2a9h

NMR structural studies of a potassium channel / charybdotoxin complex

Method: SOLUTION NMR Dmax: 76.0 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Voltage-gated potassium channel

Streptomyces lividans

UniProt P0A334

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 5 PDB 声明:pentameric(5) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–132 链 B; UniProt 1–132 链 C; UniProt 1–132 链 D; UniProt 1–132 突变:Q58A, T61S, R64D, F103Y, T107F, L110V charybdotoxin × 1 SOLUTION NMR NMR测量条件:pH 7.5;315 K;压力 ambient NMR样品组成:1 mM KcsA, 2H and selectively 13C-methyl labeled in 20 mM sodium phosphate (pH 7.5), 5 mM KCl, 1 mM DTT, and 80 mM foscholine-12, 90% H2O/10% D2O or 100% D2O | 90% H2O/10% D2O or 100% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 86 个其他 PDB 条目、96 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KCSA_STRLI
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 24–155; UniProt 1–132 作者链 B; PDB构建体 24–155; UniProt 1–132 作者链 C; PDB构建体 24–155; UniProt 1–132 作者链 D; PDB构建体 24–155; UniProt 1–132

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2a9h

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2a9h
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2a9h
沉积日期 deposition_date2005-07-11
结构标题 titleNMR structural studies of a potassium channel / charybdotoxin complex
关键词 keywordsPotassium channel, KcsA, membrane protein, METAL TRANSPORT; METAL TRANSPORT, membrane protein
实验方法 methodSOLUTION NMR

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.06
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.02
零角强度 I(0) i029383800.00
分子量 molecular_weight44968.0 kDa
排除体积 excluded_volume57610 ų
包络体积 envelope_volume63852 ų
水化壳体积 shell_volume24807 ų
包络直径 envelope_diameter78.0
壳层 Rg shell_rg28.40
包络 Rg envelope_rg21.48
形状 Rg shape_rg21.02
总 Rg total_rg21.98
总原子数 total_atoms6381
残基数 n_residues424
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax76.0
Rg (实空间) rg_real22.01
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.57
I(0) (实空间) i0_real2.9380e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.1070e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.02
I(0) (倒空间) i0_reciprocal29380000.0000
解质量估计 total_estimate0.6645
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary26.1
偏度 Skewness skewness0.340
峰度 Kurtosis kurtosis-0.205
角度范围 angular_range— – 0.3600 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha4320000.0000
实空间数据点数 n_real_points68
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.751; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.145; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.965

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd2a9ha1
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.14 — Gated ion channels
超家族 Superfamily superfamilyf.14.1 — Voltage-gated ion channels
家族 Family familyf.14.1.1 — Voltage-gated potassium channels
结构域编号 domain_idd2a9hb_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.14 — Gated ion channels
超家族 Superfamily superfamilyf.14.1 — Voltage-gated ion channels
家族 Family familyf.14.1.1 — Voltage-gated potassium channels
结构域编号 domain_idd2a9hc_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.14 — Gated ion channels
超家族 Superfamily superfamilyf.14.1 — Voltage-gated ion channels
家族 Family familyf.14.1.1 — Voltage-gated potassium channels
结构域编号 domain_idd2a9hd_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.14 — Gated ion channels
超家族 Superfamily superfamilyf.14.1 — Voltage-gated ion channels
家族 Family familyf.14.1.1 — Voltage-gated potassium channels
结构域编号 domain_idd2a9he1
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.3 — Knottins (small inhibitors, toxins, lectins)
超家族 Superfamily superfamilyg.3.7 — Scorpion toxin-like
家族 Family familyg.3.7.2 — Short-chain scorpion toxins

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id2a9hA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id2a9hB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id2a9hC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70
结构域编号 domain_id2a9hD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)