SAXSdb — 1tef

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Plastocyanin, chloroplast

Spinacia oleracea

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 70–168	突变：G8D, K30C, T69C	CU COPPER (II) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；21% PEG 3350, 0.25M MgCl2, 0.1M Na-acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.90 Å R-free 0.204
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 70–168	突变：G8D, K30C, T69C	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；21% PEG 3350, 0.25M MgCl2, 0.1M Na-acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.90 Å R-free 0.204

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1TEF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AG6 PLASTOCYANIN FROM SPINACH 提交 1997-04-02	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 70–168（99 aa）	突变：G8D	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.4；pH 4.4	分辨率 1.60 Å R-free 0.224
1OOW The crystal structure of the spinach plastocyanin double mutant G8D/L12E gives insight into its low reactivity towards photosystem 1 and cytochrome f 提交 2003-03-04	突变/修饰不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 70–168（99 aa）	突变：G8D, L12E	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；300 K；32% PEG 3350, 0.25M MgCl2, 0.1M Na-ascorbate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 2.00 Å R-free 0.232
1TEG Crystal structure of the spinach plastocyanin mutants G8D/K30C/T69C and K30C/T69C- a study of the effect on crystal packing and thermostability from the introduction of a novel disulfide bond 提交 2004-05-25	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 70–168（99 aa）	突变：K30C, T69C	CU COPPER (II) ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；21% PEG 3350, 0.25M MgCl2, 0.1M Na-acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.96 Å R-free 0.304
1TEG Crystal structure of the spinach plastocyanin mutants G8D/K30C/T69C and K30C/T69C- a study of the effect on crystal packing and thermostability from the introduction of a novel disulfide bond 提交 2004-05-25	突变/修饰不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 70–168（99 aa）	突变：K30C, T69C	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；293 K；21% PEG 3350, 0.25M MgCl2, 0.1M Na-acetate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 1.96 Å R-free 0.304
1YLB NMR solution structure of the reduced spinach plastocyanin 提交 2005-01-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 70–168（99 aa）片段：Reduced spinach plastocyanin (Residues 70-168)	未记录	CU1 COPPER (I) ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.5；293 K；离子强度（mmCIF原始值）50 mM sodium phosphate；压力 ambient NMR样品组成 1-2 mM wild type reduced spinach plastocyanin, 50mM sodium phosphate buffer \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2PCF THE COMPLEX OF CYTOCHROME F AND PLASTOCYANIN DETERMINED WITH PARAMAGNETIC NMR. BASED ON THE STRUCTURES OF CYTOCHROME F AND PLASTOCYANIN, 10 STRUCTURES 提交 1997-12-22	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 70–168（99 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 HEC HEME C × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6；300 K	分辨率未提供
9TGG Cryo-EM structure of Spinacia oleracea cytochrome b6f complex with bound plastocyanin 提交 2025-12-01	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 17 PDB 声明：17-meric	链 Q 70–168（99 aa）	未记录	HEM PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE × 4 HEC HEME C × 4 UMQ UNDECYL-MALTOSIDE × 6 PL9 2,3-DIMETHYL-5-(3,7,11,15,19,23,27,31,35-NONAMETHYL-2,6,10,14,18,22,26,30,34-HEXATRIACONTANONAENYL-2,5-CYCLOHEXADIENE-1,4-DIONE-2,3-DIMETHYL-5-SOLANESYL-1,4-BENZOQUINONE × 7 CLA CHLOROPHYLL A × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 SQD 1,2-DI-O-ACYL-3-O-[6-DEOXY-6-SULFO-ALPHA-D-GLUCOPYRANOSYL]-SN-GLYCEROL × 2 BCR BETA-CAROTENE × 2 CU COPPER (II) ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.18 Å

共 6 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PLAS_SPIOL
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–99； UniProt 70–168 作者链 B； PDB构建体 1–99； UniProt 70–168

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1tef
沉积日期 deposition_date	2004-05-25
结构标题 title	Crystal structure of the spinach plastocyanin mutants G8D/K30C/T69C and K30C/T69C- a study of the effect on crystal packing and thermostability from the introduction of a novel disulfide bond
关键词 keywords	Plastocyanin, disulfide bond, mutant, blue copper protein, PHOTOSYNTHESIS; PHOTOSYNTHESIS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	20.15 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	19.98 Å
零角强度 I(0) i0	8463740.00
分子量 molecular_weight	21036.0 kDa
排除体积 excluded_volume	25981 Å³
包络体积 envelope_volume	30234 Å³
水化壳体积 shell_volume	14012 Å³
包络直径 envelope_diameter	73.3 Å
壳层 Rg shell_rg	24.32 Å
包络 Rg envelope_rg	20.36 Å
形状 Rg shape_rg	19.97 Å
总 Rg total_rg	20.65 Å
总原子数 total_atoms	1469
残基数 n_residues	198
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	56.9 Å
Rg (实空间) rg_real	19.18 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.13 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.1340e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.6970e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	20.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	8464000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6628
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	18.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.494
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.379
角度范围 angular_range	— – 0.3950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	2.7920
最高正则化参数 α highest_alpha	2746000.0000
实空间数据点数 n_real_points	71
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.901; Stabil: 0.987; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.962; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Plastocyanin, chloroplast
分子量 formula_weight	10454.6 kDa
突变 mutation	G8D, K30C, T69C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1668

VEVLLGGDDGSLAFLPGDFSVASGEEIVFCNNAGFPHNVVFDEDEIPSGVDAAKISMSEEDLLNAPGECYKVTLTEKGTYKFYCSPHQGAGMVGKVTVN

来源 Source

来源生物 organism	Spinacia oleracea
通用名 common_name	spinach
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	199

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1tefa_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like

结构域编号 domain_id	d1tefb_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.6.1 — Cupredoxins
家族 Family family	b.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1tefA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

结构域编号 domain_id	1tefB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	420 — Cupredoxins - blue copper proteins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	52.320 Å
晶胞边长 b length_b	52.320 Å
晶胞边长 c length_c	127.360 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	19.200 Å
R 因子 r_factor	0.1593
R_work r_work	0.1569
R_free r_free	0.2038

fit	/app/data/saxs_computation/te/1tef/1tef.fit
pddf	/app/data/pr_computation/te/1tef/1tef.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/te/1tef/1tef.dat

Crystal structure of the spinach plastocyanin mutants G8D/K30C/T69C and K30C/T69C- a study of the effect on crystal packing and thermostability from the introduction of a novel disulfide bond

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Plastocyanin, chloroplast

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction