SAXSdb — 1rmh

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYCLOPHILIN A

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–164 链 B； UniProt 1–164	未记录	AAPF PEPTIDE SUBSTRATE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 2.40 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1RMH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CWA X-RAY STRUCTURE OF A MONOMERIC CYCLOPHILIN A-CYCLOSPORIN A CRYSTAL COMPLEX AT 2.1 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–164（164 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1CWB THE X-RAY STRUCTURE OF (MEBM2T)1-CYCLOSPORIN COMPLEXED WITH CYCLOPHILIN A PROVIDES AN EXPLANATION FOR ITS ANOMALOUSLY HIGH IMMUNOSUPPRESSIVE ACTIVITY 提交 1995-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–164（164 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1CWC IMPROVED BINDING AFFINITY FOR CYCLOPHILIN A BY A CYCLOSPORIN DERIVATIVE SINGLY MODIFIED AT ITS EFFECTOR DOMAIN 提交 1995-09-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–164（164 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.86 Å
1CWJ HUMAN CYCLOPHILIN A COMPLEXED WITH 2-VAL 3-S-METHYL-SARCOSINE CYCLOSPORIN 提交 1998-05-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–164（164 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；PH 8.0	分辨率 1.80 Å
1CWK HUMAN CYCLOPHILIN A COMPLEXED WITH 1-(6,7-DIHYDRO)MEBMT 2-VAL 3-D-(2-S-METHYL)SARCOSINE CYCLOSPORIN 提交 1998-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–164（164 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；PH 8.0	分辨率 1.80 Å
1CWL HUMAN CYCLOPHILIN A COMPLEXED WITH 4 4-HYDROXY-MELEU CYCLOSPORIN 提交 1998-05-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–164（164 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；PH 8.0	分辨率 1.80 Å
1MIK THE ROLE OF WATER MOLECULES IN THE STRUCTURE-BASED DESIGN OF (5-HYDROXYNORVALINE)-2-CYCLOSPORIN: SYNTHESIS, BIOLOGICAL ACTIVITY, AND CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS WITH CYCLOPHILIN A 提交 1995-09-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–164（164 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.76 Å
1VBS STRUCTURE OF CYCLOPHILIN COMPLEXED WITH (D)ALA CONTAINING TETRAPEPTIDE 提交 1998-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–164（164 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.2；pH 8.2	分辨率 2.00 Å R-free 0.247
1VBT Structure of cyclophilin complexed with sulfur-substituted tetrapeptide AAPF 提交 1998-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–164（164 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.2；pH 8.2	分辨率 2.30 Å R-free 0.246
1VBT Structure of cyclophilin complexed with sulfur-substituted tetrapeptide AAPF 提交 1998-06-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–164（164 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.2；pH 8.2	分辨率 2.30 Å R-free 0.246
2CYH CYCLOPHILIN A COMPLEXED WITH DIPEPTIDE ALA-PRO 提交 1996-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–164（164 aa）	未记录	ALA ALANINE × 1 PRO PROLINE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.64 Å
3CYH CYCLOPHILIN A COMPLEXED WITH DIPEPTIDE SER-PRO 提交 1996-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–164（164 aa）	未记录	SER SERINE × 1 PRO PROLINE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
3CYS DETERMINATION OF THE NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE CYCLOPHILIN A-CYCLOSPORIN A COMPLEX 提交 1994-02-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–164（164 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
4CYH CYCLOPHILIN A COMPLEXED WITH DIPEPTIDE HIS-PRO 提交 1996-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–164（164 aa）	未记录	HIS HISTIDINE × 1 PRO PROLINE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
5CYH CYCLOPHILIN A COMPLEXED WITH DIPEPTIDE GLY-PRO 提交 1996-02-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–164（164 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 1 PRO PROLINE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å

共 14 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYPH_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–164； UniProt 1–164 作者链 B； PDB构建体 1–164； UniProt 1–164

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1rmh
沉积日期 deposition_date	1995-07-31
结构标题 title	RECOMBINANT CYCLOPHILIN A FROM HUMAN T CELL
关键词 keywords	COMPLEX (ISOMERASE-SUBSTRATE), ISOMERASE- ISOMERASE SUBSTRATE COMPLEX; ISOMERASE/ ISOMERASE SUBSTRATE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.76 Å
零角强度 I(0) i0	23857100.00
分子量 molecular_weight	37016.0 kDa
排除体积 excluded_volume	46149 Å³
包络体积 envelope_volume	52876 Å³
水化壳体积 shell_volume	20147 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.6 Å
壳层 Rg shell_rg	28.63 Å
包络 Rg envelope_rg	22.76 Å
形状 Rg shape_rg	22.74 Å
总 Rg total_rg	23.55 Å
总原子数 total_atoms	3186
残基数 n_residues	336
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	74.0 Å
Rg (实空间) rg_real	23.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3860e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.1740e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	23860000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8710
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	22.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.407
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.567
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	9455000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.819; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.932; Smooth: 0.931

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CYCLOPHILIN A
分子量 formula_weight	17905.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	3300

VNPTVFFDIAVDGEPLGRVSFELFADKVPKTAENFRALSTGEKGFGYKGSCFHRIIPGFMCQGGDFTRHNGTGGKSIYGEKFEDENFILKHTGPGILSMANAGPNTNGSQFFICTAKTEWLDGKHVVFGKVKEGMNIVEAMERFGSRNGKTSKKITIADCGQLE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	AAPF PEPTIDE SUBSTRATE
分子量 formula_weight	624.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

XAAPFX

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	38

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1rmha_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.62 — Cyclophilin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.62.1 — Cyclophilin-like
家族 Family family	b.62.1.1 — Cyclophilin (peptidylprolyl isomerase)

结构域编号 domain_id	d1rmhb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.62 — Cyclophilin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.62.1 — Cyclophilin-like
家族 Family family	b.62.1.1 — Cyclophilin (peptidylprolyl isomerase)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1rmhA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	100 — Cyclophilin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclophilin-like

结构域编号 domain_id	1rmhB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	100 — Cyclophilin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclophilin-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	37.800 Å
晶胞边长 b length_b	109.200 Å
晶胞边长 c length_c	118.700 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.400 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	0.1890
R_work r_work	0.1890
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/rm/1rmh/1rmh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rm/1rmh/1rmh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rm/1rmh/1rmh.dat

RECOMBINANT CYCLOPHILIN A FROM HUMAN T CELL

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYCLOPHILIN A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)