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21hj

Solution structures of BRD9 bromodomain in complex with histone H3 lactyl-lysine 18 (H3K18la) peptide

Method: SOLUTION NMR Dmax: 69.0 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Bromodomain-containing protein 9

Homo sapiens

UniProt Q9H8M2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 134–250 未记录 Histone H3.3C × 1 （Q6NXT2） SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）null；压力 1 NMR样品组成：500 mM sodium chloride, 2.7 mM potassium chloride, 10 mM sodium phosphate, 1.8 mM potassium phosphate, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：500 mM sodium chloride, 2.7 mM potassium chloride, 10 mM sodium phosphate, 1.8 mM potassium phosphate, 2 mM DTT, 100% D2O | 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 21HJ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
21GE Solution structures of BRD9 bromodomain in complex with histone H3 acetyl-lysine 18 (H3K18ac) peptide 提交 2025-12-11 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 134–250（117 aa）
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）Null；压力 1
NMR样品组成 500 mM sodium chloride, 2.7 mM potassium chloride, 10 mM sodium phosphate, 1.8 mM potassium phosphate, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 500 mM sodium chloride, 2.7 mM potassium chloride, 10 mM sodium phosphate, 1.8 mM potassium phosphate, 2 mM DTT, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
3HME Crystal structure of human bromodomain containing 9 isoform 1 (BRD9) 提交 2009-05-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 14–134（121 aa） 片段：Bromodomain, UNP RESIDUES 14-134
链 B 14–134（121 aa） 片段：Bromodomain, UNP RESIDUES 14-134
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；25.5% PEG 3350, 0.17M (NH4)2SO4, 15% glyc, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 2.23 Å R-free 0.263
4UIV BROMODOMAIN OF HUMAN BRD9 WITH N-(1,1-dioxo-1-thian-4-yl)-5-methyl-4- oxo-7-3-(trifluoromethyl)phenyl-4H,5H-thieno-3,2-c-pyridine-2- carboximidamide 提交 2015-04-03 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 134–238（105 aa） 片段：BROMODOMAIN OF BRD9, UNP RESIDUES 134-238
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 XZB N-(1,1-dioxo-1-thian-4-yl)-5-methyl-4-oxo-7-3-(trifluoromethyl)phenyl-4H,5H-thieno-3,2-c-pyridine-2-carboximidamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；277 K；0.1M MORPHEUS BUFFER PH 6.5, 30% MORPHEUS_EDO_P8K,0.1M MORPHEUS AMINO ACIDS 4C
分辨率 1.72 Å R-free 0.173
4XY8 Crystal Structure of the bromodomain of BRD9 in complex with a 2-amine-9H-purine ligand 提交 2015-02-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa） 片段：UNP residues 14-134
未记录 43U 6-(5-bromo-2-methoxyphenyl)-9H-purin-2-amine × 1 BR BROMIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.20M NaBr, 0.1M BTProp pH 7.5, 20.0% PEG 3350, 10.0% EtGly,
分辨率 1.70 Å R-free 0.186
4YY4 Crystal structure of BRD9 Bromodomain bound to DMSO 提交 2015-03-23 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
未记录 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% w/v PEG3350
分辨率 1.47 Å R-free 0.234
4YY6 Crystal structure of BRD9 Bromodomain bound to a butyryllysine peptide 提交 2015-03-23 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4；277 K；0.2 M sodium malonate, pH 4.0, 20% w/v PEG3350
分辨率 1.45 Å R-free 0.208
4YYD Crystal structure of BRD9 Bromodomain bound to a crotonyllysine peptide 提交 2015-03-23 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2 M sodium malonate, pH 7.0, 20% w/v PEG3350
分辨率 1.52 Å R-free 0.226
4YYG Crystal structure of BRD9 Bromodomain bound to a butyryllysine peptide 提交 2015-03-23 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.05 M calcium chloride dihydrate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 30% v/v PEG550 MME
分辨率 2.10 Å R-free 0.311
4YYH Crystal structure of BRD9 Bromodomain bound to a crotonyllysine peptide 提交 2015-03-23 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 0.2 M sodium chloride, 20% w/v PEG3350
分辨率 1.74 Å R-free 0.260
4YYH Crystal structure of BRD9 Bromodomain bound to a crotonyllysine peptide 提交 2015-03-23 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；277 K；0.1 M sodium citrate, pH 5.5, 0.2 M sodium chloride, 20% w/v PEG3350
分辨率 1.74 Å R-free 0.260
4YYI Crystal structure of BRD9 Bromodomain bound to an acetylated peptide 提交 2015-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
链 B 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 25% w/v PEG3350
分辨率 1.50 Å R-free 0.242
4YYI Crystal structure of BRD9 Bromodomain bound to an acetylated peptide 提交 2015-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
链 E 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 25% w/v PEG3350
分辨率 1.50 Å R-free 0.242
4YYJ Crystal structure of BRD9 Bromodomain bound to a butyryllysine peptide 提交 2015-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
链 B 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M ammonium chloride, 20% w/v PEG3350
分辨率 1.85 Å R-free 0.244
