SAXSdb — 2ar9

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Caspase-9

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 140–416 链 B； UniProt 140–416	片段：residues 140-416 突变：C287S, G402C, C403I, F404V, N405S, F406M	MLT D-MALATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；290 K；PEG5000 monomethylether, MES, tacsimate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.80 Å R-free 0.288
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 140–416 链 D； UniProt 140–416	片段：residues 140-416 突变：C287S, G402C, C403I, F404V, N405S, F406M	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；290 K；PEG5000 monomethylether, MES, tacsimate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K	分辨率 2.80 Å R-free 0.288

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2AR9	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1NW9 STRUCTURE OF CASPASE-9 IN AN INHIBITORY COMPLEX WITH XIAP-BIR3 提交 2003-02-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 140–416（277 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；Tris, potassium phosphate, pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.40 Å R-free 0.235
3D9T CIAP1-BIR3 in complex with N-terminal peptide from Caspase-9 (ATPFQE) 提交 2008-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 316–321（6 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；3.1M NA FORMATE,10% GLYCEROL,1.5MM PEPTIDE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.205
3D9T CIAP1-BIR3 in complex with N-terminal peptide from Caspase-9 (ATPFQE) 提交 2008-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 316–321（6 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；3.1M NA FORMATE,10% GLYCEROL,1.5MM PEPTIDE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.50 Å R-free 0.205
3V3K Human caspase 9 in complex with bacterial effector protein 提交 2011-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 141–416（276 aa）片段：UNP Residues 141-416	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.75 K-Na-Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.259
3V3K Human caspase 9 in complex with bacterial effector protein 提交 2011-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 141–416（276 aa）片段：UNP Residues 141-416	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.75 K-Na-Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.259
3V3K Human caspase 9 in complex with bacterial effector protein 提交 2011-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 141–416（276 aa）片段：UNP Residues 141-416	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.75 K-Na-Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.259
3V3K Human caspase 9 in complex with bacterial effector protein 提交 2011-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 141–416（276 aa）片段：UNP Residues 141-416	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.75 K-Na-Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.259
3V3K Human caspase 9 in complex with bacterial effector protein 提交 2011-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 141–416（276 aa）片段：UNP Residues 141-416	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.75 K-Na-Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.259
3V3K Human caspase 9 in complex with bacterial effector protein 提交 2011-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 141–416（276 aa）片段：UNP Residues 141-416	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.75 K-Na-Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.259
3V3K Human caspase 9 in complex with bacterial effector protein 提交 2011-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 141–416（276 aa）片段：UNP Residues 141-416	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.75 K-Na-Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.259
3V3K Human caspase 9 in complex with bacterial effector protein 提交 2011-12-13	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 O 141–416（276 aa）片段：UNP Residues 141-416	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；0.75 K-Na-Tartrate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 3.49 Å R-free 0.259
3YGS APAF-1 CARD IN COMPLEX WITH PRODOMAIN OF PROCASPASE-9 提交 1999-05-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 P 1–96（96 aa）片段：PRODOMAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.299
4RHW Crystal structure of Apaf-1 CARD and caspase-9 CARD complex 提交 2014-10-03	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 E 1–100（100 aa）片段：card domain 链 F 1–100（100 aa）片段：card domain	未记录	SO4 SULFATE ION × 7 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；291 K；13% PEG 3000, 0.2M ammonium sulfate, 0.1M MES (pH5.5), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.226
5JUY Active human apoptosome with procaspase-9 提交 2016-05-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 18 PDB 声明：octadecameric	链 O 1–95（95 aa）片段：N-terminal caspase recognition domain 链 P 1–95（95 aa）片段：N-terminal caspase recognition domain 链 Q 1–95（95 aa）片段：N-terminal caspase recognition domain 链 R 1–95（95 aa）片段：N-terminal caspase recognition domain	未记录	DTP 2'-DEOXYADENOSINE 5'-TRIPHOSPHATE × 7 HEC HEME C × 7	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5；Buffer A cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.10 Å
9R44 Crystal structure of human caspase-9 CARD 提交 2025-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–99（99 aa）链 E 1–99（99 aa）链 H 1–99（99 aa）链 L 1–99（99 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 18 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；289 K；1.5 M Lithium sulfate, 0.1 M Sodium HEPES, and pH 7.5 Protein concentration: 15 mg/ml Buffer in: 20 mM Hepes, 50 mM NaCl, 2 mM TCEP, and pH 7.5	分辨率 2.46 Å R-free 0.265

