← 返回搜索
1xke

Solution structure of the second Ran-binding domain from human RanBP2

Method: SOLUTION NMR Dmax: 55.3 Å Quality: GOOD
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Ran-binding protein 2

Homo sapiens

UniProt P49792

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 2028–2154 片段：Ran-binding domain 2 (RanBD2) 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150 mM Na2SO4；压力 ambient NMR样品组成：1.4mM RanBD2 U-13C; U-15N; 150mM Na2SO4; 10mM DTE; 0.5 mM EDTA; 1mM NaN3; 0.1mM DSS; 10mM potassium phosphate buffer at pH 6.5; | 92% H2O, 8%D2O NMR样品组成：0.7mM RanBD2 U-13C; U-15N; 150mM Na2SO4; 10mM DTE; 0.5mM EDTA; 1mM NaN3; 0.1mM DSS; 10mM potassium phosphate buffer at pH 6.5; | 100% D2O NMR样品组成：1.0mM RanBD2 U-15N; 150mM Na2SO4; 10mM DTE; 0.5mM EDTA; 1mM NaN3; 0.1 mM DSS; 10mM potassium phosphate buffer at pH 6.5; | 92% H2O, 8%D2O NMR样品组成：1.0mM RanBD2 U-15N; 150mM Na2SO4; 10mM DTE; 0.5mM EDTA; 1mM NaN3; 0.1mM DSS; 10mM potassium phosphate buffer at pH 6.5; | 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1XKE Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1RRP STRUCTURE OF THE RAN-GPPNHP-RANBD1 COMPLEX 提交 1999-01-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1171–1304（134 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.25；pH 6.25
分辨率 2.96 Å R-free 0.304
1RRP STRUCTURE OF THE RAN-GPPNHP-RANBD1 COMPLEX 提交 1999-01-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1171–1304（134 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 1 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.25；pH 6.25
分辨率 2.96 Å R-free 0.304
1RRP STRUCTURE OF THE RAN-GPPNHP-RANBD1 COMPLEX 提交 1999-01-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 B 1171–1304（134 aa）
链 D 1171–1304（134 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 4 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.25；pH 6.25
分辨率 2.96 Å R-free 0.304
1RRP STRUCTURE OF THE RAN-GPPNHP-RANBD1 COMPLEX 提交 1999-01-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 1171–1304（134 aa）
链 D 1171–1304（134 aa）
未记录 MG MAGNESIUM ION × 2 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.25；pH 6.25
分辨率 2.96 Å R-free 0.304
1Z5S Crystal structure of a complex between UBC9, SUMO-1, RANGAP1 and NUP358/RANBP2 提交 2005-03-19 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 2631–2711（81 aa） 片段：IR1-M domain
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；291 K；18% PEG4000 (w/v), 0.1 M sodium citrate, 0.2 M ammonium acetate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
分辨率 3.01 Å R-free 0.290
3UIN Complex between human RanGAP1-SUMO2, UBC9 and the IR1 domain from RanBP2 提交 2011-11-05 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 2629–2695（67 aa） 片段：UNP residues 2629-2695
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；279 K；100 mM HEPES pH 7.5, 400 mM ammonium citrate, 2% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
分辨率 2.60 Å R-free 0.264
3UIO Complex between human RanGAP1-SUMO2, UBC9 and the IR1 domain from RanBP2 containing IR2 Motif II 提交 2011-11-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 2631–2695（65 aa） 片段：UNP residues 2631-2695
突变：A2642V, Q2644E, L2647K, T2649D, K2650T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；279 K；14% PEG4000, 100 mM sodium citrate pH 6.0, 200 mM ammonium acetate, vapor diffusion, hanging drop, temperature 279K
分辨率 2.60 Å R-free 0.251
3UIP Complex between human RanGAP1-SUMO1, UBC9 and the IR1 domain from RanBP2 containing IR2 Motif II 提交 2011-11-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 D 2631–2695（65 aa） 片段：UNP residues 2631-2695
突变：A2642V, Q2644E, L2647K, T2649D, K2650T 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；279 K；22% PEG4000, 100 mM HEPES pH 7.5, 400 mM ammonium citrate, 2% isopropanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K
分辨率 2.29 Å R-free 0.232
4GA0 Structure of the N-terminal domain of Nup358 提交 2012-07-24 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–145（145 aa） 片段：unp residues 1-145
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；18 % (w/v) PEG 3350 200 mM lithium acetate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.15 Å R-free 0.239
