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1yvb

the Plasmodium falciparum Cysteine Protease Falcipain-2

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 88.2 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

falcipain 2

Plasmodium falciparum

UniProt Q9N6S8

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 244–484 未记录 Cystatin × 1 （P01038） GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；0.1 M HEPES pH 7.5 and 4.3 M NaCl , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.70 Å R-free 0.264

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1YVB Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2GHU Crystal structure of falcipain-2 from Plasmodium falciparum 提交 2006-03-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 244–484（241 aa） 片段：Mature wild-type enzyme (residues 1-241)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；0.4-0.8 M ammonium sulfate, 100 mM sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 3.10 Å R-free 0.274
2GHU Crystal structure of falcipain-2 from Plasmodium falciparum 提交 2006-03-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 244–484（241 aa） 片段：Mature wild-type enzyme (residues 1-241)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；0.4-0.8 M ammonium sulfate, 100 mM sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 3.10 Å R-free 0.274
2GHU Crystal structure of falcipain-2 from Plasmodium falciparum 提交 2006-03-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 244–484（241 aa） 片段：Mature wild-type enzyme (residues 1-241)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；0.4-0.8 M ammonium sulfate, 100 mM sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 3.10 Å R-free 0.274
2GHU Crystal structure of falcipain-2 from Plasmodium falciparum 提交 2006-03-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 244–484（241 aa） 片段：Mature wild-type enzyme (residues 1-241)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；0.4-0.8 M ammonium sulfate, 100 mM sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 3.10 Å R-free 0.274
2OUL The Structure of Chagasin in Complex with a Cysteine Protease Clarifies the Binding Mode and Evolution of a New Inhibitor Family 提交 2007-02-11 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 244–484（241 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7；277 K；20% (v/v) PEG-300, 0.1 M Tris pH 8.5, 5% (w/v) PEG8000, and 10-15% (v/v) glycerol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K, pH 7.00
分辨率 2.20 Å R-free 0.232
3PNR Structure of PbICP-C in complex with falcipain-2 提交 2010-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 245–484（240 aa） 片段：mature FP-2 (UNP residues 245-484)
突变：C285A GOL GLYCEROL × 3 CD CADMIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；291 K；200 mM sodium acetate, 27.5 mM CdCl2, 100 mM MES, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.60 Å R-free 0.229
6SSZ Structure of the Plasmodium falciparum falcipain 2 protease in complex with an (E)-chalcone inhibitor. 提交 2019-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 244–483（240 aa）
突变：C25A JV1 (~{E})-3-(1,3-benzodioxol-5-yl)-1-(3-nitrophenyl)prop-2-en-1-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；Mother liquor comprising 0.12 M of monosaccharides mixture (D-glucose; D-mannose; D-galactose; L-fucose; D-xylose; N-acetyl-D-glucosamine), 0.1 M Tris/Bicine (pH 8.5); 20% v/v glycerol, 10% w/v PEG 4000. Crystal soaked for 2 hours with (E)-chalcone #48 inhibitor. Inhibitor prepared in 100% DMSO, 100 mM concentration and then diluted to 1 mM in mother liquor for crystal soaking.
分辨率 3.45 Å R-free 0.308
6SSZ Structure of the Plasmodium falciparum falcipain 2 protease in complex with an (E)-chalcone inhibitor. 提交 2019-09-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 244–483（240 aa）
突变：C25A JV1 (~{E})-3-(1,3-benzodioxol-5-yl)-1-(3-nitrophenyl)prop-2-en-1-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；Mother liquor comprising 0.12 M of monosaccharides mixture (D-glucose; D-mannose; D-galactose; L-fucose; D-xylose; N-acetyl-D-glucosamine), 0.1 M Tris/Bicine (pH 8.5); 20% v/v glycerol, 10% w/v PEG 4000. Crystal soaked for 2 hours with (E)-chalcone #48 inhibitor. Inhibitor prepared in 100% DMSO, 100 mM concentration and then diluted to 1 mM in mother liquor for crystal soaking.
分辨率 3.45 Å R-free 0.308

共 4 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 Q9N6S8_PLAFA
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–241； UniProt 244–484

Cystatin

物种未注明

UniProt P01038

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 I； UniProt 29–139 未记录 falcipain 2 × 1 （Q9N6S8） GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277 K；0.1 M HEPES pH 7.5 and 4.3 M NaCl , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K 分辨率 2.70 Å R-free 0.264

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1YVB Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1A67 CHICKEN EGG WHITE CYSTATIN WILDTYPE, NMR, 16 STRUCTURES 提交 1998-03-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 32–139（108 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 5.5；303 K
分辨率未提供
1A90 RECOMBINANT MUTANT CHICKEN EGG WHITE CYSTATIN, NMR, 31 STRUCTURES 提交 1998-04-14 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 9–116（108 aa）
突变：M29I, M89L 未记录非水小分子 SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件 分辨率未提供
1CEW THE 2.0 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF CHICKEN EGG WHITE CYSTATIN AND ITS POSSIBLE MODE OF INTERACTION WITH CYSTEINE PROTEINASES 提交 1993-04-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 I 32–139（108 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.00 Å

共 3 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CYT_CHICK
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 I； PDB构建体 1–111； UniProt 29–139

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1yvb

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1yvb
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1yvb
沉积日期 deposition_date2005-02-15
结构标题 titlethe Plasmodium falciparum Cysteine Protease Falcipain-2
关键词 keywordscysteine protease-inhibitor complex, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier24.68 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron24.00 Å
零角强度 I(0) i027549200.00
分子量 molecular_weight39814.0 kDa
排除体积 excluded_volume49616 ų
包络体积 envelope_volume60344 ų
水化壳体积 shell_volume22443 ų
包络直径 envelope_diameter92.5 Å
壳层 Rg shell_rg29.26 Å
包络 Rg envelope_rg24.61 Å
形状 Rg shape_rg23.96 Å
总 Rg total_rg24.77 Å
总原子数 total_atoms2795
残基数 n_residues320
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax88.2 Å
Rg (实空间) rg_real24.90 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.82 Å
I(0) (实空间) i0_real2.7550e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.6050e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal24.85 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal27550000.0000
解质量估计 total_estimate0.7391
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary23.8 Å
偏度 Skewness skewness0.548
峰度 Kurtosis kurtosis-0.200
角度范围 angular_range— – 0.3200 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7025000.0000
实空间数据点数 n_real_points64
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.646; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.679; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd1yvba1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.3 — Cysteine proteinases
超家族 Superfamily superfamilyd.3.1 — Cysteine proteinases
家族 Family familyd.3.1.1 — Papain-like
结构域编号 domain_idd1yvbi_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.17 — Cystatin-like
超家族 Superfamily superfamilyd.17.1 — Cystatin/monellin
家族 Family familyd.17.1.2 — Cystatins

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1yvbA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology70 — Cathepsin B; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Cysteine proteinases
结构域编号 domain_id1yvbI00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology450 — Nuclear Transport Factor 2; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)