1yvh

Crystal Structure of the c-Cbl TKB Domain in Complex with the APS pTyr-618 Phosphopeptide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 68.8 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CBL E3 ubiquitin protein ligase

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 23–351	片段：Tyrosine kinase binding domain, residues 25-351	13-mer fragment of SH2 and PH domain-containing adapter protein APS × 1 （Q9Z200） MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；277 K；PEG 8000, magnesium acetate, sodium cacodylate, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.05 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 1YVH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B47 STRUCTURE OF THE N-TERMINAL DOMAIN OF CBL IN COMPLEX WITH ITS BINDING SITE IN ZAP-70 提交 1999-01-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 47–350（304 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN 链 B 47–350（304 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN 链 C 47–350（304 aa）片段：N-TERMINAL DOMAIN	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6	分辨率 2.20 Å R-free 0.266
1FBV STRUCTURE OF A CBL-UBCH7 COMPLEX: RING DOMAIN FUNCTION IN UBIQUITIN-PROTEIN LIGASES 提交 2000-07-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 47–434（388 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 SO4 SULFATE ION × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；277 K；Sodium Citrate, Ammonium Sulfate,, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.90 Å R-free 0.262
2CBL N-TERMINAL DOMAIN OF CBL IN COMPLEX WITH ITS BINDING SITE ON ZAP-70 提交 1998-08-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 A 47–351（305 aa）片段：DOMAIN	未记录	CA CALCIUM ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.1；pH 6.1	分辨率 2.10 Å R-free 0.245
2JUJ Solution Structure of the UBA domain from c-Cbl 提交 2007-08-30	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 851–906（56 aa）片段：UBA domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 ambient NMR样品组成 20mM sodium phosphate, 50mM sodium chloride, 1mM DTT, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 20mM sodium phosphate, 50mM sodium chloride, 1mM DTT, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 20mM sodium phosphate, 50mM sodium chloride, 1mM DTT, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2K4D E2-c-Cbl recognition is necessary but not sufficient for ubiquitination activity 提交 2008-06-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 358–437（80 aa）片段：RING domain, residues 358-437	未记录	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 ambient NMR样品组成 1mM [U-99% 15N] c-Cbl; 50mM potassium phosphate; 100mM sodium chloride; 0.100mM zinc chloride; 0.2mM PMSF; 5mM DTT; 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1mM [U-99% 13C; U-99% 15N] c-Cbl; 50mM potassium phosphate; 100mM sodium chloride; 0.100mM zinc chloride; 0.2mM PMSF; 5mM DTT; 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2OO9 crystal structure of the UBA domain from human c-Cbl ubiquitin ligase 提交 2007-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 856–895（40 aa）片段：UBA domain 链 B 856–895（40 aa）片段：UBA domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；3.8M sodium formate, 0.1M Tris, 4% (v/v) glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.260
2OO9 crystal structure of the UBA domain from human c-Cbl ubiquitin ligase 提交 2007-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 856–895（40 aa）片段：UBA domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；3.8M sodium formate, 0.1M Tris, 4% (v/v) glycerol, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.260
2Y1M Structure of native c-Cbl 提交 2010-12-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 47–435（389 aa）片段：RESIDUES 47-435	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；0.1 M TRIS-HCL, PH 9.0-9.5, 3.7-4.0 M SODIUM FORMATE, 5 MM DTT	分辨率 2.67 Å R-free 0.263
2Y1M Structure of native c-Cbl 提交 2010-12-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 47–435（389 aa）片段：RESIDUES 47-435	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；0.1 M TRIS-HCL, PH 9.0-9.5, 3.7-4.0 M SODIUM FORMATE, 5 MM DTT	分辨率 2.67 Å R-free 0.263
2Y1M Structure of native c-Cbl 提交 2010-12-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 47–435（389 aa）片段：RESIDUES 47-435	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；0.1 M TRIS-HCL, PH 9.0-9.5, 3.7-4.0 M SODIUM FORMATE, 5 MM DTT	分辨率 2.67 Å R-free 0.263
2Y1M Structure of native c-Cbl 提交 2010-12-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 47–435（389 aa）片段：RESIDUES 47-435	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；0.1 M TRIS-HCL, PH 9.0-9.5, 3.7-4.0 M SODIUM FORMATE, 5 MM DTT	分辨率 2.67 Å R-free 0.263
2Y1M Structure of native c-Cbl 提交 2010-12-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 47–435（389 aa）片段：RESIDUES 47-435	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；0.1 M TRIS-HCL, PH 9.0-9.5, 3.7-4.0 M SODIUM FORMATE, 5 MM DTT	分辨率 2.67 Å R-free 0.263
2Y1M Structure of native c-Cbl 提交 2010-12-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 47–435（389 aa）片段：RESIDUES 47-435	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 9；0.1 M TRIS-HCL, PH 9.0-9.5, 3.7-4.0 M SODIUM FORMATE, 5 MM DTT	分辨率 2.67 Å R-free 0.263
2Y1N Structure of c-Cbl-ZAP-70 peptide complex 提交 2010-12-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 47–435（389 aa）片段：RESIDUES 47-435	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 18-20% (W/V) PEG 3350, 0.2 M AMMONIUM FORMATE	分辨率 2.00 Å R-free 0.180
2Y1N Structure of c-Cbl-ZAP-70 peptide complex 提交 2010-12-08	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 47–435（389 aa）片段：RESIDUES 47-435	未记录	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 18-20% (W/V) PEG 3350, 0.2 M AMMONIUM FORMATE	分辨率 2.00 Å R-free 0.180
3BUM Crystal structure of c-Cbl-TKB domain complexed with its binding motif in Sprouty2 提交 2008-01-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 25–351（327 aa）片段：c-Cbl TKB domain, UNP residues 25-351	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；ammonium sulfate, PEG3350, pH7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.00 Å R-free 0.263
3BUM Crystal structure of c-Cbl-TKB domain complexed with its binding motif in Sprouty2 提交 2008-01-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 25–351（327 aa）片段：c-Cbl TKB domain, UNP residues 25-351	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；ammonium sulfate, PEG3350, pH7.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.00 Å R-free 0.263
3BUN Crystal structure of c-Cbl-TKB domain complexed with its binding motif in Sprouty4 提交 2008-01-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 23–351（329 aa）片段：c-Cbl TKB domain, CBL N-terminal, UNP residues 23-351	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M NA/K TARTRATE, 20% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.242
3BUN Crystal structure of c-Cbl-TKB domain complexed with its binding motif in Sprouty4 提交 2008-01-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 23–351（329 aa）片段：c-Cbl TKB domain, CBL N-terminal, UNP residues 23-351	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；0.2M NA/K TARTRATE, 20% PEG 3350, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.00 Å R-free 0.242
3BUO Crystal structure of c-Cbl-TKB domain complexed with its binding motif in EGF receptor' 提交 2008-01-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 23–351（329 aa）片段：c-Cbl TKB domain, CBL N-terminal, UNP residues 23-351	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.25M Na formate, 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.278
3BUO Crystal structure of c-Cbl-TKB domain complexed with its binding motif in EGF receptor' 提交 2008-01-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 23–351（329 aa）片段：c-Cbl TKB domain, CBL N-terminal, UNP residues 23-351	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.25M Na formate, 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.278
3BUW Crystal structure of c-Cbl-TKB domain complexed with its binding motif in Syk 提交 2008-01-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 23–351（329 aa）片段：c-Cbl TKB domain, CBL N-terminal, UNP residues 23-351	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.12M ammonium acetate, 18% PEG 3350, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 1.45 Å R-free 0.238
3BUW Crystal structure of c-Cbl-TKB domain complexed with its binding motif in Syk 提交 2008-01-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 23–351（329 aa）片段：c-Cbl TKB domain, CBL N-terminal, UNP residues 23-351	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.12M ammonium acetate, 18% PEG 3350, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 1.45 Å R-free 0.238
3BUW Crystal structure of c-Cbl-TKB domain complexed with its binding motif in Syk 提交 2008-01-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 23–351（329 aa）片段：c-Cbl TKB domain, CBL N-terminal, UNP residues 23-351	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.12M ammonium acetate, 18% PEG 3350, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 1.45 Å R-free 0.238
3BUW Crystal structure of c-Cbl-TKB domain complexed with its binding motif in Syk 提交 2008-01-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 23–351（329 aa）片段：c-Cbl TKB domain, CBL N-terminal, UNP residues 23-351	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；0.12M ammonium acetate, 18% PEG 3350, pH 6.5, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K	分辨率 1.45 Å R-free 0.238
3BUX Crystal structure of c-Cbl-TKB domain complexed with its binding motif in c-Met 提交 2008-01-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 23–351（329 aa）片段：c-Cbl TKB domain, CBL N-terminal, UNP residues 23-351	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.15M malic acid, 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.35 Å R-free 0.240
3BUX Crystal structure of c-Cbl-TKB domain complexed with its binding motif in c-Met 提交 2008-01-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 23–351（329 aa）片段：c-Cbl TKB domain, CBL N-terminal, UNP residues 23-351	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.15M malic acid, 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.35 Å R-free 0.240
3BUX Crystal structure of c-Cbl-TKB domain complexed with its binding motif in c-Met 提交 2008-01-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 23–351（329 aa）片段：c-Cbl TKB domain, CBL N-terminal, UNP residues 23-351	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.15M malic acid, 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.35 Å R-free 0.240
3BUX Crystal structure of c-Cbl-TKB domain complexed with its binding motif in c-Met 提交 2008-01-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 23–351（329 aa）片段：c-Cbl TKB domain, CBL N-terminal, UNP residues 23-351	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；0.15M malic acid, 20% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.35 Å R-free 0.240
3OB1 Crystal structure of c-Cbl TKB domain in complex with double phosphorylated Spry2 peptide 提交 2010-08-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 25–351（327 aa）片段：c-Cbl TKB domain, residues 25-351	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；20% PEG 3350, 0.2M K/Na tartrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.20 Å R-free 0.223
3OB2 Crystal structure of c-Cbl TKB domain in complex with double phosphorylated EGFR peptide 提交 2010-08-06	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 25–351（327 aa）片段：c-Cbl TKB domain, residues 25-351	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；298 K；20% (w/v) PEG 3350, 150mM NaK tartrate, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.10 Å R-free 0.217
3PLF Reverse Binding Mode of MetRD peptide complexed with c-Cbl TKB domain 提交 2010-11-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 25–351（327 aa）片段：TKB domain	未记录	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 6.5；298 K；100mM Bis-tris propane, 50mM ammonium sulfate, pH 6.5, hanging drop, temperature 298K	分辨率 1.92 Å R-free 0.180
3PLF Reverse Binding Mode of MetRD peptide complexed with c-Cbl TKB domain 提交 2010-11-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 25–351（327 aa）片段：TKB domain	未记录	CA CALCIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 hanging drop；pH 6.5；298 K；100mM Bis-tris propane, 50mM ammonium sulfate, pH 6.5, hanging drop, temperature 298K	分辨率 1.92 Å R-free 0.180
4A49 Structure of phosphoTyr371-c-Cbl-UbcH5B complex 提交 2011-10-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 354–435（82 aa）片段：C-CBL RESIDUES 354-435	突变：Y368F 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2 K POTASSIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 291 K；20% (W/V) PEG 3350 AND 0.2 M POTASSIUM THIOCYANATE AT 18 DEGREES CELSIUS.	分辨率 2.21 Å R-free 0.205
4A4B Structure of modified phosphoTyr371-c-Cbl-UbcH5B-ZAP-70 complex 提交 2011-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 47–435（389 aa）片段：TKB DOMAIN, LINKER HELIX REGION, AND RING DOMAIN, RESIDUES 47-435	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；31-35% PENTAERYTHRITOL PROPOXYLATE (5/4 PO/OH), 0.2 M KCL, 50 MM HEPES, PH 7.5	分辨率 2.79 Å R-free 0.267
4A4C Structure of phosphoTyr371-c-Cbl-UbcH5B-ZAP-70 complex 提交 2011-10-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 47–435（389 aa）片段：TKB DOMAIN, LINKER HELIX REGION, AND RING DOMAIN, RESIDUES 47-435	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 277 K；50 MM HEPES, PH 7.5, 0.2 M KCL AND 31-35% (V/V) PENTAERYTHRITOL PROPOXYLATE (5/4 PO/OH) AT 4 DEGREES CELSIUS.	分辨率 2.70 Å R-free 0.268
4GPL Structure of Cbl(TKB) bound to a phosphorylated pentapeptide 提交 2012-08-21	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 47–351（305 aa）片段：human Cbl TKB domain residues 47-351	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.25M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 20% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.248
4GPL Structure of Cbl(TKB) bound to a phosphorylated pentapeptide 提交 2012-08-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 47–351（305 aa）片段：human Cbl TKB domain residues 47-351	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.25M potassium sodium tartrate tetrahydrate, 20% w/v PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.00 Å R-free 0.248
5HKW Crystal Structure of Apo c-Cbl TKBD Refined to 2.25 A Resolution 提交 2016-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 47–351（305 aa）片段：Tyrosine kinase binding domain (TKBD), residues 47-351	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.2M sodium citrate dibasic trihyrate	分辨率 2.25 Å R-free 0.234
5HKW Crystal Structure of Apo c-Cbl TKBD Refined to 2.25 A Resolution 提交 2016-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 47–351（305 aa）片段：Tyrosine kinase binding domain (TKBD), residues 47-351	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.2M sodium citrate dibasic trihyrate	分辨率 2.25 Å R-free 0.234
5HKW Crystal Structure of Apo c-Cbl TKBD Refined to 2.25 A Resolution 提交 2016-01-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 47–351（305 aa）片段：Tyrosine kinase binding domain (TKBD), residues 47-351	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；20% (w/v) PEG 3350, 0.2M sodium citrate dibasic trihyrate	分辨率 2.25 Å R-free 0.234
5HKX Crystal Structure of c-Cbl TKBD-RING domains (Y371E mutant) Refined to 1.85 A Resolution 提交 2016-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 47–435（389 aa）片段：Tyrosine kinase binding and RING domains (TKBD-RING), residues 47-435	突变：Y371E	EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；10% (w/v) PEG 5000 MME, 0.1M MES, 12% (v/v) 1-propanol	分辨率 1.85 Å R-free 0.214
5HKY Crystal structure of c-Cbl TKBD domain in complex with SPRY2 peptide (36-60, pY55) Refined to 1.8A Resolution (P6 form) 提交 2016-01-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 47–351（305 aa）片段：Tyrosine kinase binding domain (TKBD), residues 47-351	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 NA SODIUM ION × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；30% (v/v) PEG 400, 0.1M HEPES, 200 mM MgCl2	分辨率 1.80 Å R-free 0.180
5HKZ Crystal Structure of c-Cbl TKBD in complex with SPRY2 peptide (36-60, pY55) Refined to 1.8 A Resolution (P21 form) 提交 2016-01-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 47–351（305 aa）片段：Tyrosine kinase binding domain (TKBD), residues 47-351	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；25% (w/v) PEG 2000 MME, 0.1M HEPES	分辨率 1.80 Å R-free 0.213
5HL0 Crystal Structure of c-Cbl TKBD in complex with SPRY2 peptide (54-60, pY55) Refined to 2.2A Resolution 提交 2016-01-14	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 47–351（305 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；16% (w/v) PEG 8000, 0.04M Potassium phosphate (monobasic), 20% (v/v) glycerol	分辨率 2.20 Å R-free 0.237
5J3X Structure of c-CBL Y371F 提交 2016-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 47–435（389 aa）片段：UNP residues 47-435	突变：Y371F	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；281.15 K；Equal volume protein at 10 mg/mL + well containing 3.0-3.1 M sodium formate 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5 5 mM DTT	分辨率 2.82 Å R-free 0.254
5J3X Structure of c-CBL Y371F 提交 2016-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 47–435（389 aa）片段：UNP residues 47-435	突变：Y371F	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；281.15 K；Equal volume protein at 10 mg/mL + well containing 3.0-3.1 M sodium formate 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5 5 mM DTT	分辨率 2.82 Å R-free 0.254
5J3X Structure of c-CBL Y371F 提交 2016-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 47–435（389 aa）片段：UNP residues 47-435	突变：Y371F	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；281.15 K；Equal volume protein at 10 mg/mL + well containing 3.0-3.1 M sodium formate 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5 5 mM DTT	分辨率 2.82 Å R-free 0.254
5J3X Structure of c-CBL Y371F 提交 2016-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 47–435（389 aa）片段：UNP residues 47-435	突变：Y371F	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；281.15 K；Equal volume protein at 10 mg/mL + well containing 3.0-3.1 M sodium formate 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5 5 mM DTT	分辨率 2.82 Å R-free 0.254
5J3X Structure of c-CBL Y371F 提交 2016-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 47–435（389 aa）片段：UNP residues 47-435	突变：Y371F	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；281.15 K；Equal volume protein at 10 mg/mL + well containing 3.0-3.1 M sodium formate 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5 5 mM DTT	分辨率 2.82 Å R-free 0.254
5J3X Structure of c-CBL Y371F 提交 2016-03-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 47–435（389 aa）片段：UNP residues 47-435	突变：Y371F	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；281.15 K；Equal volume protein at 10 mg/mL + well containing 3.0-3.1 M sodium formate 0.1 M Tris-HCl, pH 8.5 5 mM DTT	分辨率 2.82 Å R-free 0.254
5O76 Structure of phosphoY371 c-CBL in complex with ZAP70-peptide and UbV.pCBL ubiquitin variant 提交 2017-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 47–435（389 aa）	突变：Y368F 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M monosaccharides, 0.1 M Buffer 1 pH 6.5, 50% Precipitant 2, Morpheus screen	分辨率 2.47 Å R-free 0.248
5O76 Structure of phosphoY371 c-CBL in complex with ZAP70-peptide and UbV.pCBL ubiquitin variant 提交 2017-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 47–435（389 aa）	突变：Y368F 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.1 M monosaccharides, 0.1 M Buffer 1 pH 6.5, 50% Precipitant 2, Morpheus screen	分辨率 2.47 Å R-free 0.248
6O02 Monobody (MC3) bound to tyrosine kinase binding domain of E3 ubiquitin ligase CBL 提交 2019-02-15	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 47–353（307 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.12M Alcohols, 0.1M Buffer system 3 at PH 8.5 and 50% v/v Precipitant mix 2	分辨率 2.95 Å R-free 0.258
6O03 Monobody (MC17) bound to tyrosine kinase binding domain of E3 ubiquitin ligase CBL 提交 2019-02-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 47–353（307 aa）	突变：G306E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% (w/v) PEG 3000, 100mM tris base/hydrochloric acid pH 7, 200mM calcium acetate	分辨率 3.30 Å R-free 0.330
6O03 Monobody (MC17) bound to tyrosine kinase binding domain of E3 ubiquitin ligase CBL 提交 2019-02-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 47–353（307 aa）	突变：G306E	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% (w/v) PEG 3000, 100mM tris base/hydrochloric acid pH 7, 200mM calcium acetate	分辨率 3.30 Å R-free 0.330
6XAR Structure of CBL tyrosine kinase binding domain (TKBD) with C-terminal tail of Src-like kinase protein 2 (SLAP2) 提交 2020-06-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 25–357（333 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；CBL/SLAP2 complex mixed in hanging drop with equal volume (200 nL) of 0.1 M Hepes pH 7.5, 10% (w/v) PEG8000	分辨率 2.50 Å R-free 0.293
6XAR Structure of CBL tyrosine kinase binding domain (TKBD) with C-terminal tail of Src-like kinase protein 2 (SLAP2) 提交 2020-06-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 25–357（333 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；CBL/SLAP2 complex mixed in hanging drop with equal volume (200 nL) of 0.1 M Hepes pH 7.5, 10% (w/v) PEG8000	分辨率 2.50 Å R-free 0.293
7SIY cCBL TKB domain in complex with pZAP70 peptide 提交 2021-10-15	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 48–351（304 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M Ammonium formate, 20% PEG3350	分辨率 1.48 Å R-free 0.221
9ERZ Structure of CBL-TKBD bound to Ubiquitin-fused CBLock peptide 提交 2024-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 47–355（309 aa）链 C 47–355（309 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；292 K；0.1 M Bis-Tris Propane, pH 6.0, 0.2 M sodium fluoride, and 20% (v/v) PEG 3350	分辨率 2.02 Å R-free 0.229