4YYJ Crystal structure of BRD9 Bromodomain bound to a butyryllysine peptide 提交 2015-03-23 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
链 E 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M ammonium chloride, 20% w/v PEG3350
分辨率 1.85 Å R-free 0.244
4YYK Crystal structure of BRD9 Bromodomain bound to a crotonyllysine peptide 提交 2015-03-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
链 B 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M MES, pH 6.5, 15% w/v PEG550 MME
分辨率 1.79 Å R-free 0.261
4YYK Crystal structure of BRD9 Bromodomain bound to a crotonyllysine peptide 提交 2015-03-24 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 D 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
链 E 17–123（107 aa） 片段：bromodomain (UNP residues 17-123)
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1 M MES, pH 6.5, 15% w/v PEG550 MME
分辨率 1.79 Å R-free 0.261
4Z6H Crystal structure of BRD9 bromodomain in complex with a valerolactam quinolone ligand 提交 2015-04-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa） 片段：unp residues 14-134
未记录 4L2 1,4-dimethyl-7-(2-oxopiperidin-1-yl)quinolin-2(1H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277.15 K；0.1 M PCB pH 8, 30% PEG1K
分辨率 1.80 Å R-free 0.271
4Z6H Crystal structure of BRD9 bromodomain in complex with a valerolactam quinolone ligand 提交 2015-04-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 14–134（121 aa） 片段：unp residues 14-134
未记录 4L2 1,4-dimethyl-7-(2-oxopiperidin-1-yl)quinolin-2(1H)-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；277.15 K；0.1 M PCB pH 8, 30% PEG1K
分辨率 1.80 Å R-free 0.271
4Z6I Crystal structure of BRD9 bromodomain in complex with a substituted valerolactam quinolone ligand 提交 2015-04-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa） 片段：unp residues 14-134
未记录 4L3 tert-butyl [(2R,3S)-1-(1,4-dimethyl-2-oxo-1,2-dihydroquinolin-7-yl)-6-oxo-2-phenylpiperidin-3-yl]carbamate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277.15 K；0.1M MMT pH6, 30% PEG 1k
分辨率 1.95 Å R-free 0.230
4Z6I Crystal structure of BRD9 bromodomain in complex with a substituted valerolactam quinolone ligand 提交 2015-04-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 14–134（121 aa） 片段：unp residues 14-134
未记录 4L3 tert-butyl [(2R,3S)-1-(1,4-dimethyl-2-oxo-1,2-dihydroquinolin-7-yl)-6-oxo-2-phenylpiperidin-3-yl]carbamate × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；277.15 K；0.1M MMT pH6, 30% PEG 1k
分辨率 1.95 Å R-free 0.230
5E9V Crystal structure of BRD9 bromodomain in complex with an indolizine ligand 提交 2015-10-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 14–134（121 aa） 片段：UNP residues 14-134
链 B 14–134（121 aa） 片段：UNP residues 14-134
未记录 5L0 1-[1-(imidazo[1,2-a]pyridin-5-yl)-7-(morpholin-4-yl)indolizin-3-yl]ethanone × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.2 M NaNO3, 0.1 M BTProp pH 6.5, 20% PEG 3350, 10% EtGly
分辨率 1.80 Å R-free 0.231
5EU1 CRYSTAL STRUCTURE OF BRD9 IN COMPLEX WITH BI-7273 提交 2015-11-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa） 片段：UNP residues 14-134
未记录 5SW 4-[4-[(dimethylamino)methyl]-3,5-dimethoxy-phenyl]-2-methyl-2,7-naphthyridin-1-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；30 % glycerol ethoxylate, 0.1 M Tris
分辨率 1.60 Å R-free 0.192
5EU1 CRYSTAL STRUCTURE OF BRD9 IN COMPLEX WITH BI-7273 提交 2015-11-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 14–134（121 aa） 片段：UNP residues 14-134
未记录 5SW 4-[4-[(dimethylamino)methyl]-3,5-dimethoxy-phenyl]-2-methyl-2,7-naphthyridin-1-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；30 % glycerol ethoxylate, 0.1 M Tris
分辨率 1.60 Å R-free 0.192
5F1H Crystal structure of the BRD9 bromodamian in complex with BI-9564. 提交 2015-11-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa） 片段：Bromodomain, UNP residues 14-134
未记录 5U6 4-[4-[(dimethylamino)methyl]-2,5-dimethoxy-phenyl]-2-methyl-2,7-naphthyridin-1-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；glycerol ethoxylate, Tris
分辨率 1.82 Å R-free 0.202
5F1H Crystal structure of the BRD9 bromodamian in complex with BI-9564. 提交 2015-11-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 14–134（121 aa） 片段：Bromodomain, UNP residues 14-134
未记录 5U6 4-[4-[(dimethylamino)methyl]-2,5-dimethoxy-phenyl]-2-methyl-2,7-naphthyridin-1-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；glycerol ethoxylate, Tris
分辨率 1.82 Å R-free 0.202
5F1L Crystal structure of the bromodomain of BRD9 in complex with compound 9. 提交 2015-11-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa） 片段：Bromodomain, UNP residues 14-134
未记录 5U2 5-[3,5-dimethoxy-4-[(3-oxidanylazetidin-1-yl)methyl]phenyl]-1,3-dimethyl-pyridin-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；glycerol ethoxylate, Tris
分辨率 2.30 Å R-free 0.209
5F1L Crystal structure of the bromodomain of BRD9 in complex with compound 9. 提交 2015-11-30 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 14–134（121 aa） 片段：Bromodomain, UNP residues 14-134
未记录 5U2 5-[3,5-dimethoxy-4-[(3-oxidanylazetidin-1-yl)methyl]phenyl]-1,3-dimethyl-pyridin-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；glycerol ethoxylate, Tris
