1xwd

Crystal Structure of Human Follicle Stimulating Hormone Complexed with its Receptor

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 108.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Glycoprotein hormones alpha chain

Homo sapiens

UniProt P01215

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 25–116 未记录 Follitropin beta chain × 1 (P01225) Follicle stimulating hormone receptor × 1 (P23945) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.4;293 K;PEG 3350, lithium sulfate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.92 Å R-free 0.259
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 25–116 未记录 Follitropin beta chain × 1 (P01225) Follicle stimulating hormone receptor × 1 (P23945) beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.4;293 K;PEG 3350, lithium sulfate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.92 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 15 个其他 PDB 条目、19 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 GLHA_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–92; UniProt 25–116 作者链 D; PDB构建体 1–92; UniProt 25–116

Follitropin beta chain

Homo sapiens

UniProt P01225

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 19–129 未记录 Glycoprotein hormones alpha chain × 1 (P01215) Follicle stimulating hormone receptor × 1 (P23945) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.4;293 K;PEG 3350, lithium sulfate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.92 Å R-free 0.259
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 E; UniProt 19–129 未记录 Glycoprotein hormones alpha chain × 1 (P01215) Follicle stimulating hormone receptor × 1 (P23945) beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.4;293 K;PEG 3350, lithium sulfate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.92 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 5 个其他 PDB 条目、11 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FSHB_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–111; UniProt 19–129 作者链 E; PDB构建体 1–111; UniProt 19–129

Follicle stimulating hormone receptor

Homo sapiens

UniProt P23945

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 17–268 片段:Extracellular domain Glycoprotein hormones alpha chain × 1 (P01215) Follitropin beta chain × 1 (P01225) 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 4 SO4 SULFATE ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.4;293 K;PEG 3350, lithium sulfate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.92 Å R-free 0.259
2 其他组合 异源复合物 蛋白 × 3 其他聚合物 1 PDB 声明:trimeric(3) 与蛋白拷贝数一致 链 F; UniProt 17–268 片段:Extracellular domain Glycoprotein hormones alpha chain × 1 (P01215) Follitropin beta chain × 1 (P01225) beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 6.4;293 K;PEG 3350, lithium sulfate, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K 分辨率 2.92 Å R-free 0.259

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 4 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 FSHR_HUMAN
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–252; UniProt 17–268 作者链 F; PDB构建体 1–252; UniProt 17–268

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1xwd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1xwd
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1xwd
沉积日期 deposition_date2004-10-30
结构标题 titleCrystal Structure of Human Follicle Stimulating Hormone Complexed with its Receptor
关键词 keywordsHormone-receptor complex, Leucine-rich repeats, Cysteine-knot motif, Hormone-Growth Factor COMPLEX; Hormone/Growth Factor
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier33.28
回转半径 Rg (电子) rg_electron32.61
零角强度 I(0) i0164425000.00
分子量 molecular_weight99847.0 kDa
排除体积 excluded_volume123990 ų
包络体积 envelope_volume162240 ų
水化壳体积 shell_volume41684 ų
包络直径 envelope_diameter118.6
壳层 Rg shell_rg39.02
包络 Rg envelope_rg32.55
形状 Rg shape_rg32.57
总 Rg total_rg33.26
总原子数 total_atoms6981
残基数 n_residues862
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax108.2
Rg (实空间) rg_real33.31
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.88
I(0) (实空间) i0_real1.6440e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.4840e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal33.30
I(0) (倒空间) i0_reciprocal164400000.0000
解质量估计 total_estimate0.8889
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary36.0
偏度 Skewness skewness0.360
峰度 Kurtosis kurtosis-0.382
角度范围 angular_range— – 0.2400 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha18900000.0000
实空间数据点数 n_real_points49
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.898; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.867

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd1xwda_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamilyg.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family familyg.17.1.4 — Gonadodropin/Follitropin
结构域编号 domain_idd1xwdb1
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamilyg.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family familyg.17.1.4 — Gonadodropin/Follitropin
结构域编号 domain_idd1xwdc1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
超家族 Superfamily superfamilyc.10.2 — L domain-like
家族 Family familyc.10.2.7 — Ngr ectodomain-like
结构域编号 domain_idd1xwdd_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamilyg.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family familyg.17.1.4 — Gonadodropin/Follitropin
结构域编号 domain_idd1xwde_
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.17 — Cystine-knot cytokines
超家族 Superfamily superfamilyg.17.1 — Cystine-knot cytokines
家族 Family familyg.17.1.4 — Gonadodropin/Follitropin
结构域编号 domain_idd1xwdf_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
超家族 Superfamily superfamilyc.10.2 — L domain-like
家族 Family familyc.10.2.7 — Ngr ectodomain-like

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id1xwdA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cystine-knot cytokines
结构域编号 domain_id1xwdB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cystine-knot cytokines
结构域编号 domain_id1xwdC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease Inhibitor
结构域编号 domain_id1xwdD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cystine-knot cytokines
结构域编号 domain_id1xwdE00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture10 — Ribbon
拓扑 Topology topology90 — Cystine Knot Cytokines, subunit B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cystine-knot cytokines
结构域编号 domain_id1xwdF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture80 — Alpha-Beta Horseshoe
拓扑 Topology topology10 — Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ribonuclease Inhibitor

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)