2bz8

N-terminal Sh3 domain of CIN85 bound to Cbl-b peptide

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 54.0 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SH3-DOMAIN KINASE BINDING PROTEIN 1

HOMO SAPIENS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–58 链 B； UniProt 1–58	片段：N-TERMINAL SH3 DOMAIN RESIDUES 1-58	SIGNAL TRANSDUCTION PROTEIN CBL-B SH3-BINDING PROTEIN CBL-B, RING FINGER PROTEIN 56, CBL-B × 1 （Q13191） NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；0.8 M NA CITRATE, 0.1 M BIS-TRIS PH 7.5, 0.2 M NACL	分辨率 2.00 Å R-free 0.271

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2BZ8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2K6D CIN85 Sh3-C domain in complex with ubiquitin 提交 2008-07-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 267–328（62 aa）片段：CIN85 SH3-C domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0.150；压力 ambient NMR样品组成 0.1 mM CIN85, 0.1 mM [U-100% 15N] ubiquitin, 50 mM sodium phosphate, 2 mM DTT, 5 mM DSS, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 0.1 mM [U-100% 15N] CIN85, 0.1 mM ubiquitiny, 50 mM sodium phosphate, 2 mM DTT, 5 mM DSS, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.0 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CIN85, 50 mM sodium phosphate, 2 mM DTT, 5 mM DSS, 150 mM sodium chloride, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2K9G Solution structure of the third SH3 domain of the Cin85 adapter protein 提交 2008-10-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 262–333（72 aa）片段：SH3 domain C, UNP residues 262-333	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）140；压力 ambient NMR样品组成 1mM Cin85 SH3-C, 20mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, 1mM DTT, 1mM EDTA, 0.02% sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM [U-98% 13C; U-98% 15N] Cin85 SH3-C, 20mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, 1mM DTT, 1mM EDTA, 0.02% sodium azide, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1mM [U-99% 15N] Cin85 SH3-C, 20mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, 1mM DTT, 1mM EDTA, 0.02% sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Cin85 SH3-C, 20mM sodium phosphate, 100mM sodium chloride, 1mM DTT, 1mM EDTA, 0.02% sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2N64 NMR Structure of the C-terminal Coiled-Coil Domain of CIN85 提交 2015-08-11	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 594–665（72 aa）片段：Coiled coil domain residues 594-665 链 B 594–665（72 aa）片段：Coiled coil domain residues 594-665 链 C 594–665（72 aa）片段：Coiled coil domain residues 594-665	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.9；305 K；压力 ambient NMR样品组成 1-3 mM [U-13C; U-15N; U-2H] CIN85 CC-domain, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 1-3 mM [U-13C; U-15N; U-2H] CIN85 CC-domain, 1-3 mM [U-2H] CIN85 CC-domain, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O	分辨率未提供
2O2O Solution structure of domain B from human CIN85 PROTEIN 提交 2006-11-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 92–168（77 aa）片段：CIN85_B	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）20mM PO4, 100mM NACL, 1mM EDTA, 2mM DTT, 0.01% NAN3；压力 AMBIENT NMR样品组成 1MM CIN85_B U-15N PHOSPHATE BUFFER; 1MM CIN85_B U-15N,13C; 20MM PHOSPHATE BUFFER; 1MM CIN85_B U-15N,13C; 20MM PHOSPHATE BUFFER	分辨率未提供
2YDL Crystal structure of SH3C from CIN85 提交 2011-03-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 270–328（59 aa）片段：SH3 C, RESIDUES 270-328	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1M CITRATE PH 5.5, 2.0 M AMMONIUM SULPHATE	分辨率 2.05 Å R-free 0.252
5ABS CRYSTAL STRUCTURE OF THE C-TERMINAL COILED-COIL DOMAIN OF CIN85 IN SPACE GROUP P321 提交 2015-08-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 599–662（64 aa）片段：COILED-COIL DOMAIN, RESIDUES 599-662	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 12	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；298 K；0.05M ZN ACETATE, 20% PEG3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 7	分辨率 1.74 Å R-free 0.283