分辨率 2.30 Å R-free 0.209
5F25 Crystal structure of the BRD9 bromodomain in complex with compound 4. 提交 2015-12-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa） 片段：bromodomain
未记录 5TU 4-(1,5-dimethyl-6-oxidanylidene-pyridin-3-yl)benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；glycerol ethoxylate, Tris
分辨率 1.68 Å R-free 0.205
5F25 Crystal structure of the BRD9 bromodomain in complex with compound 4. 提交 2015-12-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 14–134（121 aa） 片段：bromodomain
未记录 5TU 4-(1,5-dimethyl-6-oxidanylidene-pyridin-3-yl)benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；glycerol ethoxylate, Tris
分辨率 1.68 Å R-free 0.205
5F2P Crystal structure of the BRD9 bromodomain in complex with compound 3. 提交 2015-12-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa） 片段：bromodomain
未记录 5TY 2-(dimethylamino)-6-methyl-pyrido[4,3-d]pyrimidin-5-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；glycerol ethoxylate, Tris
分辨率 1.80 Å R-free 0.220
5F2P Crystal structure of the BRD9 bromodomain in complex with compound 3. 提交 2015-12-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 14–134（121 aa） 片段：bromodomain
未记录 5TY 2-(dimethylamino)-6-methyl-pyrido[4,3-d]pyrimidin-5-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；glycerol ethoxylate, Tris
分辨率 1.80 Å R-free 0.220
5I40 BRD9 in complex with Cpd1 (6-methyl-1,6-dihydro-7H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-7-one) 提交 2016-02-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 138–239（102 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 67N 6-methyl-1,6-dihydro-7H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-7-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277.1 K；0.2 M sodium formate 10-15% PEG3350
分辨率 1.04 Å R-free 0.160
5I7X BRD9 in complex with Cpd2 (N,N-dimethyl-3-(6-methyl-7-oxo-6,7-dihydro-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-4-yl)benzamide) 提交 2016-02-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 138–238（101 aa）
未记录 67B N,N-dimethyl-3-(6-methyl-7-oxo-6,7-dihydro-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-4-yl)benzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris, pH 6.5, 20% PEG 2000 monomethylether
分辨率 1.18 Å R-free 0.168
5I7Y BRD9 in complex with Cpd4 ((E)-3-(6-(but-2-en-1-yl)-7-oxo-6,7-dihydro-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-4-yl)-N,N-dimethylbenzamide) 提交 2016-02-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 138–238（101 aa）
未记录 69G 3-{6-[(2E)-but-2-en-1-yl]-7-oxo-6,7-dihydro-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-4-yl}-N,N-dimethylbenzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris, pH 6.5, 20% PEG 2000 monomethylether
分辨率 1.45 Å R-free 0.187
5IGM Crystal structure of the bromodomain of human BRD9 in complex with bromosporine (BSP) 提交 2016-02-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 14–134（121 aa） 片段：UNP Residues 14-134
链 B 14–134（121 aa） 片段：UNP Residues 14-134
未记录 BMF Bromosporine × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M bis tris pH 5.5, 0.2 M sodium chloride, 25% PEG3350
分辨率 1.60 Å R-free 0.266
5IGN Crystal structure of human BRD9 bromodomain in complex with LP99 chemical probe 提交 2016-02-28 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 14–134（121 aa） 片段：UNP residues 14-134
链 B 14–134（121 aa） 片段：UNP residues 14-134
未记录 6B2 N-[(2R,3S)-2-(4-chlorophenyl)-1-(1,4-dimethyl-2-oxo-1,2-dihydroquinolin-7-yl)-6-oxopiperidin-3-yl]-2-methylpropane-1-sulfonamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M sodium nitrate, 0.1 M bis tris propane pH 8.5, 20% PEG 3350, 10% ethylene glycol
分辨率 1.70 Å R-free 0.243
5JI8 Crystal structure of the BRD9 bromodomain and hit 1 提交 2016-04-22 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 137–239（103 aa） 片段：UNP residues 137-239
未记录 6KT 2-amino-1,3-benzothiazole-6-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.4；293 K；0.1M Bis-Tris PH6.4, 27% PEG 3350
分辨率 1.42 Å R-free 0.170
5MKY BROMODOMAIN OF HUMAN BRD9 WITH 4-chloro-2-methyl-5-((2-methyl-1,2,3,4-tetrahydroisoquinolin-5-yl)amino)pyridazin-3(2H)-one 提交 2016-12-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 134–238（105 aa）
未记录 I0D 4-chloranyl-2-methyl-5-[(2-methyl-3,4-dihydro-1~{H}-isoquinolin-5-yl)amino]pyridazin-3-one × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；Morpheus condition 54 - 0.1M morpheus buffer 2 pH 7.5, 30% morpheus_EDO_P8K, 0.1M Morpheus ethylene glycols
分辨率 1.67 Å R-free 0.220
5TWX Crystal Structure of BRD9 bromodomain 提交 2016-11-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 134–250（117 aa） 片段：UNP residues 134-250
未记录 7P7 N-[6-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1,3-dioxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-4-yl}oxy)hexyl]-2-(4-{2-[N-(1,1-dioxo-1lambda~6~-thian-4-yl)carbamimidoyl]-5-methyl-4-oxo-4,5-dihydrothieno[3,2-c]pyridin-7-yl}-2-methoxyphenoxy)acetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 4000
分辨率 2.55 Å R-free 0.280