4I9Y Structure of the C-terminal domain of Nup358 提交 2012-12-05 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 3062–3224（163 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；294 K；0.1 M TRIS-HCL, 0.2 M NaCl, 0.9 M K/Na Tartrate, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 1.75 Å R-free 0.158
4I9Y Structure of the C-terminal domain of Nup358 提交 2012-12-05 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 3062–3224（163 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 5 CL CHLORIDE ION × 1 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；294 K；0.1 M TRIS-HCL, 0.2 M NaCl, 0.9 M K/Na Tartrate, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 1.75 Å R-free 0.158
4I9Y Structure of the C-terminal domain of Nup358 提交 2012-12-05 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 3062–3224（163 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；294 K；0.1 M TRIS-HCL, 0.2 M NaCl, 0.9 M K/Na Tartrate, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 1.75 Å R-free 0.158
4I9Y Structure of the C-terminal domain of Nup358 提交 2012-12-05 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 3062–3224（163 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 5 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；294 K；0.1 M TRIS-HCL, 0.2 M NaCl, 0.9 M K/Na Tartrate, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 1.75 Å R-free 0.158
4I9Y Structure of the C-terminal domain of Nup358 提交 2012-12-05 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 E 3062–3224（163 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 2 CL CHLORIDE ION × 1 TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；294 K；0.1 M TRIS-HCL, 0.2 M NaCl, 0.9 M K/Na Tartrate, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 1.75 Å R-free 0.158
4I9Y Structure of the C-terminal domain of Nup358 提交 2012-12-05 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 F 3062–3224（163 aa）
未记录 GOL GLYCEROL × 3 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；294 K；0.1 M TRIS-HCL, 0.2 M NaCl, 0.9 M K/Na Tartrate, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
分辨率 1.75 Å R-free 0.158
4L6E Crystal Structure of the RanBD1 fourth domain of E3 SUMO-protein ligase RanBP2. Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) Target HR9193b 提交 2013-06-12 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2907–3050（144 aa） 片段：RanBD1 4 domain (UNP residues 2907-3050)
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 Microbatch crystallization under oil；pH 7；277 K；12% PEG 3350, 0.1M sodium acetate, pH 7.00, Microbatch crystallization under oil, temperature 277K
分辨率 2.50 Å R-free 0.222
4LQW Crystal structure of HIV-1 capsid N-terminal domain in complex with NUP358 cyclophilin 提交 2013-07-19 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 3057–3224（168 aa） 片段：UNP Residues 3057-3224
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；290 K；23 % v/v PEG 4000, 23 % glycerol, 8.5 % isopropanol, 85 mM HEPES pH 7.5, 20 mM spermine tetrahydrochloride, 100 mM glycine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K
分辨率 1.95 Å R-free 0.246
4LQW Crystal structure of HIV-1 capsid N-terminal domain in complex with NUP358 cyclophilin 提交 2013-07-19 构建体不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 3057–3224（168 aa） 片段：UNP Residues 3057-3224
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；290 K；23 % v/v PEG 4000, 23 % glycerol, 8.5 % isopropanol, 85 mM HEPES pH 7.5, 20 mM spermine tetrahydrochloride, 100 mM glycine, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K
分辨率 1.95 Å R-free 0.246
5CLL Truncated Ran wild type in complex with GDP-BeF and RanBD1 提交 2015-07-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1155–1321（167 aa） 片段：Ran binding domain 1, residues 1155-1321
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；291 K；18 % PEG 4000, 250 mM ammonium sulfate, 100 mM MES pH 6.25, 1 mM BeF
分辨率 2.45 Å R-free 0.272
5CLL Truncated Ran wild type in complex with GDP-BeF and RanBD1 提交 2015-07-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1155–1321（167 aa） 片段：Ran binding domain 1, residues 1155-1321
