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1rsy

STRUCTURE OF THE FIRST C2-DOMAIN OF SYNAPTOTAGMIN I: A NOVEL CA2+(SLASH)PHOSPHOLIPID BINDING FOLD

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 59.2 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SYNAPTOTAGMIN I

Rattus norvegicus

UniProt P21707

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 132–266 未记录 SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 1.90 Å R-free 0.249

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1RSY Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1BYN SOLUTION STRUCTURE OF THE CALCIUM-BOUND FIRST C2-DOMAIN OF SYNAPTOTAGMIN I 提交 1998-10-18 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 140–267（128 aa） 片段：C2A-DOMAIN
未记录 CA CALCIUM ION × 3 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5；307 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM NACL
分辨率未提供
1K5W THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF THE SYNAPTOTAGMIN 1 C2B-DOMAIN: SYNAPTOTAGMIN 1 AS A PHOSPHOLIPID BINDING MACHINE 提交 2001-10-12 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 270–421（152 aa） 片段：Residues 270-421, C2B-Domain
未记录 CA CALCIUM ION × 2 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.3；303 K；离子强度（mmCIF原始值）150mM NaCl；压力 1
NMR样品组成 0.0013M 15N, 13C C2B-Domain | 50mM Mes 2mM DTT 20mM CaCl2 5%D2O
NMR样品组成 1.3mM 15N, C2B-Domain | 50mM Mes 2mM DTT 20mM CaCl2 5%D2O
NMR样品组成 0.4mM 15N, C2B-Domain | 50mM Mes 2mM DTT 0.5mM EDTA 5%D2O
NMR样品组成 1mM 10% 13C, C2B-Domain | 50mM Mes 2mM DTT 20mM CaCl2 5%D2O
分辨率未提供
1TJM Crystallographic Identification of Sr2+ Coordination Site in Synaptotagmin I C2B Domain 提交 2004-06-06 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 271–421（151 aa） 片段：C2B domain
未记录 SR STRONTIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；277 K；ammonium sulfate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.18 Å R-free 0.174
1TJX Crystallographic Identification of Ca2+ Coordination Sites in Synaptotagmin I C2B Domain 提交 2004-06-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 296–446（151 aa） 片段：C2B domain, residues 296-446
未记录 CA CALCIUM ION × 2 ACT ACETATE ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5；277 K；ammonium sulfate , pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K, pH 5.00
分辨率 1.04 Å R-free 0.184
1UOV Calcium binding domain C2B 提交 2003-09-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 271–421（151 aa） 片段：C2B DOMAIN, RESIDUES 271-421
未记录 CA CALCIUM ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5；pH 5.00
分辨率 1.65 Å R-free 0.196
1UOW Calcium binding domain C2B 提交 2003-09-24 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 271–421（151 aa） 片段：C2B DOMAIN, RESIDUES 271-421
未记录 CA CALCIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5；pH 5.00
分辨率 1.04 Å R-free 0.184
2YOA Synaptotagmin-1 C2B domain with phosphoserine 提交 2012-10-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 271–421（151 aa） 片段：C2B DOMAIN, RESIDUES 271-421
未记录 CA CALCIUM ION × 4 SEP PHOSPHOSERINE × 1 SCN THIOCYANATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.2 M KSCN, 20 % PEG 600
分辨率 1.50 Å R-free 0.204
2YOA Synaptotagmin-1 C2B domain with phosphoserine 提交 2012-10-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 271–421（151 aa） 片段：C2B DOMAIN, RESIDUES 271-421
未记录 CA CALCIUM ION × 3 SEP PHOSPHOSERINE × 1 SCN THIOCYANATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 0.2 M KSCN, 20 % PEG 600
分辨率 1.50 Å R-free 0.204
4WEE High-resolution structure of Synaptotagmin 1 C2A 提交 2014-09-09 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 140–266（127 aa） 片段：UNP residues 140-266
未记录 NA SODIUM ION × 7 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.6；298 K；1.5M ammonium sulfate, 1% PEG400
分辨率 0.89 Å R-free 0.164
5CCG Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (long unit cell form) 提交 2015-07-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 E 141–421（281 aa） 片段：UNP residues 141-421
链 F 141–421（281 aa） 片段：UNP residues 141-421
未记录 CA CALCIUM ION × 18 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2
分辨率 3.50 Å R-free 0.352
5CCG Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (long unit cell form) 提交 2015-07-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 K 141–421（281 aa） 片段：UNP residues 141-421
未记录 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2
分辨率 3.50 Å R-free 0.352
5CCH Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (short unit cell form) 提交 2015-07-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 E 141–421（281 aa） 片段：UNP residues 141-421
链 F 141–421（281 aa） 片段：UNP residues 141-421
未记录 CA CALCIUM ION × 11 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2
分辨率 3.60 Å R-free 0.289
5CCI Structure of the Mg2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (short unit cell form) 提交 2015-07-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 E 141–421（281 aa） 片段：UNP residues 141-421
链 F 141–421（281 aa） 片段：UNP residues 141-421
未记录 MG MAGNESIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.75% v/v PEG3350, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2
分辨率 4.10 Å R-free 0.323
5CCJ Crystal structure of the quintuple mutant of the synaptotagmin-1 C2B domain 提交 2015-07-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 271–421（151 aa） 片段：UNP residues 271-421
突变：R281A, E295A, Y338W, R398A, R399A GOL GLYCEROL × 6 SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.5 M Ammioum sulfate, 100 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl
分辨率 1.65 Å R-free 0.178
5CCJ Crystal structure of the quintuple mutant of the synaptotagmin-1 C2B domain 提交 2015-07-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 271–421（151 aa） 片段：UNP residues 271-421
