1tnb

Rat Protein Geranylgeranyltransferase Type-I Complexed with a GGPP analog and a substrate KKSKTKCVIF Peptide Derived from TC21

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

geranylgeranyltransferase type I alpha subunit

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Geranylgeranyl transferase type I beta subunit × 1 （P53610） Fusion protein × 1 ZINC ION × 1 2-[METHYL-(5-GERANYL-4-METHYL-PENT-3-ENYL)-AMINO]-ETHYL-DIPHOSPHATE × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Geranylgeranyl transferase type I beta subunit × 1 （P53610） Fusion protein × 1 ZINC ION × 1 2-[METHYL-(5-GERANYL-4-METHYL-PENT-3-ENYL)-AMINO]-ETHYL-DIPHOSPHATE × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Geranylgeranyl transferase type I beta subunit × 1 （P53610） Fusion protein × 1 ZINC ION × 1 2-[METHYL-(5-GERANYL-4-METHYL-PENT-3-ENYL)-AMINO]-ETHYL-DIPHOSPHATE × 1 CHLORIDE ION × 1 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 3	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Geranylgeranyl transferase type I beta subunit × 1 （P53610） Fusion protein × 1 ZINC ION × 1 2-[METHYL-(5-GERANYL-4-METHYL-PENT-3-ENYL)-AMINO]-ETHYL-DIPHOSPHATE × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Geranylgeranyl transferase type I beta subunit × 1 （P53610） Fusion protein × 1 ZINC ION × 1 2-[METHYL-(5-GERANYL-4-METHYL-PENT-3-ENYL)-AMINO]-ETHYL-DIPHOSPHATE × 1 water × 3	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Geranylgeranyl transferase type I beta subunit × 1 （P53610） Fusion protein × 1 ZINC ION × 1 2-[METHYL-(5-GERANYL-4-METHYL-PENT-3-ENYL)-AMINO]-ETHYL-DIPHOSPHATE × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PFTA_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–377； UniProt 1–377 作者链 C； PDB构建体 1–377； UniProt 1–377 作者链 E； PDB构建体 1–377； UniProt 1–377 作者链 G； PDB构建体 1–377； UniProt 1–377 作者链 I； PDB构建体 1–377； UniProt 1–377 作者链 K； PDB构建体 1–377； UniProt 1–377

Geranylgeranyl transferase type I beta subunit

Rattus norvegicus

UniProt P53610

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	geranylgeranyltransferase type I alpha subunit × 1 （Q04631） Fusion protein × 1 ZINC ION × 1 2-[METHYL-(5-GERANYL-4-METHYL-PENT-3-ENYL)-AMINO]-ETHYL-DIPHOSPHATE × 1 water × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	geranylgeranyltransferase type I alpha subunit × 1 （Q04631） Fusion protein × 1 ZINC ION × 1 2-[METHYL-(5-GERANYL-4-METHYL-PENT-3-ENYL)-AMINO]-ETHYL-DIPHOSPHATE × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	geranylgeranyltransferase type I alpha subunit × 1 （Q04631） Fusion protein × 1 ZINC ION × 1 2-[METHYL-(5-GERANYL-4-METHYL-PENT-3-ENYL)-AMINO]-ETHYL-DIPHOSPHATE × 1 CHLORIDE ION × 1 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 3	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	geranylgeranyltransferase type I alpha subunit × 1 （Q04631） Fusion protein × 1 ZINC ION × 1 2-[METHYL-(5-GERANYL-4-METHYL-PENT-3-ENYL)-AMINO]-ETHYL-DIPHOSPHATE × 1 CHLORIDE ION × 1 water × 3	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	geranylgeranyltransferase type I alpha subunit × 1 （Q04631） Fusion protein × 1 ZINC ION × 1 2-[METHYL-(5-GERANYL-4-METHYL-PENT-3-ENYL)-AMINO]-ETHYL-DIPHOSPHATE × 1 water × 3	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	geranylgeranyltransferase type I alpha subunit × 1 （Q04631） Fusion protein × 1 ZINC ION × 1 2-[METHYL-(5-GERANYL-4-METHYL-PENT-3-ENYL)-AMINO]-ETHYL-DIPHOSPHATE × 1 water × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PGT1_RAT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–377； UniProt 1–377 作者链 D； PDB构建体 1–377； UniProt 1–377 作者链 F； PDB构建体 1–377； UniProt 1–377 作者链 H； PDB构建体 1–377； UniProt 1–377 作者链 J； PDB构建体 1–377； UniProt 1–377 作者链 L； PDB构建体 1–377； UniProt 1–377

