SAXSdb — 1w3y

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HYALURONATE LYASE

STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 297–1021	未记录	PVC (2E,4R,5S)-2,3,4,5-TETRAHYDROXY-6-(PALMITOYLOXY)HEX-2-ENOIC ACID × 1 XYL Xylitol × 2 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6；62% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 100 MM SODIUM CACODYLATE PH6.00, 100 MM SODIUM CHLORIDE, 10 MM EDTA, 2% DIOXANE	分辨率 1.65 Å R-free 0.210

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1W3Y	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1C82 MECHANISM OF HYALURONAN BINDING AND DEGRADATION: STRUCTURE OF STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE HYALURONATE LYASE IN COMPLEX WITH HYALURONIC ACID DISACCHARIDE AT 1.7 A RESOLUTION 提交 2000-04-05	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 168–892（725 aa）	未记录	CAC CACODYLATE ION × 2 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6；293 K；AMMONIUM SULFATE, SODIUM CACODYLATE, pH 6.0, EVAPORATION, temperature 293K	分辨率 1.70 Å R-free 0.257
1EGU CRYSTAL STRUCTURE OF STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE HYALURONATE LYASE AT 1.56 A RESOLUTION 提交 2000-02-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 168–898（731 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；62% Saturated Ammonium Sulfate, 100 mM Sodium Cacodylate pH6.00, 100 mM Sodium Chloride, 10 mM EDTA, 2% dioxane , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295.0K	分辨率 1.56 Å R-free 0.236
1F9G CRYSTAL STRUCTURE OF STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE HYALURONATE LYASE COCRYSTALLIZED WITH ASCORBIC ACID 提交 2000-07-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 168–892（725 aa）	未记录	ASC ASCORBIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；ammonium sulfate, sodium cacodylate, dioxane, sodium chloride, ascorbic acid , pH 6.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.00 Å R-free 0.252
1N7N Streptococcus pneumoniae Hyaluronate Lyase W292A Mutant 提交 2002-11-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 170–890（721 aa）	突变：W292A mutant	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；AMMONIUM SULFATE, SODIUM CACODYLATE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.55 Å R-free 0.209
1N7O Streptococcus pneumoniae Hyaluronate Lyase F343V Mutant 提交 2002-11-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 170–890（721 aa）	突变：F343V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；294 K；AMMONIUM SULFATE, SODIUM CACODYLATE , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.50 Å R-free 0.211
1N7P Streptococcus pneumoniae Hyaluronate Lyase W292A/F343V Double Mutant 提交 2002-11-16	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 170–890（721 aa）	突变：W292A/F343V	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；294 K；AMMONIUM SULFATE, SODIUM CACODYLATE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 1.55 Å R-free 0.234
1OJM SPECIFICITY AND MECHANISM OF STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE HYALURONATE LYASE: COMPLEX WITH UNSULPHATED CHONDROITIN DISACCHARIDE 提交 2003-07-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 291–1009（719 aa）片段：HYALURONATE LYASE, RESIDUES 287-1009	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；3.5M AMMONIUM SULFATE, 200MM SODIUM CACODYLATE, PH 6.0	分辨率 1.78 Å R-free 0.224
1OJN SPECIFICITY AND MECHANISM OF STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE HYALURONATE LYASE: COMPLEX OF THE TYR408PHE MUTANT WITH 6-SULPHATED CHONDROITIN DISACCHARIDE 提交 2003-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 285–1009（725 aa）片段：HYALURONATE LYASE, RESIDUES 285-1009	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；3.5M AMMONIUM SULFATE, 200MM SODIUM CACODYLATE, PH 6.0	分辨率 1.60 Å R-free 0.209
1OJO SPECIFICITY AND MECHANISM OF STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE HYALURONATE LYASE: COMPLEX OF THE TYR408PHE MUTANT WITH 4-SULPHATED CHONDROITIN DISACCHARIDE 提交 2003-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 285–1009（725 aa）片段：HYALURONATE LYASE, RESIDUES 285-1009	突变：YES	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；3.5M AMMONIUM SULFATE, 200MM SODIUM CACODYLATE, PH 6.0	分辨率 1.75 Å R-free 0.219
1OJP SPECIFICITY AND MECHANISM OF STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE HYALURONATE LYASE: COMPLEX WITH 6-SULPHATED CHONDROITIN DISACCHARIDE 提交 2003-07-11	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 285–1009（725 aa）片段：HYALURONATE LYASE, RESIDUES 285-1009	未记录	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；3.5M AMMONIUM SULFATE, 200MM SODIUM CACODYLATE, PH 6.0	分辨率 1.90 Å R-free 0.221
2BRP Crystal structure of S. pneumoniae hyaluronate lyase in complex with W249b 提交 2005-05-10	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 285–1009（725 aa）	未记录	SIE SULFAMIC ACID 1-DECYL-2-(4-SULFAMOYLOXYPHENYL)-1H-INDOL-6-YL ESTER × 1 XLS D-xylose × 3 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；pH 6.00	分辨率 2.00 Å R-free 0.202
2BRV Crystal structure of Streptococcus Pneumoniae Hyaluronate Lyase from 70percent saturated malonate. 提交 2005-05-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 X 285–1009（725 aa）	未记录	MLA MALONIC ACID × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.6；pH 7.60	分辨率 3.30 Å R-free 0.327
2BRW Crystal structure of Streptococcus Pneumoniae Hyaluronate Lyase from 30percent PEGMME. 提交 2005-05-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 285–1009（725 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；30% POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER (PEGMME) 2000, 0.1 M MES BUFFER, PH 6.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.277
2BRW Crystal structure of Streptococcus Pneumoniae Hyaluronate Lyase from 30percent PEGMME. 提交 2005-05-11	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 285–1009（725 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；30% POLYETHYLENE GLYCOL MONOMETHYL ETHER (PEGMME) 2000, 0.1 M MES BUFFER, PH 6.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.277
4D0Q Hyaluronan Binding Module of the Streptococcal Pneumoniae Hyaluronate Lyase 提交 2014-04-29	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 54–212（159 aa）片段：HYALURONAN BINDING DOMAIN, RESIDUES 54-212	未记录	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；292 K；BY THE SITTING DROP VAPOUR DIFFUSION METHOD BY MIXING EQUAL AMOUNTS OF THE PROTEIN SOLUTION WITH A MOTHER LIQUOR CONSISTING OF 18% (W/V) POLYETHYLENE GLYCOL 3,350 AND 0.1 M SODIUM ACETATE (PH 5.5) AT 292 K.	分辨率 1.20 Å R-free 0.159

