SAXSdb — 1sx5

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type II restriction enzyme EcoRV

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 2 DNA 4	5'-D(APAPAPGPAPT)-3' × 2 5'-D(PAPTPCPTP*T)-3' × 2 MANGANESE (II) ION × 9 water × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	T2E5_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–244； UniProt 1–244 作者链 B； PDB构建体 1–244； UniProt 1–244

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1sx5
沉积日期 deposition_date	2004-03-30
结构标题 title	K38A EcoRV bound to cleaved DNA and Mn2+: P1 crystal form
关键词 keywords	endonuclease, protein-DNA complex, HYDROLASE-DNA COMPLEX; HYDROLASE/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1sx5__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1sx5__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1sx5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.79 Å
Rg（电子密度）	23.25 Å
总 Rg	23.91 Å
原子数	4321
残基数	504
排除体积	75378 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1sx5__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	5'-D(APAPAPGPAPT)-3'
分子量 formula_weight	1841.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C,E
原子数 atom_count	4693

AAAGAT

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	5'-D(PAPTPCPTP*T)-3'
分子量 formula_weight	1470.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D,F

ATCTT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Type II restriction enzyme EcoRV
分子量 formula_weight	28501.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.21.4
突变 mutation	K38A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

SLRSDLINALYDENQKYDVCGIISAEGKIYPLGSDTAVLSTIFELFSRPIINKIAEKHGYIVEEPKQQNHYPDFTLYKPSEPNKKIAIDIKTTYTNKENEKIKFTLGGYTSFIRNNTKNIVYPFDQYIAHWIIGYVYTRVATRKSSLKTYNINELNEIPKPYKGVKVFLQDKWVIAGDLAGSGNTTNIGSIHAHYKDFVEGKGIFDSEDEFLDYWRNYERTSQLRNDKYNNISEYRNWIYRGRK

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	9

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	372

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1sx5a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	c.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family family	c.52.1.2 — Restriction endonuclease EcoRV

结构域编号 domain_id	d1sx5b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamily	c.52.1 — Restriction endonuclease-like
家族 Family family	c.52.1.2 — Restriction endonuclease EcoRV

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1sx5A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	600 — ECO RV Endonuclease; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA mismatch repair MutH/Restriction endonuclease, type II

结构域编号 domain_id	1sx5B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	600 — ECO RV Endonuclease; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — DNA mismatch repair MutH/Restriction endonuclease, type II

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晶胞边长 a length_a	47.708 Å
晶胞边长 b length_b	48.627 Å
晶胞边长 c length_c	63.544 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	96.68 °
晶胞夹角 β angle_beta	108.94 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	107.33 °
晶胞分子数 Z z_pdb	2

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.500 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2140
R_free r_free	0.2540

K38A EcoRV bound to cleaved DNA and Mn2+: P1 crystal form

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type II restriction enzyme EcoRV

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1sx5__assembly_1__model_1

1sx5__assembly_1__model_1 | I(q)

1sx5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

K38A EcoRV bound to cleaved DNA and Mn2+: P1 crystal form

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Type II restriction enzyme EcoRV

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1sx5__assembly_1__model_1

1sx5__assembly_1__model_1 | I(q)

1sx5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)