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 BEF BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.25；291 K；18 % PEG 4000, 250 mM ammonium sulfate, 100 mM MES pH 6.25, 1 mM BeF
分辨率 2.45 Å R-free 0.272
5CLQ Ran Y39A in complex with GPPNHP and RanBD1 提交 2015-07-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1155–1321（167 aa） 片段：Ran binding domain 1, UNP residues 1155-1321
未记录 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；1.8M ammonium sulfate, 2.5% PEG 1500, 100 mM HEPES pH 7.5
分辨率 3.20 Å R-free 0.254
5CLQ Ran Y39A in complex with GPPNHP and RanBD1 提交 2015-07-16 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1155–1321（167 aa） 片段：Ran binding domain 1, UNP residues 1155-1321
未记录 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；1.8M ammonium sulfate, 2.5% PEG 1500, 100 mM HEPES pH 7.5
分辨率 3.20 Å R-free 0.254
7MNJ Crystal structure of the N-terminal domain of NUP358/RanBP2 (residues 145-673) 提交 2021-05-01 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 145–673（529 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；1% (w/v) PEG 2,000 MME; 0.8 M succinic acid; 0.1 M HEPES
分辨率 3.80 Å R-free 0.242
7MNJ Crystal structure of the N-terminal domain of NUP358/RanBP2 (residues 145-673) 提交 2021-05-01 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 145–673（529 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；1% (w/v) PEG 2,000 MME; 0.8 M succinic acid; 0.1 M HEPES
分辨率 3.80 Å R-free 0.242
7MNJ Crystal structure of the N-terminal domain of NUP358/RanBP2 (residues 145-673) 提交 2021-05-01 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 145–673（529 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；1% (w/v) PEG 2,000 MME; 0.8 M succinic acid; 0.1 M HEPES
分辨率 3.80 Å R-free 0.242
7MNK Crystal structure of the tetramerization element of NUP358/RanBP2 (residues 805-832) 提交 2021-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 805–832（28 aa）
链 B 805–832（28 aa）
链 C 805–832（28 aa）
链 D 805–832（28 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 SO4 SULFATE ION × 5 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.5；294 K；2 M ammonium sulfate; 0.1 M citric acid
分辨率 1.10 Å R-free 0.167
7MNL Crystal structure of the N-terminal domain of NUP358/RanBP2 (residues 1-752) in complex with Fab fragment 提交 2021-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–752（752 aa）
突变：I599M 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；294 K；3% (w/v) PEG 4,000; 0.15 M sodium acetate; 0.1 M sodium citrate
分辨率 3.95 Å R-free 0.241
7MNL Crystal structure of the N-terminal domain of NUP358/RanBP2 (residues 1-752) in complex with Fab fragment 提交 2021-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–752（752 aa）
突变：I599M 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；294 K；3% (w/v) PEG 4,000; 0.15 M sodium acetate; 0.1 M sodium citrate
分辨率 3.95 Å R-free 0.241
7MNM Crystal structure of the N-terminal domain of NUP358/RanBP2 (residues 1-752) T585M mutant in complex with Fab fragment 提交 2021-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–752（752 aa）
突变：I599M, T585M 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；2.5 % (w/v) PEG 4,000; 0.15 M sodium acetate; 0.1 M sodium citrate
分辨率 4.70 Å R-free 0.254
7MNM Crystal structure of the N-terminal domain of NUP358/RanBP2 (residues 1-752) T585M mutant in complex with Fab fragment 提交 2021-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–752（752 aa）
突变：I599M, T585M 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；2.5 % (w/v) PEG 4,000; 0.15 M sodium acetate; 0.1 M sodium citrate
分辨率 4.70 Å R-free 0.254
7MNN Crystal structure of the N-terminal domain of NUP358/RanBP2 (residues 1-752) T653I mutant in complex with Fab fragment 提交 2021-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–752（752 aa）
突变：I599M, T653I 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；294 K；4 (w/v) % PEG 4,000; 0.15 M sodium acetate; 0.1 M sodium citrate
分辨率 6.70 Å R-free 0.263
