SAXSdb — 1t2q

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fab NNA7 Light Chain

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 1–102	未记录	Fab NNA7 Heavy Chain × 1 GOL GLYCEROL × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；PEG MME 5K, ammonium sulfate, MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.83 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1T2Q	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AI1 HIV-1 V3 LOOP MIMIC 提交 1996-11-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 1–100（100 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.80 Å
1CLO ANTI-CARCINOEMBRYONIC ANTIGEN MONOCLONAL ANTIBODY A5B7 提交 1996-05-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–101（101 aa）片段：ANTIGEN BINDING FRAGMENT, FAB	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1DBA THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF AN ANTI-STEROID FAB' AND PROGESTERONE-FAB' COMPLEX 提交 1992-11-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–100（100 aa）	未记录	EOH ETHANOL × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
1DBB THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF AN ANTI-STEROID FAB' AND PROGESTERONE-FAB' COMPLEX 提交 1992-11-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–100（100 aa）	未记录	STR PROGESTERONE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å
1DBJ MOLECULAR BASIS OF CROSS-REACTIVITY AND THE LIMITS OF ANTIBODY-ANTIGEN COMPLEMENTARITY 提交 1993-08-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–100（100 aa）	未记录	AE2 AETIOCHOLANOLONE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å
1DBK MOLECULAR BASIS OF CROSS-REACTIVITY AND THE LIMITS OF ANTIBODY-ANTIGEN COMPLEMENTARITY 提交 1993-08-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–100（100 aa）	未记录	ANO 5-BETA-ANDROSTANE-3,17-DIONE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
1DBM MOLECULAR BASIS OF CROSS-REACTIVITY AND THE LIMITS OF ANTIBODY-ANTIGEN COMPLEMENTARITY 提交 1993-08-24	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–100（100 aa）	未记录	SIH PROGESTERONE-11-ALPHA-OL-HEMISUCCINATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å
1FBI CRYSTAL STRUCTURE OF A CROSS-REACTION COMPLEX BETWEEN FAB F9.13.7 AND GUINEA-FOWL LYSOZYME 提交 1995-01-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 1–99（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
1FBI CRYSTAL STRUCTURE OF A CROSS-REACTION COMPLEX BETWEEN FAB F9.13.7 AND GUINEA-FOWL LYSOZYME 提交 1995-01-19	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 Q 1–99（99 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.00 Å
1KEL CATALYTIC ANTIBODY 28B4 FAB FRAGMENT COMPLEXED WITH HAPTEN (1-[N-4'-NITROBENZYL-N-4'-CARBOXYBUTYLAMINO] METHYLPHOSPHONIC ACID) 提交 1996-04-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–99（99 aa）片段：VARIABLE REGIONS OF LIGHT AND HEAVY CHAINS	未记录	AAH 1-[N-4'-NITROBENZYL-N-4'-CARBOXYBUTYLAMINO]METHYLPHOSPHONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.258
1KEM CATALYTIC ANTIBODY 28B4 FAB FRAGMENT 提交 1996-04-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–99（99 aa）片段：VARIABLE REGIONS OF LIGHT AND HEAVY CHAINS	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.288
1NTL Model of mouse Crry-Ig determined by solution scattering, curve fitting and homology modelling 提交 2003-01-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 98–324（227 aa）片段：Q64735 residues 83-401,P01868 residues 98-324 链 B 98–324（227 aa）片段：Q64735 residues 83-401,P01868 residues 98-324	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION SCATTERING mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 30.00 Å
1OPG OPG2 FAB FRAGMENT 提交 1995-04-28	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–102（102 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
1YED STRUCTURE OF A CATALYTIC ANTIBODY IGG2A FAB FRAGMENT (D2.4) 提交 1997-04-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–102（102 aa）	未记录	PNB 4-NITRO-BENZYLPHOSPHONOBUTANOYL-GLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 3.10 Å R-free 0.260
1YED STRUCTURE OF A CATALYTIC ANTIBODY IGG2A FAB FRAGMENT (D2.4) 提交 1997-04-15	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–102（102 aa）	未记录	PNB 4-NITRO-BENZYLPHOSPHONOBUTANOYL-GLYCINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；pH 7.0	分辨率 3.10 Å R-free 0.260
2ATY Complement receptor chimaeric conjugate CR2-Ig 提交 2005-08-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 98–324（227 aa）链 B 98–324（227 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION SCATTERING mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
2DBL MOLECULAR BASIS OF CROSS-REACTIVITY AND THE LIMITS OF ANTIBODY-ANTIGEN COMPLEMENTARITY 提交 1994-02-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–100（100 aa）	未记录	S5H 5-ALPHA-PREGNANE-3-BETA-OL-HEMISUCCINATE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.90 Å
2DBL MOLECULAR BASIS OF CROSS-REACTIVITY AND THE LIMITS OF ANTIBODY-ANTIGEN COMPLEMENTARITY 提交 1994-02-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 H 1–100（100 aa）	未记录	S5H 5-ALPHA-PREGNANE-3-BETA-OL-HEMISUCCINATE × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.90 Å

共 15 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IGHG1_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 H； PDB构建体 120–221； UniProt 1–102

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1t2q
沉积日期 deposition_date	2004-04-22
结构标题 title	The Crystal Structure of an NNA7 Fab that recognizes an N-type blood group antigen
关键词 keywords	Fab, glycophorin A, blood group antigen, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.71 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.60 Å
零角强度 I(0) i0	38265600.00
分子量 molecular_weight	47041.0 kDa
排除体积 excluded_volume	58513 Å³
包络体积 envelope_volume	72576 Å³
水化壳体积 shell_volume	24789 Å³
包络直径 envelope_diameter	79.8 Å
壳层 Rg shell_rg	31.61 Å
包络 Rg envelope_rg	24.17 Å
形状 Rg shape_rg	24.58 Å
总 Rg total_rg	25.47 Å
总原子数 total_atoms	3310
残基数 n_residues	434
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	78.5 Å
Rg (实空间) rg_real	25.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.56 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.8270e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.7710e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.69 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	38270000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9143
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.226
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.604
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6555000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.980; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.947

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Fab NNA7 Heavy Chain
分子量 formula_weight	23868.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L
原子数 atom_count	3922

ELVMTQSPLSLPVSLGDQASISCRSSQSLVHSSGNTYLHWYLQKPGQSPKLLIYKVSNRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLTISRVEAEDLGVYYCFQGSHVPLTFGAGTKLELKRADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRN

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Fab NNA7 Light Chain
分子量 formula_weight	23574.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H

EVQLLEESGPGLVQPSQSLSITCTVSGFSLTSYGVHWVRQSPGKGLEWLGVIWSGGSTDYNAAFISRLSISKDNSKSQVFFKMNSLQADDTAIYYCARNRGYSYAMDSWGQGTSVTVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPRDC

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	house mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	612

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1t2qh_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1t2ql1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d1t2ql2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1t2qH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1t2qH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1t2qL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	1t2qL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (3)

▶

晶胞边长 a length_a	57.863 Å
晶胞边长 b length_b	77.123 Å
晶胞边长 c length_c	118.131 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.830 Å
最低分辨率 resolution_low	36.600 Å
R 因子 r_factor	0.2040
R_work r_work	0.2040
R_free r_free	0.2470

fit	/app/data/saxs_computation/t2/1t2q/1t2q.fit
pddf	/app/data/pr_computation/t2/1t2q/1t2q.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/t2/1t2q/1t2q.dat

The Crystal Structure of an NNA7 Fab that recognizes an N-type blood group antigen

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Fab NNA7 Light Chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)