5TWX Crystal Structure of BRD9 bromodomain 提交 2016-11-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 134–250（117 aa） 片段：UNP residues 134-250
未记录 7P7 N-[6-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1,3-dioxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-4-yl}oxy)hexyl]-2-(4-{2-[N-(1,1-dioxo-1lambda~6~-thian-4-yl)carbamimidoyl]-5-methyl-4-oxo-4,5-dihydrothieno[3,2-c]pyridin-7-yl}-2-methoxyphenoxy)acetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 4000
分辨率 2.55 Å R-free 0.280
5TWX Crystal Structure of BRD9 bromodomain 提交 2016-11-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 134–250（117 aa） 片段：UNP residues 134-250
未记录 7P7 N-[6-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1,3-dioxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-4-yl}oxy)hexyl]-2-(4-{2-[N-(1,1-dioxo-1lambda~6~-thian-4-yl)carbamimidoyl]-5-methyl-4-oxo-4,5-dihydrothieno[3,2-c]pyridin-7-yl}-2-methoxyphenoxy)acetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 4000
分辨率 2.55 Å R-free 0.280
5TWX Crystal Structure of BRD9 bromodomain 提交 2016-11-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 134–250（117 aa） 片段：UNP residues 134-250
未记录 7P7 N-[6-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1,3-dioxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-4-yl}oxy)hexyl]-2-(4-{2-[N-(1,1-dioxo-1lambda~6~-thian-4-yl)carbamimidoyl]-5-methyl-4-oxo-4,5-dihydrothieno[3,2-c]pyridin-7-yl}-2-methoxyphenoxy)acetamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 4000
分辨率 2.55 Å R-free 0.280
5TWX Crystal Structure of BRD9 bromodomain 提交 2016-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 A 134–250（117 aa） 片段：UNP residues 134-250
链 B 134–250（117 aa） 片段：UNP residues 134-250
链 C 134–250（117 aa） 片段：UNP residues 134-250
链 D 134–250（117 aa） 片段：UNP residues 134-250
未记录 7P7 N-[6-({2-[(3S)-2,6-dioxopiperidin-3-yl]-1,3-dioxo-2,3-dihydro-1H-isoindol-4-yl}oxy)hexyl]-2-(4-{2-[N-(1,1-dioxo-1lambda~6~-thian-4-yl)carbamimidoyl]-5-methyl-4-oxo-4,5-dihydrothieno[3,2-c]pyridin-7-yl}-2-methoxyphenoxy)acetamide × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；PEG 4000
分辨率 2.55 Å R-free 0.280
6BQA BRD9 bromodomain in complex with 3-(6-(but-3-en-1-yl)-7-oxo-6,7-dihydro-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-4-yl)-N,N-dimethylbenzamide 提交 2017-11-27 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 138–239（102 aa） 片段：BRD9 bromodomain
未记录 67C 3-[6-(but-3-en-1-yl)-7-oxo-6,7-dihydro-1H-pyrrolo[2,3-c]pyridin-4-yl]-N,N-dimethylbenzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 6.5；277 K；0.1M Bis-Tris, pH 6.5, 20% PEG 2000 monomethylether
分辨率 1.03 Å R-free 0.171
6HM0 Crystal structure of human BRD9 bromodomain in complex with a PROTAC 提交 2018-09-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa）
未记录 GBW (2~{S},4~{S})-1-[(2~{S})-2-[2-[2-[2-[4-[[2,6-dimethoxy-4-(2-methyl-1-oxidanylidene-2,7-naphthyridin-4-yl)phenyl]methyl]piperazin-1-yl]ethoxy]ethoxy]ethanoylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；24% PEG 3350 0.2 M NH4F
分辨率 2.40 Å R-free 0.251
6HM0 Crystal structure of human BRD9 bromodomain in complex with a PROTAC 提交 2018-09-11 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 14–134（121 aa）
未记录 GBW (2~{S},4~{S})-1-[(2~{S})-2-[2-[2-[2-[4-[[2,6-dimethoxy-4-(2-methyl-1-oxidanylidene-2,7-naphthyridin-4-yl)phenyl]methyl]piperazin-1-yl]ethoxy]ethoxy]ethanoylamino]-3,3-dimethyl-butanoyl]-~{N}-[[4-(4-methyl-1,3-thiazol-5-yl)phenyl]methyl]-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；24% PEG 3350 0.2 M NH4F
分辨率 2.40 Å R-free 0.251
6UZF Crystal structure of the unliganded bromodomain of human BRD9 提交 2019-11-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa）
未记录 SO4 SULFATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；291 K；0.05 M (NH4)2SO4, 0.05 M Bis-Tris (pH 6.5), 30% Pentaerythritol ethoxylate (15/4 EO/OH)
分辨率 1.75 Å R-free 0.219
6V0S Crystal structure of the bromodomain of human BRD9 bound to TG003 提交 2019-11-19 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 14–134（121 aa）
链 B 14–134（121 aa）
未记录 EAE (1~{Z})-1-(3-ethyl-5-methoxy-1,3-benzothiazol-2-ylidene)propan-2-one × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；291 K；0.2 M Li2SO4, 0.1 M HEPES (pH 7.5), 25% w/v PEG 3,350
分辨率 2.40 Å R-free 0.230
6V0X Crystal structure of the bromodomain of human BRD9 bound to sunitinib 提交 2019-11-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa）
未记录 B49 N-[2-(diethylamino)ethyl]-5-[(Z)-(5-fluoro-2-oxo-1,2-dihydro-3H-indol-3-ylidene)methyl]-2,4-dimethyl-1H-pyrrole-3-carbo xamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5), and 25% PEG 3350
分辨率 1.50 Å R-free 0.223
6V14 Crystal structure of the bromodomain of human BRD9 bound to TP472 提交 2019-11-19 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa）
未记录 QMG 3-(6-acetylpyrrolo[1,2-a]pyrimidin-8-yl)-N-cyclopropyl-4-methylbenzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris (pH 5.5), and 25% PEG 3350
分辨率 1.70 Å R-free 0.171
