8dfd

CryoEM structure of the 2:1 ADP-tetrafluoroaluminate stabilized nitrogenase complex from Azotobacter vinelandii

Method: ELECTRON MICROSCOPY D_max: 177.9 Å Quality: GOOD

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

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1. 结构基本信息 1. Structure Basics

条目编号 entry_id	8dfd
沉积日期 deposition_date	2022-06-21
结构标题 title	CryoEM structure of the 2:1 ADP-tetrafluoroaluminate stabilized nitrogenase complex from Azotobacter vinelandii
关键词 keywords	Nitrogenase, metalloenzyme, metal binding protein, oxidoreductase; METAL BINDING PROTEIN, OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	51.17 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	51.36 Å
零角强度 I(0) i0	1847600000.00
分子量 molecular_weight	351550.0 kDa
排除体积 excluded_volume	436340 Å³
包络体积 envelope_volume	520550 Å³
水化壳体积 shell_volume	87143 Å³
包络直径 envelope_diameter	192.5 Å
壳层 Rg shell_rg	51.93 Å
包络 Rg envelope_rg	51.63 Å
形状 Rg shape_rg	51.33 Å
总 Rg total_rg	51.48 Å
总原子数 total_atoms	24449
残基数 n_residues	3096
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	177.9 Å
Rg (实空间) rg_real	51.56 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	2.02 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.8480e+09
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	3.6350e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	50.84 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	1846000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7922
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	45.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.632
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.059
角度范围 angular_range	— – 0.1550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	383500000.0000
实空间数据点数 n_real_points	32
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.708; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.816; Smooth: 0.353

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

描述 description	Nitrogenase molybdenum-iron protein alpha chain
分子量 formula_weight	55363.0 kDa
EC 编号 ec_number	1.18.6.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	26299

MTGMSREEVESLIQEVLEVYPEKARKDRNKHLAVNDPAVTQSKKCIISNKKSQPGLMTIRGCAYAGSKGVVWGPIKDMIHISHGPVGCGQYSRAGRRNYYIGTTGVNAFVTMNFTSDFQEKDIVFGGDKKLAKLIDEVETLFPLNKGISVQSECPIGLIGDDIESVSKVKGAELSKTIVPVRCEGFRGVSQSLGHHIANDAVRDWVLGKRDEDTTFASTPYDVAIIGDYNIGGDAWSSRILLEEMGLRCVAQWSGDGSISEIELTPKVKLNLVHCYRSMNYISRHMEEKYGIPWMEYNFFGPTKTIESLRAIAAKFDESIQKKCEEVIAKYKPEWEAVVAKYRPRLEGKRVMLYIGGLRPRHVIGAYEDLGMEVVGTGYEFAHNDDYDRTMKEMGDSTLLYDDVTGYEFEEFVKRIKPDLIGSGIKEKFIFQKMGIPFREMHSWDYSGPYHGFDGFAIFARDMDMTLNNPCWKKLQAPWEASEGAEKVAASA

Entity 2 polymer

描述 description	Nitrogenase molybdenum-iron protein beta chain
分子量 formula_weight	59535.9 kDa
EC 编号 ec_number	1.18.6.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MSQQVDKIKASYPLFLDQDYKDMLAKKRDGFEEKYPQDKIDEVFQWTTTKEYQELNFQREALTVNPAKACQPLGAVLCALGFEKTMPYVHGSQGCVAYFRSYFNRHFREPVSCVSDSMTEDAAVFGGQQNMKDGLQNCKATYKPDMIAVSTTCMAEVIGDDLNAFINNSKKEGFIPDEFPVPFAHTPSFVGSHVTGWDNMFEGIARYFTLKSMDDKVVGSNKKINIVPGFETYLGNFRVIKRMLSEMGVGYSLLSDPEEVLDTPADGQFRMYAGGTTQEEMKDAPNALNTVLLQPWHLEKTKKFVEGTWKHEVPKLNIPMGLDWTDEFLMKVSEISGQPIPASLTKERGRLVDMMTDSHTWLHGKRFALWGDPDFVMGLVKFLLELGCEPVHILCHNGNKRWKKAVDAILAASPYGKNATVYIGKDLWHLRSLVFTDKPDFMIGNSYGKFIQRDTLHKGKEFEVPLIRIGFPIFDRHHLHRSTTLGYEGAMQILTTLVNSILERLDEETRGMQATDYNHDLVR

Entity 3 polymer

描述 description	Nitrogenase iron protein 1
分子量 formula_weight	31548.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.18.6.1
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合体 Polymer

聚合体类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F,G,H

MAMRQCAIYGKGGIGKSTTTQNLVAALAEMGKKVMIVGCDPKADSTRLILHSKAQNTIMEMAAEAGTVEDLELEDVLKAGYGGVKCVESGGPEPGVGCAGRGVITAINFLEEEGAYEDDLDFVFYDVLGDVVCGGFAMPIRENKAQEIYIVCSGEMMAMYAANNISKGIVKYANSGSVRLGGLICNSRNTDREDELIIALANKLGTQMIHFVPRDNVVQRAEIRRMTVIEYDPKAKQADEYRALARKVVDNKLLVIPNPITMDELEELLMEFGIMEVEDESIVGKTAEEV

Entity 4 non-polymer

描述 description	iron-sulfur-molybdenum cluster with interstitial carbon
分子量 formula_weight	787.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 5 non-polymer

描述 description	3-HYDROXY-3-CARBOXY-ADIPIC ACID
分子量 formula_weight	206.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 6 non-polymer

描述 description	FE(8)-S(7) CLUSTER
分子量 formula_weight	671.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 7 non-polymer

描述 description	FE (III) ION
分子量 formula_weight	55.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 8 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

Entity 9 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 10 non-polymer

描述 description	TETRAFLUOROALUMINATE ION
分子量 formula_weight	103.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 11 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

Entity 12 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1850

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7. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	—

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.12 Å
分辨率测定方法 resolution_method	—
颗粒数 num_particles	36762

fit	/app/data/saxs_computation/df/8dfd/8dfd.fit
pddf	/app/data/pr_computation/df/8dfd/8dfd.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/df/8dfd/8dfd.dat

CryoEM structure of the 2:1 ADP-tetrafluoroaluminate stabilized nitrogenase complex from Azotobacter vinelandii

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

1. 结构基本信息 1. Structure Basics

2. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 2. SAXS Parameters (CRYSOL)

3. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 3. P(r) Analysis (GNOM)

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合体信息 (12)

Entity 1 polymer

聚合体 Polymer

Entity 2 polymer

聚合体 Polymer

Entity 3 polymer

聚合体 Polymer

Entity 4 non-polymer

Entity 5 non-polymer

Entity 6 non-polymer

Entity 7 non-polymer

Entity 8 non-polymer

Entity 9 non-polymer

Entity 10 non-polymer

Entity 11 non-polymer

Entity 12 water

7. 引用文献 (1)

8. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)