2afi

Crystal Structure of MgADP bound Av2-Av1 Complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nitrogenase molybdenum-iron protein

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Nitrogenase molybdenum-iron protein × 2 （P07329） Nitrogenase iron protein 1 × 4 （P00459） 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID × 2 FE(7)-MO-S(9)-N CLUSTER × 2 CALCIUM ION × 2 FE(8)-S(7) CLUSTER × 2 MAGNESIUM ION × 4 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Nitrogenase molybdenum-iron protein × 2 （P07329） Nitrogenase iron protein 1 × 4 （P00459） 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID × 2 FE(7)-MO-S(9)-N CLUSTER × 2 CALCIUM ION × 2 FE(8)-S(7) CLUSTER × 2 MAGNESIUM ION × 4 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NIFD_AZOVI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–491； UniProt 1–491 作者链 C； PDB构建体 1–491； UniProt 1–491 作者链 I； PDB构建体 1–491； UniProt 1–491 作者链 K； PDB构建体 1–491； UniProt 1–491

Nitrogenase molybdenum-iron protein

物种未注明

UniProt P07329

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Nitrogenase molybdenum-iron protein × 2 （P07328） Nitrogenase iron protein 1 × 4 （P00459） 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID × 2 FE(7)-MO-S(9)-N CLUSTER × 2 CALCIUM ION × 2 FE(8)-S(7) CLUSTER × 2 MAGNESIUM ION × 4 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Nitrogenase molybdenum-iron protein × 2 （P07328） Nitrogenase iron protein 1 × 4 （P00459） 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID × 2 FE(7)-MO-S(9)-N CLUSTER × 2 CALCIUM ION × 2 FE(8)-S(7) CLUSTER × 2 MAGNESIUM ION × 4 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NIFK_AZOVI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–522； UniProt 1–522 作者链 D； PDB构建体 1–522； UniProt 1–522 作者链 J； PDB构建体 1–522； UniProt 1–522 作者链 L； PDB构建体 1–522； UniProt 1–522

Nitrogenase iron protein 1

物种未注明

UniProt P00459

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Nitrogenase molybdenum-iron protein × 2 （P07328） Nitrogenase molybdenum-iron protein × 2 （P07329） 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID × 2 FE(7)-MO-S(9)-N CLUSTER × 2 CALCIUM ION × 2 FE(8)-S(7) CLUSTER × 2 MAGNESIUM ION × 4 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 8	Nitrogenase molybdenum-iron protein × 2 （P07328） Nitrogenase molybdenum-iron protein × 2 （P07329） 3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID × 2 FE(7)-MO-S(9)-N CLUSTER × 2 CALCIUM ION × 2 FE(8)-S(7) CLUSTER × 2 MAGNESIUM ION × 4 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 4 IRON/SULFUR CLUSTER × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NIFH1_AZOVI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–289； UniProt 1–289 作者链 F； PDB构建体 1–289； UniProt 1–289 作者链 G； PDB构建体 1–289； UniProt 1–289 作者链 H； PDB构建体 1–289； UniProt 1–289 作者链 M； PDB构建体 1–289； UniProt 1–289 作者链 N； PDB构建体 1–289； UniProt 1–289 作者链 O； PDB构建体 1–289； UniProt 1–289 作者链 P； PDB构建体 1–289； UniProt 1–289

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2afi
沉积日期 deposition_date	2005-07-25
结构标题 title	Crystal Structure of MgADP bound Av2-Av1 Complex
关键词 keywords	Nitrogen fixation, Iron-sulfur, Metal-binding, Molybdenum, oxidoreductase; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2afi__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2afi__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2afi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	52.62 Å
Rg（电子密度）	52.86 Å
总 Rg	52.96 Å
原子数	24291
残基数	3074
排除体积	433370 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`2afi__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`2afi__assembly_2__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Nitrogenase molybdenum-iron protein
分子量 formula_weight	55231.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.18.6.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,I,K
原子数 atom_count	48501

