SAXSdb — 1r5c

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonuclease, seminal

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 27–150 链 B； UniProt 27–150	未记录	CPA 2'-DEOXYCYTIDINE-2'-DEOXYADENOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：MICROBATCH；pH 5.4；293 K；62-64% saturation ammonium sulfate, 8-10% 2-methyl-2,4-pentandiol, dinucleotide-protein molar ratio of 8:1, pH 5.4, MICRO-BATCH, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.242

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1R5C	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
11BA BINDING OF A SUBSTRATE ANALOGUE TO A DOMAIN SWAPPING PROTEIN IN THE COMPLEX OF BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE WITH URIDYLYL-2',5'-ADENOSINE 提交 1999-03-17	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链未唯一映射参考区间未声明链 A 27–150（124 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 UPA URIDYLYL-2'-5'-PHOSPHO-ADENOSINE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.8；pH 4.8	分辨率 2.06 Å
1BSR BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE STRUCTURE AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1993-04-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–150（124 aa）链 B 27–150（124 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 7	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1BSR BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE STRUCTURE AT 1.9 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1993-04-28	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 27–150（124 aa）链 B 27–150（124 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 14	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
1N1X Crystal Structure Analysis of the monomeric [S-carboxyamidomethyl-Cys31, S-carboxyamidomethyl-Cys32] Bovine seminal ribonuclease 提交 2002-10-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–150（124 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.7；293 K；PEG 4000, TRIS-HCl, sodium acetate, acetonitrile, glycerol (cryoprotectant), pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.45 Å R-free 0.258
1N3Z Crystal structure of the [S-carboxyamidomethyl-Cys31, S-carboxyamidomethyl-Cys32] monomeric derivative of the bovine seminal ribonuclease in the liganded state 提交 2002-10-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–150（124 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	U3P 3'-URIDINEMONOPHOSPHATE × 1 ADN ADENOSINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.7；293 K；PEG 4000, sodium acetate, acetonitrile, glycerol (cryoprotectant), TRIS-HCl, pH 8.7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.65 Å R-free 0.230
1QWQ Solution structure of the monomeric N67D mutant of Bovine Seminal Ribonuclease 提交 2003-09-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–150（124 aa）	突变：N67D	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.65；300 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient NMR样品组成 2.0MM MONOMERIC BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE U-97% 15N \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 2.0MM MONOMERIC BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
1R3M Crystal structure of the dimeric unswapped form of bovine seminal ribonuclease 提交 2003-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–150（124 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.4；294 K；MPD, ammonium sulfate, pH 8.4, EVAPORATION, temperature 294K	分辨率 2.20 Å R-free 0.292
1R3M Crystal structure of the dimeric unswapped form of bovine seminal ribonuclease 提交 2003-10-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 27–150（124 aa）	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 8.4；294 K；MPD, ammonium sulfate, pH 8.4, EVAPORATION, temperature 294K	分辨率 2.20 Å R-free 0.292
1R5D X-ray structure of bovine seminal ribonuclease swapping dimer from a new crystal form 提交 2003-10-10	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–150（124 aa）链 B 27–150（124 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 4000, 0.1 M sodium acetate, 0.1 M TRIS-HCL, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.255
1TQ9 Non-covalent swapped dimer of Bovine Seminal Ribonuclease in complex with 2'-DEOXYCYTIDINE-2'-DEOXYADENOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE 提交 2004-06-17	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–150（124 aa）链 B 27–150（124 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CPA 2'-DEOXYCYTIDINE-2'-DEOXYADENOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；PEG 8000, isopropanol, sodium acetate, cacodilate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.269
1Y92 Crystal structure of the P19A/N67D Variant Of Bovine seminal Ribonuclease 提交 2004-12-14	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–150（124 aa）链 B 27–150（124 aa）	突变：P19A, N67D 突变：P19A, N67D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 4000, Tris-HCl, sodium acetate, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.202
1Y94 Crystal structure of the G16S/N17T/P19A/S20A/N67D Variant Of Bovine seminal Ribonuclease 提交 2004-12-14	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–150（124 aa）链 B 27–150（124 aa）	突变：G16S, N17T, P19A, S20A, N67D 突变：G16S, N17T, P19A, S20A, N67D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；PEG 4000, TRIS-HCL, SODIUM ACETATE, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.259
2LFJ Solution structure of the monomeric derivative of BS-RNase 提交 2011-07-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 27–150（124 aa）	突变：N67D	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5.8；300 K NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] mBS, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] mBS, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