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

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UniProt名称	SH3K1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58 作者链 B； PDB构建体 1–58； UniProt 1–58

SIGNAL TRANSDUCTION PROTEIN CBL-B SH3-BINDING PROTEIN CBL-B, RING FINGER PROTEIN 56, CBL-B

物种未注明

UniProt Q13191

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 902–912	片段：POLYPROLINE RICH REGION RESIDUES 902-912	SH3-DOMAIN KINASE BINDING PROTEIN 1 × 2 （Q96B97） NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；0.8 M NA CITRATE, 0.1 M BIS-TRIS PH 7.5, 0.2 M NACL	分辨率 2.00 Å R-free 0.271

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 2BZ8	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2AK5 beta PIX-SH3 complexed with a Cbl-b peptide 提交 2005-08-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 D 904–911（8 aa）片段：residues 904-911	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；291 K；PEG 3000, SODIUM CITRATE, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K, pH 6.50	分辨率 1.85 Å R-free 0.269
2DO6 Solution structure of RSGI RUH-065, a UBA domain from human cDNA 提交 2006-04-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 931–970（40 aa）片段：UBA domain 链 B 931–970（40 aa）片段：UBA domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM NaCl；压力 AMBIENT NMR样品组成 1.1mM UBA domain U-15N,13C, 20mM d-Tris-HCl buffer (pH 7.0), 100mM NaCl, 1mM d-DTT, 0.02% NaN3, 90% H2O, 10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.0mM UBA domain U-15N,13C, 1.0mM UBA domain, 20mM d-Tris-HCl buffer (pH 7.0), 100mM NaCl, 1mM d-DTT, 0.02% NaN3, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
2J6F N-TERMINAL SH3 DOMAIN OF CMS (CD2AP HUMAN HOMOLOG) BOUND TO CBL-B PEPTIDE 提交 2006-09-28	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 902–912（11 aa）片段：PEPTIDE, RESIDUES 902-912	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.5；20% PEG3000, 0.1M ACETATE PH 5.5	分辨率 1.70 Å R-free 0.218
2JNH Solution Structure of the UBA Domain from Cbl-b 提交 2007-01-24	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 926–971（46 aa）片段：UBA domain	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；298 K；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-13C; U-15N] entity, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 0.01 % sodium azide, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2LDR Solution structure of Helix-RING domain of Cbl-b in the Tyr363 phosphorylated form 提交 2011-06-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 351–426（76 aa）片段：Helix-RING domain, residues 345-426	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.3；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 ambient NMR样品组成 20mM MES-1, 2mM DTT-2, 150mM sodium chloride-3, 0.4mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein-4, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
2OOA crystal structure of the UBA domain from Cbl-b ubiquitin ligase 提交 2007-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 924–973（50 aa）片段：UBA domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；1.2M sodium/potassium phosphate, 12% glycerol, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.56 Å R-free 0.240
2OOA crystal structure of the UBA domain from Cbl-b ubiquitin ligase 提交 2007-01-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 924–973（50 aa）片段：UBA domain	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.2；293 K；1.2M sodium/potassium phosphate, 12% glycerol, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.56 Å R-free 0.240
2OOB crystal structure of the UBA domain from Cbl-b ubiquitin ligase in complex with ubiquitin 提交 2007-01-25	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 924–973（50 aa）片段：UBA domain	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；293 K；0.2M calcium chloride, 0.1M sodium acetate, 20% PEG6000, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.90 Å R-free 0.256
3PFV Crystal structure of Cbl-b TKB domain in complex with EGFR pY1069 peptide 提交 2010-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 38–344（307 aa）片段：N-terminal TKB domain (UNP residues 38-344)	未记录	NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 2 SO4 SULFATE ION × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；30% PEG 3350, 0.3M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.27 Å R-free 0.262
3PFV Crystal structure of Cbl-b TKB domain in complex with EGFR pY1069 peptide 提交 2010-10-29	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 38–344（307 aa）片段：N-terminal TKB domain (UNP residues 38-344)	未记录	NA SODIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 3 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293.15 K；30% PEG 3350, 0.3M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.27 Å R-free 0.262
3VGO Crystal structure of the N-terminal fragment of Cbl-b 提交 2011-08-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 39–426（388 aa）片段：N-terminal fragment, UNP residues 39-426	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293 K；25% PEG 3350, 0.1M bicine, 0.8M KNO3, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.10 Å R-free 0.328
3VGO Crystal structure of the N-terminal fragment of Cbl-b 提交 2011-08-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 39–426（388 aa）片段：N-terminal fragment, UNP residues 39-426	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293 K；25% PEG 3350, 0.1M bicine, 0.8M KNO3, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.10 Å R-free 0.328
3VGO Crystal structure of the N-terminal fragment of Cbl-b 提交 2011-08-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 39–426（388 aa）片段：N-terminal fragment, UNP residues 39-426	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.4；293 K；25% PEG 3350, 0.1M bicine, 0.8M KNO3, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K	分辨率 3.10 Å R-free 0.328
3ZNI Structure of phosphoTyr363-Cbl-b - UbcH5B-Ub - ZAP-70 peptide complex 提交 2013-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 36–427（392 aa）片段：RESIDUES 36-427	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M BICINE, PH 9.0, 8-11% (W/V) PEG 3350 AND 0.1 M SODIUM FORMATE	分辨率 2.21 Å R-free 0.211
3ZNI Structure of phosphoTyr363-Cbl-b - UbcH5B-Ub - ZAP-70 peptide complex 提交 2013-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 36–427（392 aa）片段：RESIDUES 36-427	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M BICINE, PH 9.0, 8-11% (W/V) PEG 3350 AND 0.1 M SODIUM FORMATE	分辨率 2.21 Å R-free 0.211
3ZNI Structure of phosphoTyr363-Cbl-b - UbcH5B-Ub - ZAP-70 peptide complex 提交 2013-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 I 36–427（392 aa）片段：RESIDUES 36-427	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M BICINE, PH 9.0, 8-11% (W/V) PEG 3350 AND 0.1 M SODIUM FORMATE	分辨率 2.21 Å R-free 0.211
3ZNI Structure of phosphoTyr363-Cbl-b - UbcH5B-Ub - ZAP-70 peptide complex 提交 2013-02-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 M 36–427（392 aa）片段：RESIDUES 36-427	突变：YES 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2 CA CALCIUM ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 0.1 M BICINE, PH 9.0, 8-11% (W/V) PEG 3350 AND 0.1 M SODIUM FORMATE	分辨率 2.21 Å R-free 0.211
8GCY Co-crystal structure of CBL-B in complex with N-Aryl isoindolin-1-one inhibitor 提交 2023-03-03	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 38–427（390 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 Z3N 2-{3-[(1s,3R)-3-methyl-1-(4-methyl-4H-1,2,4-triazol-3-yl)cyclobutyl]phenyl}-6-{[(3S)-3-methylpiperidin-1-yl]methyl}-4-(trifluoromethyl)-2,3-dihydro-1H-isoindol-1-one × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1 SO4 SULFATE ION × 1 UNX UNKNOWN LIGAND × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；0.1 M Imidazole, 0.1 M MES monohydrate pH 6.5 0.09 M Sodium nitrate, 0.09 M Sodium phosphate dibasic, 0.09M Ammonium sulfate 12.5% v/v MPD; 12.5% PEG1000; 12.5% w/v PEG 3350	分辨率 1.81 Å R-free 0.230
8QNG Crystal structure of the E3 ubiquitin ligase Cbl-b with an allosteric inhibitor (benzodiazepine HTS hit compound 1) 提交 2023-09-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–427（392 aa）	未记录	W89 2-(morpholin-4-ylmethyl)-~{N}-[(3~{S})-2-oxidanylidene-5-phenyl-1,3-dihydro-1,4-benzodiazepin-3-yl]benzamide × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；9 % PEG8000, 0.05 M MgAcetate, 0.05 M PCTP pH 7.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.295
8QNH Crystal structure of the E3 ubiquitin ligase Cbl-b with an allosteric inhibitor (WO2020264398 Ex23) 提交 2023-09-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–427（392 aa）	未记录	Z3N 2-{3-[(1s,3R)-3-methyl-1-(4-methyl-4H-1,2,4-triazol-3-yl)cyclobutyl]phenyl}-6-{[(3S)-3-methylpiperidin-1-yl]methyl}-4-(trifluoromethyl)-2,3-dihydro-1H-isoindol-1-one × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；9 % PEG8000, 5 % MPD, 0.05 M MgAcetate, 0.05 M PCTP pH 8	分辨率 2.00 Å R-free 0.248
8QNI Crystal structure of the E3 ubiquitin ligase Cbl-b with an allosteric inhibitor (benzodiazepine compound 25) 提交 2023-09-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–427（392 aa）	未记录	W7R 2-[[(2~{S})-2-methylmorpholin-4-yl]methyl]-~{N}-[(3~{S})-2-oxidanylidene-5-phenyl-1,3-dihydropyrido[3,4-e][1,4]diazepin-3-yl]benzamide × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；11 % PEG8000, 5 % MPD, 0.05 M MgAcetate, 0.05 M PCPT pH 8.0	分辨率 2.48 Å R-free 0.286
8QTG Crystal structure of CBL-b in complex with an allosteric inhibitor (compound 9) 提交 2023-10-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–427（392 aa）	未记录	WUQ 3-[3-[3-methyl-1-(4-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)cyclobutyl]phenyl]-5-(trifluoromethyl)-1~{H}-pyridin-2-one × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；8-11 % PEG8000, 5 % MPD, 0.05 M MgAcetate, 0.05 M PCTP pH 8	分辨率 1.42 Å R-free 0.243
8QTH Crystal structure of CBL-b in complex with an allosteric inhibitor (compound 8) 提交 2023-10-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–427（392 aa）	未记录	WX0 1-methyl-5-[3-[3-methyl-1-(4-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)cyclobutyl]phenyl]-3-(trifluoromethyl)-7H-pyrrolo[2,3-b]pyridin-6-one × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；8-11 % PEG8000, 2.5 % MPD, 0.05 M MgAcetate, 0.05 M PCTP pH 8	分辨率 2.20 Å R-free 0.260
