SAXSdb — 1vbd

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 300	POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY × 60 POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY × 60 (METHYLPYRIDAZINE PIPERIDINE PROPYLOXYPHENYL)ETHYLACETATE × 60 MYRISTIC ACID × 60	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY × 1 POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY × 1 (METHYLPYRIDAZINE PIPERIDINE PROPYLOXYPHENYL)ETHYLACETATE × 1 MYRISTIC ACID × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 25	POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY × 5 POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY × 5 (METHYLPYRIDAZINE PIPERIDINE PROPYLOXYPHENYL)ETHYLACETATE × 5 MYRISTIC ACID × 5	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 30	POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY × 6 POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY × 6 (METHYLPYRIDAZINE PIPERIDINE PROPYLOXYPHENYL)ETHYLACETATE × 6 MYRISTIC ACID × 6	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY × 1 POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY × 1 (METHYLPYRIDAZINE PIPERIDINE PROPYLOXYPHENYL)ETHYLACETATE × 1 MYRISTIC ACID × 1	与蛋白数一致
6	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 150	POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY × 30 POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY × 30 (METHYLPYRIDAZINE PIPERIDINE PROPYLOXYPHENYL)ETHYLACETATE × 30 MYRISTIC ACID × 30	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLH_POL1M
Isoform	—
PDB实体	2, 3, 4
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–302； UniProt 579–880 作者链 2； PDB构建体 1–272； UniProt 69–340 作者链 3； PDB构建体 1–238； UniProt 341–578

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1vbd
沉积日期 deposition_date	1996-01-02
结构标题 title	POLIOVIRUS (TYPE 1, MAHONEY STRAIN) COMPLEXED WITH R78206
关键词 keywords	VIRUS COAT PROTEIN, HYDROLASE, THIOL PROTEASE, Icosahedral virus, Virus; VIRUS
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1vbd__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1vbd__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1vbd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	132.70 Å
总 Rg	132.80 Å
原子数	400500
残基数	51060
排除体积	7114300 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1vbd__assembly_1__model_1`	300-MERIC （300）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1vbd__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
3	1	`1vbd__assembly_3__model_1`	25-meric （25）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
4	1	`1vbd__assembly_4__model_1`	30-meric （30）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
5	1	`1vbd__assembly_5__model_1`	pentameric （5）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。
6	1	`1vbd__assembly_6__model_1`	150-meric （150）	排除	—	—
	排除原因：辅助对称表示，不是完整或代表性的 biological assembly。

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY
分子量 formula_weight	437.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	0
原子数 atom_count	6675

GSSST

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY
分子量 formula_weight	33488.6 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1

GLGQMLESMIDNTVRETVGAATSRDALPNTEASGPTHSKEIPALTAVETGATNPLVPSDTVQTRHVVQHRSRSESSIESFFARGACVTIMTVDNPASTTNKDKLFAVWKITYKDTVQLRRKLEFFTYSRFDMELTFVVTANFTETNNGHALNQVYQIMYVPPGAPVPEKWDDYTWQTSSNPSIFYTYGTAPARISVPYVGISNAYSHFYDGFSKVPLKDQSAALGDSLYGAASLNDFGILAVRVVNDHNPTKVTSKIRVYLKPKHIRVWCPRPPRAVAYYGPGVDYKDGTLTPLSTKDLTTY

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY
分子量 formula_weight	30075.8 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	2

SPNIEACGYSDRVLQLTLGNSTITTQEAANSVVAYGRWPEYLRDSEANPVDQPTEPDVAACRFYTLDTVSWTKESRGWWWKLPDALRDMGLFGQNMYYHYLGRSGYTVHVQCNASKFHQGALGVFAVPEMCLAGDSNTTTMHTSYQNANPGEKGGTFTGTFTPDNNQTSPARRFCPVDYLLGNGTLLGNAFVFPHQIINLRTNNCATLVLPYVNSLSIDSMVKHNNWGIAILPLAPLNFASESSPEIPITLTIAPMCCEFNGLRNITLPRLQ

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY
分子量 formula_weight	26547.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	3

GLPVMNTPGSNQYLTADNFQSPCALPEFDVTPPIDIPGEVKNMMELAEIDTMIPFDLSATKKNTMEMYRVRLSDKPHTDDPILCLSLSPASDPRLSHTMLGEILNYYTHWAGSLKFTFLFCGSMMATGKLLVSYAPPGADPPKKRKEAMLGTHVIWDIGLQSSCTMVVPWISNTTYRQTIDDSFTEGGYISVFYQTRIVVPLSTPREMDILGFVSACNDFSVRLLRDTTHIEQKALAQ

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY
分子量 formula_weight	7393.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	4

GAQVSSQKVGAHENSNRAYGGSTINYTTINYYRDSASNAASKQDFSQDPSKFTEPIKDVLIKTAPMLN

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	(METHYLPYRIDAZINE PIPERIDINE PROPYLOXYPHENYL)ETHYLACETATE
分子量 formula_weight	383.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MYRISTIC ACID
分子量 formula_weight	228.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1vbd.1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

结构域编号 domain_id	d1vbd1_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

结构域编号 domain_id	d1vbd3_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.121 — Nucleoplasmin-like/VP (viral coat and capsid proteins)
超家族 Superfamily superfamily	b.121.4 — Positive stranded ssRNA viruses
家族 Family family	b.121.4.1 — Picornaviridae-like VP (VP1, VP2, VP3 and VP4)

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	1vbd100
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1vbd200
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1vbd300
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	1vbd400
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	80 — Rhinovirus 14, subunit 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Picornavirus coat protein VP4

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7. 引用文献 (7)

Structures of poliovirus complexes with anti-viral drugs: implications for viral stability and drug design.

Curr.Biol. (1994)

PMID: 7820548 · DOI: 10.1016/S0960-9822(00)00176-7 PRIMARY

;Binding of the Antiviral Drug Win51711 to the Sabin Strain of Type 3 Poliovirus: Structural Comparison with Drug Binding in Rhinovirus 14 ;

Acta Crystallogr.,Sect.D (1995)

Role of Conformational Transitions in Poliovirus Assembly and Cell Entry

New Aspects of Positive-Strand RNA Viruses (1990)

Structural Factors that Control Conformational Transitions and Serotype Specificity in Type 3 Poliovirus

Embo J. (1989)

Myristylation of Picornavirus Capsid Protein Vp4 and its Structural Significance

Nature (1987)

Three-Dimensional Structure of Poliovirus at 2.9 A Resolution

Science (1985)

The Nucleotide Sequence of Poliovirus Type 3 Leon 12 A1B: Comparison with Poliovirus Type 1

Nucleic Acids Res. (1983)

晶胞边长 a length_a	322.940 Å
晶胞边长 b length_b	358.040 Å
晶胞边长 c length_c	380.150 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	120

空间群 space_group	P 21 21 2
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2870
R_free r_free	—

POLIOVIRUS (TYPE 1, MAHONEY STRAIN) COMPLEXED WITH R78206

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1vbd__assembly_1__model_1

1vbd__assembly_1__model_1 | I(q)

1vbd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (7)

POLIOVIRUS (TYPE 1, MAHONEY STRAIN) COMPLEXED WITH R78206

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

POLIOVIRUS TYPE 1 MAHONEY

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1vbd__assembly_1__model_1

1vbd__assembly_1__model_1 | I(q)

1vbd__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (7)