3BCM Crystal Structure of The Unswapped Form of P19A/L28Q/N67D BS-RNase 提交 2007-11-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–150（124 aa）链 B 27–150（124 aa）	突变：P19A, L28Q, N67D 突变：P19A, L28Q, N67D	PO4 PHOSPHATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；277 K；30% methyl pentanediol, 50mM TRIS-HCl pH 8.4, 0.1M ammonium phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.25 Å R-free 0.252
3BCM Crystal Structure of The Unswapped Form of P19A/L28Q/N67D BS-RNase 提交 2007-11-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–150（124 aa）链 B 27–150（124 aa）	突变：P19A, L28Q, N67D 突变：P19A, L28Q, N67D	PO4 PHOSPHATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；277 K；30% methyl pentanediol, 50mM TRIS-HCl pH 8.4, 0.1M ammonium phosphate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.25 Å R-free 0.252
3BCO Crystal Structure of The Swapped FOrm of P19A/L28Q/N67D BS-RNase 提交 2007-11-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–150（124 aa）链 B 27–150（124 aa）	突变：P19A, L28Q, N67D 突变：P19A, L28Q, N67D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；277 K；28% w/v PEG 8000, 0.2M SODIUM ACETATE, 0.1M CACODILATE pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.25 Å R-free 0.250
3BCP Crystal Structure of The Swapped non covalent form of P19A/L28Q/N67D BS-RNase 提交 2007-11-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–150（124 aa）链 B 27–150（124 aa）	突变：P19A, L28Q, N67D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：P19A, L28Q, N67D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；27% w/v PEG 8000, 0.1M sodium phosphate, 0.2M calcium chloride, 0.1M cacodilate pH 5.3-5.9, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.57 Å R-free 0.323
3BCP Crystal Structure of The Swapped non covalent form of P19A/L28Q/N67D BS-RNase 提交 2007-11-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 27–150（124 aa）链 D 27–150（124 aa）	突变：P19A, L28Q, N67D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：P19A, L28Q, N67D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；27% w/v PEG 8000, 0.1M sodium phosphate, 0.2M calcium chloride, 0.1M cacodilate pH 5.3-5.9, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.57 Å R-free 0.323
3BCP Crystal Structure of The Swapped non covalent form of P19A/L28Q/N67D BS-RNase 提交 2007-11-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 27–150（124 aa）链 B 27–150（124 aa）链 C 27–150（124 aa）链 D 27–150（124 aa）	突变：P19A, L28Q, N67D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：P19A, L28Q, N67D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：P19A, L28Q, N67D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：P19A, L28Q, N67D 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；277 K；27% w/v PEG 8000, 0.1M sodium phosphate, 0.2M calcium chloride, 0.1M cacodilate pH 5.3-5.9, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.57 Å R-free 0.323
3DJO Bovine Seminal Ribonuclease uridine 2' phosphate complex 提交 2008-06-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–150（124 aa）链 B 27–150（124 aa）	未记录	U2P PHOSPHORIC ACID MONO-[2-(2,4-DIOXO-3,4-DIHYDRO-2H-PYRIMIDIN-1-YL)-4-HYDROXY-5-HYDROXYMETHYL-TETRAHYDRO-FURAN-3-YL] ESTER × 2 ACT ACETATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；30% PEG4000, 0.1M sodium acetate, 0.1M Tris/HCl, pH8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.60 Å R-free 0.226
3DJP Bovine Seminal Ribonuclease- Uridine 3' phosphate complex 提交 2008-06-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–150（124 aa）链 B 27–150（124 aa）	未记录	UA3 URACIL ARABINOSE-3'-PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；30% PEG4000, 0.1M sodium acetate, 0.1M Tris/HCl, pH8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.60 Å R-free 0.230
3DJQ Bovine Seminal Ribonuclease- Uridine 5' diphosphate complex 提交 2008-06-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–150（124 aa）链 B 27–150（124 aa）	未记录	UDP URIDINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；30% PEG4000, 0.1M sodium acetate, 0.1 M Tris/HCl, pH8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.53 Å R-free 0.233
3DJV Bovine Seminal Ribonuclease- cytidine 3' phosphate complex 提交 2008-06-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–150（124 aa）链 B 27–150（124 aa）	未记录	C3P CYTIDINE-3'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；30% PEG4000, 0.1M sodium acetate, 0.1M Tris/HCl, pH8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.60 Å R-free 0.204
3DJX Bovine Seminal Ribonuclease- cytidine 5' phosphate complex 提交 2008-06-24	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–150（124 aa）链 B 27–150（124 aa）	未记录	C5P CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；30% PEG4000, 0.1M sodium acetate, 0.1M Tris/HCl, pH8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.69 Å R-free 0.204
4N4C Crystal structure of the C-terminal swapped dimer of a Bovine seminal ribonuclease mutant 提交 2013-10-08	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 27–150（124 aa）片段：UNP residues 27-150 链 B 27–150（124 aa）片段：UNP residues 27-150	突变：G16S, N17T, P19A, S20A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：G16S, N17T, P19A, S20A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	PO4 PHOSPHATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6；293 K；16-20% w/v PEG35K, 0.2 M lithium chloride, 0.1 M sodium cacodylate buffer, pH 6.0, 3% v/v acetonitrile, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K	分辨率 2.48 Å R-free 0.186

