SAXSdb — 2bow

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MULTIDRUG-EFFLUX TRANSPORTER 1 REGULATOR BMRR

Bacillus subtilis

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 121–279	片段：MULTIDRUG-BINDING DOMAIN	MN MANGANESE (II) ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 P4P TETRAPHENYLPHOSPHONIUM × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.320
2	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 121–279	片段：MULTIDRUG-BINDING DOMAIN	MN MANGANESE (II) ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 P4P TETRAPHENYLPHOSPHONIUM × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.80 Å R-free 0.320

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2BOW	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BOW MULTIDRUG-BINDING DOMAIN OF TRANSCRIPTION ACTIVATOR BMRR (APO FORM) 提交 1998-08-06	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 121–279（159 aa）片段：MULTIDRUG-BINDING DOMAIN	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.5；pH 8.5	分辨率 2.70 Å R-free 0.270
1EXI CRYSTAL STRUCTURE OF TRANSCRIPTION ACTIVATOR BMRR, FROM B. SUBTILIS, BOUND TO 21 BASE PAIR BMR OPERATOR AND TPSB 提交 2000-05-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–278（278 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 118 TETRAPHENYLANTIMONIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；1 M imidazole, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 3.12 Å R-free 0.317
1EXJ CRYSTAL STRUCTURE OF TRANSCRIPTION ACTIVATOR BMRR, FROM B. SUBTILIS, BOUND TO 21 BASE PAIR BMR OPERATOR AND TPP 提交 2000-05-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–278（278 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2 P4P TETRAPHENYLPHOSPHONIUM × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1 M imidazole, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293.0K	分辨率 3.00 Å R-free 0.315
1R8E Crystal Structure of BmrR Bound to DNA at 2.4A Resolution 提交 2003-10-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–278（278 aa）	未记录	GOL GLYCEROL × 10 P4P TETRAPHENYLPHOSPHONIUM × 2 IMD IMIDAZOLE × 22	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；273 K；Imidazole, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K	分辨率 2.40 Å R-free 0.267
3D6Y Crystal structure of R275E mutant of BMRR bound to DNA and berberine 提交 2008-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–278（278 aa）片段：residues 1-278	突变：R275E, A277L, E278D	BER BERBERINE × 2 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；1.0 M Sodium Malonate, 0.05% Jeffamine-M600, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.70 Å R-free 0.259
3D6Z Crystal structure of R275E mutant of BMRR bound to DNA and rhodamine 提交 2008-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–278（278 aa）片段：residues 1-278	突变：R275E, A277L, E278D	GOL GLYCEROL × 8 RHQ RHODAMINE 6G × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；SODIUM MALONATE, JEFFAMINE-M600, pH 7.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.60 Å R-free 0.263
3D70 Crystal structure of E253A mutant of BMRR bound to 22-bp oligonucleotide 提交 2008-05-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–278（278 aa）	未记录	IMD IMIDAZOLE × 12 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；SODIUM CITRATE, IMIDAZOLE, TRIFLUOROETHANOL, pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.273
3D71 Crystal structure of E253Q BMRR bound to 22 base pair promoter site 提交 2008-05-20	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–278（278 aa）片段：residues 1-278	突变：E253Q, A277L, E278D	ZN ZINC ION × 2 FLC CITRATE ANION × 2 PGO S-1,2-PROPANEDIOL × 6 ETF TRIFLUOROETHANOL × 2 IMD IMIDAZOLE × 10	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；298 K；SODIUM CITRATE, IMIDAZOLE, TRIFLUOROETHANOL, pH 8.00, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.248
3IAO Conformational plasticity of the coiled coil domain of BmrR is required for bmr promoter binding-the unliganded structure of BmrR 提交 2009-07-14	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–278（278 aa）	突变：R275E, E253Q	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；30% PEG 4000, 0.2 M Lithium Sulfate, 0.1M Tris HCl, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.275
3Q1M Crystal Structure of BmrR Dimer bound to DNA and the ligand 4-amino-quinaldine 提交 2010-12-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–276（276 aa）	未记录	M4A 2-methylquinolin-4-amine × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；1.0 M Sodium Malonate, 0.05% Jeffamine-M600, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.20 Å R-free 0.272
3Q2Y Crystal Structure of BmrR bound to ethidium 提交 2010-12-20	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–278（278 aa）	未记录	ET ETHIDIUM × 2 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；1.0 M Sodium Malonate, 0.05% jeffamine pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.95 Å R-free 0.246
3Q3D Crystal structure of BmrR bound to puromycin 提交 2010-12-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–278（278 aa）	未记录	PUY PUROMYCIN × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；291 K；1.0 M Sodium Malonate ) 0.05% jeffamine-M600 pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.79 Å R-free 0.262
3Q5P Crystal structure of BmrR bound to Tetracycline 提交 2010-12-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–278（278 aa）	未记录	TAC TETRACYCLINE × 2 GOL GLYCEROL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；1.0 M Sodium Malonate 0.05% jeffamine pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.94 Å R-free 0.262
3Q5R Crystal structure of BmrR bound to Kanamycin 提交 2010-12-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–278（278 aa）	未记录	KAN KANAMYCIN A × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；291 K；1.0 M Sodium Malonate pH 7.0, 0.05% jeffamine M600, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.05 Å R-free 0.247
3Q5S Crystal structure of BmrR bound to Acetylcholine 提交 2010-12-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–278（278 aa）	未记录	ACH ACETYLCHOLINE × 2 GOL GLYCEROL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；291 K；1.0 M Sodium Malonate ph 7.0 0.05% Jeffamine M600, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 3.10 Å R-free 0.276
7CKQ The cryo-EM structure of B. subtilis BmrR transcription activation complex 提交 2020-07-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 9 PDB 声明：undecameric	链 G 1–278（278 aa）链 I 1–278（278 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 ZN ZINC ION × 2 P4P TETRAPHENYLPHOSPHONIUM × 2	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 4.40 Å

共 16 个其他 PDB 条目、16 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BMRR_BACSU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–159； UniProt 121–279

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2bow
沉积日期 deposition_date	1998-08-06
结构标题 title	MULTIDRUG-BINDING DOMAIN OF TRANSCRIPTION ACTIVATOR BMRR IN COMPLEX WITH A LIGAND, TETRAPHENYLPHOSPHONIUM
关键词 keywords	MULTIDRUG BINDING, TRANSCRIPTION ACTIVATOR; TRANSCRIPTION ACTIVATOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.73 Å
零角强度 I(0) i0	4214930.00
分子量 molecular_weight	15280.0 kDa
排除体积 excluded_volume	19403 Å³
包络体积 envelope_volume	22544 Å³
水化壳体积 shell_volume	13016 Å³
包络直径 envelope_diameter	51.4 Å
壳层 Rg shell_rg	20.49 Å
包络 Rg envelope_rg	15.18 Å
形状 Rg shape_rg	14.71 Å
总 Rg total_rg	16.03 Å
总原子数 total_atoms	1076
残基数 n_residues	130
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	52.8 Å
Rg (实空间) rg_real	16.13 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.2150e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.9920e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.14 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4215000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8807
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	21.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.157
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.325
角度范围 angular_range	— – 0.4900 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	849200.0000
实空间数据点数 n_real_points	79
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.828; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.966

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	MULTIDRUG-EFFLUX TRANSPORTER 1 REGULATOR BMRR
分子量 formula_weight	18492.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1087

RLGEVFVLDEEEIRIIQTEAEGIGPENVLNASYSKLKKFIESADGFTNNSYGATFSFQPYTSIDEMTYRHIFTPVLTNKQISSITPDMEITTIPKGRYACIAYNFSPEHYFLNLQKLIKYIADRQLTVVSDVYELIIPIHYSPKKQEEYRVEMKIRILE

来源 Source

来源生物 organism	Bacillus subtilis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1423
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	TETRAPHENYLPHOSPHONIUM
分子量 formula_weight	339.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	11

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 3 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2bowa1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.60 — Probable bacterial effector-binding domain
超家族 Superfamily superfamily	d.60.1 — Probable bacterial effector-binding domain
家族 Family family	d.60.1.1 — Multidrug-binding domain of transcription activator BmrR

结构域编号 domain_id	d2bowa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2bowA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	80 — Multidrug-efflux Transporter 1 Regulator Bmrr; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Regulatory factor, effector binding domain

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	82.600 Å
晶胞边长 b length_b	82.600 Å
晶胞边长 c length_c	104.200 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 62 2 2
空间群编号 int_tables_number	180
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	16.000 Å
R 因子 r_factor	0.2350
R_work r_work	—
R_free r_free	0.3200

fit	/app/data/saxs_computation/bo/2bow/2bow.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bo/2bow/2bow.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bo/2bow/2bow.dat

MULTIDRUG-BINDING DOMAIN OF TRANSCRIPTION ACTIVATOR BMRR IN COMPLEX WITH A LIGAND, TETRAPHENYLPHOSPHONIUM

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

MULTIDRUG-EFFLUX TRANSPORTER 1 REGULATOR BMRR

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction