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1zod

Crystal structure of dialkylglycine decarboxylase bound with cesium ion

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 71.8 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

2,2-dialkylglycine decarboxylase

Burkholderia cepacia

UniProt P16932

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–432 未记录 CS CESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；PEG4K, MES, PLP, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.80 Å R-free 0.226
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–432 未记录 CS CESIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 4 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；PEG4K, MES, PLP, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K 分辨率 1.80 Å R-free 0.226

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 1ZOD Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1D7R CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF 2,2-DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE WITH 5PA 提交 1999-10-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–433（433 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 4 K POTASSIUM ION × 4 5PA N-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-Y-LMETHYL]-1-AMINO-CYCLOPROPANECARBOXYLIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；15% PEG 4000, 0.15 M SODIUM PYRUVATE, 0.03 M MES-KOH, pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å
1D7S CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF 2,2-DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE WITH DCS 提交 1999-10-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–433（433 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 4 K POTASSIUM ION × 4 DCS D-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL]-N,O-CYCLOSERYLAMIDE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；298 K；15% PEG 4000, 0.15 M SODIUM PYRUVATE, 0.03 M MES-KOH , pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
分辨率 2.05 Å
1D7U Crystal structure of the complex of 2,2-dialkylglycine decarboxylase with LCS 提交 1999-10-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–433（433 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 4 K POTASSIUM ION × 4 LCS [5-hydroxy-6-methyl-4-({[(4E)-3-oxo-1,2-oxazolidin-4-ylidene]amino}methyl)pyridin-3-yl]methyl dihydrogen phosphate × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；297 K；pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K
分辨率 1.95 Å
1D7V CRYSTAL STRUCTURE OF THE COMPLEX OF 2,2-DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE WITH NMA 提交 1999-10-19 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–433（433 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 4 K POTASSIUM ION × 4 NMA N-[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL]-2-METHYLALANINE × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；pH 7.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 2.80 Å
1DGD AN ALKALI METAL ION SIZE-DEPENDENT SWITCH IN THE ACTIVE SITE STRUCTURE OF DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE 提交 1994-06-29 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–432（432 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 4 LI LITHIUM ION × 4 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å
1DGE AN ALKALI METAL ION SIZE-DEPENDENT SWITCH IN THE ACTIVE SITE STRUCTURE OF DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE 提交 1994-06-29 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–432（432 aa）
未记录 RB RUBIDIUM ION × 8 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å
1DGE AN ALKALI METAL ION SIZE-DEPENDENT SWITCH IN THE ACTIVE SITE STRUCTURE OF DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE 提交 1994-06-29 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–432（432 aa）
未记录 RB RUBIDIUM ION × 4 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.80 Å
1DKA DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE STRUCTURE: BIFUNCTIONAL ACTIVE SITE AND ALKALI METAL BINDING SITES 提交 1993-06-18 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–432（432 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 4 K POTASSIUM ION × 4 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.60 Å
1M0N Structure of Dialkylglycine Decarboxylase Complexed with 1-Aminocyclopentanephosphonate 提交 2002-06-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–433（433 aa）
未记录 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 4 HCP 1-[((1E)-{3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYLENE)AMINO]CYCLOPENTYLPHOSPHONIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.4；15% PEG 4000, 0.2-0.4 M SODIUM PYRUVATE, 0.015 M MES-KOH (PH 6.4)
分辨率 2.20 Å R-free 0.239
1M0O Structure of Dialkylglycine Decarboxylase Complexed with 1-Amino-1-methylpropanephosphonate 提交 2002-06-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–433（433 aa）
未记录 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 4 MPM (1R)-1-[((1E)-{3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYLENE)AMINO]-1-METHYLPROPYLPHOSPHONIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.4；15% PEG 4000, 0.20 - 0.40 M SODIUM PYRUVATE, 0.015 M MES-KOH (pH 6.4)
分辨率 2.40 Å R-free 0.201
1M0P Structure of Dialkylglycine Decarboxylase Complexed with 1-Amino-1-phenylethanephosphonate 提交 2002-06-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–433（433 aa）
未记录 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 4 ELP (1R)-1-[((1E)-{3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYLENE)AMINO]-1-PHENYLETHYLPHOSPHONIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.4；15% PEG 4000, 0.20 - 0.40 M SODIUM PYRUVATE, 0.015 M MES-KOH (pH 6.4)
分辨率 2.60 Å R-free 0.230
1M0Q Structure of Dialkylglycine Decarboxylase Complexed with S-1-aminoethanephosphonate 提交 2002-06-13 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–433（433 aa）
未记录 K POTASSIUM ION × 4 NA SODIUM ION × 4 EPC (1S)-1-[((1E)-{3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYLENE)AMINO]ETHYLPHOSPHONIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.4；15% PEG 4000, 0.20 - 0.40 M SODIUM PYRUVATE, 0.015 M MES-KOH (pH 6.4)
分辨率 2.00 Å R-free 0.240
1Z3Z The crystal structure of a DGD mutant: Q52A 提交 2005-03-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 2–432（431 aa）
突变：Q52A NA SODIUM ION × 1 K POTASSIUM ION × 1 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG4K, MES, PLP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.90 Å R-free 0.266
1ZC9 The crystal structure of dialkylglycine decarboxylase complex with pyridoxamine 5-phosphate 提交 2005-04-11 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–432（432 aa）
未记录 K POTASSIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 PMP 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；298 K；MES, PEG4000, PLP, pH 6.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.00 Å R-free 0.237
1ZOB Crystal structure of dialkylglycine decarboxylases bound with calcium ion 提交 2005-05-12 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–432（432 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG4K, MES, PLP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.75 Å R-free 0.277
1ZOB Crystal structure of dialkylglycine decarboxylases bound with calcium ion 提交 2005-05-12 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–432（432 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 4 CA CALCIUM ION × 4 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；PEG4K, MES, PLP, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.75 Å R-free 0.277
2DKB DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE STRUCTURE: BIFUNCTIONAL ACTIVE SITE AND ALKALI METAL BINDING SITES 提交 1994-07-12 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–432（432 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 4 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.10 Å
2DKB DIALKYLGLYCINE DECARBOXYLASE STRUCTURE: BIFUNCTIONAL ACTIVE SITE AND ALKALI METAL BINDING SITES 提交 1994-07-12 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 1–432（432 aa）
未记录 NA SODIUM ION × 8 PLP PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE × 4 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.10 Å

