2ale

Crystal structure of yeast RNA splicing factor Snu13p

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 45.9 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NHP2/L7aE family protein YEL026W

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–126	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M Sodium Acetate, 0.1 M Sodium Cacodylate, 30% PEG 8K, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2ALE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1ZWZ Structural comparison of Yeast snoRNP and splicesomal protein snu13p with its homologs 提交 2005-06-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–126（126 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å R-free 0.209
1ZWZ Structural comparison of Yeast snoRNP and splicesomal protein snu13p with its homologs 提交 2005-06-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–126（126 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å R-free 0.209
3JCM Cryo-EM structure of the spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP 提交 2015-12-23	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 30 PDB 声明：34-meric	链 M 1–126（126 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 M7M N,N,7-trimethylguanosine 5'-(trihydrogen diphosphate) × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
4NUT Crystal structure of the complex between Snu13p and the PEP domain of Rsa1 提交 2013-12-04	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–126（126 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293 K；2.3M ammonium sulfate, 70mM sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 1.55 Å R-free 0.235
5GAN The overall structure of the yeast spliceosomal U4/U6.U5 tri-snRNP at 3.7 Angstrom 提交 2015-12-15	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 32 PDB 声明：35-meric	链 K 1–126（126 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9	分辨率 3.70 Å
5GAP Body region of the U4/U6.U5 tri-snRNP 提交 2015-12-15	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：Dodecameric	链 K 1–126（126 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Grids were blotted at 4 deg C for 2 seconds before plunging.	分辨率 3.60 Å
5NRL Structure of a pre-catalytic spliceosome 提交 2017-04-24	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 53 PDB 声明：58-meric	链 K 1–126（126 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9；Buffer pH: HEPES, 7.9; EDTA, 8.0 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Grids were glow-discharged for 15 s before deposition of 3 microliter sample (~1.5 mg mL-1), and subsequently incubated for 2-3.5 s before blotting and vitrification by plunging into liquid ethane with a Vitrobot Mark III (FEI) operated at 4 degrees Celsius and 100% humidity.	分辨率 7.20 Å
5TZS Architecture of the yeast small subunit processome 提交 2016-11-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 其他组合异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：58-meric	链 e 1–126（126 aa）链 f 1–126（126 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；Incubated 10 seconds on the grid before blotting (blot time 2.0 seconds, blot force 0) and freezing.	分辨率 5.10 Å
5WLC The complete structure of the small subunit processome 提交 2017-07-26	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 67 PDB 声明：70-meric	链 SE 1–126（126 aa）链 SF 1–126（126 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
5WYJ Cryo-EM structure of the 90S small subunit pre-ribosome (Dhr1-depleted, Enp1-TAP, state 1) 提交 2017-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 61 PDB 声明：64-meric	链 3G 1–126（126 aa）链 3H 1–126（126 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.70 Å
5WYK Cryo-EM structure of the 90S small subunit pre-ribosome (Mtr4-depleted, Enp1-TAP) 提交 2017-01-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric	链 3G 1–126（126 aa）链 3H 1–126（126 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 8 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；blot for 2 seconds before plunging	分辨率 4.50 Å
5ZWM Cryo-EM structure of the yeast pre-B complex at an average resolution of 3.4~4.6 angstrom (tri-snRNP and U2 snRNP Part) 提交 2018-05-16	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：57-meric	链 M 1–126（126 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 6	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.40 Å
5ZWO Cryo-EM structure of the yeast B complex at average resolution of 3.9 angstrom 提交 2018-05-16	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：60-meric	链 M 1–126（126 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.9 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
6KE6 3.4 angstrom cryo-EM structure of yeast 90S small subunit preribosome 提交 2019-07-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：71-meric	链 3G 1–126（126 aa）链 3H 1–126（126 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE；wait 30s and blot 2s before plunging	分辨率 3.40 Å
6LQP Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State A) 提交 2020-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 70 PDB 声明：73-meric	链 3G 1–126（126 aa）链 3H 1–126（126 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.20 Å
6LQQ Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State B) 提交 2020-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 67 PDB 声明：70-meric	链 3G 1–126（126 aa）链 3H 1–126（126 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
6LQR Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State C) 提交 2020-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 65 PDB 声明：68-meric	链 3G 1–126（126 aa）链 3H 1–126（126 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 8.60 Å
6LQS Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State D) 提交 2020-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 76 PDB 声明：79-meric	链 3G 1–126（126 aa）链 3H 1–126（126 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6LQT Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State E) 提交 2020-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric	链 3G 1–126（126 aa）链 3H 1–126（126 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.90 Å
6LQU Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State A1) 提交 2020-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric	链 3G 1–126（126 aa）链 3H 1–126（126 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.70 Å
6LQV Cryo-EM structure of 90S small subunit preribosomes in transition states (State C1) 提交 2020-01-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric	链 3G 1–126（126 aa）链 3H 1–126（126 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.80 Å
6ND4 Conformational switches control early maturation of the eukaryotic small ribosomal subunit 提交 2018-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 27 PDB 声明：30-meric	链 e 1–126（126 aa）链 f 1–126（126 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.30 Å
6ZQA Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state A (Poly-Ala) 提交 2020-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 57 PDB 声明：60-meric	链 CF 1–126（126 aa）链 CG 1–126（126 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å
6ZQB Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state B2 提交 2020-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：71-meric	链 CF 1–126（126 aa）链 CG 1–126（126 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.90 Å
6ZQC Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state Pre-A1 提交 2020-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：71-meric	链 CF 1–126（126 aa）链 CG 1–126（126 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6ZQD Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state Post-A1 提交 2020-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 63 PDB 声明：66-meric	链 CF 1–126（126 aa）链 CG 1–126（126 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
6ZQE Cryo-EM structure of the 90S pre-ribosome from Saccharomyces cerevisiae, state Dis-A (Poly-Ala) 提交 2020-07-09	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 59 PDB 声明：62-meric	链 CF 1–126（126 aa）链 CG 1–126（126 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.10 Å
7AJT Cryo-EM structure of the 90S-exosome super-complex (state Pre-A1-exosome) 提交 2020-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：83-meric	链 CF 1–126（126 aa）链 CG 1–126（126 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 3 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
7AJU Cryo-EM structure of the 90S-exosome super-complex (state Post-A1-exosome) 提交 2020-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 74 PDB 声明：78-meric	链 CF 1–126（126 aa）链 CG 1–126（126 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 3 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å
7D4I Cryo-EM structure of 90S small ribosomal precursors complex with the DEAH-box RNA helicase Dhr1 (State F) 提交 2020-09-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 79 PDB 声明：82-meric	链 3G 1–126（126 aa）链 3H 1–126（126 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.00 Å
7D5S Cryo-EM structure of 90S preribosome with inactive Utp24 (state A2) 提交 2020-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 55 PDB 声明：58-meric	链 3G 1–126（126 aa）链 3H 1–126（126 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.60 Å
7D5T Cryo-EM structure of 90S preribosome with inactive Utp24 (state F1) 提交 2020-09-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 52 PDB 声明：55-meric	链 3G 1–126（126 aa）链 3H 1–126（126 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 6.00 Å
7D63 Cryo-EM structure of 90S preribosome with inactive Utp24 (state C) 提交 2020-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：71-meric	链 3G 1–126（126 aa）链 3H 1–126（126 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.4 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 12.30 Å
9G33 Stalled 90S - Utp23-Krr1-deltaC3 提交 2024-07-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 62 PDB 声明：65-meric	链 CF 1–126（126 aa）链 CG 1–126（126 aa）	未记录	GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.05 Å
9N6V SSU processome maturation and disassembly, State A 提交 2025-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric	链 SE 1–126（126 aa）链 SF 1–126（126 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 25 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.16 Å
9N6W SSU processome maturation and disassembly, State A* 提交 2025-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric	链 SE 1–126（126 aa）链 SF 1–126（126 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 25 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.05 Å
9N6X SSU processome maturation and disassembly, State B 提交 2025-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric	链 SE 1–126（126 aa）链 SF 1–126（126 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 34 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.71 Å
9N6Y SSU processome maturation and disassembly, State C 提交 2025-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 70 PDB 声明：73-meric	链 SE 1–126（126 aa）链 SF 1–126（126 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 34 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.65 Å
9N6Z SSU processome maturation and disassembly, State D 提交 2025-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric	链 SE 1–126（126 aa）链 SF 1–126（126 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.74 Å
9N70 SSU processome maturation and disassembly, State E 提交 2025-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 69 PDB 声明：72-meric	链 SE 1–126（126 aa）链 SF 1–126（126 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.17 Å
9N72 SSU processome maturation and disassembly, State F 提交 2025-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 70 PDB 声明：73-meric	链 SE 1–126（126 aa）链 SF 1–126（126 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.94 Å
9N73 SSU processome maturation and disassembly, State G 提交 2025-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 71 PDB 声明：74-meric	链 SE 1–126（126 aa）链 SF 1–126（126 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 5.96 Å
9N74 SSU processome maturation and disassembly, State H 提交 2025-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 68 PDB 声明：71-meric	链 SE 1–126（126 aa）链 SF 1–126（126 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 39 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 2.65 Å
9N75 SSU processome maturation and disassembly, State I 提交 2025-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 65 PDB 声明：68-meric	链 SE 1–126（126 aa）链 SF 1–126（126 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 59 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 3 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.01 Å
9N76 SSU processome maturation and disassembly, State J 提交 2025-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 64 PDB 声明：67-meric	链 SE 1–126（126 aa）链 SF 1–126（126 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 38 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.20 Å
9N77 SSU processome maturation and disassembly, State K 提交 2025-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 61 PDB 声明：64-meric	链 SE 1–126（126 aa）链 SF 1–126（126 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 48 ZN ZINC ION × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.94 Å
9N78 SSU processome maturation and disassembly, State L 提交 2025-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 56 PDB 声明：59-meric	链 SE 1–126（126 aa）链 SF 1–126（126 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 47 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.17 Å
9N79 SSU processome maturation and disassembly, State M 提交 2025-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 异源复合物；蛋白 × 42 PDB 声明：45-meric	链 SE 1–126（126 aa）链 SF 1–126（126 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 47 ZN ZINC ION × 2 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.93 Å