共 20 个其他 PDB 条目、25 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RNS_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–124； UniProt 27–150 作者链 B； PDB构建体 1–124； UniProt 27–150

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1r5c
沉积日期 deposition_date	2003-10-10
结构标题 title	X-ray structure of the complex of Bovine seminal ribonuclease swapping dimer with d(CpA)
关键词 keywords	ribonucleases, protein dynamics, protein structure-function, ligand binding, population shift, 3D domain swapping, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	21.23 Å
零角强度 I(0) i0	16997700.00
分子量 molecular_weight	28204.0 kDa
排除体积 excluded_volume	34149 Å³
包络体积 envelope_volume	41861 Å³
水化壳体积 shell_volume	17693 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.6 Å
壳层 Rg shell_rg	26.59 Å
包络 Rg envelope_rg	21.37 Å
形状 Rg shape_rg	21.24 Å
总 Rg total_rg	21.92 Å
总原子数 total_atoms	1948
残基数 n_residues	248
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.8 Å
Rg (实空间) rg_real	21.52 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.7000e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.5250e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.49 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	17000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8187
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.582
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.101
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3990000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.700; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.742; Smooth: 0.798

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1r5ca_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.5 — RNase A-like
超家族 Superfamily superfamily	d.5.1 — RNase A-like
家族 Family family	d.5.1.1 — Ribonuclease A-like

结构域编号 domain_id	d1r5cb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.5 — RNase A-like
超家族 Superfamily superfamily	d.5.1 — RNase A-like
家族 Family family	d.5.1.1 — Ribonuclease A-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1r5cA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	130 — P-30 Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease A-like domain

结构域编号 domain_id	1r5cB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	130 — P-30 Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease A-like domain

▶

8. 引用文献 (6)

▶

晶胞边长 a length_a	49.540 Å
晶胞边长 b length_b	60.020 Å
晶胞边长 c length_c	83.690 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.100 Å
最低分辨率 resolution_low	8.000 Å
R 因子 r_factor	0.1930
R_work r_work	0.1900
R_free r_free	0.2420

描述 description	Ribonuclease, seminal
分子量 formula_weight	13632.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.27.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	2047

X-ray structure of the complex of Bovine seminal ribonuclease swapping dimer with d(CpA)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonuclease, seminal

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (6)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

描述 description	2'-DEOXYCYTIDINE-2'-DEOXYADENOSINE-3',5'-MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	540.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	91

fit	/app/data/saxs_computation/r5/1r5c/1r5c.fit
pddf	/app/data/pr_computation/r5/1r5c/1r5c.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/r5/1r5c/1r5c.dat