphorylation 提交 2016-11-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–216（216 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；298 K；0.1 M MES pH 5.5, 0.2 M NH4Cl, and 20% PEG 6000	分辨率 3.14 Å R-free 0.291
5TWG human MOB1A bound to human MST1 phosphorylated T353 peptide 提交 2016-11-13	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–216（216 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；0.1 M MES pH 6.0, 0.2 M LiCl and 20% PEG 6000	分辨率 2.30 Å R-free 0.252
5TWH human MOB1A bound to MST1 phosphorylated T367 peptide 提交 2016-11-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–216（216 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；298 K；0.1 M MES pH 6.0, 0.2 M LiCl and 20% PEG 6000	分辨率 2.50 Å R-free 0.260
5XQZ Structure of the MOB1-NDR2 complex 提交 2017-06-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 33–216（184 aa）片段：UNP RESIDUES 33-216	未记录	ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；287 K；PEG 3350, HEPES, magnesium chloride	分辨率 2.10 Å R-free 0.244
5XQZ Structure of the MOB1-NDR2 complex 提交 2017-06-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 33–216（184 aa）片段：UNP RESIDUES 33-216	未记录	ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；287 K；PEG 3350, HEPES, magnesium chloride	分辨率 2.10 Å R-free 0.244
6MCP L. pneumophila effector kinase LegK7 (AMP-PNP bound) in complex with human MOB1A 提交 2018-09-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 33–213（181 aa）片段：UNP residues 33-213	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 9 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 3 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；288 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 21% PEG600, 0.2 M sodium chloride, 20 mM succinate	分辨率 2.50 Å R-free 0.233
6MCP L. pneumophila effector kinase LegK7 (AMP-PNP bound) in complex with human MOB1A 提交 2018-09-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 33–213（181 aa）片段：UNP residues 33-213	未记录	PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 9 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1 ZN ZINC ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 1 ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；288 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 21% PEG600, 0.2 M sodium chloride, 20 mM succinate	分辨率 2.50 Å R-free 0.233
6MCQ L. pneumophila effector kinase LegK7 in complex with human MOB1A 提交 2018-09-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 33–216（184 aa）片段：UNP residues 33-216	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 10 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 3 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；288 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 23% PEG600, 0.1 M lithium chloride, 20 mM succinate, pH 7.0	分辨率 2.57 Å R-free 0.245
6MCQ L. pneumophila effector kinase LegK7 in complex with human MOB1A 提交 2018-09-01	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 33–216（184 aa）片段：UNP residues 33-216	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 2 ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；288 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 23% PEG600, 0.1 M lithium chloride, 20 mM succinate, pH 7.0	分辨率 2.57 Å R-free 0.245

共 10 个其他 PDB 条目、17 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MOL1B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–185； UniProt 33–216

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1pi1
沉积日期 deposition_date	2003-05-29
结构标题 title	Crystal structure of a human Mob1 protein; toward understanding Mob-regulated cell cycle pathways.
关键词 keywords	Mob1, mitotic exit network, mitosis, Dbf2, CELL CYCLE; CELL CYCLE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	18.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.83 Å
零角强度 I(0) i0	8382680.00
分子量 molecular_weight	21564.0 kDa
排除体积 excluded_volume	27109 Å³
包络体积 envelope_volume	31727 Å³
水化壳体积 shell_volume	15901 Å³
包络直径 envelope_diameter	63.5 Å
壳层 Rg shell_rg	22.99 Å
包络 Rg envelope_rg	17.45 Å
形状 Rg shape_rg	16.78 Å
总 Rg total_rg	18.04 Å
总原子数 total_atoms	1516
残基数 n_residues	185
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.8 Å
Rg (实空间) rg_real	18.09 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.48 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.3830e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0360e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	18.11 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8383000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7883
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	24.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.210
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.306
角度范围 angular_range	— – 0.4400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1783000.0000
实空间数据点数 n_real_points	75
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.751; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Mob1A
分子量 formula_weight	21528.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1605

MEATLGSGNLRQAVMLPEGEDLNEWIAVNTVDFFNQINMLYGTITEFCTEASCPVMSAGPRYEYHWADGTNIKKPIKCSAPKYIDYLMTWVQDQLDDETLFPSKIGVPFPKNFMSVAKTILKRLFRVYAHIYHQHFDSVMQLQEEAHLNTSFKHFIFFVQEFNLIDRRELAPLQELIEKLGSKDR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	89

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1pi1a1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.29 — Bromodomain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.29.7 — Mob1/phocein
家族 Family family	a.29.7.1 — Mob1/phocein

结构域编号 domain_id	d1pi1a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	1pi1A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	140 — Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — MOB kinase activator

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	67.676 Å
晶胞边长 b length_b	67.676 Å
晶胞边长 c length_c	95.595 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	0.2070
R_work r_work	0.2050
R_free r_free	0.2420

fit	/app/data/saxs_computation/pi/1pi1/1pi1.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pi/1pi1/1pi1.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pi/1pi1/1pi1.dat

Crystal structure of a human Mob1 protein; toward understanding Mob-regulated cell cycle pathways.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Mob1A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction