1y6w

Trapped intermediate of calmodulin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 71.1 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Calmodulin

Homo sapiens

UniProt P62158

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–148 突变:Q41C, D64N, K75C 非标准单体:是(mmCIF未提供具体位点) CA CALCIUM ION × 4 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1 TBU TERTIARY-BUTYL ALCOHOL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.2;277 K;32% (w/v) 2-methyl-2,4-pentanediol, 10% (v/v) t-butanol, 20 mM Na-cacodylate, 5 mM CaCl2, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K 分辨率 2.40 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 105 个其他 PDB 条目、176 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CALM_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–148; UniProt 1–148

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1y6w

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1y6w
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1y6w
沉积日期 deposition_date2004-12-07
结构标题 titleTrapped intermediate of calmodulin
关键词 keywordsEF-hand, calcium-binding protein, engineered disulfide; Calcium-Binding Protein
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier20.91
回转半径 Rg (电子) rg_electron20.76
零角强度 I(0) i06309050.00
分子量 molecular_weight17084.0 kDa
排除体积 excluded_volume20516 ų
包络体积 envelope_volume25943 ų
水化壳体积 shell_volume11710 ų
包络直径 envelope_diameter71.2
壳层 Rg shell_rg24.48
包络 Rg envelope_rg20.49
形状 Rg shape_rg20.86
总 Rg total_rg21.03
总原子数 total_atoms1154
残基数 n_residues136
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax71.1
Rg (实空间) rg_real21.14
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.61
I(0) (实空间) i0_real6.3090e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.5160e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.10
I(0) (倒空间) i0_reciprocal6309000.0000
解质量估计 total_estimate0.6159
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary17.5
偏度 Skewness skewness0.436
峰度 Kurtosis kurtosis-0.695
角度范围 angular_range— – 0.3800 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha731200.0000
实空间数据点数 n_real_points70
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.552; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.301; Positv: 1.000; Valcen: 0.467; Smooth: 0.979

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1y6wa_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamilya.39.1 — EF-hand
家族 Family familya.39.1.5 — Calmodulin-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1y6wA01
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand
结构域编号 domain_id1y6wA02
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — EF-hand

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)