7MNN Crystal structure of the N-terminal domain of NUP358/RanBP2 (residues 1-752) T653I mutant in complex with Fab fragment 提交 2021-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–752（752 aa）
突变：I599M, T653I 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；294 K；4 (w/v) % PEG 4,000; 0.15 M sodium acetate; 0.1 M sodium citrate
分辨率 6.70 Å R-free 0.263
7MNO Crystal structure of the N-terminal domain of NUP358/RanBP2 (residues 1-752) I656V mutant in complex with Fab fragment 提交 2021-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–752（752 aa）
突变：I599M, I656V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；294 K；3.5 % (w/v) PEG 4,000; 0.15 M sodium acetate; 0.1 M sodium citrate
分辨率 6.73 Å R-free 0.254
7MNO Crystal structure of the N-terminal domain of NUP358/RanBP2 (residues 1-752) I656V mutant in complex with Fab fragment 提交 2021-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–752（752 aa）
突变：I599M, I656V 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.6；294 K；3.5 % (w/v) PEG 4,000; 0.15 M sodium acetate; 0.1 M sodium citrate
分辨率 6.73 Å R-free 0.254
7MNP Crystal Structure of the ZnF2 of Nucleoporin NUP358/RanBP2 in complex with Ran-GDP 提交 2021-05-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1407–1443（37 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；294 K；17 % (w/v) PEG 3,350; 0.1M Bis-Tris
分辨率 2.05 Å R-free 0.231
7MNP Crystal Structure of the ZnF2 of Nucleoporin NUP358/RanBP2 in complex with Ran-GDP 提交 2021-05-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1407–1443（37 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；294 K；17 % (w/v) PEG 3,350; 0.1M Bis-Tris
分辨率 2.05 Å R-free 0.231
7MNQ Crystal Structure of the ZnF2 of Nucleoporin NUP358/RanBP2 in complex with Ran-GDP 提交 2021-05-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1407–1443（37 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；21% (w/v) PEG 3350; 0.1 M Bis-Tris
分辨率 2.05 Å R-free 0.208
7MNR Crystal Structure of the ZnF3 of Nucleoporin NUP358/RanBP2 in complex with Ran-GDP 提交 2021-05-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1471–1507（37 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；19% (w/v) PEG 3350; 0.1 M Bis-Tris
分辨率 1.80 Å R-free 0.196
7MNS Crystal Structure of the ZnF4 of Nucleoporin NUP358/RanBP2 in complex with Ran-GDP 提交 2021-05-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1535–1571（37 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；18 % (w/v) PEG 3,350; 0.1M Bis-Tris
分辨率 2.10 Å R-free 0.203
7MNT Crystal Structure of the ZnF5 or ZnF6 of Nucleoporin NUP358/RanBP2 in complex with Ran-GDP 提交 2021-05-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1598–1634（37 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；19 % (w/v) PEG 3,350; 0.1M Bis-Tris
分辨率 2.45 Å R-free 0.257
7MNT Crystal Structure of the ZnF5 or ZnF6 of Nucleoporin NUP358/RanBP2 in complex with Ran-GDP 提交 2021-05-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1598–1634（37 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；19 % (w/v) PEG 3,350; 0.1M Bis-Tris
分辨率 2.45 Å R-free 0.257
7MNU Crystal Structure of the ZnF7 of Nucleoporin NUP358/RanBP2 in complex with Ran-GDP 提交 2021-05-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1716–1752（37 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；294 K；19% (w/v) PEG 3350; 0.1 M Bis-Tris
分辨率 2.00 Å R-free 0.224
7MNV Crystal Structure of the ZnF8 of Nucleoporin NUP358/RanBP2 in complex with Ran-GDP 提交 2021-05-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1773–1809（37 aa）
未记录 GDP GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GOL GLYCEROL × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；294 K；19% (w/v) PEG 3350; 0.1 M Bis-Tris
分辨率 1.80 Å R-free 0.185
7MNW Crystal Structure of Nup358/RanBP2 Ran-binding domain 1 in complex with Ran-GPPNHP 提交 2021-05-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1171–1306（136 aa） 片段：RAN-binding domain 1 of the E3 SUMO-PROTEIN LIGASE RANBP2 (UNP residues 1171-1306)
未记录 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；20% w/v PEG3350, 0.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate
分辨率 2.40 Å R-free 0.242
7MNW Crystal Structure of Nup358/RanBP2 Ran-binding domain 1 in complex with Ran-GPPNHP 提交 2021-05-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 1171–1306（136 aa） 片段：RAN-binding domain 1 of the E3 SUMO-PROTEIN LIGASE RANBP2 (UNP residues 1171-1306)
未记录 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；20% w/v PEG3350, 0.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate
分辨率 2.40 Å R-free 0.242
7MNW Crystal Structure of Nup358/RanBP2 Ran-binding domain 1 in complex with Ran-GPPNHP 提交 2021-05-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 1171–1306（136 aa） 片段：RAN-binding domain 1 of the E3 SUMO-PROTEIN LIGASE RANBP2 (UNP residues 1171-1306)
未记录 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；20% w/v PEG3350, 0.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate
分辨率 2.40 Å R-free 0.242
7MNW Crystal Structure of Nup358/RanBP2 Ran-binding domain 1 in complex with Ran-GPPNHP 提交 2021-05-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 1171–1306（136 aa） 片段：RAN-binding domain 1 of the E3 SUMO-PROTEIN LIGASE RANBP2 (UNP residues 1171-1306)
未记录 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；20% w/v PEG3350, 0.2 M potassium sodium tartrate tetrahydrate
分辨率 2.40 Å R-free 0.242
7MNX Crystal Structure of Nup358/RanBP2 Ran-binding domain 2 in complex with Ran-GPPNHP 提交 2021-05-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2012–2148（137 aa） 片段：RAN-binding domain 2 of the E3 SUMO-PROTEIN LIGASE RANBP2 (UNP residues 2012-2148)
未记录 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；15% w/v PEG3350, 0.125 M magnesium formate
分辨率 2.40 Å R-free 0.230
7MNX Crystal Structure of Nup358/RanBP2 Ran-binding domain 2 in complex with Ran-GPPNHP 提交 2021-05-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 2012–2148（137 aa） 片段：RAN-binding domain 2 of the E3 SUMO-PROTEIN LIGASE RANBP2 (UNP residues 2012-2148)
未记录 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；15% w/v PEG3350, 0.125 M magnesium formate
分辨率 2.40 Å R-free 0.230
7MNX Crystal Structure of Nup358/RanBP2 Ran-binding domain 2 in complex with Ran-GPPNHP 提交 2021-05-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 2012–2148（137 aa） 片段：RAN-binding domain 2 of the E3 SUMO-PROTEIN LIGASE RANBP2 (UNP residues 2012-2148)
未记录 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；15% w/v PEG3350, 0.125 M magnesium formate
分辨率 2.40 Å R-free 0.230
7MNX Crystal Structure of Nup358/RanBP2 Ran-binding domain 2 in complex with Ran-GPPNHP 提交 2021-05-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 2012–2148（137 aa） 片段：RAN-binding domain 2 of the E3 SUMO-PROTEIN LIGASE RANBP2 (UNP residues 2012-2148)
未记录 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；15% w/v PEG3350, 0.125 M magnesium formate
分辨率 2.40 Å R-free 0.230
7MNX Crystal Structure of Nup358/RanBP2 Ran-binding domain 2 in complex with Ran-GPPNHP 提交 2021-05-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 J 2012–2148（137 aa） 片段：RAN-binding domain 2 of the E3 SUMO-PROTEIN LIGASE RANBP2 (UNP residues 2012-2148)
未记录 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；15% w/v PEG3350, 0.125 M magnesium formate
分辨率 2.40 Å R-free 0.230
7MNX Crystal Structure of Nup358/RanBP2 Ran-binding domain 2 in complex with Ran-GPPNHP 提交 2021-05-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 2012–2148（137 aa） 片段：RAN-binding domain 2 of the E3 SUMO-PROTEIN LIGASE RANBP2 (UNP residues 2012-2148)
未记录 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；15% w/v PEG3350, 0.125 M magnesium formate
分辨率 2.40 Å R-free 0.230
7MNY Crystal Structure of Nup358/RanBP2 Ran-binding domain 3 in complex with Ran-GPPNHP 提交 2021-05-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2309–2443（135 aa） 片段：RAN-binding domain 3 of the E3 SUMO-PROTEIN LIGASE RANBP2 (UNP residues 2309-2443)
未记录 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；20% w/v PEG3350, 0.2 M sodium formate
分辨率 2.70 Å R-free 0.262
7MNY Crystal Structure of Nup358/RanBP2 Ran-binding domain 3 in complex with Ran-GPPNHP 提交 2021-05-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 2309–2443（135 aa） 片段：RAN-binding domain 3 of the E3 SUMO-PROTEIN LIGASE RANBP2 (UNP residues 2309-2443)
未记录 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；20% w/v PEG3350, 0.2 M sodium formate
分辨率 2.70 Å R-free 0.262
7MNY Crystal Structure of Nup358/RanBP2 Ran-binding domain 3 in complex with Ran-GPPNHP 提交 2021-05-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 2309–2443（135 aa） 片段：RAN-binding domain 3 of the E3 SUMO-PROTEIN LIGASE RANBP2 (UNP residues 2309-2443)
未记录 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；20% w/v PEG3350, 0.2 M sodium formate
分辨率 2.70 Å R-free 0.262
7MNY Crystal Structure of Nup358/RanBP2 Ran-binding domain 3 in complex with Ran-GPPNHP 提交 2021-05-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 2309–2443（135 aa） 片段：RAN-binding domain 3 of the E3 SUMO-PROTEIN LIGASE RANBP2 (UNP residues 2309-2443)
未记录 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；20% w/v PEG3350, 0.2 M sodium formate
分辨率 2.70 Å R-free 0.262
7MNY Crystal Structure of Nup358/RanBP2 Ran-binding domain 3 in complex with Ran-GPPNHP 提交 2021-05-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 J 2309–2443（135 aa） 片段：RAN-binding domain 3 of the E3 SUMO-PROTEIN LIGASE RANBP2 (UNP residues 2309-2443)
未记录 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；20% w/v PEG3350, 0.2 M sodium formate
分辨率 2.70 Å R-free 0.262
7MNY Crystal Structure of Nup358/RanBP2 Ran-binding domain 3 in complex with Ran-GPPNHP 提交 2021-05-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 2309–2443（135 aa） 片段：RAN-binding domain 3 of the E3 SUMO-PROTEIN LIGASE RANBP2 (UNP residues 2309-2443)
未记录 GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；294 K；20% w/v PEG3350, 0.2 M sodium formate
分辨率 2.70 Å R-free 0.262
7MNZ Crystal Structure of Nup358/RanBP2 Ran-binding domain 4 in complex with Ran-GPPNHP 提交 2021-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2911–3045（135 aa） 片段：;RAN-binding domain 4 of the E3 SUMO-PROTEIN LIGASE RANBP2 (UNP residues 2911-3045), WHTMKNYY/QNYDNKQV mutant (UNP residues 2962-2969) ;
突变：W2962Q, H2963N, T2964Y, M2965D, K2966N, N2967K, Y2928Q, Y2969V GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；20% w/v PEG3350, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES
分辨率 2.35 Å R-free 0.225
7MNZ Crystal Structure of Nup358/RanBP2 Ran-binding domain 4 in complex with Ran-GPPNHP 提交 2021-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 2911–3045（135 aa） 片段：;RAN-binding domain 4 of the E3 SUMO-PROTEIN LIGASE RANBP2 (UNP residues 2911-3045), WHTMKNYY/QNYDNKQV mutant (UNP residues 2962-2969) ;
突变：W2962Q, H2963N, T2964Y, M2965D, K2966N, N2967K, Y2928Q, Y2969V GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；20% w/v PEG3350, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES
分辨率 2.35 Å R-free 0.225
7MNZ Crystal Structure of Nup358/RanBP2 Ran-binding domain 4 in complex with Ran-GPPNHP 提交 2021-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 F 2911–3045（135 aa） 片段：;RAN-binding domain 4 of the E3 SUMO-PROTEIN LIGASE RANBP2 (UNP residues 2911-3045), WHTMKNYY/QNYDNKQV mutant (UNP residues 2962-2969) ;
突变：W2962Q, H2963N, T2964Y, M2965D, K2966N, N2967K, Y2928Q, Y2969V GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；20% w/v PEG3350, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES
分辨率 2.35 Å R-free 0.225
7MNZ Crystal Structure of Nup358/RanBP2 Ran-binding domain 4 in complex with Ran-GPPNHP 提交 2021-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 H 2911–3045（135 aa） 片段：;RAN-binding domain 4 of the E3 SUMO-PROTEIN LIGASE RANBP2 (UNP residues 2911-3045), WHTMKNYY/QNYDNKQV mutant (UNP residues 2962-2969) ;
突变：W2962Q, H2963N, T2964Y, M2965D, K2966N, N2967K, Y2928Q, Y2969V GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；20% w/v PEG3350, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES
分辨率 2.35 Å R-free 0.225
7MNZ Crystal Structure of Nup358/RanBP2 Ran-binding domain 4 in complex with Ran-GPPNHP 提交 2021-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 J 2911–3045（135 aa） 片段：;RAN-binding domain 4 of the E3 SUMO-PROTEIN LIGASE RANBP2 (UNP residues 2911-3045), WHTMKNYY/QNYDNKQV mutant (UNP residues 2962-2969) ;
