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1vbt

Structure of cyclophilin complexed with sulfur-substituted tetrapeptide AAPF

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 74.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYCLOPHILIN A

Homo sapiens

UniProt P05092

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–164 未记录 SULFUR-SUBSTITUTED TETRAPEPTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.2；pH 8.2 分辨率 2.30 Å R-free 0.246
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 1–164 未记录 SULFUR-SUBSTITUTED TETRAPEPTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.2；pH 8.2 分辨率 2.30 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1VBT Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1CWA X-RAY STRUCTURE OF A MONOMERIC CYCLOPHILIN A-CYCLOSPORIN A CRYSTAL COMPLEX AT 2.1 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-09-06 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–164（164 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.10 Å
1CWB THE X-RAY STRUCTURE OF (MEBM2T)1-CYCLOSPORIN COMPLEXED WITH CYCLOPHILIN A PROVIDES AN EXPLANATION FOR ITS ANOMALOUSLY HIGH IMMUNOSUPPRESSIVE ACTIVITY 提交 1995-09-06 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–164（164 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.20 Å
1CWC IMPROVED BINDING AFFINITY FOR CYCLOPHILIN A BY A CYCLOSPORIN DERIVATIVE SINGLY MODIFIED AT ITS EFFECTOR DOMAIN 提交 1995-09-06 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–164（164 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.86 Å
1CWJ HUMAN CYCLOPHILIN A COMPLEXED WITH 2-VAL 3-S-METHYL-SARCOSINE CYCLOSPORIN 提交 1998-05-25 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–164（164 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；PH 8.0
分辨率 1.80 Å
1CWK HUMAN CYCLOPHILIN A COMPLEXED WITH 1-(6,7-DIHYDRO)MEBMT 2-VAL 3-D-(2-S-METHYL)SARCOSINE CYCLOSPORIN 提交 1998-05-26 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–164（164 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；PH 8.0
分辨率 1.80 Å
1CWL HUMAN CYCLOPHILIN A COMPLEXED WITH 4 4-HYDROXY-MELEU CYCLOSPORIN 提交 1998-05-26 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–164（164 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8；PH 8.0
分辨率 1.80 Å
1MIK THE ROLE OF WATER MOLECULES IN THE STRUCTURE-BASED DESIGN OF (5-HYDROXYNORVALINE)-2-CYCLOSPORIN: SYNTHESIS, BIOLOGICAL ACTIVITY, AND CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS WITH CYCLOPHILIN A 提交 1995-09-20 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–164（164 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.76 Å
1RMH RECOMBINANT CYCLOPHILIN A FROM HUMAN T CELL 提交 1995-07-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–164（164 aa）
链 B 1–164（164 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.40 Å
1VBS STRUCTURE OF CYCLOPHILIN COMPLEXED WITH (D)ALA CONTAINING TETRAPEPTIDE 提交 1998-06-16 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–164（164 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.2；pH 8.2
分辨率 2.00 Å R-free 0.247
2CYH CYCLOPHILIN A COMPLEXED WITH DIPEPTIDE ALA-PRO 提交 1996-02-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–164（164 aa）
未记录 ALA ALANINE × 1 PRO PROLINE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.64 Å
3CYH CYCLOPHILIN A COMPLEXED WITH DIPEPTIDE SER-PRO 提交 1996-02-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–164（164 aa）
未记录 SER SERINE × 1 PRO PROLINE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 1.90 Å
3CYS DETERMINATION OF THE NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE CYCLOPHILIN A-CYCLOSPORIN A COMPLEX 提交 1994-02-28 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–164（164 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
4CYH CYCLOPHILIN A COMPLEXED WITH DIPEPTIDE HIS-PRO 提交 1996-02-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–164（164 aa）
未记录 HIS HISTIDINE × 1 PRO PROLINE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.10 Å
5CYH CYCLOPHILIN A COMPLEXED WITH DIPEPTIDE GLY-PRO 提交 1996-02-27 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–164（164 aa）
未记录 GLY GLYCINE × 1 PRO PROLINE × 1 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.10 Å

共 14 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CYPH_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 2–165； UniProt 1–164 作者链 B； PDB构建体 2–165； UniProt 1–164

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1vbt

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1vbt
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1vbt
沉积日期 deposition_date1998-06-16
结构标题 titleStructure of cyclophilin complexed with sulfur-substituted tetrapeptide AAPF
关键词 keywordsCYCLOPHILIN A, PEPTIDYL-PROLYL ISOMERASE, COMPETITIVE INHIBITOR, ISOMERASE-ISOMERASE SUBSTRATE COMPLEX; ISOMERASE/ISOMERASE SUBSTRATE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.28 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.75 Å
零角强度 I(0) i023587800.00
分子量 molecular_weight36850.0 kDa
排除体积 excluded_volume45953 ų
包络体积 envelope_volume53085 ų
水化壳体积 shell_volume20251 ų
包络直径 envelope_diameter73.5 Å
壳层 Rg shell_rg28.60 Å
包络 Rg envelope_rg22.69 Å
形状 Rg shape_rg22.74 Å
总 Rg total_rg23.51 Å
总原子数 total_atoms3170
残基数 n_residues334
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax74.0 Å
Rg (实空间) rg_real23.38 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real2.3590e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.0070e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal23590000.0000
解质量估计 total_estimate0.8717
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary22.8 Å
偏度 Skewness skewness0.403
峰度 Kurtosis kurtosis-0.569
角度范围 angular_range— – 0.3400 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9555000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.825; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.934; Smooth: 0.920
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1vbta_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.62 — Cyclophilin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.62.1 — Cyclophilin-like
家族 Family familyb.62.1.1 — Cyclophilin (peptidylprolyl isomerase)
结构域编号 domain_idd1vbtb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.62 — Cyclophilin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.62.1 — Cyclophilin-like
家族 Family familyb.62.1.1 — Cyclophilin (peptidylprolyl isomerase)

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1vbtA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology100 — Cyclophilin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cyclophilin-like
结构域编号 domain_id1vbtB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology100 — Cyclophilin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cyclophilin-like
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)