共 15 个其他 PDB 条目、18 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DGDA_BURCE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–433； UniProt 1–432

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 1zod

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 1zod
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id1zod
沉积日期 deposition_date2005-05-12
结构标题 titleCrystal structure of dialkylglycine decarboxylase bound with cesium ion
关键词 keywordsdecarboxylase, pyridoxal, cesium, LYASE; LYASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.16 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.98 Å
零角强度 I(0) i037026500.00
分子量 molecular_weight46883.0 kDa
排除体积 excluded_volume58691 ų
包络体积 envelope_volume69311 ų
水化壳体积 shell_volume25890 ų
包络直径 envelope_diameter71.0 Å
壳层 Rg shell_rg29.26 Å
包络 Rg envelope_rg22.16 Å
形状 Rg shape_rg22.00 Å
总 Rg total_rg22.80 Å
总原子数 total_atoms3281
残基数 n_residues431
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax71.8 Å
Rg (实空间) rg_real23.03 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real3.7030e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.1260e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal37030000.0000
解质量估计 total_estimate0.7143
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary27.6 Å
偏度 Skewness skewness0.160
峰度 Kurtosis kurtosis-0.498
角度范围 angular_range— – 0.3450 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5434000.0000
实空间数据点数 n_real_points66
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.929; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.171; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.989
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_idd1zoda_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.67 — PLP-dependent transferase-like
超家族 Superfamily superfamilyc.67.1 — PLP-dependent transferases
家族 Family familyc.67.1.4 — GABA-aminotransferase-like

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id1zodA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1150 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Aspartate Aminotransferase, domain 1
结构域编号 domain_id1zodA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology640 — Aspartate Aminotransferase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain)
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)