突变：W2962Q, H2963N, T2964Y, M2965D, K2966N, N2967K, Y2928Q, Y2969V GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；20% w/v PEG3350, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES
分辨率 2.35 Å R-free 0.225
7MNZ Crystal Structure of Nup358/RanBP2 Ran-binding domain 4 in complex with Ran-GPPNHP 提交 2021-05-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 L 2911–3045（135 aa） 片段：;RAN-binding domain 4 of the E3 SUMO-PROTEIN LIGASE RANBP2 (UNP residues 2911-3045), WHTMKNYY/QNYDNKQV mutant (UNP residues 2962-2969) ;
突变：W2962Q, H2963N, T2964Y, M2965D, K2966N, N2967K, Y2928Q, Y2969V GNP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；294 K；20% w/v PEG3350, 0.1 M ammonium sulfate, 0.1 M HEPES
分辨率 2.35 Å R-free 0.225
7R5J Human nuclear pore complex (dilated) 提交 2022-02-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 808 PDB 声明：808-meric
链 00 1–3224（3224 aa）
链 01 1–3224（3224 aa）
链 02 1–3224（3224 aa）
链 03 1–3224（3224 aa）
链 04 1–3224（3224 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE-PROPANE
分辨率 50.00 Å
7R5K Human nuclear pore complex (constricted) 提交 2022-02-10 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 808 PDB 声明：808-meric
链 00 1–3224（3224 aa）
链 01 1–3224（3224 aa）
链 02 1–3224（3224 aa）
链 03 1–3224（3224 aa）
链 04 1–3224（3224 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 12.00 Å
9B62 Human RANBP2/RAN(GTP)/RANGAP1-SUMO1/UBC9/CRM1/RAN(GTP) - composite map and model 提交 2024-03-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 E 2446–3060（615 aa）
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；20 mM Tris-Cl pH 8.0, 50 mM NaCl, 0.1 mM TCEP supplemented with 0.02% (v/v) IGEPAL CA-630
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE；30 s wait time, blot for 2.5 s before plunging
分辨率 2.90 Å

共 31 个其他 PDB 条目、68 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RBP2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–129； UniProt 2028–2154

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1xke

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1xke
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1xke
沉积日期 deposition_date2004-09-28
结构标题 titleSolution structure of the second Ran-binding domain from human RanBP2
关键词 keywordsbeta barrel, pleckstrin-homology (PH) domain, phosphotyrosine-binding (PTB) domain, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 methodSOLUTION NMR
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier14.52 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron14.30 Å
零角强度 I(0) i01234960000.00
分子量 molecular_weight302350.0 kDa
排除体积 excluded_volume380410 ų
包络体积 envelope_volume34374 ų
水化壳体积 shell_volume17015 ų
包络直径 envelope_diameter60.8 Å
壳层 Rg shell_rg23.30 Å
包络 Rg envelope_rg17.44 Å
形状 Rg shape_rg14.28 Å
总 Rg total_rg14.51 Å
总原子数 total_atoms42840
残基数 n_residues2600
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax55.3 Å
Rg (实空间) rg_real14.45 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.55 Å
I(0) (实空间) i0_real1.2350e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.7750e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal14.46 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1235000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8069
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary18.9 Å
偏度 Skewness skewness0.208
峰度 Kurtosis kurtosis-0.122
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha381700.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.520; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.928; Smooth: 0.999
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd1xkea1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.55 — PH domain-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.55.1 — PH domain-like
家族 Family familyb.55.1.3 — Ran-binding domain
结构域编号 domain_idd1xkea2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd1xkea3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id1xkeA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology29 — PH-domain like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB)
▶

8. 引用文献 (2)

▶

9. 文件与曲线 (10)