6V1B Crystal structure of the bromodomain of human BRD9 bound to I-BRD9 提交 2019-11-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 H1B N'-[1,1-bis(oxidanylidene)thian-4-yl]-5-ethyl-4-oxidanylidene-7-[3-(trifluoromethyl)phenyl]thieno[3,2-c]pyridine-2-carboximidamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M KSCN, 30% w/v PEG MME 2,000
分辨率 1.35 Å R-free 0.203
6V1B Crystal structure of the bromodomain of human BRD9 bound to I-BRD9 提交 2019-11-20 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 14–134（121 aa）
未记录 H1B N'-[1,1-bis(oxidanylidene)thian-4-yl]-5-ethyl-4-oxidanylidene-7-[3-(trifluoromethyl)phenyl]thieno[3,2-c]pyridine-2-carboximidamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M KSCN, 30% w/v PEG MME 2,000
分辨率 1.35 Å R-free 0.203
6V1B Crystal structure of the bromodomain of human BRD9 bound to I-BRD9 提交 2019-11-20 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 14–134（121 aa）
链 B 14–134（121 aa）
未记录 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 H1B N'-[1,1-bis(oxidanylidene)thian-4-yl]-5-ethyl-4-oxidanylidene-7-[3-(trifluoromethyl)phenyl]thieno[3,2-c]pyridine-2-carboximidamide × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；0.1 M KSCN, 30% w/v PEG MME 2,000
分辨率 1.35 Å R-free 0.203
6Y7H Structure of the BRD9 bromodomain and compound 11 提交 2020-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa）
未记录 OFK 1-(8-phenylpyrrolo[1,2-a]pyrimidin-6-yl)ethanone × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.05M ammonium sulfate, 30% pentaerythritol ethoxylate 15/4, 0.1M bis-tris pH 6.5
分辨率 1.80 Å R-free 0.226
6Y7H Structure of the BRD9 bromodomain and compound 11 提交 2020-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 14–134（121 aa）
未记录 OFK 1-(8-phenylpyrrolo[1,2-a]pyrimidin-6-yl)ethanone × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；0.05M ammonium sulfate, 30% pentaerythritol ethoxylate 15/4, 0.1M bis-tris pH 6.5
分辨率 1.80 Å R-free 0.226
6Y7I Structure of the BRD9 bromodomain and compound 2 提交 2020-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa）
未记录 OF8 1-(8-pyridin-2-ylpyrrolo[1,2-a]pyrimidin-6-yl)ethanone × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；277 K；20% PEG3350, 10% ethylene glycol, 0.1M bis-tris-propane pH 6.5, 0.02M sodium/potassium phosphate
分辨率 1.60 Å R-free 0.215
6Y7I Structure of the BRD9 bromodomain and compound 2 提交 2020-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 14–134（121 aa）
未记录 OF8 1-(8-pyridin-2-ylpyrrolo[1,2-a]pyrimidin-6-yl)ethanone × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 EVAPORATION；pH 6.5；277 K；20% PEG3350, 10% ethylene glycol, 0.1M bis-tris-propane pH 6.5, 0.02M sodium/potassium phosphate
分辨率 1.60 Å R-free 0.215
6Y7J Structure of the BRD9 bromodomain and compound 15 提交 2020-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa）
未记录 OF5 1-[8-(2,5-dimethoxyphenyl)pyrrolo[1,2-a]pyrimidin-6-yl]ethanone × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2M ammonium acetate, 25% PEG3350, 0.1M HEPES pH 7.5
分辨率 1.60 Å R-free 0.244
6Y7J Structure of the BRD9 bromodomain and compound 15 提交 2020-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 14–134（121 aa）
未记录 OF5 1-[8-(2,5-dimethoxyphenyl)pyrrolo[1,2-a]pyrimidin-6-yl]ethanone × 1 ACT ACETATE ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2M ammonium acetate, 25% PEG3350, 0.1M HEPES pH 7.5
分辨率 1.60 Å R-free 0.244
6Y7K Structure of the BRD9 bromodomain and compound 27 提交 2020-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa）
未记录 OEZ ~{N}-cyclobutyl-3-(6-ethanoylpyrrolo[1,2-a]pyrimidin-8-yl)-4-methoxy-benzamide × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 NA SODIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；20% PEG3350,10% ethylene glycol, 0.1M bis-tris-propane pH 7.5, 0.2M potassium thiocyanate
分辨率 1.20 Å R-free 0.158
6Y7L Structure of the BRD9 bromodomain and TP-472 提交 2020-03-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa）
未记录 QMG 3-(6-acetylpyrrolo[1,2-a]pyrimidin-8-yl)-N-cyclopropyl-4-methylbenzamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.2M sodium chloride, 25% PEG3350, 0.1M tris pH 8.5
分辨率 1.80 Å R-free 0.190
6YQR BRD9 with Biphenyl-methylamino-dimethylpyridazinone 提交 2020-04-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 AAA 134–238（105 aa）
未记录 P8W 2,4-dimethyl-5-[(2-phenylphenyl)methylamino]pyridazin-3-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.10M morpheus buffer 1 (1M pH 6.5), 30.00% morpheus EDO_P8K (60%) 0.10M Morpheus Amino Acids (1M)
分辨率 1.68 Å R-free 0.185
6YQS BRD9 with methylpiperazinyl-benzyl-amino-dimethylpyridazinone 提交 2020-04-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 AAA 134–238（105 aa）
未记录 P8Z 2,4-dimethyl-5-[[2-(4-methylpiperazin-1-yl)phenyl]methylamino]pyridazin-3-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.03M NaF, 0.03M NaI, 0.03M NaBr, 0.10M morpheus buffer 3 (1M pH 8.5), 37.5% morpheus MPD_P1K_3350
分辨率 1.68 Å R-free 0.201
6YQW BRD9 with 4-chloro-2-methyl-methylamino-pyridazinone 提交 2020-04-18 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 134–238（105 aa）
未记录 82I 4-chloranyl-2-methyl-5-(methylamino)pyridazin-3-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.1M morpheus buffer 3, pH 8.5, 30% morpheus_EDO_p8K, 0.1M morpheus alcohol
分辨率 1.50 Å R-free 0.276
8A7I Crystal structure of BRD9 bromodomain in complex with compound EA-89 提交 2022-06-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 130–240（111 aa）
未记录 L8L ~{N}-[1,1-bis(oxidanylidene)thian-4-yl]-7-[3-methyl-1-(piperidin-4-ylmethyl)indol-5-yl]-4-oxidanylidene-5-propyl-thieno[3,2-c]pyridine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；15% PEG 3350, 0.1M Succinic Acid
分辨率 1.76 Å R-free 0.237
8A7I Crystal structure of BRD9 bromodomain in complex with compound EA-89 提交 2022-06-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 130–240（111 aa）
未记录 L8L ~{N}-[1,1-bis(oxidanylidene)thian-4-yl]-7-[3-methyl-1-(piperidin-4-ylmethyl)indol-5-yl]-4-oxidanylidene-5-propyl-thieno[3,2-c]pyridine-2-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277.15 K；15% PEG 3350, 0.1M Succinic Acid
分辨率 1.76 Å R-free 0.237
8AHC Crystal structure of the BRD9 bromodomain with BI-7189 提交 2022-07-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 14–134（121 aa）
未记录 M2O [2,6-dimethoxy-4-(1,2,5-trimethyl-6-oxidanylidene-pyridin-3-yl)phenyl]methyl-dimethyl-azanium × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.44；277 K；100 mM Tris 28% glycerol ethoxylate
分辨率 1.50 Å R-free 0.230
8AHC Crystal structure of the BRD9 bromodomain with BI-7189 提交 2022-07-21 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 14–134（121 aa）
未记录 M2O [2,6-dimethoxy-4-(1,2,5-trimethyl-6-oxidanylidene-pyridin-3-yl)phenyl]methyl-dimethyl-azanium × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.44；277 K；100 mM Tris 28% glycerol ethoxylate
分辨率 1.50 Å R-free 0.230
9DU1 Co-crystal structure of the ternary complex of human FKBP12, BRD9 bromo domain and Compound 1 提交 2024-10-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric
链 E 130–240（111 aa）
链 F 130–240（111 aa）
链 G 130–240（111 aa）
链 H 130–240（111 aa）
未记录 A1BB8 4-[4-{cyclopropyl[(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)methyl]amino}-6-({1-[(2R)-2-{[(2S)-1-(3,3-dimethyl-2-oxopentanoyl)piperidine-2-carbonyl]amino}-4-(4-methoxyphenyl)butanoyl]piperidin-4-yl}amino)-1,3,5-triazin-2-yl]-N-ethylpiperazine-1-carboxamide × 4 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES PH 7.5, 20% PEG 8000 (MCSG SCREEN 1, CONDITION A1); 1:1:1 FKBP12:BRD9:MOTHER LIQUOR PLUS EQUIMOLAR COMPOUND IN 200-NL DROP. COMPLEX CONCENTRATED TO 10 MG/ML
分辨率 2.01 Å R-free 0.259
9KLA Crystal Structure of the bromodomain of human BRD9 in complex with the inhibitor Y22024 提交 2024-11-14 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 134–239（106 aa）
未记录 A1EF0 1-[1-(3,5-dimethoxyphenyl)indolizin-3-yl]ethanone × 4 GOL GLYCEROL × 2 MLT D-MALATE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；277 K；0.2 M DL-Malic acid pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 1.78 Å R-free 0.232
9KLY Crystal Structure of the bromodomain of human BRD9 in complex with the inhibitor Y22032 提交 2024-11-15 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 134–239（106 aa）
未记录 A1EHA 1-[1-[2,5-dimethoxy-4-[(1~{S})-1-oxidanylethyl]phenyl]indolizin-3-yl]ethanone × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Sodium malonate pH 7.0, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.15 Å R-free 0.227
9KM1 Crystal Structure of the bromodomain of human BRD9 in complex with the inhibitor Y22077 提交 2024-11-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 134–239（106 aa）
链 B 134–239（106 aa）
未记录 A1EFZ 1-[1-[4-(imidazol-1-ylmethyl)-3,5-dimethoxy-phenyl]indolizin-3-yl]propan-1-one × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；0.1 M Tris pH 8.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.68 Å R-free 0.300
9LKR Crystal Structure of the bromodomain of human BRD9 in complex with the inhibitor Y22076 提交 2025-01-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 134–239（106 aa）
链 B 134–239（106 aa）
未记录 A1EKN 1-[1-[4-(imidazol-1-ylmethyl)-3,5-dimethoxy-phenyl]indolizin-3-yl]ethanone × 2 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；0.1 M HEPES pH 7.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.68 Å R-free 0.328

共 50 个其他 PDB 条目、73 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称 BRD9_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–117； UniProt 134–250

Histone H3.3C

物种未注明

UniProt Q6NXT2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 12–26 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） Bromodomain-containing protein 9 × 1 （Q9H8M2） SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）null；压力 1 NMR样品组成：500 mM sodium chloride, 2.7 mM potassium chloride, 10 mM sodium phosphate, 1.8 mM potassium phosphate, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O NMR样品组成：500 mM sodium chloride, 2.7 mM potassium chloride, 10 mM sodium phosphate, 1.8 mM potassium phosphate, 2 mM DTT, 100% D2O | 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 21HJ Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
21GE Solution structures of BRD9 bromodomain in complex with histone H3 acetyl-lysine 18 (H3K18ac) peptide 提交 2025-12-11 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 12–26（15 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）Null；压力 1
NMR样品组成 500 mM sodium chloride, 2.7 mM potassium chloride, 10 mM sodium phosphate, 1.8 mM potassium phosphate, 2 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 500 mM sodium chloride, 2.7 mM potassium chloride, 10 mM sodium phosphate, 1.8 mM potassium phosphate, 2 mM DTT, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
3KV4 Structure of PHF8 in complex with histone H3 提交 2009-11-29 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–25（24 aa） 片段：UNP Residues 2-25
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 2 FE2 FE (II) ION × 1 NI NICKEL (II) ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 13 OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；25% (v/v) polyethylene glycol 3350, 0.2 M NaCl, and 0.1 M NaCitrate pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.19 Å R-free 0.255
4Z5T The nucleosome containing human H3.5 提交 2015-04-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 8 PDB 声明：decameric
链 A 1–135（135 aa）
链 E 1–135（135 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；293 K；potassium cacodylate, potassium chloride, manganese chloride
分辨率 2.80 Å R-free 0.269
7W67 The crystal structure of MLL1 (N3861I/Q3867L/C3882SS)-RBBP5-ASH2L in complex with H3K4me0 peptide 提交 2021-12-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 M 2–10（9 aa）
未记录 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% w/v polyethylene glycol 3350
分辨率 2.19 Å R-free 0.222
7W6I The crystal structure of MLL1 (N3861I/Q3867L/C3882SS)-RBBP5-ASH2L in complex with H3K4me1 peptide 提交 2021-12-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 2–10（9 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；277 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% w/v polyethylene glycol 3,350
分辨率 2.56 Å R-free 0.244
7W6J The crystal structure of MLL1 (N3861I/Q3867L/C3882SS)-RBBP5-ASH2L in complex with H3K4me2 peptide 提交 2021-12-01 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 B 2–10（9 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 1 ZN ZINC ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；0.2 M Sodium chloride, 0.1 M HEPES, pH 7.5, 25% w/v polyethylene glycol 3350
分辨率 2.68 Å R-free 0.252
7W6L The crystal structure of MLL3-RBBP5-ASH2L in complex with H3K4me0 peptide 提交 2021-12-01 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 7 PDB 声明：heptameric
链 M 2–10（9 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 SAH S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277 K；100 mM sodium cacodylate, pH 6.5, 10% polyethylene glycol 3350, 0.1 M MgCl2
分辨率 2.26 Å R-free 0.223
8Q1G LSD1-CoREST bound to Acetylated K14 of Histone H3 提交 2023-07-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 2–22（21 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；Sodium Tartrate 1.2M, ADA 0.1M,
分辨率 2.60 Å R-free 0.255
8Q1H LSD1 Y391K-CoREST bound to Histone H3 N-terminal tail 提交 2023-07-31 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 2–22（21 aa）
未记录 FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；Sodium Tartrate 1.2 M, ADA 0.1M
分辨率 2.90 Å R-free 0.254
8Q1J LSD1 Y391K-CoREST bound to Acetylated K14 of Histone H3 提交 2023-07-31 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 2–22（21 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；293 K；Sodium Tartate 1.2 M, ADA 0.1M
分辨率 2.87 Å R-free 0.272
8RBX Structure of Integrator-PP2A bound to a paused RNA polymerase II-DSIF-NELF-nucleosome complex 提交 2023-12-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 其他组合 异源复合物；蛋白 × 43 PDB 声明：46-meric
链 M 1–135（135 aa）
链 S 1–135（135 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 10 MG MAGNESIUM ION × 1 MN MANGANESE (II) ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 4.10 Å
8SR6 Crystal structure of legAS4 from Legionella pneumophila subsp. pneumophila with histone H3 (3-17)peptide 提交 2023-05-05 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 4–18（15 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293.15 K；0.1M Bis-Tris 6.5 and 38% PPG P400
分辨率 2.22 Å R-free 0.230
8T4F Transporter associated with antigen processing (TAP) bound to the 9-mer peptide RRYQKSTEL 提交 2023-06-09 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 52–60（9 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.50 Å
8VLD Crystal structure of Ash1L PHD finger in complex with histone H3K4me2 提交 2024-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 P 2–12（11 aa）
链 T 2–12（11 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；1.6 M sodium citrate pH 6.5
分辨率 1.92 Å R-free 0.249
8VLF Crystal structure of Ash1L PHD finger in complex with histone H3K4me3 提交 2024-01-11 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric
链 P 2–13（12 aa）
链 T 2–13（12 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；277 K；1.6 M sodium citrate pH 6.5
分辨率 1.34 Å R-free 0.188
8Z73 Crystal Structure of AF9 in complex with H3K9la peptide 提交 2024-04-19 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 P 2–11（10 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；2.4M Sodium Malonate
分辨率 2.91 Å R-free 0.221
8Z73 Crystal Structure of AF9 in complex with H3K9la peptide 提交 2024-04-19 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 2–11（10 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；2.4M Sodium Malonate
分辨率 2.91 Å R-free 0.221
8Z73 Crystal Structure of AF9 in complex with H3K9la peptide 提交 2024-04-19 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 E 2–11（10 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；2.4M Sodium Malonate
分辨率 2.91 Å R-free 0.221
8Z73 Crystal Structure of AF9 in complex with H3K9la peptide 提交 2024-04-19 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 G 2–11（10 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；2.4M Sodium Malonate
分辨率 2.91 Å R-free 0.221
8ZXC NMR solution structures of ASH1L BRD-PHD domain in complex with H3K4me2 peptide 提交 2024-06-14 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 2–13（12 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） ZN ZINC ION × 2 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）null；压力 1
NMR样品组成 100 mM sodium phosphate, 2 mM DTT, 50 mM potassium chloride, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 100 mM sodium phosphate, 2 mM DTT, 50 mM potassium chloride, 100% D2O | 100% D2O
分辨率未提供
9C0O Crystal structure of DmCfp1 PHD finger bound to H3K4me3 提交 2024-05-27 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 2–16（15 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 ZN ZINC ION × 3 SO4 SULFATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；15% PEG3350, 0.01M Tris pH8.5, 0.2M Ammonium sulfate
分辨率 1.53 Å R-free 0.194
9DZN KAT6A MYST domain complexed with a H3K14-CoA bisubstrate inhibitor 提交 2024-10-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 6–24（19 aa）
未记录 CMC CARBOXYMETHYL COENZYME *A × 1 ZN ZINC ION × 1 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；294.15 K；1.25 M NH4SO4, 0.28 M NaCl, and 0.1 M HEPES pH 6.4
分辨率 1.72 Å R-free 0.245
9IM4 Crystal Structure of AF9 YEATS domain F28R mutant in complex with histone H3K9la 提交 2024-07-02 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 P 2–11（10 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；2.1M DL Malic acid pH7.0
分辨率 2.79 Å R-free 0.315
9IM4 Crystal Structure of AF9 YEATS domain F28R mutant in complex with histone H3K9la 提交 2024-07-02 构建体不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 2–11（10 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；2.1M DL Malic acid pH7.0
分辨率 2.79 Å R-free 0.315
9N61 Transporter associated with antigen processing (TAP) bound to the 9-mer peptide RRYQKSTEL and ATP 提交 2025-02-04 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 C 52–60（9 aa）
未记录 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 6.5
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å
9V5M The crystal structure of RBBP4-H3 complex 提交 2025-05-26 构建体不同 突变/修饰不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 2–15（14 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.10 Å R-free 0.211

共 22 个其他 PDB 条目、26 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 H3C_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–15； UniProt 12–26

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 21hj

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 21hj
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id21hj
沉积日期 deposition_date2025-12-12
最后修订 last_revision2026-03-11
结构标题 titleSolution structures of BRD9 bromodomain in complex with histone H3 lactyl-lysine 18 (H3K18la) peptide
关键词 keywords;histone lactylation, BRD9, chromatin remodeling, chromatin accessibility, transcription regulation, hepatocellular carcinoma, PROTEIN BINDING ;; PROTEIN BINDING
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.08 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.60 Å
零角强度 I(0) i01173550000.00
分子量 molecular_weight298870.0 kDa
排除体积 excluded_volume377590 ų
包络体积 envelope_volume48556 ų
水化壳体积 shell_volume19658 ų
包络直径 envelope_diameter76.1 Å
壳层 Rg shell_rg27.49 Å
包络 Rg envelope_rg21.98 Å
形状 Rg shape_rg16.59 Å
总 Rg total_rg16.87 Å
总原子数 total_atoms42200
残基数 n_residues2620
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax69.0 Å
Rg (实空间) rg_real17.21 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.67 Å
I(0) (实空间) i0_real1.1740e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4470e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.20 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal1174000000.0000
解质量估计 total_estimate0.6493
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary17.2 Å
偏度 Skewness skewness0.606
峰度 Kurtosis kurtosis0.216
角度范围 angular_range— – 0.4650 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha655000.0000
实空间数据点数 n_real_points77
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.336; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.430; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)