1s5b

Cholera holotoxin with an A-subunit Y30S mutation Form 3

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 84.6 Å Quality: EXCELLENT

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cholera enterotoxin, A chain precursor

Vibrio cholerae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 19–258	突变：Y30S	cholera toxin B protein (CTB) × 5 （P01556） NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；PEG 2000mme, MES, kemptide, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.13 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1S5B	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1S5C Cholera holotoxin with an A-subunit Y30S mutation, Crystal form 1 提交 2004-01-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 19–258（240 aa）	突变：Y30S	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；PEG 2000mme, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.262
1S5D Cholera holotoxin with an A-subunit Y30S mutation, Crystal form 2 提交 2004-01-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 19–258（240 aa）	突变：Y30S	NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 5 GAL beta-D-galactopyranose × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；PEG 3350, sodium citrate, galactose, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.191
1S5E Cholera holotoxin, Crystal form 1 提交 2004-01-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 19–258（240 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 GAL beta-D-galactopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；PEG 3350, magnesium acetate, galactose, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.205
1S5E Cholera holotoxin, Crystal form 1 提交 2004-01-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 19–258（240 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 GAL beta-D-galactopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；PEG 3350, magnesium acetate, galactose, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.205
1S5F Cholera holotoxin, Crystal form 2 提交 2004-01-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 19–258（240 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 GAL beta-D-galactopyranose × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；PEG 3350, lithium citrate, galactose, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
1S5F Cholera holotoxin, Crystal form 2 提交 2004-01-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 19–258（240 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 GAL beta-D-galactopyranose × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；PEG 3350, lithium citrate, galactose, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
1XTC CHOLERA TOXIN 提交 1996-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 A 19–212（194 aa）链 C 213–258（46 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
2A5D Structural basis for the activation of cholera toxin by human ARF6-GTP 提交 2005-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 19–210（192 aa）片段：A1 subunit	突变：E110D, E112D, C187S	MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；PEG2000mme, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.80 Å R-free 0.199
2A5F Cholera toxin A1 subunit bound to its substrate, NAD+, and its human protein activator, ARF6 提交 2005-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 19–210（192 aa）片段：Cholera toxin A1 subunit	突变：E110D, E112D, C187S	MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 1 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 1 GOL GLYCEROL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；PEG2000mme, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.02 Å R-free 0.231
2A5G Cholera toxin A1 subunit bound to ARF6(Q67L) 提交 2005-06-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 19–210（192 aa）片段：Cholera toxin A1 subunit	突变：E110D, E112D, C187S	MG MAGNESIUM ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；PEG 2000mme, cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 2.66 Å R-free 0.265
8OXS Cholera holotoxin variant (chimera with E. coli heat-labile enterotoxin, 4 C-terminal substitutions) 提交 2023-05-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 19–258（240 aa）	突变：D229E, I230V, T232I, H233Y	NA SODIUM ION × 1 GAL beta-D-galactopyranose × 6 GLA alpha-D-galactopyranose × 4 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；Crystallization mix: 20% w/v PEG 6K 0.1 M HEPES pH 7.0 0.2 M NH4Cl Protein storage buffer: 0.05 M Tris/HCl pH 7.5 0.2 M NaCl 0.05 M D-(+)-galactose	分辨率 1.60 Å R-free 0.224
8OXS Cholera holotoxin variant (chimera with E. coli heat-labile enterotoxin, 4 C-terminal substitutions) 提交 2023-05-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 19–258（240 aa）	突变：D229E, I230V, T232I, H233Y	NA SODIUM ION × 1 GAL beta-D-galactopyranose × 4 GLA alpha-D-galactopyranose × 3 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；Crystallization mix: 20% w/v PEG 6K 0.1 M HEPES pH 7.0 0.2 M NH4Cl Protein storage buffer: 0.05 M Tris/HCl pH 7.5 0.2 M NaCl 0.05 M D-(+)-galactose	分辨率 1.60 Å R-free 0.224
8Q6I Cholera holotoxin variant (chimera with E. coli heat-labile enterotoxin, 1 C-terminal substitution) 提交 2023-08-11	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 19–258（240 aa）	突变：D229E 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 11 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；Crystallization mix: 20% PEG6000 0.2 M lithium chloride 0.1 M Tris pH 8.0 Protein storage buffer: 0.05 M Tris/HCl pH 7.5 0.2 M NaCl	分辨率 1.60 Å R-free 0.222
8QRE Cholera holotoxin (wildtype) 提交 2023-10-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 19–258（240 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 GAL beta-D-galactopyranose × 6 GOL GLYCEROL × 7 ACT ACETATE ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293.15 K；Crystallization mix: 0.125 M Magnesium acetate 24% PEG 3350 300 mM galactose (in protein storage buffer) Protein storage buffer: 50 mM Tris pH 7.4 200 mM NaCl 1 mM EDTA 3 mM sodium azide	分辨率 2.30 Å R-free 0.263
8QRE Cholera holotoxin (wildtype) 提交 2023-10-06	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 19–258（240 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 GAL beta-D-galactopyranose × 4 GOL GLYCEROL × 7 ACT ACETATE ION × 1 GLA alpha-D-galactopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293.15 K；Crystallization mix: 0.125 M Magnesium acetate 24% PEG 3350 300 mM galactose (in protein storage buffer) Protein storage buffer: 50 mM Tris pH 7.4 200 mM NaCl 1 mM EDTA 3 mM sodium azide	分辨率 2.30 Å R-free 0.263

