1r9n

Crystal Structure of human dipeptidyl peptidase IV in complex with a decapeptide (tNPY) at 2.3 Ang. Resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 180.9 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Dipeptidyl peptidase IV

Homo sapiens

UniProt P27487

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 39–766 链 B; UniProt 39–766 未记录 Neuropeptide Y × 2 (Q9XSW6) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.25;298 K;PEG 2000, Bicine, pH 8.25, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 2.30 Å R-free 0.251
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 39–766 链 D; UniProt 39–766 未记录 Neuropeptide Y × 2 (Q9XSW6) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.25;298 K;PEG 2000, Bicine, pH 8.25, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 2.30 Å R-free 0.251
3 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 39–766 链 D; UniProt 39–766 未记录 Neuropeptide Y × 2 (Q9XSW6) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.25;298 K;PEG 2000, Bicine, pH 8.25, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 2.30 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 113 个其他 PDB 条目、167 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DPP4_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 12–739; UniProt 39–766 作者链 B; PDB构建体 12–739; UniProt 39–766 作者链 C; PDB构建体 12–739; UniProt 39–766 作者链 D; PDB构建体 12–739; UniProt 39–766

Neuropeptide Y

物种未注明

UniProt Q9XSW6

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 29–38 链 F; UniProt 29–38 未记录 Dipeptidyl peptidase IV × 2 (P27487) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 11 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.25;298 K;PEG 2000, Bicine, pH 8.25, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 2.30 Å R-free 0.251
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 29–38 链 H; UniProt 29–38 未记录 Dipeptidyl peptidase IV × 2 (P27487) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.25;298 K;PEG 2000, Bicine, pH 8.25, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 2.30 Å R-free 0.251
3 其他组合 异源复合物 蛋白 × 4 其他聚合物 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 G; UniProt 29–38 链 H; UniProt 29–38 未记录 Dipeptidyl peptidase IV × 2 (P27487) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 8.25;298 K;PEG 2000, Bicine, pH 8.25, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K 分辨率 2.30 Å R-free 0.251

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NPY_MACMU
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–10; UniProt 29–38 作者链 F; PDB构建体 1–10; UniProt 29–38 作者链 G; PDB构建体 1–10; UniProt 29–38 作者链 H; PDB构建体 1–10; UniProt 29–38

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1r9n

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1r9n
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1r9n
沉积日期 deposition_date2003-10-30
结构标题 titleCrystal Structure of human dipeptidyl peptidase IV in complex with a decapeptide (tNPY) at 2.3 Ang. Resolution
关键词 keywordsalpha/beta Hydrolase, Eight-bladed beta propeller, Serine Protease, hydrolase; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier52.78
回转半径 Rg (电子) rg_electron52.47
零角强度 I(0) i01664460000.00
分子量 molecular_weight344940.0 kDa
排除体积 excluded_volume431870 ų
包络体积 envelope_volume612680 ų
水化壳体积 shell_volume95934 ų
包络直径 envelope_diameter180.7
壳层 Rg shell_rg57.51
包络 Rg envelope_rg50.77
形状 Rg shape_rg52.47
总 Rg total_rg52.65
总原子数 total_atoms24378
残基数 n_residues2932
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax180.9
Rg (实空间) rg_real52.70
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.39
I(0) (实空间) i0_real1.6640e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.4910e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal52.82
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1665000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8756
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary72.4
偏度 Skewness skewness0.229
峰度 Kurtosis kurtosis-0.466
角度范围 angular_range— – 0.1500 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha406700000.0000
实空间数据点数 n_real_points31
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.831; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.890

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_idd1r9na1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.70 — 8-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.70.3 — DPP6 N-terminal domain-like
家族 Family familyb.70.3.1 — DPP6 N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd1r9na2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family familyc.69.1.24 — DPP6 catalytic domain-like
结构域编号 domain_idd1r9nb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.70 — 8-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.70.3 — DPP6 N-terminal domain-like
家族 Family familyb.70.3.1 — DPP6 N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd1r9nb2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family familyc.69.1.24 — DPP6 catalytic domain-like
结构域编号 domain_idd1r9nb3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1r9nc1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.70 — 8-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.70.3 — DPP6 N-terminal domain-like
家族 Family familyb.70.3.1 — DPP6 N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd1r9nc2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family familyc.69.1.24 — DPP6 catalytic domain-like
结构域编号 domain_idd1r9nd1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.70 — 8-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamilyb.70.3 — DPP6 N-terminal domain-like
家族 Family familyb.70.3.1 — DPP6 N-terminal domain-like
结构域编号 domain_idd1r9nd2
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family familyc.69.1.24 — DPP6 catalytic domain-like

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id1r9nA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain
结构域编号 domain_id1r9nA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain
结构域编号 domain_id1r9nB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain
结构域编号 domain_id1r9nB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain
结构域编号 domain_id1r9nC01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain
结构域编号 domain_id1r9nC02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain
结构域编号 domain_id1r9nD01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture140 — 8 Propeller
拓扑 Topology topology10 — Methanol Dehydrogenase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Dipeptidylpeptidase IV, N-terminal domain
结构域编号 domain_id1r9nD02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)