TGMSREEVESLIQEVLEVYPEKARKDRNKHLAVNDPAVTQSKKCIISNKKSQPGLMTIRGCAYAGSKGVVWGPIKDMIHISHGPVGCGQYSRAGRRNYYIGTTGVNAFVTMNFTSDFQEKDIVFGGDKKLAKLIDEVETLFPLNKGISVQSECPIGLIGDDIESVSKVKGAELSKTIVPVRCEGFRGVSQSLGHHIANDAVRDWVLGKRDEDTTFASTPYDVAIIGDYNIGGDAWSSRILLEEMGLRCVAQWSGDGSISEIELTPKVKLNLVHCYRSMNYISRHMEEKYGIPWMEYNFFGPTKTIESLRAIAAKFDESIQKKCEEVIAKYKPEWEAVVAKYRPRLEGKRVMLYIGGLRPRHVIGAYEDLGMEVVGTGYEFAHNDDYDRTMKEMGDSTLLYDDVTGYEFEEFVKRIKPDLIGSGIKEKFIFQKMGIPFREMHSWDYSGPYHGFDGFAIFARDMDMTLNNPCWKKLQAPWEASEGAEKVAASA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Nitrogenase molybdenum-iron protein
分子量 formula_weight	59404.7 kDa
EC 编号 ec_number	1.18.6.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,J,L

SQQVDKIKASYPLFLDQDYKDMLAKKRDGFEEKYPQDKIDEVFQWTTTKEYQELNFQREALTVNPAKACQPLGAVLCALGFEKTMPYVHGSQGCVAYFRSYFNRHFREPVSCVSDSMTEDAAVFGGQQNMKDGLQNCKATYKPDMIAVSTTCMAEVIGDDLNAFINNSKKEGFIPDEFPVPFAHTPSFVGSHVTGWDNMFEGIARYFTLKSMDDKVVGSNKKINIVPGFETYLGNFRVIKRMLSEMGVGYSLLSDPEEVLDTPADGQFRMYAGGTTQEEMKDAPNALNTVLLQPWHLEKTKKFVEGTWKHEVPKLNIPMGLDWTDEFLMKVSEISGQPIPASLTKERGRLVDMMTDSHTWLHGKRFALWGDPDFVMGLVKFLLELGCEPVHILCHNGNKRWKKAVDAILAASPYGKNATVYIGKDLWHLRSLVFTDKPDFMIGNSYGKFIQRDTLHKGKEFEVPLIRIGFPIFDRHHLHRSTTLGYEGAMQILTTLVNSILERLDEETRGMQATDYNHDLVR

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Nitrogenase iron protein 1
分子量 formula_weight	31417.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.18.6.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H,M,N,O,P

AMRQCAIYGKGGIGKSTTTQNLVAALAEMGKKVMIVGCDPKADSTRLILHSKAQNTIMEMAAEAGTVEDLELEDVLKAGYGGVKCVESGGPEPGVGCAGRGVITAINFLEEEGAYEDDLDFVFYDVLGDVVCGGFAMPIRENKAQEIYIVCSGEMMAMYAANNISKGIVKYANSGSVRLGGLICNSRNTDREDELIIALANKLGTQMIHFVPRDNVVQRAEIRRMTVIEYDPKAKQADEYRALARKVVDNKLLVIPNPITMDELEELLMEFGIMEVEDESIVGKTAEEV

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID
分子量 formula_weight	206.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	FE(7)-MO-S(9)-N CLUSTER
分子量 formula_weight	789.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	FE(8)-S(7) CLUSTER
分子量 formula_weight	671.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 11 Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	8

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 52 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

结构域编号 domain_id	d2afia_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.92 — Chelatase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.92.2 — 'Helical backbone' metal receptor
家族 Family family	c.92.2.3 — Nitrogenase iron-molybdenum protein

结构域编号 domain_id	d2afib_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.92 — Chelatase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.92.2 — 'Helical backbone' metal receptor
家族 Family family	c.92.2.3 — Nitrogenase iron-molybdenum protein