共 32 个其他 PDB 条目、60 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CBL_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–329； UniProt 23–351

13-mer fragment of SH2 and PH domain-containing adapter protein APS

物种未注明

UniProt Q9Z200

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 609–621	片段：pTyr-618 phosphopeptide 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CBL E3 ubiquitin protein ligase × 1 （P22681） MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.1；277 K；PEG 8000, magnesium acetate, sodium cacodylate, pH 6.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.05 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 1YVH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1RPY CRYSTAL STRUCTURE OF THE DIMERIC SH2 DOMAIN OF APS 提交 2003-12-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 401–510（110 aa）片段：SH2 domain 链 B 401–510（110 aa）片段：SH2 domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；Ammonium sulfate/tris, pH 7.5, pH 7.50	分辨率 2.30 Å R-free 0.270
1RPY CRYSTAL STRUCTURE OF THE DIMERIC SH2 DOMAIN OF APS 提交 2003-12-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 401–510（110 aa）片段：SH2 domain 链 B 401–510（110 aa）片段：SH2 domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；Ammonium sulfate/tris, pH 7.5, pH 7.50	分辨率 2.30 Å R-free 0.270
1RQQ Crystal Structure of the Insulin Receptor Kinase in Complex with the SH2 Domain of APS 提交 2003-12-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 401–510（110 aa）片段：SH2 domain 链 D 401–510（110 aa）片段：SH2 domain	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2 112 THIOPHOSPHORIC ACID O-((ADENOSYL-PHOSPHO)PHOSPHO)-S-ACETAMIDYL-DIESTER × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；pH 8.0	分辨率 2.60 Å R-free 0.277

