2a1d

Staphylocoagulase bound to bovine thrombin

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 153.2 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

thrombin

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 326–366 链 B； UniProt 367–625	片段：Thrombin light chain 片段：Thrombin heavy chain	Staphylocoagulase × 1 （P17855） 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1M IMIDAZOLE, 0.2M AMMONIUM FORMATE, 12% POLYETHYLENE GLYCOL 4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.306
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 326–366 链 F； UniProt 367–625	片段：Thrombin light chain 片段：Thrombin heavy chain	Staphylocoagulase × 1 （P17855） 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1M IMIDAZOLE, 0.2M AMMONIUM FORMATE, 12% POLYETHYLENE GLYCOL 4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.306

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2A1D	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A0H THE X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF PPACK-MEIZOTHROMBIN DESF1: KRINGLE/THROMBIN AND CARBOHYDRATE/KRINGLE/THROMBIN INTERACTIONS AND LOCATION OF THE LINKER CHAIN 提交 1997-11-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 208–366（159 aa）片段：F2/THROMBIN DOMAIN 链 B 367–625（259 aa）片段：F2/THROMBIN DOMAIN 链 D 208–366（159 aa）片段：F2/THROMBIN DOMAIN 链 E 367–625（259 aa）片段：F2/THROMBIN DOMAIN	未记录	0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；17 MG/ML PROTEIN, 2% PEG4000, .25 M AMMONIUM PHOSPHATE, PH 8.0, 33% SATURATED AMMONIUM SULFATE	分辨率 3.20 Å R-free 0.242
1AVG THROMBIN INHIBITOR FROM TRIATOMA PALLIDIPENNIS 提交 1997-09-16	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 326–366（41 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；50 MM NA ACETATE, PH 4.6, 100 MM (NH4)2SO4, 16 % PEG 4,000	分辨率 2.60 Å R-free 0.275
1BBR THE STRUCTURE OF RESIDUES 7-16 OF THE A ALPHA CHAIN OF HUMAN FIBRINOGEN BOUND TO BOVINE THROMBIN AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-04-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 517–625（109 aa）链 H 367–516（150 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1BBR THE STRUCTURE OF RESIDUES 7-16 OF THE A ALPHA CHAIN OF HUMAN FIBRINOGEN BOUND TO BOVINE THROMBIN AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-04-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 318–366（49 aa）链 K 367–625（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1BBR THE STRUCTURE OF RESIDUES 7-16 OF THE A ALPHA CHAIN OF HUMAN FIBRINOGEN BOUND TO BOVINE THROMBIN AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-04-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 M 318–366（49 aa）链 N 367–625（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1BBR THE STRUCTURE OF RESIDUES 7-16 OF THE A ALPHA CHAIN OF HUMAN FIBRINOGEN BOUND TO BOVINE THROMBIN AT 2.3 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-04-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 J 318–366（49 aa）链 K 367–625（259 aa）链 M 318–366（49 aa）链 N 367–625（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1ETR REFINED 2.3 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE THROMBIN COMPLEXES FORMED WITH THE BENZAMIDINE AND ARGININE-BASED THROMBIN INHIBITORS NAPAP, 4-TAPAP AND MQPA: A STARTING POINT FOR IMPROVING ANTITHROMBOTICS 提交 1992-07-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	MIT amino{[(4S)-5-[(2R,4R)-2-carboxy-4-methylpiperidin-1-yl]-4-({[(3R)-3-methyl-1,2,3,4-tetrahydroquinolin-8-yl]sulfonyl}amino)-5-oxopentyl]amino}methaniminium × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1ETS REFINED 2.3 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE THROMBIN COMPLEXES FORMED WITH THE BENZAMIDINE AND ARGININE-BASED THROMBIN INHIBITORS NAPAP, 4-TAPAP AND MQPA: A STARTING POINT FOR IMPROVING ANTITHROMBOTICS 提交 1992-07-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	MID 1-[N-(naphthalen-2-ylsulfonyl)glycyl-4-carbamimidoyl-D-phenylalanyl]piperidine × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1ETT REFINED 2.3 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE THROMBIN COMPLEXES FORMED WITH THE BENZAMIDINE AND ARGININE-BASED THROMBIN INHIBITORS NAPAP, 4-TAPAP AND MQPA: A STARTING POINT FOR IMPROVING ANTITHROMBOTICS 提交 1992-07-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	4QQ 4-[(2S)-2-{[(4-methylphenyl)sulfonyl]amino}-3-oxo-3-(piperidin-1-yl)propyl]benzene-1-carboximidamide × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1HRT THE STRUCTURE OF A COMPLEX OF BOVINE ALPHA-THROMBIN AND RECOMBINANT HIRUDIN AT 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1993-02-25	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
1ID5 CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE THROMBIN COMPLEX WITH PROTEASE INHIBITOR ECOTIN 提交 2001-04-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 H 367–622（256 aa）片段：THROMBIN HEAVY CHAIN 链 L 318–366（49 aa）片段：THROMBIN LIGHT CHAIN	未记录	CA CALCIUM ION × 2 TRS 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；298 K；PEG6K, Citric Acid, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.50 Å R-free 0.264
1MKW THE CO-CRYSTAL STRUCTURE OF UNLIGANDED BOVINE ALPHA-THROMBIN AND PRETHROMBIN-2: MOVEMENT OF THE YPPW SEGMENT AND ACTIVE SITE RESIDUES UPON LIGAND BINDING 提交 1997-03-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；24% POLYETHYLENE GLYCOL 2000, 0.1M SODIUM ACETATE, PH 4.6, 0.2M AMMONIUM SULFATE	分辨率 2.30 Å R-free 0.282
1MKW THE CO-CRYSTAL STRUCTURE OF UNLIGANDED BOVINE ALPHA-THROMBIN AND PRETHROMBIN-2: MOVEMENT OF THE YPPW SEGMENT AND ACTIVE SITE RESIDUES UPON LIGAND BINDING 提交 1997-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 K 318–625（308 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 4.6；24% POLYETHYLENE GLYCOL 2000, 0.1M SODIUM ACETATE, PH 4.6, 0.2M AMMONIUM SULFATE	分辨率 2.30 Å R-free 0.282
1MKX THE CO-CRYSTAL STRUCTURE OF UNLIGANDED BOVINE ALPHA-THROMBIN AND PRETHROMBIN-2: MOVEMENT OF THE YPPW SEGMENT AND ACTIVE SITE RESIDUES UPON LIGAND BINDING 提交 1997-03-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；38% AMMONIUM SULFATE, 0.25M AMMONIUM PHOSPHATE, PH 5.8, 1% POLYETHYLENE GLYCOL 4000 (DROP ONLY).	分辨率 2.20 Å R-free 0.255
1MKX THE CO-CRYSTAL STRUCTURE OF UNLIGANDED BOVINE ALPHA-THROMBIN AND PRETHROMBIN-2: MOVEMENT OF THE YPPW SEGMENT AND ACTIVE SITE RESIDUES UPON LIGAND BINDING 提交 1997-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 K 318–625（308 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；38% AMMONIUM SULFATE, 0.25M AMMONIUM PHOSPHATE, PH 5.8, 1% POLYETHYLENE GLYCOL 4000 (DROP ONLY).	分辨率 2.20 Å R-free 0.255
1MKX THE CO-CRYSTAL STRUCTURE OF UNLIGANDED BOVINE ALPHA-THROMBIN AND PRETHROMBIN-2: MOVEMENT OF THE YPPW SEGMENT AND ACTIVE SITE RESIDUES UPON LIGAND BINDING 提交 1997-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 H 367–625（259 aa）链 K 318–625（308 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；38% AMMONIUM SULFATE, 0.25M AMMONIUM PHOSPHATE, PH 5.8, 1% POLYETHYLENE GLYCOL 4000 (DROP ONLY).	分辨率 2.20 Å R-free 0.255
1MKX THE CO-CRYSTAL STRUCTURE OF UNLIGANDED BOVINE ALPHA-THROMBIN AND PRETHROMBIN-2: MOVEMENT OF THE YPPW SEGMENT AND ACTIVE SITE RESIDUES UPON LIGAND BINDING 提交 1997-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 318–625（308 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；38% AMMONIUM SULFATE, 0.25M AMMONIUM PHOSPHATE, PH 5.8, 1% POLYETHYLENE GLYCOL 4000 (DROP ONLY).	分辨率 2.20 Å R-free 0.255
1MKX THE CO-CRYSTAL STRUCTURE OF UNLIGANDED BOVINE ALPHA-THROMBIN AND PRETHROMBIN-2: MOVEMENT OF THE YPPW SEGMENT AND ACTIVE SITE RESIDUES UPON LIGAND BINDING 提交 1997-03-13	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 H 367–625（259 aa）链 K 318–625（308 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；38% AMMONIUM SULFATE, 0.25M AMMONIUM PHOSPHATE, PH 5.8, 1% POLYETHYLENE GLYCOL 4000 (DROP ONLY).	分辨率 2.20 Å R-free 0.255
1MKX THE CO-CRYSTAL STRUCTURE OF UNLIGANDED BOVINE ALPHA-THROMBIN AND PRETHROMBIN-2: MOVEMENT OF THE YPPW SEGMENT AND ACTIVE SITE RESIDUES UPON LIGAND BINDING 提交 1997-03-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 L 318–366（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；38% AMMONIUM SULFATE, 0.25M AMMONIUM PHOSPHATE, PH 5.8, 1% POLYETHYLENE GLYCOL 4000 (DROP ONLY).	分辨率 2.20 Å R-free 0.255
1NL1 BOVINE PROTHROMBIN FRAGMENT 1 IN COMPLEX WITH CALCIUM ION 提交 2003-01-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 44–190（147 aa）片段：fragment 1 (residues 1-156)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 7	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.6；pH 7.6	分辨率 1.90 Å R-free 0.253
1NL2 BOVINE PROTHROMBIN FRAGMENT 1 IN COMPLEX WITH CALCIUM AND LYSOPHOSPHOTIDYLSERINE 提交 2003-01-06	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 44–189（146 aa）片段：FRAGMENT 1 (residues 1-156)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 CA CALCIUM ION × 7 CL CHLORIDE ION × 3 LPS O-{HYDROXY[((2R)-2-HYDROXY-3-{[(1S)-1-HYDROXYPENTADECYL]OXY}PROPYL)OXY]PHOSPHORYL}-L-SERINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.6；pH 7.6	分辨率 2.30 Å R-free 0.274
1TBQ CRYSTAL STRUCTURE OF INSECT DERIVED DOUBLE DOMAIN KAZAL INHIBITOR RHODNIIN IN COMPLEX WITH THROMBIN 提交 1995-03-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å
1TBQ CRYSTAL STRUCTURE OF INSECT DERIVED DOUBLE DOMAIN KAZAL INHIBITOR RHODNIIN IN COMPLEX WITH THROMBIN 提交 1995-03-02	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 318–366（49 aa）链 K 367–625（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å
1TBR CRYSTAL STRUCTURE OF INSECT DERIVED DOUBLE DOMAIN KAZAL INHIBITOR RHODNIIN IN COMPLEX WITH THROMBIN 提交 1995-03-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 H 367–625（259 aa）链 J 318–366（49 aa）链 K 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å R-free 0.263
1TBR CRYSTAL STRUCTURE OF INSECT DERIVED DOUBLE DOMAIN KAZAL INHIBITOR RHODNIIN IN COMPLEX WITH THROMBIN 提交 1995-03-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å R-free 0.263
1TBR CRYSTAL STRUCTURE OF INSECT DERIVED DOUBLE DOMAIN KAZAL INHIBITOR RHODNIIN IN COMPLEX WITH THROMBIN 提交 1995-03-03	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 318–366（49 aa）链 K 367–625（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.60 Å R-free 0.263
1TOC STRUCTURE OF SERINE PROTEINASE 提交 1996-07-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 318–366（49 aa）链 B 367–625（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å
1TOC STRUCTURE OF SERINE PROTEINASE 提交 1996-07-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 318–366（49 aa）链 D 367–625（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å
1TOC STRUCTURE OF SERINE PROTEINASE 提交 1996-07-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 G 318–366（49 aa）链 H 367–625（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å
1TOC STRUCTURE OF SERINE PROTEINASE 提交 1996-07-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 318–366（49 aa）链 F 367–625（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.10 Å
1UCY THROMBIN COMPLEXED WITH FIBRINOPEPTIDE A ALPHA (RESIDUES 7-19). THREE COMPLEXES, ONE WITH EPSILON-THROMBIN AND TWO WITH ALPHA-THROMBIN 提交 1996-08-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 517–625（109 aa）链 H 367–516（150 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1UCY THROMBIN COMPLEXED WITH FIBRINOPEPTIDE A ALPHA (RESIDUES 7-19). THREE COMPLEXES, ONE WITH EPSILON-THROMBIN AND TWO WITH ALPHA-THROMBIN 提交 1996-08-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 J 318–366（49 aa）链 K 367–625（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1UCY THROMBIN COMPLEXED WITH FIBRINOPEPTIDE A ALPHA (RESIDUES 7-19). THREE COMPLEXES, ONE WITH EPSILON-THROMBIN AND TWO WITH ALPHA-THROMBIN 提交 1996-08-30	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 M 318–366（49 aa）链 N 367–625（259 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1UVT BOVINE THROMBIN--BM14.1248 COMPLEX 提交 1996-10-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	I48 N-{3-METHYL-5-[2-(PYRIDIN-4-YLAMINO)-ETHOXY]-PHENYL}-BENZENESULFONAMIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1UVU BOVINE THROMBIN--BM12.1700 COMPLEX 提交 1996-10-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	DCH 3-(7-DIAMINOMETHYL-NAPHTHALEN-2-YL)-PROPIONIC ACID ETHYL ESTER × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
1VIT THROMBIN:HIRUDIN 51-65 COMPLEX 提交 1996-01-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；HANGING DROP, RESERVOIRS CONTAINING 39% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 0.25 M AMMONIUM PHOSPHATE PH 8.0 AND 1% PEG4000. DROPS CONSISTED OF EQUAL VOLUMES OF RESERVOIR AND PROTEIN SOLUTION CONTAINING 23.5 MG/ML PROTEIN., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 3.20 Å
1VIT THROMBIN:HIRUDIN 51-65 COMPLEX 提交 1996-01-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 F 367–516（150 aa）链 G 517–625（109 aa）链 M 318–366（49 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；HANGING DROP, RESERVOIRS CONTAINING 39% SATURATED AMMONIUM SULFATE, 0.25 M AMMONIUM PHOSPHATE PH 8.0 AND 1% PEG4000. DROPS CONSISTED OF EQUAL VOLUMES OF RESERVOIR AND PROTEIN SOLUTION CONTAINING 23.5 MG/ML PROTEIN., vapor diffusion - hanging drop	分辨率 3.20 Å
1YCP THE CRYSTAL STRUCTURE OF FIBRINOGEN-AA PEPTIDE 1-23 (F8Y) BOUND TO BOVINE THROMBIN EXPLAINS WHY THE MUTATION OF PHE-8 TO TYROSINE STRONGLY INHIBITS NORMAL CLEAVAGE AT ARGININE-16 提交 1997-05-01	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 H 367–625（259 aa）链 L 318–366（49 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；2.0M AMMONIUM SULFATE 0.1M HEPES, PH 7.5 2.0% POLYETHYLENE GLYCOL 400	分辨率 2.50 Å R-free 0.245