结构域编号 domain_id	d2afic_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.92 — Chelatase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.92.2 — 'Helical backbone' metal receptor
家族 Family family	c.92.2.3 — Nitrogenase iron-molybdenum protein

结构域编号 domain_id	d2afid_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.92 — Chelatase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.92.2 — 'Helical backbone' metal receptor
家族 Family family	c.92.2.3 — Nitrogenase iron-molybdenum protein

结构域编号 domain_id	d2afie_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.10 — Nitrogenase iron protein-like

结构域编号 domain_id	d2afif_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.10 — Nitrogenase iron protein-like

结构域编号 domain_id	d2afig_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.10 — Nitrogenase iron protein-like

结构域编号 domain_id	d2afih_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.10 — Nitrogenase iron protein-like

结构域编号 domain_id	d2afii_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.92 — Chelatase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.92.2 — 'Helical backbone' metal receptor
家族 Family family	c.92.2.3 — Nitrogenase iron-molybdenum protein

结构域编号 domain_id	d2afij_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.92 — Chelatase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.92.2 — 'Helical backbone' metal receptor
家族 Family family	c.92.2.3 — Nitrogenase iron-molybdenum protein

结构域编号 domain_id	d2afik_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.92 — Chelatase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.92.2 — 'Helical backbone' metal receptor
家族 Family family	c.92.2.3 — Nitrogenase iron-molybdenum protein

结构域编号 domain_id	d2afil_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.92 — Chelatase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.92.2 — 'Helical backbone' metal receptor
家族 Family family	c.92.2.3 — Nitrogenase iron-molybdenum protein

结构域编号 domain_id	d2afim_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.10 — Nitrogenase iron protein-like

结构域编号 domain_id	d2afin_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.10 — Nitrogenase iron protein-like

结构域编号 domain_id	d2afio_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.10 — Nitrogenase iron protein-like

结构域编号 domain_id	d2afip_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.10 — Nitrogenase iron protein-like

CATH v4.4 (36 domains)

结构域编号 domain_id	2afiA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	2afiA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	2afiA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	2afiB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	2afiB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	2afiB03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	89 — Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B, domain 4

结构域编号 domain_id	2afiB04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	2afiC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	2afiC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	2afiC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	2afiD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	2afiD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	2afiD03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	89 — Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B, domain 4

结构域编号 domain_id	2afiD04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	2afiE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2afiF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2afiG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2afiH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2afiI01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	2afiI02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	2afiI03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	2afiJ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	2afiJ02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	2afiJ03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	89 — Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B, domain 4

结构域编号 domain_id	2afiJ04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	2afiK01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	2afiK02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	2afiK03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	2afiL01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	2afiL02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	2afiL03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	89 — Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B; domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Nitrogenase Molybdenum-iron Protein, subunit B, domain 4

结构域编号 domain_id	2afiL04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1980 — Nitrogenase molybdenum iron protein domain

结构域编号 domain_id	2afiM00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2afiN00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2afiO00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	2afiP00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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晶胞边长 a length_a	72.915 Å
晶胞边长 b length_b	141.432 Å
晶胞边长 c length_c	165.549 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	73.69 °
晶胞夹角 β angle_beta	79.37 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	76.58 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.100 Å
最低分辨率 resolution_low	49.430 Å
R 因子 r_factor	0.2290
R_work r_work	0.2290
R_free r_free	0.2700

Crystal Structure of MgADP bound Av2-Av1 Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nitrogenase molybdenum-iron protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nitrogenase molybdenum-iron protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Nitrogenase iron protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2afi__assembly_1__model_1

2afi__assembly_1__model_1 | I(q)

2afi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 52 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (36 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of MgADP bound Av2-Av1 Complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Nitrogenase molybdenum-iron protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Nitrogenase molybdenum-iron protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Nitrogenase iron protein 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

2afi__assembly_1__model_1

2afi__assembly_1__model_1 | I(q)

2afi__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 52 domains

SCOP 2.08 (16 domains)

CATH v4.4 (36 domains)

7. 引用文献 (1)