共 14 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HYSA_STRPN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–725； UniProt 297–1021

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1w3y
沉积日期 deposition_date	2004-07-21
结构标题 title	Crystal structure of S. pneumoniae hyaluronate lyase in complex with palmitoyl-vitamin C
关键词 keywords	(ALFA5/ALFA5) BARREL, LYASE, PEPTIDOGLYCAN-ANCHOR; LYASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	28.37 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.55 Å
零角强度 I(0) i0	116119000.00
分子量 molecular_weight	83363.0 kDa
排除体积 excluded_volume	103490 Å³
包络体积 envelope_volume	122650 Å³
水化壳体积 shell_volume	36733 Å³
包络直径 envelope_diameter	95.7 Å
壳层 Rg shell_rg	35.45 Å
包络 Rg envelope_rg	27.66 Å
形状 Rg shape_rg	27.54 Å
总 Rg total_rg	28.33 Å
总原子数 total_atoms	5862
残基数 n_residues	721
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	90.7 Å
Rg (实空间) rg_real	28.35 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.52 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1610e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.5530e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	28.36 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	116100000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7172
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	32.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.366
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.342
角度范围 angular_range	— – 0.2800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	30950000.0000
实空间数据点数 n_real_points	57
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.879; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.242; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.956

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	HYALURONATE LYASE
分子量 formula_weight	83561.9 kDa
EC 编号 ec_number	4.2.2.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6471

ASVKDTYTDRLDDWNGIIAGNQYYDSKNDQMAKLNQELEGKVADSLSSISSQADRIYLWEKFSNYKTSANLTATYRKLEEMAKQVTNPSSRYYQDETVVRTVRDSMEWMHKHVYNSEKSIVGNWWDYEIGTPRAINNTLSLMKEYFSDEEIKKYTDVIEKFVPDPEHFRKTTDNPFKALGGNLVDMGRVKVIAGLLRKDDQEISSTIRSIEQVFKLVDQGEGFYQDGSYIDHTNVAYTGAYGNVLIDGLSQLLPVIQKTKNPIDKDKMQTMYHWIDKSFAPLLVNGELMDMSRGRSISRANSEGHVAAVEVLRGIHRIADMSEGETKQRLQSLVKTIVQSDSYYDVFKNLKTYKDISLMQSLLSDAGVASVPRTSYLSAFNKMDKTAMYNAEKGFGFGLSLFSSRTLNYEHMNKENKRGWYTSDGMFYLYNGDLSHYSDGYWPTVNPYKMPGTTETDAKRADSDTGKVLPSAFVGTSKLDDANATATMDFTNWNQTLTAHKSWFMLKDKIAFLGSNIQNTSTDTAATTIDQRKLESSNPYKVYVNDKEASLTEQEKDYPETQSVFLESSDSKKNIGYFFFKKSSISMSKALQKGAWKDINEGQSDKEVENEFLTISQAHKQNGDSYGYMLIPNVDRATFNQMIKELESSLIENNETLQSVYDAKQGVWGIVKYDDSVSTISNQFQVLKRGVYTIRKEGDEYKIAYYNPETQESAPDQEVFKKLEQHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1313
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	(2E,4R,5S)-2,3,4,5-TETRAHYDROXY-6-(PALMITOYLOXY)HEX-2-ENOIC ACID
分子量 formula_weight	432.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	Xylitol
分子量 formula_weight	152.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	564

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1w3ya1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.102 — alpha/alpha toroid
超家族 Superfamily superfamily	a.102.3 — Chondroitin AC/alginate lyase
家族 Family family	a.102.3.2 — Hyaluronate lyase-like catalytic, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1w3ya2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.24 — Hyaluronate lyase-like, C-terminal domain
超家族 Superfamily superfamily	b.24.1 — Hyaluronate lyase-like, C-terminal domain
家族 Family family	b.24.1.1 — Hyaluronate lyase-like, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d1w3ya3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.30 — Supersandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.30.5 — Galactose mutarotase-like
家族 Family family	b.30.5.2 — Hyaluronate lyase-like, central domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1w3yA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	98 — Beta-galactosidase; Chain A, domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	1w3yA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	50 — Alpha/alpha barrel
拓扑 Topology topology	10 — Glycosyltransferase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	100 — Chondroitin AC/alginate lyase

结构域编号 domain_id	1w3yA03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	220 — Chondroitinase Ac; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Polysaccharide lyase family 8-like, C-terminal

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	84.131 Å
晶胞边长 b length_b	102.714 Å
晶胞边长 c length_c	102.410 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.650 Å
最低分辨率 resolution_low	45.910 Å
R 因子 r_factor	0.1924
R_work r_work	0.1924
R_free r_free	0.2100

fit	/app/data/saxs_computation/w3/1w3y/1w3y.fit
pddf	/app/data/pr_computation/w3/1w3y/1w3y.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/w3/1w3y/1w3y.dat

Crystal structure of S. pneumoniae hyaluronate lyase in complex with palmitoyl-vitamin C

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HYALURONATE LYASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction