SAXSdb — 1y92

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Seminal ribonuclease

Bos taurus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RNS_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–124； UniProt 27–150 作者链 B； PDB构建体 1–124； UniProt 27–150

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1y92
沉积日期 deposition_date	2004-12-14
结构标题 title	Crystal structure of the P19A/N67D Variant Of Bovine seminal Ribonuclease
关键词 keywords	nuclease, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

1y92__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

1y92__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

1y92__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	21.27 Å
Rg（电子密度）	21.20 Å
总 Rg	21.90 Å
原子数	1853
残基数	244
排除体积	32710 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`1y92__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d1y92a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.5 — RNase A-like
超家族 Superfamily superfamily	d.5.1 — RNase A-like
家族 Family family	d.5.1.1 — Ribonuclease A-like

结构域编号 domain_id	d1y92b_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.5 — RNase A-like
超家族 Superfamily superfamily	d.5.1 — RNase A-like
家族 Family family	d.5.1.1 — Ribonuclease A-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	1y92A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	130 — P-30 Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease A-like domain

结构域编号 domain_id	1y92B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	130 — P-30 Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ribonuclease A-like domain

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7. 引用文献 (8)

The Role of the Hinge Loop in Domain Swapping: THE SPECIAL CASE OF BOVINE SEMINAL RIBONUCLEASE.

J.Biol.Chem. (2005)

PMID: 15647261 · DOI: 10.1074/jbc.M413157200 PRIMARY

Population shift vs induced fit: the case of bovine seminal ribonuclease swapping dimer.

Biopolymers (2004)

;Structure and stability of the non-covalent swapped dimer of bovine seminal ribonuclease: an enzyme tailored to evade ribonuclease protein inhibitor. ;

J.Biol.Chem. (2004)

The unswapped chain of bovine seminal ribonuclease: Crystal structure of the free and liganded monomeric derivative.

Proteins (2003)

A potential allosteric subsite generated by domain swapping in bovine seminal ribonuclease.

J.Mol.Biol. (1999)

A potential allosteric subsite generated by domain swapping in bovine seminal ribonuclease.

J.Mol.Biol. (1999)

;Binding of a substrate analog to a domain swapping protein: X-ray structure of the complex of bovine seminal ribonuclease with uridylyl(2',5')adenosine. ;

Protein Sci. (1998)

Bovine seminal ribonuclease: structure at 1.9 resolution

Acta Crystallogr.,Sect.D (1993)

晶胞边长 a length_a	49.500 Å
晶胞边长 b length_b	62.433 Å
晶胞边长 c length_c	81.594 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.1910
R_work r_work	0.1710
R_free r_free	0.2020

描述 description	Seminal ribonuclease
分子量 formula_weight	13607.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.27.5
突变 mutation	P19A, N67D
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1949

Crystal structure of the P19A/N67D Variant Of Bovine seminal Ribonuclease

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Seminal ribonuclease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1y92__assembly_1__model_1

1y92__assembly_1__model_1 | I(q)

1y92__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (8)

来源生物 organism	Bos taurus
通用名 common_name	cattle
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9913
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	96

Crystal structure of the P19A/N67D Variant Of Bovine seminal Ribonuclease

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Seminal ribonuclease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

1y92__assembly_1__model_1

1y92__assembly_1__model_1 | I(q)

1y92__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (8)