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1tnb
沉积日期 deposition_date	2004-06-11
结构标题 title	Rat Protein Geranylgeranyltransferase Type-I Complexed with a GGPP analog and a substrate KKSKTKCVIF Peptide Derived from TC21
关键词 keywords	;GGTase-I, geranylgeranyltransferase type-I, geranylgeranyl transferase, prenyltransferase, CaaX, TC21, Lipid modification, prenylation, substrate selectivity, Transferase ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1tnb__assembly_3__model_1

Assembly 3 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1tnb__assembly_3__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1tnb__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	27.10 Å
Rg（电子密度）	26.17 Å
总 Rg	26.91 Å
原子数	5466
残基数	665
排除体积	96849 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1tnb__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1tnb__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1tnb__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1tnb__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`1tnb__assembly_5__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`1tnb__assembly_6__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	geranylgeranyltransferase type I alpha subunit
分子量 formula_weight	44098.1 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.59
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G,I,K
原子数 atom_count	33504

MAATEGVGESAPGGEPGQPEQPPPPPPPPPAQQPQEEEMAAEAGEAAASPMDDGFLSLDSPTYVLYRDRAEWADIDPVPQNDGPSPVVQIIYSEKFRDVYDYFRAVLQRDERSERAFKLTRDAIELNAANYTVWHFRRVLLRSLQKDLQEEMNYIIAIIEEQPKNYQVWHHRRVLVEWLKDPSQELEFIADILNQDAKNYHAWQHRQWVIQEFRLWDNELQYVDQLLKEDVRNNSVWNQRHFVISNTTGYSDRAVLEREVQYTLEMIKLVPHNESAWNYLKGILQDRGLSRYPNLLNQLLDLQPSHSSPYLIAFLVDIYEDMLENQCDNKEDILNKALELCEILAKEKDTIRKEYWRYIGRSLQSKHSRESDIPASV

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Geranylgeranyl transferase type I beta subunit
分子量 formula_weight	42466.2 kDa
EC 编号 ec_number	2.5.1.59
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H,J,L

MAATEDDRLAGSGEGERLDFLRDRHVRFFQRCLQVLPERYSSLETSRLTIAFFALSGLDMLDSLDVVNKDDIIEWIYSLQVLPTEDRSNLDRCGFRGSSYLGIPFNPSKNPGTAHPYDSGHIAMTYTGLSCLIILGDDLSRVDKEACLAGLRALQLEDGSFCAVPEGSENDMRFVYCASCICYMLNNWSGMDMKKAISYIRRSMSYDNGLAQGAGLESHGGSTFCGIASLCLMGKLEEVFSEKELNRIKRWCIMRQQNGYHGRPNKPVDTCYSFWVGATLKLLKIFQYTNFEKNRNYILSTQDRLVGGFAKWPDSHPDALHAYFGICGLSLMEESGICKVHPALNVSTRTSERLRDLHQSWKTKDSKQCSDNVHISS

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Norway rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Fusion protein
分子量 formula_weight	1185.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M,N,O,P,Q,R

KKSKTKCVIF

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-[METHYL-(5-GERANYL-4-METHYL-PENT-3-ENYL)-AMINO]-ETHYL-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	453.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	881

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d1tnba_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.6 — Protein prenylyltransferase
家族 Family family	a.118.6.1 — Protein prenylyltransferase

结构域编号 domain_id	d1tnbb_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.102 — alpha/alpha toroid
超家族 Superfamily superfamily	a.102.4 — Terpenoid cyclases/Protein prenyltransferases
家族 Family family	a.102.4.3 — Protein prenyltransferases

结构域编号 domain_id	d1tnbc_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.6 — Protein prenylyltransferase
家族 Family family	a.118.6.1 — Protein prenylyltransferase

结构域编号 domain_id	d1tnbd_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.102 — alpha/alpha toroid
超家族 Superfamily superfamily	a.102.4 — Terpenoid cyclases/Protein prenyltransferases
家族 Family family	a.102.4.3 — Protein prenyltransferases

结构域编号 domain_id	d1tnbe_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.6 — Protein prenylyltransferase
家族 Family family	a.118.6.1 — Protein prenylyltransferase

结构域编号 domain_id	d1tnbf_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.102 — alpha/alpha toroid
超家族 Superfamily superfamily	a.102.4 — Terpenoid cyclases/Protein prenyltransferases
家族 Family family	a.102.4.3 — Protein prenyltransferases

结构域编号 domain_id	d1tnbg_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.6 — Protein prenylyltransferase
家族 Family family	a.118.6.1 — Protein prenylyltransferase

结构域编号 domain_id	d1tnbh_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.102 — alpha/alpha toroid
超家族 Superfamily superfamily	a.102.4 — Terpenoid cyclases/Protein prenyltransferases
家族 Family family	a.102.4.3 — Protein prenyltransferases

结构域编号 domain_id	d1tnbi_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.6 — Protein prenylyltransferase
家族 Family family	a.118.6.1 — Protein prenylyltransferase

结构域编号 domain_id	d1tnbj_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.102 — alpha/alpha toroid
超家族 Superfamily superfamily	a.102.4 — Terpenoid cyclases/Protein prenyltransferases
家族 Family family	a.102.4.3 — Protein prenyltransferases

结构域编号 domain_id	d1tnbk_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.118 — alpha-alpha superhelix
超家族 Superfamily superfamily	a.118.6 — Protein prenylyltransferase
家族 Family family	a.118.6.1 — Protein prenylyltransferase

结构域编号 domain_id	d1tnbl_
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.102 — alpha/alpha toroid
超家族 Superfamily superfamily	a.102.4 — Terpenoid cyclases/Protein prenyltransferases
家族 Family family	a.102.4.3 — Protein prenyltransferases

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	1tnbA00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Protein prenylyltransferase

结构域编号 domain_id	1tnbB00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	50 — Alpha/alpha barrel
拓扑 Topology topology	10 — Glycosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1tnbC00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Protein prenylyltransferase

结构域编号 domain_id	1tnbD00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	50 — Alpha/alpha barrel
拓扑 Topology topology	10 — Glycosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1tnbE00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Protein prenylyltransferase

结构域编号 domain_id	1tnbF00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	50 — Alpha/alpha barrel
拓扑 Topology topology	10 — Glycosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1tnbG00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Protein prenylyltransferase

结构域编号 domain_id	1tnbH00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	50 — Alpha/alpha barrel
拓扑 Topology topology	10 — Glycosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1tnbI00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Protein prenylyltransferase

结构域编号 domain_id	1tnbJ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	50 — Alpha/alpha barrel
拓扑 Topology topology	10 — Glycosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1tnbK00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	25 — Alpha Horseshoe
拓扑 Topology topology	40 — Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 — Protein prenylyltransferase

结构域编号 domain_id	1tnbL00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	50 — Alpha/alpha barrel
拓扑 Topology topology	10 — Glycosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

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晶胞边长 a length_a	271.130 Å
晶胞边长 b length_b	266.720 Å
晶胞边长 c length_c	185.141 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	131.68 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.850 Å
最低分辨率 resolution_low	27.660 Å
R 因子 r_factor	0.1890
R_work r_work	0.1890
R_free r_free	0.2100

Rat Protein Geranylgeranyltransferase Type-I Complexed with a GGPP analog and a substrate KKSKTKCVIF Peptide Derived from TC21

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

geranylgeranyltransferase type I alpha subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Geranylgeranyl transferase type I beta subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1tnb__assembly_3__model_1

1tnb__assembly_3__model_1 | I(q)

1tnb__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Rat Protein Geranylgeranyltransferase Type-I Complexed with a GGPP analog and a substrate KKSKTKCVIF Peptide Derived from TC21

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

geranylgeranyltransferase type I alpha subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Geranylgeranyl transferase type I beta subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1tnb__assembly_3__model_1

1tnb__assembly_3__model_1 | I(q)

1tnb__assembly_3__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 24 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)