1rdq

Hydrolysis of ATP in the crystal of Y204A mutant of cAMP-dependent protein kinase

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 65.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

cAMP-dependent protein kinase, alpha-catalytic subunit

Mus musculus

UniProt P05132

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 1–350 突变:Y204A 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) cAMP-dependent protein kinase inhibitor, alpha form × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 8;277 K;MPD, Bicine, ammonium acetate, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K 分辨率 1.26 Å R-free 0.162

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 84 个其他 PDB 条目、99 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KAPCA_MOUSE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 E; PDB构建体 1–350; UniProt 1–350

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1rdq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1rdq
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1rdq
沉积日期 deposition_date2003-11-05
结构标题 titleHydrolysis of ATP in the crystal of Y204A mutant of cAMP-dependent protein kinase
关键词 keywords;cAMP-dependent protein kinase, catalytic mechanism, ATP hydrolysis, two nucleotide states, TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR COMPLEX ;; TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.05
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.87
零角强度 I(0) i028788600.00
分子量 molecular_weight41651.0 kDa
排除体积 excluded_volume52257 ų
包络体积 envelope_volume59027 ų
水化壳体积 shell_volume24012 ų
包络直径 envelope_diameter69.4
壳层 Rg shell_rg27.13
包络 Rg envelope_rg20.20
形状 Rg shape_rg19.85
总 Rg total_rg20.84
总原子数 total_atoms2939
残基数 n_residues360
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax65.1
Rg (实空间) rg_real20.92
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.33
I(0) (实空间) i0_real2.8790e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.8730e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal20.95
I(0) (倒空间) i0_reciprocal28790000.0000
解质量估计 total_estimate0.8189
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.4
偏度 Skewness skewness0.189
峰度 Kurtosis kurtosis-0.357
角度范围 angular_range— – 0.3800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7511000.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.888; Stabil: 0.997; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1rdqe_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family familyd.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1rdqE01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1
结构域编号 domain_id1rdqE02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

8. 引用文献 (4)

9. 文件与曲线 (10)