共 2 个其他 PDB 条目、3 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	APS_RAT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–13； UniProt 609–621

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	1yvh
沉积日期 deposition_date	2005-02-15
结构标题 title	Crystal Structure of the c-Cbl TKB Domain in Complex with the APS pTyr-618 Phosphopeptide
关键词 keywords	X-RAY CRYSTALLOGRAPHY; PHOSPHOTYROSINE; ADAPTER PROTEIN, LIGASE, SIGNALING PROTEIN, IMMUNE SYSTEM; LIGASE,SIGNALING PROTEIN,IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.33 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.25 Å
零角强度 I(0) i0	21378900.00
分子量 molecular_weight	36391.0 kDa
排除体积 excluded_volume	46040 Å³
包络体积 envelope_volume	52832 Å³
水化壳体积 shell_volume	21641 Å³
包络直径 envelope_diameter	68.4 Å
壳层 Rg shell_rg	26.77 Å
包络 Rg envelope_rg	20.41 Å
形状 Rg shape_rg	20.24 Å
总 Rg total_rg	21.14 Å
总原子数 total_atoms	2566
残基数 n_residues	312
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	68.8 Å
Rg (实空间) rg_real	21.22 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real	2.1380e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.7800e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.24 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	21380000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8958
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	25.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.179
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.459
角度范围 angular_range	— – 0.3750 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	6587000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.882; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.996

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CBL E3 ubiquitin protein ligase
分子量 formula_weight	38192.1 kDa
EC 编号 ec_number	6.3.2.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2754

GSLIGLMKDAFQPHHHHHHHLSPHPPGTVDKKMVEKCWKLMDKVVRLCQNPKLALKNSPPYILDLLPDTYQHLRTILSRYEGKMETLGENEYFRVFMENLMKKTKQTISLFKEGKERMYEENSQPRRNLTKLSLIFSHMLAELKGIFPSGLFQGDTFRITKADAAEFWRKAFGEKTIVPWKSFRQALHEVHPISSGLEAMALKSTIDLTCNDYISVFEFDIFTRLFQPWSSLLRNWNSLAVTHPGYMAFLTYDEVKARLQKFIHKPGSYIFRLSCTRLGQWAIGYVTADGNILQTIPHNKPLFQALIDGFREGFYLFPDGRNQNPDLTG

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	13-mer fragment of SH2 and PH domain-containing adapter protein APS
分子量 formula_weight	1642.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GRARAVENQYSFY

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	188

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d1yvha1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.39 — EF Hand-like
超家族 Superfamily superfamily	a.39.1 — EF-hand
家族 Family family	a.39.1.7 — EF-hand modules in multidomain proteins

结构域编号 domain_id	d1yvha2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.48 — N-cbl like
超家族 Superfamily superfamily	a.48.1 — N-terminal domain of cbl (N-cbl)
家族 Family family	a.48.1.1 — N-terminal domain of cbl (N-cbl)

结构域编号 domain_id	d1yvha3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.93 — SH2-like
超家族 Superfamily superfamily	d.93.1 — SH2 domain
家族 Family family	d.93.1.1 — SH2 domain

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	1yvhA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	930 — Transcription Elongation Factor S-II; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Adaptor protein Cbl, N-terminal domain

结构域编号 domain_id	1yvhA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	238 — Recoverin; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — EF-hand

结构域编号 domain_id	1yvhA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	505 — SHC Adaptor Protein
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SH2 domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	122.257 Å
晶胞边长 b length_b	122.257 Å
晶胞边长 c length_c	55.131 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 6
空间群编号 int_tables_number	168
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.050 Å
最低分辨率 resolution_low	30.000 Å
R 因子 r_factor	0.2091
R_work r_work	0.2090
R_free r_free	0.2470

fit	/app/data/saxs_computation/yv/1yvh/1yvh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/yv/1yvh/1yvh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/yv/1yvh/1yvh.dat

Crystal Structure of the c-Cbl TKB Domain in Complex with the APS pTyr-618 Phosphopeptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CBL E3 ubiquitin protein ligase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

13-mer fragment of SH2 and PH domain-containing adapter protein APS

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)