1YCP THE CRYSTAL STRUCTURE OF FIBRINOGEN-AA PEPTIDE 1-23 (F8Y) BOUND TO BOVINE THROMBIN EXPLAINS WHY THE MUTATION OF PHE-8 TO TYROSINE STRONGLY INHIBITS NORMAL CLEAVAGE AT ARGININE-16 提交 1997-05-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 J 318–366（49 aa）链 K 367–516（150 aa）链 M 517–625（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；2.0M AMMONIUM SULFATE 0.1M HEPES, PH 7.5 2.0% POLYETHYLENE GLYCOL 400	分辨率 2.50 Å R-free 0.245
2HPP Structures of the noncovalent complexes of human and bovine prothrombin fragment 2 with human ppack-thrombin 提交 1993-04-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 P 214–292（79 aa）片段：UNP residues 214-292	未记录	0G7 D-phenylalanyl-N-[(3S)-6-carbamimidamido-1-chloro-2-oxohexan-3-yl]-L-prolinamide × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 3.30 Å
2ODY Thrombin-bound boophilin displays a functional and accessible reactive-site loop 提交 2006-12-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 318–366（49 aa）片段：Thrombin light chain, residues 318-366 链 B 367–625（259 aa）片段：Thrombin heavy chain, residues 367-625	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 3 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；279 K；18% PEG 8000, 0.05M Potassium phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 279K	分辨率 2.35 Å R-free 0.230
2ODY Thrombin-bound boophilin displays a functional and accessible reactive-site loop 提交 2006-12-27	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 318–366（49 aa）片段：Thrombin light chain, residues 318-366 链 D 367–625（259 aa）片段：Thrombin heavy chain, residues 367-625	未记录	PO4 PHOSPHATE ION × 1 NA SODIUM ION × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；279 K；18% PEG 8000, 0.05M Potassium phosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 279K	分辨率 2.35 Å R-free 0.230
2PF1 STRUCTURE OF BOVINE PROTHROMBIN FRAGMENT 1 REFINED AT 2.25 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1992-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 44–199（156 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
2PF2 THE CA+2 ION AND MEMBRANE BINDING STRUCTURE OF THE GLA DOMAIN OF CA-PROTHROMBIN FRAGMENT 1 提交 1991-12-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 44–199（156 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CA CALCIUM ION × 7	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
2SPT DIFFERENCES IN THE METAL ION STRUCTURE BETWEEN SR-AND CA-PROTHROMBIN FRAGMENT 1 提交 1994-02-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 44–188（145 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 SR STRONTIUM ION × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
3PMA 2.2 Angstrom crystal structure of the complex between Bovine Thrombin and Sucrose Octasulfate 提交 2010-11-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 336–364（29 aa）片段：Bovine Thrombin Light Chain residues 336-364 链 B 367–625（259 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；3 microliters Bovine thrombin, 7 mg/ml in 0.01M Tris-HCl, ph 8.0, 0.05M NaCl, 0.1M sodium citrate, 20% w/v, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å R-free 0.245
3PMA 2.2 Angstrom crystal structure of the complex between Bovine Thrombin and Sucrose Octasulfate 提交 2010-11-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 其他组合同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 336–364（29 aa）片段：Bovine Thrombin Light Chain residues 336-364 链 D 367–625（259 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1 CIT CITRIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；3 microliters Bovine thrombin, 7 mg/ml in 0.01M Tris-HCl, ph 8.0, 0.05M NaCl, 0.1M sodium citrate, 20% w/v, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å R-free 0.245
3PMA 2.2 Angstrom crystal structure of the complex between Bovine Thrombin and Sucrose Octasulfate 提交 2010-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 其他组合同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 336–364（29 aa）片段：Bovine Thrombin Light Chain residues 336-364 链 B 367–625（259 aa）链 C 336–364（29 aa）片段：Bovine Thrombin Light Chain residues 336-364 链 D 367–625（259 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 4 CIT CITRIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；3 microliters Bovine thrombin, 7 mg/ml in 0.01M Tris-HCl, ph 8.0, 0.05M NaCl, 0.1M sodium citrate, 20% w/v, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å R-free 0.245
3PMA 2.2 Angstrom crystal structure of the complex between Bovine Thrombin and Sucrose Octasulfate 提交 2010-11-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 其他组合同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 336–364（29 aa）片段：Bovine Thrombin Light Chain residues 336-364 链 B 367–625（259 aa）链 C 336–364（29 aa）片段：Bovine Thrombin Light Chain residues 336-364 链 D 367–625（259 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 CIT CITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；3 microliters Bovine thrombin, 7 mg/ml in 0.01M Tris-HCl, ph 8.0, 0.05M NaCl, 0.1M sodium citrate, 20% w/v, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.20 Å R-free 0.245
3PMB 2.9 Angstrom crystal structure of bovine thrombin in tetragonal spacegroup 提交 2010-11-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 336–364（29 aa）片段：Bovine Thrombin Light Chain residues 336-364 链 B 367–625（259 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；3 microliters Bovine thrombin, 7 mg/ml in 0.01M Tris-HCl, ph 8.0, 0.05M NaCl, 0.1M sodium citrate, 20% w/v PEG3350, 15% v/v 2-propanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.301
3PMB 2.9 Angstrom crystal structure of bovine thrombin in tetragonal spacegroup 提交 2010-11-16	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 336–364（29 aa）片段：Bovine Thrombin Light Chain residues 336-364 链 D 367–625（259 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；3 microliters Bovine thrombin, 7 mg/ml in 0.01M Tris-HCl, ph 8.0, 0.05M NaCl, 0.1M sodium citrate, 20% w/v PEG3350, 15% v/v 2-propanol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.301
7A0D The Crystal Structure of Bovine Thrombin in complex with Hirudin (C16U/C28U) at 1.6 Angstroms Resolution 提交 2020-08-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 HHH 367–625（259 aa）链 LLL 318–366（49 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；297 K；38% PEG 4000, 0.1 M sodium phosphate (pH= 4.7), 0.2 M NaCl	分辨率 1.60 Å R-free 0.215
7A0E The Crystal Structure of Bovine Thrombin in complex with Hirudin (C6U/C14U) at 1.9 Angstroms Resolution 提交 2020-08-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 HHH 367–625（259 aa）链 LLL 318–366（49 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；297 K；38% PEG 4000, 0.1 M sodium phosphate (pH= 4.7), and 0.2 M NaCl	分辨率 1.90 Å R-free 0.263
7A0F The Crystal Structure of Bovine Thrombin in complex with Hirudin (C22U/C39U) at 2.7 Angstroms Resolution 提交 2020-08-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 HHH 367–625（259 aa）链 LLL 318–366（49 aa）	未记录	NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.7；297 K；38% PEG 4000, 0.1 M sodium phosphate (pH= 4.7), 0.3 M NaCl	分辨率 2.70 Å R-free 0.253

共 30 个其他 PDB 条目、54 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	THRB_BOVIN
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–41； UniProt 326–366 作者链 E； PDB构建体 1–41； UniProt 326–366 作者链 B； PDB构建体 1–259； UniProt 367–625 作者链 F； PDB构建体 1–259； UniProt 367–625

Staphylocoagulase

Staphylococcus aureus

UniProt P17855

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 27–355	片段：active fragment 1-329	thrombin × 1 （P00735） thrombin × 1 （P00735） 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1M IMIDAZOLE, 0.2M AMMONIUM FORMATE, 12% POLYETHYLENE GLYCOL 4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.306
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 H； UniProt 27–355	片段：active fragment 1-329	thrombin × 1 （P00735） thrombin × 1 （P00735） 0G6 D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；298 K；0.1M IMIDAZOLE, 0.2M AMMONIUM FORMATE, 12% POLYETHYLENE GLYCOL 4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K	分辨率 3.50 Å R-free 0.306

数据库中的同蛋白其他状态

数据库中没有找到同一 UniProt 蛋白的其他 PDB 条目。

查看构建体与数据证据

UniProt名称	STC2_STAAU
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 2–329； UniProt 27–355 作者链 H； PDB构建体 2–329； UniProt 27–355

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2a1d
沉积日期 deposition_date	2005-06-20
结构标题 title	Staphylocoagulase bound to bovine thrombin
关键词 keywords	prothrombin activator, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	46.29 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	46.50 Å
零角强度 I(0) i0	537001000.00
分子量 molecular_weight	127040.0 kDa
排除体积 excluded_volume	122820 Å³
包络体积 envelope_volume	250520 Å³
水化壳体积 shell_volume	47040 Å³
包络直径 envelope_diameter	152.5 Å
壳层 Rg shell_rg	48.62 Å
包络 Rg envelope_rg	44.66 Å
形状 Rg shape_rg	46.50 Å
总 Rg total_rg	46.56 Å
总原子数 total_atoms	9634
残基数 n_residues	1056
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	153.2 Å
Rg (实空间) rg_real	46.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.73 Å
I(0) (实空间) i0_real	5.3700e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	9.8430e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	46.30 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	536700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7842
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	36.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.309
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.982
角度范围 angular_range	— – 0.1700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	22830000.0000
实空间数据点数 n_real_points	35
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.540; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.699; Smooth: 0.871

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	thrombin
分子量 formula_weight	4792.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	9634

FFNEKTFGAGEADCGLRPLFEKKQVQDQTEKELFESYIEGR

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	thrombin
分子量 formula_weight	29772.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.21.5
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

IVEGQDAEVGLSPWQVMLFRKSPQELLCGASLISDRWVLTAAHCLLYPPWDKNFTVDDLLVRIGKHSRTRYERKVEKISMLDKIYIHPRYNWKENLDRDIALLKLKRPIELSDYIHPVCLPDKQTAAKLLHAGFKGRVTGWGNRRETWTTSVAEVQPSVLQVVNLPLVERPVCKASTRIRITDNMFCAGYKPGEGKRGDACEGDSGGPFVMKSPYNNRWYQMGIVSWGEGCDRDGKYGFYTHVFRLKKWIQKVIDRLGS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Staphylocoagulase
分子量 formula_weight	38542.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

MIVTKDYSKESRVNENSKYGTLISDWYLKGRLTSLESQFINALDILETYHYGEKEYKDAKDKLMTRILGEDQYLLERKKVQYEEYKKLYQKYKEENPTSKLKLKTFDQYTIEDLTMREYNELTESLKSAVKDFEKDVEKIENQHHDLKPFTDEMEEKATSRVDDLANKAYSVYFAFVRDTQHKTEALELKAKVDLVLGDEDKPHRISNERIEKEMIKDLESIIEDFFIETGLNKPGNITSYDSSKHHYKNHSEGFEALVKETREAVANADESWKTKTVKKYGESETKSPVVKEENKVEDPQSPKFDNQQEVKTTAGKAEETTQPVAQPL

来源 Source

来源生物 organism	Staphylococcus aureus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1280
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	D-phenylalanyl-N-[(2S,3S)-6-{[amino(iminio)methyl]amino}-1-chloro-2-hydroxyhexan-3-yl]-L-prolinamide
分子量 formula_weight	454.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

结构域编号 domain_id	2a1dA00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	140 — Epsilon-Thrombin; Chain L
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Thrombin light chain domain

结构域编号 domain_id	2a1dB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	2a1dB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	2a1dD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	750 — Staphylcoagulase, helix bundle domain 1

结构域编号 domain_id	2a1dD02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	760 — Staphylcoagulase, helix bundle, domain 2

结构域编号 domain_id	2a1dE00
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	140 — Epsilon-Thrombin; Chain L
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Thrombin light chain domain

结构域编号 domain_id	2a1dF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	2a1dF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	10 — Thrombin, subunit H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Trypsin-like serine proteases

结构域编号 domain_id	2a1dH01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	750 — Staphylcoagulase, helix bundle domain 1

结构域编号 domain_id	2a1dH02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	760 — Staphylcoagulase, helix bundle, domain 2

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	183.780 Å
晶胞边长 b length_b	102.540 Å
晶胞边长 c length_c	134.040 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	129.14 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.500 Å
最低分辨率 resolution_low	31.690 Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	0.2330
R_free r_free	0.3060

fit	/app/data/saxs_computation/a1/2a1d/2a1d.fit
pddf	/app/data/pr_computation/a1/2a1d/2a1d.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/a1/2a1d/2a1d.dat

Staphylocoagulase bound to bovine thrombin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

thrombin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Staphylocoagulase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 10 domains

CATH v4.4 (10 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)