共 7 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CASP9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–278； UniProt 140–416 作者链 B； PDB构建体 2–278； UniProt 140–416 作者链 C； PDB构建体 2–278； UniProt 140–416 作者链 D； PDB构建体 2–278； UniProt 140–416

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2ar9
沉积日期 deposition_date	2005-08-19
结构标题 title	Crystal structure of a dimeric caspase-9
关键词 keywords	caspase, caspase activation, initiator caspase, cysteine protease, engineered caspase-9, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.35 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.37 Å
零角强度 I(0) i0	160572000.00
分子量 molecular_weight	102040.0 kDa
排除体积 excluded_volume	128260 Å³
包络体积 envelope_volume	154190 Å³
水化壳体积 shell_volume	41972 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.6 Å
壳层 Rg shell_rg	37.83 Å
包络 Rg envelope_rg	30.29 Å
形状 Rg shape_rg	30.33 Å
总 Rg total_rg	31.15 Å
总原子数 total_atoms	7153
残基数 n_residues	923
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	101.1 Å
Rg (实空间) rg_real	31.29 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.83 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6060e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3570e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.32 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	160600000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8973
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.7 Å
偏度 Skewness skewness	0.285
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.466
角度范围 angular_range	— – 0.2550 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	38010000.0000
实空间数据点数 n_real_points	52
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.899; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.967

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Caspase-9
分子量 formula_weight	30553.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.-
突变 mutation	C287S, G402C, C403I, F404V, N405S, F406M
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	7286

MGALESLRGNADLAYILSMEPCGHCLIINNVNFCRESGLRTRTGSNIDCEKLRRRFSSLHFMVEVKGDLTAKKMVLALLELARQDHGALDCCVVVILSHGCQASHLQFPGAVYGTDGCPVSVEKIVNIFNGTSCPSLGGKPKLFFIQASGGEQKDHGFEVASTSPEDESPGSNPEPDATPFQEGLRTFDQLDAISSLPTPSDIFVSYSTFPGFVSWRDPKSGSWYVETLDDIFEQWAHSEDLQSLLLRVANAVSVKGIYKQMPCIVSMLRKKLFFKTS

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	D-MALATE
分子量 formula_weight	134.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	133

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d2ar9a_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.17 — Caspase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.17.1 — Caspase-like
家族 Family family	c.17.1.1 — Caspase catalytic domain

结构域编号 domain_id	d2ar9b_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.17 — Caspase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.17.1 — Caspase-like
家族 Family family	c.17.1.1 — Caspase catalytic domain

结构域编号 domain_id	d2ar9c_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.17 — Caspase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.17.1 — Caspase-like
家族 Family family	c.17.1.1 — Caspase catalytic domain

结构域编号 domain_id	d2ar9d_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.17 — Caspase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.17.1 — Caspase-like
家族 Family family	c.17.1.1 — Caspase catalytic domain

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	2ar9A00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	2ar9B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	2ar9C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

结构域编号 domain_id	2ar9D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1460 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	144.698 Å
晶胞边长 b length_b	78.055 Å
晶胞边长 c length_c	125.963 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	112.50 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	11.000 Å
R 因子 r_factor	0.2400
R_work r_work	0.2370
R_free r_free	0.2880

fit	/app/data/saxs_computation/ar/2ar9/2ar9.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ar/2ar9/2ar9.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ar/2ar9/2ar9.dat

Crystal structure of a dimeric caspase-9

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Caspase-9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction