1ugi

URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR PROTEIN

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR

Bacillus phage PBS2

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	IMIDAZOLE × 2 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 1 IMIDAZOLE × 4 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 1 IMIDAZOLE × 3 water × 1	与蛋白数一致
5	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 2 IMIDAZOLE × 4 water × 1	与蛋白数一致
6	蛋白单体	单体	蛋白 1	IMIDAZOLE × 2 water × 1	与蛋白数一致
7	蛋白单体	单体	蛋白 1	SULFATE ION × 1 IMIDAZOLE × 1 water × 1	与蛋白数一致
8	蛋白单体	单体	蛋白 1	IMIDAZOLE × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	UNGI_BPPB2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–84； UniProt 1–84 作者链 B； PDB构建体 1–84； UniProt 1–84 作者链 C； PDB构建体 1–84； UniProt 1–84 作者链 D； PDB构建体 1–84； UniProt 1–84 作者链 E； PDB构建体 1–84； UniProt 1–84 作者链 F； PDB构建体 1–84； UniProt 1–84 作者链 G； PDB构建体 1–84； UniProt 1–84 作者链 H； PDB构建体 1–84； UniProt 1–84

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1ugi
沉积日期 deposition_date	1998-11-04
结构标题 title	URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR PROTEIN
关键词 keywords	PROTEIN MIMICRY OF DNA, PROTEIN INHIBITOR, HYDROLASE INHIBITOR; HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1ugi__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1ugi__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1ugi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	14.11 Å
Rg（电子密度）	12.47 Å
总 Rg	13.76 Å
原子数	659
残基数	83
排除体积	11749 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1ugi__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1ugi__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1ugi__assembly_3__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`1ugi__assembly_4__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`1ugi__assembly_5__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
6	1	`1ugi__assembly_6__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
7	1	`1ugi__assembly_7__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
8	1	`1ugi__assembly_8__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR
分子量 formula_weight	9482.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H
原子数 atom_count	6095

MTNLSDIIEKETGKQLVIQESILMLPEEVEEVIGNKPESDILVHTAYDESTDENVMLLTSDAPEYKPWALVIQDSNGENKIKML

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus phage PBS2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10684
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	IMIDAZOLE
分子量 formula_weight	69.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	18

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	561

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d1ugia_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.5 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein
家族 Family family	d.17.5.1 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein

结构域编号 domain_id	d1ugib_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.5 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein
家族 Family family	d.17.5.1 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein

结构域编号 domain_id	d1ugic_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.5 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein
家族 Family family	d.17.5.1 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein

结构域编号 domain_id	d1ugid_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.5 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein
家族 Family family	d.17.5.1 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein

结构域编号 domain_id	d1ugie_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.5 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein
家族 Family family	d.17.5.1 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein

结构域编号 domain_id	d1ugif_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.5 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein
家族 Family family	d.17.5.1 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein

结构域编号 domain_id	d1ugig_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.5 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein
家族 Family family	d.17.5.1 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein

结构域编号 domain_id	d1ugih_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamily	d.17.5 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein
家族 Family family	d.17.5.1 — Uracil-DNA glycosylase inhibitor protein

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	1ugiA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor

结构域编号 domain_id	1ugiB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor

结构域编号 domain_id	1ugiC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor

结构域编号 domain_id	1ugiD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor

结构域编号 domain_id	1ugiE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor

结构域编号 domain_id	1ugiF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor

结构域编号 domain_id	1ugiG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor

结构域编号 domain_id	1ugiH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Bacteriophage PBS2, uracil-glycosylase inhibitor

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晶胞边长 a length_a	47.800 Å
晶胞边长 b length_b	59.400 Å
晶胞边长 c length_c	79.800 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	73.67 °
晶胞夹角 β angle_beta	85.55 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	66.46 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.550 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2218
R_work r_work	—
R_free r_free	0.2886

URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR PROTEIN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ugi__assembly_1__model_1

1ugi__assembly_1__model_1 | I(q)

1ugi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR PROTEIN

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

URACIL-DNA GLYCOSYLASE INHIBITOR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1ugi__assembly_1__model_1

1ugi__assembly_1__model_1 | I(q)

1ugi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)