共 47 个其他 PDB 条目、48 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NHPX_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–126； UniProt 1–126

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ale
沉积日期 deposition_date	2005-08-05
结构标题 title	Crystal structure of yeast RNA splicing factor Snu13p
关键词 keywords	SPLICING, RNA, YEAST, HIS-TAG, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	14.94 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	13.45 Å
零角强度 I(0) i0	3965740.00
分子量 molecular_weight	14367.0 kDa
排除体积 excluded_volume	18185 Å³
包络体积 envelope_volume	19948 Å³
水化壳体积 shell_volume	12376 Å³
包络直径 envelope_diameter	43.3 Å
壳层 Rg shell_rg	19.47 Å
包络 Rg envelope_rg	13.80 Å
形状 Rg shape_rg	13.44 Å
总 Rg total_rg	14.78 Å
总原子数 total_atoms	1008
残基数 n_residues	132
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	45.9 Å
Rg (实空间) rg_real	14.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.24 Å
I(0) (实空间) i0_real	3.9660e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.2220e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	14.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	3966000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8892
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.9 Å
偏度 Skewness skewness	0.046
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.396
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1166000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.862; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.980; Smooth: 0.992

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NHP2/L7aE family protein YEL026W
分子量 formula_weight	14654.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1074

MSAPNPKAFPLADAALTQQILDVVQQAANLRQLKKGANEATKTLNRGISEFIIMAADCEPIEILLHLPLLCEDKNVPYVFVPSRVALGRACGVSRPVIAASITTNDASAIKTQIYAVKDKIETLLILEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	66

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2alea1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.79 — Bacillus chorismate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	d.79.3 — L30e-like
家族 Family family	d.79.3.1 — L30e/L7ae ribosomal proteins

结构域编号 domain_id	d2alea2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2aleA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1330 — 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A;
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — Ribosomal protein L30/S12

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	70.330 Å
晶胞边长 b length_b	70.330 Å
晶胞边长 c length_c	53.303 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 31 2 1
空间群编号 int_tables_number	152
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	14.680 Å
R 因子 r_factor	0.2230
R_work r_work	0.2230
R_free r_free	0.2480

fit	/app/data/saxs_computation/al/2ale/2ale.fit
pddf	/app/data/pr_computation/al/2ale/2ale.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/al/2ale/2ale.dat