1q38

Anastellin

Method: SOLUTION NMR Dmax: 44.1 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fibronectin

Homo sapiens

UniProt P02751

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 631–705 片段:Type 3 (FN3) domain 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 7;298 K;离子强度(mmCIF原始值)150;压力 ambient NMR样品组成:1.5 mM anastellin U-15N, 10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4, 140 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 2 mM CHAPS | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成:1.5 mM anastellin U-15N,13C, 10 mM Na2HPO4, 1.8 mM KH2PO4, 140 mM NaCl, 2.7 mM KCl, 2 mM CHAPS | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 54 个其他 PDB 条目、103 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FINC_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 5–79; UniProt 631–705

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1q38

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1q38
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1q38
沉积日期 deposition_date2003-07-28
结构标题 titleAnastellin
关键词 keywords;amyloid fibril, anastellin, extracellular matrix, fibronectin type 3 (FN3) domain, dynamic fluctuations, conformational exchange, CHAPS, CELL ADHESION ;; CELL ADHESION
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.17
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.24
零角强度 I(0) i01919080000.00
分子量 molecular_weight355690.0 kDa
排除体积 excluded_volume439460 ų
包络体积 envelope_volume95255 ų
水化壳体积 shell_volume31718 ų
包络直径 envelope_diameter90.6
壳层 Rg shell_rg32.46
包络 Rg envelope_rg24.99
形状 Rg shape_rg16.21
总 Rg total_rg16.76
总原子数 total_atoms49665
残基数 n_residues3115
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax44.1
Rg (实空间) rg_real16.10
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.06
I(0) (实空间) i0_real1.8220e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4880e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.28
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1919000000.0000
解质量估计 total_estimate0.6875
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary18.6
偏度 Skewness skewness0.168
峰度 Kurtosis kurtosis-0.589
角度范围 angular_range— – 0.4650 −1
当前正则化参数 α current_alpha3.9100
最高正则化参数 α highest_alpha270600.0000
实空间数据点数 n_real_points77
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.009; Oscil: 0.998; Stabil: 0.982; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1q38a1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.2 — Fibronectin type III
家族 Family familyb.1.2.1 — Fibronectin type III
结构域编号 domain_idd1q38a2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1q38a3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1q38A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins

8. 引用文献 (4)

9. 文件与曲线 (10)