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2bt6

Ru(bpy)2(mbpy)-Modified Bovine Adrenodoxin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 68.0 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ADRENODOXIN 1

BOS TAURUS

UniProt P00257

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 63–166 片段：RESIDUES 63-166 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 RUA (4'-METHYL-2,2'BIPYRIDINE)BIS(2,2'-BIPYRIDINE) × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.4；30% PEG 4000, 10% GLYCEROL, 10MM TRIS, PH 7.4, 10MM MGCL2, 20 MG/ML PROTEIN 分辨率 1.50 Å R-free 0.186
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 63–166 片段：RESIDUES 63-166 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 RUA (4'-METHYL-2,2'BIPYRIDINE)BIS(2,2'-BIPYRIDINE) × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.4；30% PEG 4000, 10% GLYCEROL, 10MM TRIS, PH 7.4, 10MM MGCL2, 20 MG/ML PROTEIN 分辨率 1.50 Å R-free 0.186

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2BT6 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AYF BOVINE ADRENODOXIN (OXIDIZED) 提交 1997-11-03 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 62–166（105 aa）
链 B 62–166（105 aa）
未记录 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 7.4；PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM 30% PEG 4000, 10% GLYCEROL, 100 MM TRIS, PH 7.4, 100MM MGCL2, 20 MG/ML PROTEIN
分辨率 1.85 Å R-free 0.253
1CJE ADRENODOXIN FROM BOVINE 提交 1999-04-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 60–186（127 aa）
链 B 60–186（127 aa）
未记录 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.298
1CJE ADRENODOXIN FROM BOVINE 提交 1999-04-12 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 60–186（127 aa）
链 D 60–186（127 aa）
未记录 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 2.50 Å R-free 0.298
1E6E ADRENODOXIN REDUCTASE/ADRENODOXIN COMPLEX OF MITOCHONDRIAL P450 SYSTEMS 提交 2000-08-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 59–186（128 aa）
突变：YES FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 3 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277 K；HANGING DROP VAPOR-DIFFUSION AT 4 DEGR. 0.5MM COMPLEX IN 100MMTRIS-HCL, PH 7.4, 0.9M AMMONIUMSULFATE.
分辨率 2.30 Å R-free 0.268
1E6E ADRENODOXIN REDUCTASE/ADRENODOXIN COMPLEX OF MITOCHONDRIAL P450 SYSTEMS 提交 2000-08-15 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 59–186（128 aa）
突变：YES FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 1 SO4 SULFATE ION × 2 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.4；277 K；HANGING DROP VAPOR-DIFFUSION AT 4 DEGR. 0.5MM COMPLEX IN 100MMTRIS-HCL, PH 7.4, 0.9M AMMONIUMSULFATE.
分辨率 2.30 Å R-free 0.268
1L6U NMR STRUCTURE OF OXIDIZED ADRENODOXIN 提交 2002-03-14 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 59–186（128 aa）
未记录 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；300 K；离子强度（mmCIF原始值）100 mM salt；压力 1
NMR样品组成 2-3mM Adrenodoxin 15N,13C, 50 mM phosphate buffer, 50mM NaCl, 10% D2O, 0.04% NaN3 | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
1L6V STRUCTURE OF REDUCED BOVINE ADRENODOXIN 提交 2002-03-14 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 59–186（128 aa）
未记录 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；300 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM salt；压力 1
NMR样品组成 2-3mM Adrenodoxin, 0mM Phosphate, 50mM NaCl, Dithionite, 10% D2O, 90% H2O, 0.04% NaN3 | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
2JQR Solution model of crosslinked complex of cytochrome c and adrenodoxin 提交 2007-06-07 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 62–166（105 aa） 片段：2Fe-2S ferredoxin-type domain, residues 62-166
突变：L80C, C95S HEC HEME C × 1 FES FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER × 1 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.4；285 K；压力 ambient
NMR测量条件 pH 7.4；301 K；离子强度（mmCIF原始值）0.4；压力 ambient
NMR样品组成 0.4 mM [U-98% 15N] CcV28C, 0.2-0.6 mM AdxL80C, 20 mM potassium phosphate, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 0.4 mM [U-98% 15N] AdxL80C, 0.2-0.6 mM CcV28C, 20 mM potassium phosphate, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 1.0 mM [U-98% 15N] CcV28C, 5 mM DTT, 20 mM potassium phosphate, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
NMR样品组成 0.6 mM [U-98% 15N] AdxL80C, 5 mM DTT, 20 mM potassium phosphate, 95% H2O/5% D2O | 95% H2O/5% D2O
分辨率未提供

共 6 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ADX_BOVIN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 5–108； UniProt 63–166 作者链 B； PDB构建体 5–108； UniProt 63–166

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2bt6

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2bt6
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2bt6
沉积日期 deposition_date2005-05-26
结构标题 titleRu(bpy)2(mbpy)-Modified Bovine Adrenodoxin
关键词 keywordsRUTHENIUM(II) BIPYRIDYL COMPLEX, INTRAMOLECULAR ELECTRON TRANSFER, ELECTRON TRANSPORT, METAL-BINDING; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier19.83 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.45 Å
零角强度 I(0) i011782700.00
分子量 molecular_weight24665.0 kDa
排除体积 excluded_volume30440 ų
包络体积 envelope_volume36336 ų
水化壳体积 shell_volume16366 ų
包络直径 envelope_diameter70.7 Å
壳层 Rg shell_rg24.73 Å
包络 Rg envelope_rg19.68 Å
形状 Rg shape_rg19.56 Å
总 Rg total_rg19.93 Å
总原子数 total_atoms1692
残基数 n_residues209
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax68.0 Å
Rg (实空间) rg_real19.93 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.53 Å
I(0) (实空间) i0_real1.1780e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.5860e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal19.92 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal11780000.0000
解质量估计 total_estimate0.7636
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary20.1 Å
偏度 Skewness skewness0.486
峰度 Kurtosis kurtosis-0.258
角度范围 angular_range— – 0.4000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5613000.0000
实空间数据点数 n_real_points72
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.686; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.867; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd2bt6a2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.4 — 2Fe-2S ferredoxin-like
家族 Family familyd.15.4.1 — 2Fe-2S ferredoxin-related
结构域编号 domain_idd2bt6a3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2bt6b_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.4 — 2Fe-2S ferredoxin-like
家族 Family familyd.15.4.1 — 2Fe-2S ferredoxin-related

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2bt6A00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Beta-grasp domain
结构域编号 domain_id2bt6B00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — Beta-grasp domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)