SAXSdb — 1qo3

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MHC CLASS I H-2DD HEAVY CHAIN

MUS MUSCULUS

UniProt P01900

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	BETA-2-MICROGLOBULIN × 1 （P01887） LY49A × 2 （P20937） HIV ENVELOPE GLYCOPROTEIN 120 PEPTIDE × 1 （P04582） 1,2-ETHANEDIOL × 3 water × 5	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	BETA-2-MICROGLOBULIN × 1 （P01887） LY49A × 2 （P20937） HIV ENVELOPE GLYCOPROTEIN 120 PEPTIDE × 1 （P04582） 1,2-ETHANEDIOL × 3 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HA12_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–277； UniProt 26–301

BETA-2-MICROGLOBULIN

MUS MUSCULUS

UniProt P01887

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	MHC CLASS I H-2DD HEAVY CHAIN × 1 （P01900） LY49A × 2 （P20937） HIV ENVELOPE GLYCOPROTEIN 120 PEPTIDE × 1 （P04582） 1,2-ETHANEDIOL × 3 water × 5	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	MHC CLASS I H-2DD HEAVY CHAIN × 1 （P01900） LY49A × 2 （P20937） HIV ENVELOPE GLYCOPROTEIN 120 PEPTIDE × 1 （P04582） 1,2-ETHANEDIOL × 3 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	B2MG_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 2–100； UniProt 21–119

LY49A

MUS MUSCULUS

UniProt P20937

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	MHC CLASS I H-2DD HEAVY CHAIN × 1 （P01900） BETA-2-MICROGLOBULIN × 1 （P01887） HIV ENVELOPE GLYCOPROTEIN 120 PEPTIDE × 1 （P04582） 1,2-ETHANEDIOL × 3 water × 5	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	MHC CLASS I H-2DD HEAVY CHAIN × 1 （P01900） BETA-2-MICROGLOBULIN × 1 （P01887） HIV ENVELOPE GLYCOPROTEIN 120 PEPTIDE × 1 （P04582） 1,2-ETHANEDIOL × 3 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	LY4A_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–137； UniProt 126–262 作者链 D； PDB构建体 1–137； UniProt 126–262

HIV ENVELOPE GLYCOPROTEIN 120 PEPTIDE

物种未注明

UniProt P04582

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	MHC CLASS I H-2DD HEAVY CHAIN × 1 （P01900） BETA-2-MICROGLOBULIN × 1 （P01887） LY49A × 2 （P20937） 1,2-ETHANEDIOL × 3 water × 5	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	MHC CLASS I H-2DD HEAVY CHAIN × 1 （P01900） BETA-2-MICROGLOBULIN × 1 （P01887） LY49A × 2 （P20937） 1,2-ETHANEDIOL × 3 water × 5	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ENV_HV1B8
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 P； PDB构建体 1–10； UniProt 311–320

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1qo3
沉积日期 deposition_date	1999-11-01
结构标题 title	Complex between NK cell receptor Ly49A and its MHC class I ligand H-2Dd
关键词 keywords	;RECEPTOR/IMMUNE SYSTEM, COMPLEX (NK RECEPTOR-MHC CLASS I), NK CELL, INHIBITORY RECEPTOR, MHC-I, C-TYPE LECTIN-LIKE, HISTOCOMPATIBILITY, B2M, LY49, LY-49, RECEPTOR-IMMUNE SYSTEM complex ;; RECEPTOR/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1qo3__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1qo3__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1qo3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.66 Å
Rg（电子密度）	26.60 Å
总 Rg	27.44 Å
原子数	5190
残基数	633
排除体积	91763 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1qo3__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1qo3__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MHC CLASS I H-2DD HEAVY CHAIN
分子量 formula_weight	32265.9 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	5542

MSHSLRYFVTAVSRPGFGEPRYMEVGYVDNTEFVRFDSDAENPRYEPRARWIEQEGPEYWERETRRAKGNEQSFRVDLRTALRYYNQSAGGSHTLQWMAGCDVESDGRLLRGYWQFAYDGCDYIALNEDLKTWTAADMAAQITRRKWEQAGAAERDRAYLEGECVEWLRRYLKNGNATLLRTDPPKAHVTHHRRPEGDVTLRCWALGFYPADITLTWQLNGEELTQEMELVETRPAGDGTFQKWASVVVPLGKEQKYTCHVEHEGLPEPLTLRWGKE

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	BETA-2-MICROGLOBULIN
分子量 formula_weight	11791.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

MIQKTPQIQVYSRHPPENGKPNILNCYVTQFHPPHIEIQMLKNGKKIPKVEMSDMSFSKDWSFYILAHTEFTPTETDTYACRVKHASMAEPKTVYWDRDM

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	LY49A
分子量 formula_weight	15921.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

STVLDSLQHTGRGDKVYWFCYGMKCYYFVMDRKTWSGCKQTCQSSSLSLLKIDDEDELKFLQLVVPSDSCWVGLSYDNKKKDWAWIDNRPSKLALNTRKYNIRDGGCMLLSKTRLDNGNCDQVFICICGKRLDKFPH

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	HIV ENVELOPE GLYCOPROTEIN 120 PEPTIDE
分子量 formula_weight	1075.3 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	P

RGPGRAFVTI

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	352

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1qo3a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1qo3a2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.19 — MHC antigen-recognition domain
超家族 Superfamily superfamily	d.19.1 — MHC antigen-recognition domain
家族 Family family	d.19.1.1 — MHC antigen-recognition domain

结构域编号 domain_id	d1qo3b2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

结构域编号 domain_id	d1qo3b3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d1qo3c_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

结构域编号 domain_id	d1qo3d_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.169 — C-type lectin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.169.1 — C-type lectin-like
家族 Family family	d.169.1.1 — C-type lectin domain

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	1qo3A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	500 — Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MHC class I-like antigen recognition-like

结构域编号 domain_id	1qo3A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1qo3B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1qo3C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

结构域编号 domain_id	1qo3D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	100 — Mannose-Binding Protein A; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Mannose-Binding Protein A, subunit A

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晶胞边长 a length_a	78.963 Å
晶胞边长 b length_b	96.957 Å
晶胞边长 c length_c	99.318 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1980
R_work r_work	0.1980
R_free r_free	0.2380

Complex between NK cell receptor Ly49A and its MHC class I ligand H-2Dd

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MHC CLASS I H-2DD HEAVY CHAIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

BETA-2-MICROGLOBULIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

LY49A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

HIV ENVELOPE GLYCOPROTEIN 120 PEPTIDE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1qo3__assembly_1__model_1

1qo3__assembly_1__model_1 | I(q)

1qo3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (3)