共 11 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CHTA_VIBCH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–240； UniProt 19–258

cholera toxin B protein (CTB)

Vibrio cholerae

UniProt P01556

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 22–124 链 E； UniProt 22–124 链 F； UniProt 22–124 链 G； UniProt 22–124 链 H； UniProt 22–124	未记录	Cholera enterotoxin, A chain precursor × 1 （P01555） NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；PEG 2000mme, MES, kemptide, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.13 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 1S5B	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CHP SURPRISING LEADS FOR A CHOLERA TOXIN RECEPTOR BINDING ANTAGONIST; CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF CTB MUTANTS 提交 1995-02-15	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	突变：G33D 突变：G33D 突变：G33D 突变：G33D 突变：G33D	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.00 Å
1CHQ SURPRISING LEADS FOR A CHOLERA TOXIN RECEPTOR BINDING ANTAGONIST; CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF CTB MUTANTS 提交 1995-02-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 29–131（103 aa）链 E 29–131（103 aa）链 F 29–131（103 aa）链 G 29–131（103 aa）链 H 29–131（103 aa）	突变：R35D 突变：R35D 突变：R35D 突变：R35D 突变：R35D	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.4；pH 6.4	分辨率 2.10 Å
1CT1 CHOLERA TOXIN B-PENTAMER MUTANT G33R BOUND TO RECEPTOR PENTASACCHARIDE 提交 1997-06-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 22–124（103 aa）片段：B-PENTAMER 链 E 22–124（103 aa）片段：B-PENTAMER 链 F 22–124（103 aa）片段：B-PENTAMER 链 G 22–124（103 aa）片段：B-PENTAMER 链 H 22–124（103 aa）片段：B-PENTAMER	突变：G33R 突变：G33R 突变：G33R 突变：G33R 突变：G33R	CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 PROTEIN, 20 MM TRIS, 1 MM GM1-OS, PH 7.5 200 MM MGCL2, 100 MM CACODYLATE, 19% PEG 1000, 0.2% AGAROSE, PH 7.2	分辨率 2.30 Å R-free 0.250
1FGB TOXIN 提交 1996-02-21	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
1G8Z HIS57ALA MUTANT OF CHOLERA TOXIN B-PENATMER 提交 2000-11-21	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	突变：H57A 突变：H57A 突变：H57A 突变：H57A 突变：H57A	GAL beta-D-galactopyranose × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；298 K；PEG 5000, NaCl, Tris HCl, galactose, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.239
1JR0 CHOLERA TOXIN B-PENTAMER WITH LIGAND BMSC-0011 提交 2001-08-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	A24 (3-NITRO-5-(2-MORPHOLIN-4-YL-ETHYLAMINOCARBONYL)PHENYL)-GALACTOPYRANOSIDE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；PEG 3000, NaCl, MgCl2, Tris HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.30 Å R-free 0.183
1JR0 CHOLERA TOXIN B-PENTAMER WITH LIGAND BMSC-0011 提交 2001-08-09	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 10 PDB 声明：decameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	A24 (3-NITRO-5-(2-MORPHOLIN-4-YL-ETHYLAMINOCARBONYL)PHENYL)-GALACTOPYRANOSIDE × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；PEG 3000, NaCl, MgCl2, Tris HCl, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP	分辨率 1.30 Å R-free 0.183
1RCV Cholera Toxin B-Pentamer Complexed With Bivalent Nitrophenol-Galactoside Ligand BV1 提交 2003-11-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	BV1 [3-(4-{3-[3-NITRO-5-(GALACTOPYRANOSYLOXY)-BENZOYLAMINO]-PROPYL}-PIPERAZIN-1-YL)-PROPYLAMINO] -2-(3-{4-[3-(3-NITRO-5-[GALACTOPYRANOSYLOXY]-BENZOYLAMINO)-PROPYL]-PIPERAZIN-1-YL} -PROPYL-AMINO)-3,4-DIOXO-CYCLOBUTENE × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；30% PEG 300, 50 mM NaCl, 100 mM Tris-HCl, and 2.3mM BV1, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.60 Å R-free 0.193
