1x1u

Water-mediate interaction at aprotein-protein interface

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonuclease

Bacillus amyloliquefaciens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Barstar × 1 （P11540） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Barstar × 1 （P11540） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Barstar × 1 （P11540） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RNBR_BACAM
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–110； UniProt 48–157 作者链 B； PDB构建体 1–110； UniProt 48–157 作者链 C； PDB构建体 1–110； UniProt 48–157

Barstar

Bacillus amyloliquefaciens

UniProt P11540

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ribonuclease × 1 （P00648） water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ribonuclease × 1 （P00648） water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Ribonuclease × 1 （P00648） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BARS_BACAM
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 E； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89 作者链 F； PDB构建体 1–89； UniProt 1–89

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1x1u
沉积日期 deposition_date	2005-04-13
结构标题 title	Water-mediate interaction at aprotein-protein interface
关键词 keywords	Rnase-inhibitor complex, Hydrolase/Hydrolase inhibitor, Hydrolase-Protein Binding COMPLEX; Hydrolase/Protein Binding
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1x1u__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1x1u__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1x1u__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	18.33 Å
Rg（电子密度）	17.41 Å
总 Rg	18.42 Å
原子数	1596
残基数	199
排除体积	28256 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1x1u__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`1x1u__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`1x1u__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Ribonuclease
分子量 formula_weight	12398.7 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.27.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	5281

AQVINTFDGVADYLQTYHKLPDNYITKSEAQALGWVASKGNLADVAPGKSIGGDIFSNREGKLPGKSGRTWREADINYTSGFRNSDRILYSSDWLIYKTTDHYQTFTKIR

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus amyloliquefaciens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1390
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Barstar
分子量 formula_weight	10157.4 kDa
突变 mutation	C40A, C82A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

KKAVINGEQIRSISDLHQTLKKELALPEYYGENLDALWDALTGWVEYPLVLEWRQFEQSKQLTENGAESVLQVFREAKAEGADITIILS

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus amyloliquefaciens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1390
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	498

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d1x1ua_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.1 — Microbial ribonucleases
超家族 Superfamily superfamily	d.1.1 — Microbial ribonucleases
家族 Family family	d.1.1.2 — Bacterial ribonucleases

结构域编号 domain_id	d1x1ub_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.1 — Microbial ribonucleases
超家族 Superfamily superfamily	d.1.1 — Microbial ribonucleases
家族 Family family	d.1.1.2 — Bacterial ribonucleases

结构域编号 domain_id	d1x1uc_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.1 — Microbial ribonucleases
超家族 Superfamily superfamily	d.1.1 — Microbial ribonucleases
家族 Family family	d.1.1.2 — Bacterial ribonucleases

结构域编号 domain_id	d1x1ud_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.9 — Barstar-like
超家族 Superfamily superfamily	c.9.1 — Barstar-related
家族 Family family	c.9.1.1 — Barstar-related

结构域编号 domain_id	d1x1ue_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.9 — Barstar-like
超家族 Superfamily superfamily	c.9.1 — Barstar-related
家族 Family family	c.9.1.1 — Barstar-related

结构域编号 domain_id	d1x1uf_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.9 — Barstar-like
超家族 Superfamily superfamily	c.9.1 — Barstar-related
家族 Family family	c.9.1.1 — Barstar-related

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	1x1uA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Microbial ribonucleases

结构域编号 domain_id	1x1uB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Microbial ribonucleases

结构域编号 domain_id	1x1uC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Microbial ribonucleases

结构域编号 domain_id	1x1uD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	370 — Barnase; Chain D
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Barstar-like

结构域编号 domain_id	1x1uE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	370 — Barnase; Chain D
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Barstar-like

结构域编号 domain_id	1x1uF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	370 — Barnase; Chain D
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Barstar-like

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晶胞边长 a length_a	200.278 Å
晶胞边长 b length_b	43.805 Å
晶胞边长 c length_c	83.310 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	110.59 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	14.980 Å
R 因子 r_factor	0.2000
R_work r_work	0.2000
R_free r_free	0.2700

Water-mediate interaction at aprotein-protein interface

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonuclease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Barstar

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1x1u__assembly_1__model_1

1x1u__assembly_1__model_1 | I(q)

1x1u__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Water-mediate interaction at aprotein-protein interface

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ribonuclease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Barstar

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1x1u__assembly_1__model_1

1x1u__assembly_1__model_1 | I(q)

1x1u__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)