突变：R281A, E295A, Y338W, R398A, R399A GOL GLYCEROL × 7 SO4 SULFATE ION × 8 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.5 M Ammioum sulfate, 100 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl
分辨率 1.65 Å R-free 0.178
5CCJ Crystal structure of the quintuple mutant of the synaptotagmin-1 C2B domain 提交 2015-07-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 271–421（151 aa） 片段：UNP residues 271-421
突变：R281A, E295A, Y338W, R398A, R399A GOL GLYCEROL × 6 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.5 M Ammioum sulfate, 100 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl
分辨率 1.65 Å R-free 0.178
5CCJ Crystal structure of the quintuple mutant of the synaptotagmin-1 C2B domain 提交 2015-07-02 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 271–421（151 aa） 片段：UNP residues 271-421
突变：R281A, E295A, Y338W, R398A, R399A GOL GLYCEROL × 8 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.5 M Ammioum sulfate, 100 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl
分辨率 1.65 Å R-free 0.178
5CCJ Crystal structure of the quintuple mutant of the synaptotagmin-1 C2B domain 提交 2015-07-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 271–421（151 aa） 片段：UNP residues 271-421
链 B 271–421（151 aa） 片段：UNP residues 271-421
链 C 271–421（151 aa） 片段：UNP residues 271-421
链 D 271–421（151 aa） 片段：UNP residues 271-421
突变：R281A, E295A, Y338W, R398A, R399A 突变：R281A, E295A, Y338W, R398A, R399A 突变：R281A, E295A, Y338W, R398A, R399A 突变：R281A, E295A, Y338W, R398A, R399A GOL GLYCEROL × 27 SO4 SULFATE ION × 22 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；1.5 M Ammioum sulfate, 100 mM Tris-HCl, 150 mM NaCl
分辨率 1.65 Å R-free 0.178
5KJ7 Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (long unit cell form) - from XFEL diffraction 提交 2016-06-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 141–419（279 aa） 片段：UNP residues 141-419
未记录 CA CALCIUM ION × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2
分辨率 3.50 Å R-free 0.329
5KJ7 Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (long unit cell form) - from XFEL diffraction 提交 2016-06-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 F 141–419（279 aa） 片段：UNP residues 141-419
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2
分辨率 3.50 Å R-free 0.329
5KJ7 Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (long unit cell form) - from XFEL diffraction 提交 2016-06-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 K 141–419（279 aa） 片段：UNP residues 141-419
未记录 CA CALCIUM ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2
分辨率 3.50 Å R-free 0.329
5KJ8 Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (long unit cell form) - from synchrotron diffraction 提交 2016-06-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 E 141–419（279 aa） 片段：UNP residues 141-419
未记录 CA CALCIUM ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2
分辨率 4.10 Å R-free 0.297
5KJ8 Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (long unit cell form) - from synchrotron diffraction 提交 2016-06-17 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 F 141–419（279 aa） 片段：UNP residues 141-419
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2
分辨率 4.10 Å R-free 0.297
5KJ8 Structure of the Ca2+-bound synaptotagmin-1 SNARE complex (long unit cell form) - from synchrotron diffraction 提交 2016-06-17 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric
链 K 141–419（279 aa） 片段：UNP residues 141-419
未记录 CA CALCIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；0.25% v/v PEG8000, 25 mM HEPES-Na, 75 mM NaCl, 25 mM MgCl2, 0.25 mM CaCl2
分辨率 4.10 Å R-free 0.297
5W5C Crystal structure of the primed SNARE-Complexin-Synaptotagmin-1 C2AB complex 提交 2017-06-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 F 140–421（282 aa） 片段：UNP residues 140-421
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；293 K；100 mM HEPES, pH7.4, 15-20% PEG3350, 200 mM ammonium formate
分辨率 1.85 Å R-free 0.232
5W5D Crystal structure of the primed SNARE-Complexin-Synaptotagmin-1 C2B complex 提交 2017-06-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric
链 F 270–421（152 aa） 片段：UNP residues 270-421
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；293 K；100 mM HEPES, pH7.0, 15-17% PEG3350, 240 mM sodium malonate
分辨率 2.50 Å R-free 0.231
6CXW Synaptotagmin 1 C2A beta4 chimera with enhanced PIP2 binding function 提交 2018-04-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 140–182（43 aa）
链 A 201–265（65 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 8.5；300 K；50% PEG-4000, 0.4 mM Sodium acetate, 100 mM Tris
分辨率 1.83 Å R-free 0.211
6MTI Synaptotagmin-1 C2A, C2B domains and SNARE-pin proteins (5CCI) individually docked into Cryo-EM map of C2AB-SNARE complexes helically organized on lipid nanotube surface in presence of Mg2+ 提交 2018-10-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：30-meric
链 1 141–267（127 aa） 片段：C2A domain, residues 141-267
链 2 141–421（281 aa） 片段：C2A and C2B domains, residues 141-421
链 3 141–421（281 aa） 片段：C2A and C2B domains, residues 141-421
链 4 141–421（281 aa） 片段：C2A and C2B domains, residues 141-421
链 5 141–421（281 aa） 片段：C2A and C2B domains, residues 141-421
链 6 141–267（127 aa） 片段：C2A domain, residues 141-267
未记录 MG MAGNESIUM ION × 10 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 10.40 Å
8C5H NbSyt1 anti-(rat Synaptotagmin-1) nanobody bound to target cytosolic domain of Synaptotagmin-1 提交 2023-01-09 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 S 142–265（124 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.15 M Di-Malic acid pH 7.0, 20% PEG 3350
分辨率 1.68 Å R-free 0.222

共 19 个其他 PDB 条目、29 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SYT1_RAT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 18–152； UniProt 132–266

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1rsy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1rsy
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1rsy
沉积日期 deposition_date1995-02-01
结构标题 titleSTRUCTURE OF THE FIRST C2-DOMAIN OF SYNAPTOTAGMIN I: A NOVEL CA2+(SLASH)PHOSPHOLIPID BINDING FOLD
关键词 keywordsCALCIUM/PHOSPHOLIPID BINDING PROTEIN, CALCIUM-PHOSPHOLIPID BINDING PROTEIN complex; CALCIUM/PHOSPHOLIPID BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron15.86 Å
零角强度 I(0) i04293910.00
分子量 molecular_weight15176.0 kDa
排除体积 excluded_volume19111 ų
包络体积 envelope_volume22105 ų
水化壳体积 shell_volume12466 ų
包络直径 envelope_diameter59.3 Å
壳层 Rg shell_rg21.05 Å
包络 Rg envelope_rg16.36 Å
形状 Rg shape_rg15.81 Å
总 Rg total_rg17.00 Å
总原子数 total_atoms1071
残基数 n_residues135
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax59.2 Å
Rg (实空间) rg_real17.17 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real4.2940e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.6930e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.17 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal4294000.0000
解质量估计 total_estimate0.8686
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary18.7 Å
偏度 Skewness skewness0.332
峰度 Kurtosis kurtosis-0.323
角度范围 angular_range— – 0.4650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha785900.0000
实空间数据点数 n_real_points77
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.784; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.953; Smooth: 0.984
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1rsya1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.7 — C2 domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.7.1 — C2 domain (Calcium/lipid-binding domain, CaLB)
家族 Family familyb.7.1.2 — Synaptotagmin-like (S variant)
结构域编号 domain_idd1rsya2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1rsyA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — C2 domain
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8. 引用文献 (2)

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9. 文件与曲线 (10)