8QTJ Crystal structure of Cbl-b in complex with an allosteric inhibitor (compound 30) 提交 2023-10-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–427（392 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 WUI 3-[3-[3-methyl-1-(4-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)cyclobutyl]phenyl]-1-[(1~{R})-1-(1-methylpyrazol-4-yl)ethyl]-5-(trifluoromethyl)pyridin-2-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；8-11 % PEG8000, 2.5 % MPD, 0.05 M MgAcetate, 0.05 M PCTP pH 8	分辨率 1.52 Å R-free 0.232
8QTK Crystal structure of CBL-b in complex with an allosteric inhibitor (compound 31) 提交 2023-10-12	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–427（392 aa）	未记录	ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1 WX9 3-[3-[3-methyl-1-(4-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)cyclobutyl]phenyl]-1-[(1S)-1-(1-methylpyrazol-4-yl)ethyl]-5-(trifluoromethyl)pyridin-2-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；8-11 % PEG8000, 2.5 % MPD, 0.05 M MgAcetate, 0.05 M PCTP pH 8	分辨率 1.87 Å R-free 0.268
8VW4 Crystal structure of Cbl-b TKB bound to compound 26 提交 2024-01-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–343（308 aa）片段：Cbl-PTB domain, residues 36-343	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 A1AEG (7-methoxy-2-{2-[(1S,3S,4S)-3-(3-methoxy-2-methyl-5-nitrophenyl)-1-methyl-5-oxo-1,5-dihydroimidazo[1,5-a]pyridin-2(3H)-yl]-2-oxoethoxy}quinolin-8-yl)acetic acid × 1 GOL GLYCEROL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M NaCitrate, 20% PEG3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.253
8VW4 Crystal structure of Cbl-b TKB bound to compound 26 提交 2024-01-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 36–343（308 aa）片段：Cbl-PTB domain, residues 36-343	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 A1AEG (7-methoxy-2-{2-[(1S,3S,4S)-3-(3-methoxy-2-methyl-5-nitrophenyl)-1-methyl-5-oxo-1,5-dihydroimidazo[1,5-a]pyridin-2(3H)-yl]-2-oxoethoxy}quinolin-8-yl)acetic acid × 1 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M NaCitrate, 20% PEG3350	分辨率 2.40 Å R-free 0.253
8VW5 Crystal structure of Cbl-b TKB bound to compound 2 提交 2024-01-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–343（308 aa）片段：Cbl-PTB domain, residues 36-343	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 CA CALCIUM ION × 1 A1AD4 [5-(2-{(2R,5S)-2-[2-(carboxymethoxy)-3-methoxy-5-nitrophenyl]-3,5-dimethyl-4-oxoimidazolidin-1-yl}-2-oxoethyl)-3,6-dimethoxy-9,9-dimethyl-9H-xanthen-4-yl]acetic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M Ca(OAc)2, 0.1 M NaCacodylate pH 6.5, 18% PEG8000	分辨率 1.76 Å R-free 0.204
8VW5 Crystal structure of Cbl-b TKB bound to compound 2 提交 2024-01-31	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 36–343（308 aa）片段：Cbl-PTB domain, residues 36-343	未记录	CA CALCIUM ION × 1 A1AD4 [5-(2-{(2R,5S)-2-[2-(carboxymethoxy)-3-methoxy-5-nitrophenyl]-3,5-dimethyl-4-oxoimidazolidin-1-yl}-2-oxoethyl)-3,6-dimethoxy-9,9-dimethyl-9H-xanthen-4-yl]acetic acid × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；0.2 M Ca(OAc)2, 0.1 M NaCacodylate pH 6.5, 18% PEG8000	分辨率 1.76 Å R-free 0.204
9FQH E3 ligase Cbl-b in complex with a triazolone core inhibitor (compound 1) 提交 2024-06-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–427（392 aa）	未记录	A1IEW 8-[3-[3-methyl-1-(4-methyl-1,2,4-triazol-3-yl)cyclobutyl]phenyl]-3-[[(3~{S})-3-methylpiperidin-1-yl]methyl]-5-(trifluoromethyl)-1$l^{4},7,8-triazabicyclo[4.3.0]nona-1(6),2,4-trien-9-one × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；9 % PEG8000, 5 % MPD, 0.05 M MgAcetate, 0.05 M PCTP pH 8	分辨率 1.79 Å R-free 0.249
9FQI E3 ligase Cbl-b in complex with a lactam scaffold inhibitor (compound 7) 提交 2024-06-17	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–427（392 aa）	未记录	A1IEV 8-[3-[(4~{R})-4-methyl-2-oxidanylidene-piperidin-4-yl]phenyl]-3-[[(3~{S})-3-methylpiperidin-1-yl]methyl]-5-(trifluoromethyl)-1$l^{4},7,8-triazabicyclo[4.3.0]nona-1(6),2,4-trien-9-one × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；11 % PEG8000, 0.05 M Mg Acetate, 5 % MPD, 0.05 M PCPT pH 8.0	分辨率 1.95 Å R-free 0.291
9FQJ E3 ligase Cbl-b in complex with a carbamate scaffold inhibitor (compound 12) 提交 2024-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 36–427（392 aa）	突变：EC:2.3.2.27	A1IE5 2-cyclopropyl-6-methyl-~{N}-[3-[(6~{S})-6-methyl-2-oxidanylidene-1,3-oxazinan-6-yl]phenyl]pyrimidine-4-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；11 % PEG8000, 0.05 M Mg Acetate, 5 % MPD, 0.05 M PCPT pH 8.0	分辨率 1.56 Å R-free 0.222
9FQJ E3 ligase Cbl-b in complex with a carbamate scaffold inhibitor (compound 12) 提交 2024-06-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 36–427（392 aa）	突变：EC:2.3.2.27	A1IE5 2-cyclopropyl-6-methyl-~{N}-[3-[(6~{S})-6-methyl-2-oxidanylidene-1,3-oxazinan-6-yl]phenyl]pyrimidine-4-carboxamide × 1 ZN ZINC ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8；293 K；11 % PEG8000, 0.05 M Mg Acetate, 5 % MPD, 0.05 M PCPT pH 8.0	分辨率 1.56 Å R-free 0.222

共 23 个其他 PDB 条目、33 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CBLB_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–11； UniProt 902–912

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2bz8
沉积日期 deposition_date	2005-08-12
结构标题 title	N-terminal Sh3 domain of CIN85 bound to Cbl-b peptide
关键词 keywords	SH3 DOMAIN, CIN85 ADAPTOR PROTEIN, CBL UBIQUITIN LIGASE, ENDOCYTOSIS; SH3 DOMAIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	16.62 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	15.53 Å
零角强度 I(0) i0	4257740.00
分子量 molecular_weight	14504.0 kDa
排除体积 excluded_volume	18041 Å³
包络体积 envelope_volume	21194 Å³
水化壳体积 shell_volume	12020 Å³
包络直径 envelope_diameter	52.1 Å
壳层 Rg shell_rg	20.52 Å
包络 Rg envelope_rg	15.67 Å
形状 Rg shape_rg	15.46 Å
总 Rg total_rg	16.68 Å
总原子数 total_atoms	1027
残基数 n_residues	125
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	54.0 Å
Rg (实空间) rg_real	16.61 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.33 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.2580e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	4.4860e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	16.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	4258000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8910
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	18.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.307
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.458
角度范围 angular_range	— – 0.4800 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1394000.0000
实空间数据点数 n_real_points	78
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.873; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.988; Smooth: 0.973

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SH3-DOMAIN KINASE BINDING PROTEIN 1
分子量 formula_weight	6772.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1109

MVEAIVEFDYQAQHDDELTISVGEIITNIRKEDGGWWEGQINGRRGLFPDNFVREIKK

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	SIGNAL TRANSDUCTION PROTEIN CBL-B SH3-BINDING PROTEIN CBL-B, RING FINGER PROTEIN 56, CBL-B
分子量 formula_weight	1332.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

PARPPKPRPRR

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	82

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2bz8A00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — SH3 Domains

结构域编号 domain_id	2bz8B00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	30 — Roll
拓扑 Topology topology	30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	40 — SH3 Domains

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	51.158 Å
晶胞边长 b length_b	51.158 Å
晶胞边长 c length_c	97.472 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 65
空间群编号 int_tables_number	170
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.000 Å
最低分辨率 resolution_low	20.000 Å
R 因子 r_factor	0.2210
R_work r_work	0.2210
R_free r_free	0.2710

fit	/app/data/saxs_computation/bz/2bz8/2bz8.fit
pddf	/app/data/pr_computation/bz/2bz8/2bz8.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/bz/2bz8/2bz8.dat

N-terminal Sh3 domain of CIN85 bound to Cbl-b peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SH3-DOMAIN KINASE BINDING PROTEIN 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SIGNAL TRANSDUCTION PROTEIN CBL-B SH3-BINDING PROTEIN CBL-B, RING FINGER PROTEIN 56, CBL-B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)