1RD9 Cholera Toxin B-Pentamer Complexed With Bivalent Nitrophenol-Galactoside Ligand BV2 提交 2003-11-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	BV2 1,3-BIS-([3-(4-{3-[3-NITRO-5-(GALACTOPYRANOSYLOXY)-BENZOYLAMINO]-PROPYL}-PIPERAZIN-1-YL)-PROPYL-AMINO]-CARBONYLOXY)-2-AMINO-PROPANE × 5 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 P6G HEXAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；38% PEG 300, 50 mM NaCl, 100 mM Tris-HCl, and 2.3mM BV2, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.44 Å R-free 0.184
1RDP Cholera Toxin B-Pentamer Complexed With Bivalent Nitrophenol-Galactoside Ligand BV3 提交 2003-11-05	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	BV3 1,3-BIS-([[3-(4-{3-[3-NITRO-5-(GALACTOPYRANOSYLOXY)-BENZOYLAMINO]-PROPYL}-PIPERAZIN-1-YL)-PROPYLAMINO-3,4-DIOXO-CYCLOBU TENYL]-AMINO-ETHYL]-AMINO-CARBONYLOXY)-2-AMINO-PROPANE × 5 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；12% PEG 8000, 50 mM NaCl, 100 mM Tris-HCl, 20mM MgCl2, and 2.3mM BV3, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.35 Å R-free 0.171
1RF2 Cholera Toxin B-Pentamer Complexed With Bivalent Nitrophenol-Galactoside Ligand BV4 提交 2003-11-07	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	BV4 1,3-BIS-([3-[3-[3-(4-{3-[3-NITRO-5-(GALACTOPYRANOSYLOXY)-BENZOYLAMINO]-PROPYL}-PIPERAZIN-1-YL)-PROPYLAMINO-3,4-DIOXO-CYCLOBUTENYL]-AMINO-PROPOXY-ETHOXY-ETHOXY]-PROPYL-]AMINO-CARBONYLOXY)-2-AMINO-PROPANE × 5 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；298 K；16% PEG 8000, 50 mM NaCl, 100 mM Tris-HCl, 20mM MgCl2, and 2.3mM BV4, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K	分辨率 1.35 Å R-free 0.174
1S5C Cholera holotoxin with an A-subunit Y30S mutation, Crystal form 1 提交 2004-01-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；PEG 2000mme, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.262
1S5D Cholera holotoxin with an A-subunit Y30S mutation, Crystal form 2 提交 2004-01-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 GOL GLYCEROL × 5 GAL beta-D-galactopyranose × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；PEG 3350, sodium citrate, galactose, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.75 Å R-free 0.191
1S5E Cholera holotoxin, Crystal form 1 提交 2004-01-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 GAL beta-D-galactopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；PEG 3350, magnesium acetate, galactose, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.205
1S5E Cholera holotoxin, Crystal form 1 提交 2004-01-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 J 22–124（103 aa）链 K 22–124（103 aa）链 L 22–124（103 aa）链 M 22–124（103 aa）链 N 22–124（103 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 GAL beta-D-galactopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；PEG 3350, magnesium acetate, galactose, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 1.90 Å R-free 0.205
1S5F Cholera holotoxin, Crystal form 2 提交 2004-01-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 GAL beta-D-galactopyranose × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；PEG 3350, lithium citrate, galactose, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
1S5F Cholera holotoxin, Crystal form 2 提交 2004-01-20	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 GAL beta-D-galactopyranose × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；298 K；PEG 3350, lithium citrate, galactose, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.260
1XTC CHOLERA TOXIN 提交 1996-01-10	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
2CHB CHOLERA TOXIN B-PENTAMER COMPLEXED WITH GM1 PENTASACCHARIDE 提交 1997-06-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 22–124（103 aa）片段：B-PENTAMER 链 E 22–124（103 aa）片段：B-PENTAMER 链 F 22–124（103 aa）片段：B-PENTAMER 链 G 22–124（103 aa）片段：B-PENTAMER 链 H 22–124（103 aa）片段：B-PENTAMER	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；200 MM MGCL2 100 MM CACODYLATE 5% PEG 1000 PH 7.5	分辨率 2.00 Å
