SAXSdb — 1srs

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (SERUM RESPONSE FACTOR (SRF))

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 87–178 链 B； UniProt 87–178	未记录	;DNA (5'-D(CPCP(5IU)PTPCPCPTPAPAPTPTPAPGPGPCPCPAPTPG)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(CPCPAPTPGPGPCPCPTPAPAPTPTPAPGPGPA PAPG)-3') ; × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；pH 6.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.00K	分辨率 3.20 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1SRS	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1HBX Ternary Complex of SAP-1 and SRF with specific SRE DNA 提交 2001-04-20	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 A 132–223（92 aa）片段：CORE RESIDUES 132-223 链 B 132–223（92 aa）片段：CORE RESIDUES 132-223	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；PEG 1500, NH4NO3, BIS-TRIS BUFFER, DTT, pH 6.50	分辨率 3.15 Å R-free 0.285
1HBX Ternary Complex of SAP-1 and SRF with specific SRE DNA 提交 2001-04-20	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 D 132–223（92 aa）片段：CORE RESIDUES 132-223 链 E 132–223（92 aa）片段：CORE RESIDUES 132-223	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；PEG 1500, NH4NO3, BIS-TRIS BUFFER, DTT, pH 6.50	分辨率 3.15 Å R-free 0.285
1K6O Crystal Structure of a Ternary SAP-1/SRF/c-fos SRE DNA Complex 提交 2001-10-16	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：pentameric	链 B 133–235（103 aa）片段：133-235 链 C 133–235（103 aa）片段：133-235	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；PEG 2000, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.19 Å R-free 0.276

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SRF_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–92； UniProt 87–178 作者链 B； PDB构建体 1–92； UniProt 87–178

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1srs
沉积日期 deposition_date	1995-07-28
结构标题 title	SERUM RESPONSE FACTOR (SRF) CORE COMPLEXED WITH SPECIFIC SRE DNA
关键词 keywords	TRANSCRIPTION REGULATION, MADS-DOMAIN, COMPLEX (DNA BINDING PROTEIN-DNA), TRANSCRIPTION-DNA COMPLEX; TRANSCRIPTION/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.44 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.35 Å
零角强度 I(0) i0	23832800.00
分子量 molecular_weight	30365.0 kDa
排除体积 excluded_volume	35023 Å³
包络体积 envelope_volume	43219 Å³
水化壳体积 shell_volume	18909 Å³
包络直径 envelope_diameter	62.0 Å
壳层 Rg shell_rg	25.33 Å
包络 Rg envelope_rg	19.42 Å
形状 Rg shape_rg	19.30 Å
总 Rg total_rg	20.15 Å
总原子数 total_atoms	2074
残基数 n_residues	201
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	61.3 Å
Rg (实空间) rg_real	20.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.31 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.3830e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.0710e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	23830000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9186
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	23.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.128
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.671
角度范围 angular_range	— – 0.3900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2708000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.980; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.998

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPCP(5IU)PTPCPCPTPAPAPTPTPAPGPGPCPCPAPTP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	5867.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	W
原子数 atom_count	2074

CCUTCCTAATTAGGCCATG

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(CPCPAPTPGPGPCPCPTPAPAPTPTPAPGPGPA PAP*G)-3') ;
分子量 formula_weight	5853.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

CCATGGCCTAATTAGGAAG

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	PROTEIN (SERUM RESPONSE FACTOR (SRF))
分子量 formula_weight	10300.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

SGAKPGKKTRGRVKIKMEFIDNKLRRYTTFSKRKTGIMKKAYELSTLTGTQVLLLVASETGHVYTFATRKLQPMITSETGKALIQTCLNSPD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1srsa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.88 — SRF-like
超家族 Superfamily superfamily	d.88.1 — SRF-like
家族 Family family	d.88.1.1 — SRF-like

结构域编号 domain_id	d1srsb_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.88 — SRF-like
超家族 Superfamily superfamily	d.88.1 — SRF-like
家族 Family family	d.88.1.1 — SRF-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1srsA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1810 — SRF-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transcription factor, MADS-box

结构域编号 domain_id	1srsB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1810 — SRF-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transcription factor, MADS-box

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	106.840 Å
晶胞边长 b length_b	106.840 Å
晶胞边长 c length_c	76.880 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.200 Å
最低分辨率 resolution_low	10.000 Å
R 因子 r_factor	0.2280
R_work r_work	0.2280
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/sr/1srs/1srs.fit
pddf	/app/data/pr_computation/sr/1srs/1srs.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/sr/1srs/1srs.dat

SERUM RESPONSE FACTOR (SRF) CORE COMPLEXED WITH SPECIFIC SRE DNA

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN (SERUM RESPONSE FACTOR (SRF))

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)