1sie

MURINE POLYOMAVIRUS COMPLEXED WITH A DISIALYLATED OLIGOSACCHARIDE

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 184.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POLYOMAVIRUS COAT PROTEIN VP1

物种未注明

UniProt P49302

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 360 其他聚合物 360 PDB 声明:360-MERIC(360) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–383 链 B; UniProt 1–383 链 C; UniProt 1–383 链 D; UniProt 1–383 链 E; UniProt 1–383 链 F; UniProt 1–383 未记录 ;N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 360 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.65 Å R-free 0.264
2 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 6 其他聚合物 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–383 链 B; UniProt 1–383 链 C; UniProt 1–383 链 D; UniProt 1–383 链 E; UniProt 1–383 链 F; UniProt 1–383 未记录 ;N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 6 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.65 Å R-free 0.264
3 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 30 其他聚合物 30 PDB 声明:30-meric(30) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–383 链 B; UniProt 1–383 链 C; UniProt 1–383 链 D; UniProt 1–383 链 E; UniProt 1–383 链 F; UniProt 1–383 未记录 ;N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 30 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.65 Å R-free 0.264
4 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 36 其他聚合物 36 PDB 声明:36-meric(36) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–383 链 B; UniProt 1–383 链 C; UniProt 1–383 链 D; UniProt 1–383 链 E; UniProt 1–383 链 F; UniProt 1–383 未记录 ;N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 36 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.65 Å R-free 0.264
5 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 6 其他聚合物 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–383 链 B; UniProt 1–383 链 C; UniProt 1–383 链 D; UniProt 1–383 链 E; UniProt 1–383 链 F; UniProt 1–383 未记录 ;N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 6 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.65 Å R-free 0.264
6 其他组合 同源多聚体 蛋白 × 30 其他聚合物 30 PDB 声明:30-meric(30) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–383 链 B; UniProt 1–383 链 C; UniProt 1–383 链 D; UniProt 1–383 链 E; UniProt 1–383 链 F; UniProt 1–383 未记录 ;N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-3)-beta-D-galactopyranose-(1-3)-[N-acetyl-alpha-neuraminic acid-(2-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose ; × 30 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件 分辨率 3.65 Å R-free 0.264

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 COA1_POVMP
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–383; UniProt 1–383 作者链 B; PDB构建体 1–383; UniProt 1–383 作者链 C; PDB构建体 1–383; UniProt 1–383 作者链 D; PDB构建体 1–383; UniProt 1–383 作者链 E; PDB构建体 1–383; UniProt 1–383 作者链 F; PDB构建体 1–383; UniProt 1–383

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1sie

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1sie
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1sie
沉积日期 deposition_date1995-12-12
结构标题 titleMURINE POLYOMAVIRUS COMPLEXED WITH A DISIALYLATED OLIGOSACCHARIDE
关键词 keywordsCOAT PROTEIN, Icosahedral virus, Virus; VIRUS
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier47.52
回转半径 Rg (电子) rg_electron47.40
零角强度 I(0) i0881129000.00
分子量 molecular_weight244070.0 kDa
排除体积 excluded_volume305070 ų
包络体积 envelope_volume482430 ų
水化壳体积 shell_volume83265 ų
包络直径 envelope_diameter199.0
壳层 Rg shell_rg51.52
包络 Rg envelope_rg49.43
形状 Rg shape_rg47.37
总 Rg total_rg47.65
总原子数 total_atoms17141
残基数 n_residues2151
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax184.4
Rg (实空间) rg_real47.82
Rg 误差 (实空间) rg_real_error2.83
I(0) (实空间) i0_real8.8110e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.9890e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal47.52
I(0) (倒空间) i0_reciprocal880800000.0000
解质量估计 total_estimate0.7980
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary55.9
偏度 Skewness skewness0.586
峰度 Kurtosis kurtosis0.206
角度范围 angular_range— – 0.1650 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha61280000.0000
实空间数据点数 n_real_points34
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.482; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.956; Smooth: 0.968

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1siea_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.6 — Group I dsDNA viruses
家族 Family familyb.121.6.1 — Papovaviridae-like VP
结构域编号 domain_idd1sieb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.6 — Group I dsDNA viruses
家族 Family familyb.121.6.1 — Papovaviridae-like VP
结构域编号 domain_idd1siec_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.6 — Group I dsDNA viruses
家族 Family familyb.121.6.1 — Papovaviridae-like VP
结构域编号 domain_idd1sied_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.6 — Group I dsDNA viruses
家族 Family familyb.121.6.1 — Papovaviridae-like VP
结构域编号 domain_idd1siee_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.6 — Group I dsDNA viruses
家族 Family familyb.121.6.1 — Papovaviridae-like VP
结构域编号 domain_idd1sief_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamilyb.121.6 — Group I dsDNA viruses
家族 Family familyb.121.6.1 — Papovaviridae-like VP

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1sieA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology175 — Polyomavirus Vp1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Capsid protein VP1,Polyomavirus
结构域编号 domain_id1sieB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology175 — Polyomavirus Vp1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Capsid protein VP1,Polyomavirus
结构域编号 domain_id1sieC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology175 — Polyomavirus Vp1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Capsid protein VP1,Polyomavirus
结构域编号 domain_id1sieD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology175 — Polyomavirus Vp1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Capsid protein VP1,Polyomavirus
结构域编号 domain_id1sieE00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology175 — Polyomavirus Vp1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Capsid protein VP1,Polyomavirus
结构域编号 domain_id1sieF00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology175 — Polyomavirus Vp1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Capsid protein VP1,Polyomavirus

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)