3CHB CHOLERA TOXIN B-PENTAMER COMPLEXED WITH GM1 PENTASACCHARIDE 提交 1998-03-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 1–124（124 aa）片段：B-PENTAMER 链 E 1–124（124 aa）片段：B-PENTAMER 链 F 1–124（124 aa）片段：B-PENTAMER 链 G 1–124（124 aa）片段：B-PENTAMER 链 H 1–124（124 aa）片段：B-PENTAMER	突变：H94R 突变：H94R 突变：H94R 突变：H94R 突变：H94R	UNX UNKNOWN LIGAND × 5 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；SITTING DROP, pH 7.0, vapor diffusion - sitting drop	分辨率 1.25 Å R-free 0.180
5ELC Cholera toxin El Tor B-pentamer in complex with Lewis-y 提交 2015-11-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 22–124（103 aa）链 B 22–124（103 aa）链 C 22–124（103 aa）链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 10 BCN BICINE × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Bicine-Tris, 12.5% PEG1000, 12.5% PEG3350, 12.5% MPD, 0.03 M calcium chloride, 0.03 M magnesium chloride	分辨率 1.50 Å R-free 0.260
5ELC Cholera toxin El Tor B-pentamer in complex with Lewis-y 提交 2015-11-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）链 I 22–124（103 aa）链 J 22–124（103 aa）	未记录	FUC alpha-L-fucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Bicine-Tris, 12.5% PEG1000, 12.5% PEG3350, 12.5% MPD, 0.03 M calcium chloride, 0.03 M magnesium chloride	分辨率 1.50 Å R-free 0.260
5ELE Cholera toxin El Tor B-pentamer in complex with A Lewis-y 提交 2015-11-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 22–124（103 aa）链 B 22–124（103 aa）链 C 22–124（103 aa）链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 10 FUC alpha-L-fucopyranose × 1 BCN BICINE × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Bicine-Tris, 9% PEG1000, 9% PEG3350, 9% MPD, 0.03 M calcium chloride, 0.03 M magnesium chloride	分辨率 1.60 Å R-free 0.226
5ELE Cholera toxin El Tor B-pentamer in complex with A Lewis-y 提交 2015-11-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）链 I 22–124（103 aa）链 J 22–124（103 aa）	未记录	FUC alpha-L-fucopyranose × 3 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Bicine-Tris, 9% PEG1000, 9% PEG3350, 9% MPD, 0.03 M calcium chloride, 0.03 M magnesium chloride	分辨率 1.60 Å R-free 0.226
5ELF Cholera toxin El Tor B-pentamer in complex with A-pentasaccharide 提交 2015-11-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 22–124（103 aa）链 B 22–124（103 aa）链 C 22–124（103 aa）链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 10 BCN BICINE × 10 FUC alpha-L-fucopyranose × 1 GLC alpha-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Bicine-Tris, 9% PEG1000, 9% PEG3350, 9% MPD, 0.03 M calcium chloride, 0.03 M magnesium chloride. Microseeding.	分辨率 1.55 Å R-free 0.220
5ELF Cholera toxin El Tor B-pentamer in complex with A-pentasaccharide 提交 2015-11-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）链 I 22–124（103 aa）链 J 22–124（103 aa）	未记录	FUC alpha-L-fucopyranose × 1 GLC alpha-D-glucopyranose × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1 M Bicine-Tris, 9% PEG1000, 9% PEG3350, 9% MPD, 0.03 M calcium chloride, 0.03 M magnesium chloride. Microseeding.	分辨率 1.55 Å R-free 0.220
5LZG Cholera toxin El Tor B-pentamer in complex with inhibitor PC262 提交 2016-09-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 22–124（103 aa）链 B 22–124（103 aa）链 C 22–124（103 aa）链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）	未记录	7BN (2~{R},4~{S},5~{R},6~{R})-5-acetamido-2-[4-[3-[2-[(2~{S},3~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]ethylamino]-3-oxidanylidene-propyl]-1,2,3-triazol-1-yl]-4-oxidanyl-6-[(1~{R},2~{R})-1,2,3-tris(oxidanyl)propyl]oxane-2-carboxylic acid × 5 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 1 IMD IMIDAZOLE × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 MRD (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1 M MES/Imidazole buffer, pH 6.5, 10% PEG 1000, 10 % PEG 3350, 10 % MPD, 0.03 M divalent cations	分辨率 1.13 Å R-free 0.198
