1w70

SH3 domain of p40phox complexed with C-terminal polyProline region of p47phox

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 66.7 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 4

HOMO SAPIENS

UniProt Q15080

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 174–228 片段:SH3 DOMAIN, RESIDUES 174-228 NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 1 × 1 (P14598) SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;293 K;VAPOR DIFFUSION AT 20 DEGRE C AT 14MG/ML OF P40PHOX SH3 WITH A1/5 RATIO WITH POLYPROLINE PEPTIDE, 20 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL MIXED WITH 100 MM NA-CITRATE/CITRIC ACID PH5, 2.4 M SA 分辨率 1.46 Å R-free 0.207
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 174–228 片段:SH3 DOMAIN, RESIDUES 174-228 NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 1 × 1 (P14598) SO4 SULFATE ION × 3 TFA trifluoroacetic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;293 K;VAPOR DIFFUSION AT 20 DEGRE C AT 14MG/ML OF P40PHOX SH3 WITH A1/5 RATIO WITH POLYPROLINE PEPTIDE, 20 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL MIXED WITH 100 MM NA-CITRATE/CITRIC ACID PH5, 2.4 M SA 分辨率 1.46 Å R-free 0.207

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NCF4_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 6–60; UniProt 174–228 作者链 B; PDB构建体 6–60; UniProt 174–228

NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 1

物种未注明

UniProt P14598

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 360–372 片段:POLYPROLINE MOTIF, RESIDUES 360-372 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 4 × 1 (Q15080) SO4 SULFATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;293 K;VAPOR DIFFUSION AT 20 DEGRE C AT 14MG/ML OF P40PHOX SH3 WITH A1/5 RATIO WITH POLYPROLINE PEPTIDE, 20 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL MIXED WITH 100 MM NA-CITRATE/CITRIC ACID PH5, 2.4 M SA 分辨率 1.46 Å R-free 0.207
2 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明:dimeric(2) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 360–372 片段:POLYPROLINE MOTIF, RESIDUES 360-372 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) NEUTROPHIL CYTOSOL FACTOR 4 × 1 (Q15080) SO4 SULFATE ION × 3 TFA trifluoroacetic acid × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION;293 K;VAPOR DIFFUSION AT 20 DEGRE C AT 14MG/ML OF P40PHOX SH3 WITH A1/5 RATIO WITH POLYPROLINE PEPTIDE, 20 MM HEPES PH 7.5, 150 MM NACL MIXED WITH 100 MM NA-CITRATE/CITRIC ACID PH5, 2.4 M SA 分辨率 1.46 Å R-free 0.207

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 10 个其他 PDB 条目、13 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NCF1_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 2–14; UniProt 360–372 作者链 D; PDB构建体 2–14; UniProt 360–372

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1w70

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1w70
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1w70
沉积日期 deposition_date2004-08-26
结构标题 titleSH3 domain of p40phox complexed with C-terminal polyProline region of p47phox
关键词 keywordsNADPH OXIDASE, P40PHOX, P47PHOX, SH3 DOMAIN, POLYPROLINE; SH3 DOMAIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.84
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.86
零角强度 I(0) i05057690.00
分子量 molecular_weight16654.0 kDa
排除体积 excluded_volume21095 ų
包络体积 envelope_volume25316 ų
水化壳体积 shell_volume13328 ų
包络直径 envelope_diameter64.8
壳层 Rg shell_rg21.92
包络 Rg envelope_rg17.21
形状 Rg shape_rg16.82
总 Rg total_rg17.95
总原子数 total_atoms1169
残基数 n_residues144
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax66.7
Rg (实空间) rg_real17.92
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.55
I(0) (实空间) i0_real5.0580e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.7180e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.91
I(0) (倒空间) i0_reciprocal5058000.0000
解质量估计 total_estimate0.8142
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary18.0
偏度 Skewness skewness0.495
峰度 Kurtosis kurtosis-0.014
角度范围 angular_range— – 0.4450 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha1686000.0000
实空间数据点数 n_real_points75
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.589; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.823; Smooth: 0.990

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1w70A00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — SH3 Domains
结构域编号 domain_id1w70B00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — SH3 Domains

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)