5LZJ Cholera toxin El Tor B-pentamer in complex with inhibitor Laura237 提交 2016-09-29	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 22–124（103 aa）链 B 22–124（103 aa）链 C 22–124（103 aa）链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 7BT (~{Z})-~{N}-[2-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{R},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]ethyl]-3-(3,4,5-trimethoxyphenyl)prop-2-enamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.1M MES pH 6, 30% PEG 400, 3% PGA-LM	分辨率 1.20 Å R-free 0.228
8OXS Cholera holotoxin variant (chimera with E. coli heat-labile enterotoxin, 4 C-terminal substitutions) 提交 2023-05-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 GAL beta-D-galactopyranose × 6 GLA alpha-D-galactopyranose × 4 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；Crystallization mix: 20% w/v PEG 6K 0.1 M HEPES pH 7.0 0.2 M NH4Cl Protein storage buffer: 0.05 M Tris/HCl pH 7.5 0.2 M NaCl 0.05 M D-(+)-galactose	分辨率 1.60 Å R-free 0.224
8OXS Cholera holotoxin variant (chimera with E. coli heat-labile enterotoxin, 4 C-terminal substitutions) 提交 2023-05-02	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 22–124（103 aa）链 I 22–124（103 aa）链 J 22–124（103 aa）链 K 22–124（103 aa）链 L 22–124（103 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 GAL beta-D-galactopyranose × 4 GLA alpha-D-galactopyranose × 3 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293.15 K；Crystallization mix: 20% w/v PEG 6K 0.1 M HEPES pH 7.0 0.2 M NH4Cl Protein storage buffer: 0.05 M Tris/HCl pH 7.5 0.2 M NaCl 0.05 M D-(+)-galactose	分辨率 1.60 Å R-free 0.224
8Q6I Cholera holotoxin variant (chimera with E. coli heat-labile enterotoxin, 1 C-terminal substitution) 提交 2023-08-11	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 GOL GLYCEROL × 11 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293.15 K；Crystallization mix: 20% PEG6000 0.2 M lithium chloride 0.1 M Tris pH 8.0 Protein storage buffer: 0.05 M Tris/HCl pH 7.5 0.2 M NaCl	分辨率 1.60 Å R-free 0.222
8QRE Cholera holotoxin (wildtype) 提交 2023-10-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 GAL beta-D-galactopyranose × 6 GOL GLYCEROL × 7 ACT ACETATE ION × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293.15 K；Crystallization mix: 0.125 M Magnesium acetate 24% PEG 3350 300 mM galactose (in protein storage buffer) Protein storage buffer: 50 mM Tris pH 7.4 200 mM NaCl 1 mM EDTA 3 mM sodium azide	分辨率 2.30 Å R-free 0.263
8QRE Cholera holotoxin (wildtype) 提交 2023-10-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 22–124（103 aa）链 I 22–124（103 aa）链 J 22–124（103 aa）链 K 22–124（103 aa）链 L 22–124（103 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 GAL beta-D-galactopyranose × 4 GOL GLYCEROL × 7 ACT ACETATE ION × 1 GLA alpha-D-galactopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.4；293.15 K；Crystallization mix: 0.125 M Magnesium acetate 24% PEG 3350 300 mM galactose (in protein storage buffer) Protein storage buffer: 50 mM Tris pH 7.4 200 mM NaCl 1 mM EDTA 3 mM sodium azide	分辨率 2.30 Å R-free 0.263
9EWF Cholera toxin B subunit in complex with fluorinated GM1 提交 2024-04-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 22–124（103 aa）链 B 22–124（103 aa）链 C 22–124（103 aa）链 I 22–124（103 aa）链 J 22–124（103 aa）	未记录	A1H7V (2R,3S,4S,5R,6R)-6-dodecoxy-5-fluoranyl-2-(hydroxymethyl)oxane-3,4-diol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M MES/Imidazole pH 7.5, 0.03M MgCl2, 0.03M CaCl2, 16% PEG1000, 12% PEG3350 and 10% MPD	分辨率 2.10 Å R-free 0.221
9EWF Cholera toxin B subunit in complex with fluorinated GM1 提交 2024-04-03	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 D 22–124（103 aa）链 E 22–124（103 aa）链 F 22–124（103 aa）链 G 22–124（103 aa）链 H 22–124（103 aa）	未记录	A1H7V (2R,3S,4S,5R,6R)-6-dodecoxy-5-fluoranyl-2-(hydroxymethyl)oxane-3,4-diol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.1M MES/Imidazole pH 7.5, 0.03M MgCl2, 0.03M CaCl2, 16% PEG1000, 12% PEG3350 and 10% MPD	分辨率 2.10 Å R-free 0.221

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	CHTB_VIBCH
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–103； UniProt 22–124 作者链 E； PDB构建体 1–103； UniProt 22–124 作者链 F； PDB构建体 1–103； UniProt 22–124 作者链 G； PDB构建体 1–103； UniProt 22–124 作者链 H； PDB构建体 1–103； UniProt 22–124

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1s5b
沉积日期 deposition_date	2004-01-20
结构标题 title	Cholera holotoxin with an A-subunit Y30S mutation Form 3
关键词 keywords	cholera toxin, heat-labile enterotoxin, ADP ribose transferases, AB5 toxins, TRANSFERASE, TOXIN; TRANSFERASE,TOXIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	26.38 Å
零角强度 I(0) i0	108442000.00
分子量 molecular_weight	80298.0 kDa
排除体积 excluded_volume	99794 Å³
包络体积 envelope_volume	117850 Å³
水化壳体积 shell_volume	36414 Å³
包络直径 envelope_diameter	89.4 Å
壳层 Rg shell_rg	34.31 Å
包络 Rg envelope_rg	26.42 Å
形状 Rg shape_rg	26.42 Å
总 Rg total_rg	27.03 Å
总原子数 total_atoms	5648
残基数 n_residues	723
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	84.6 Å
Rg (实空间) rg_real	27.53 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0840e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4730e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.59 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	108400000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9085
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	35.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.130
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.540
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	46800000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.947; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.974

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cholera enterotoxin, A chain precursor
分子量 formula_weight	27152.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.4.2.36
突变 mutation	Y30S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6056

NDDKLYRADSRPPDEIKQSGGLMPRGQSESFDRGTQMNINLYDHARGTQTGFVRHDDGYVSTSISLRSAHLVGQTILSGHSTYYIYVIATAPNMFNVNDVLGAYSPHPDEQEVSALGGIPYSQIYGWYRVHFGVLDEQLHRNRGYRDRYYSNLDIAPAADGYGLAGFPPEHRAWREEPWIHHAPPGCGNAPRSSMSNTCDEKTQSLGVKFLDEYQSKVKRQIFSGYQSDIDTHNRIKDEL

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio cholerae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	666
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	cholera toxin B protein (CTB)
分子量 formula_weight	11623.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	5

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F,G,H

TPQNITDLCAEYHNTQIHTLNDKIFSYTESLAGKREMAIITFKNGATFQVEVPGSQHIDSQKKAIERMKDTLRIAYLTEAKVEKLCVWNNKTPHAIAAISMAN

来源 Source

来源生物 organism	Vibrio cholerae
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	666
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	404

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1s5ba_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.166 — ADP-ribosylation
超家族 Superfamily superfamily	d.166.1 — ADP-ribosylation
家族 Family family	d.166.1.1 — ADP-ribosylating toxins

结构域编号 domain_id	d1s5bd_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1s5be_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1s5bf_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1s5bg_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

结构域编号 domain_id	d1s5bh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamily	b.40.2 — Bacterial enterotoxins
家族 Family family	b.40.2.1 — Bacterial AB5 toxins, B-subunits

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1s5bA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	210 — Heat-Labile Enterotoxin; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Heat-Labile Enterotoxin, subunit A

结构域编号 domain_id	1s5bD00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	1s5bE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	1s5bF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	1s5bG00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

结构域编号 domain_id	1s5bH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	110 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	60.104 Å
晶胞边长 b length_b	107.431 Å
晶胞边长 c length_c	65.950 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.29 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	10

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.130 Å
最低分辨率 resolution_low	20.020 Å
R 因子 r_factor	0.1799
R_work r_work	0.1775
R_free r_free	0.2243

fit	/app/data/saxs_computation/s5/1s5b/1s5b.fit
pddf	/app/data/pr_computation/s5/1s5b/1s5b.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/s5/1s5b/1s5b.dat

Cholera holotoxin with an A-subunit Y30S mutation Form 3

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cholera enterotoxin, A chain precursor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

cholera toxin B protein (CTB)

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)