2cge

Crystal structure of an Hsp90-Sba1 closed chaperone complex

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 147.0 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ATP-DEPENDENT MOLECULAR CHAPERONE HSP82

SACCHAROMYCES CEREVISIAE

UniProt P02829

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 6 PDB 声明:hexameric(6) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 273–677 链 B; UniProt 273–677 链 D; UniProt 273–677 片段:MIDDLE AND C-TERMINAL DOMAINS, RESIDUES 273-677 无其他共同聚合物 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 7.5;pH 7.50 分辨率 3.00 Å R-free 0.288

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 47 个其他 PDB 条目、61 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 HSP82_YEAST
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–405; UniProt 273–677 作者链 B; PDB构建体 1–405; UniProt 273–677 作者链 D; PDB构建体 1–405; UniProt 273–677

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2cge

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2cge
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2cge
沉积日期 deposition_date2006-03-01
结构标题 titleCrystal structure of an Hsp90-Sba1 closed chaperone complex
关键词 keywordsCHAPERONE COMPLEX, HSP90, HEAT SHOCK PROTEIN, CO-CHAPERONE, ATP-BINDING, CHAPERONE, HEAT SHOCK, NUCLEOTIDE-BINDING; CHAPERONE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier44.91
回转半径 Rg (电子) rg_electron44.87
零角强度 I(0) i0273577000.00
分子量 molecular_weight140040.0 kDa
排除体积 excluded_volume177500 ų
包络体积 envelope_volume254830 ų
水化壳体积 shell_volume51006 ų
包络直径 envelope_diameter148.9
壳层 Rg shell_rg44.90
包络 Rg envelope_rg44.40
形状 Rg shape_rg44.82
总 Rg total_rg45.04
总原子数 total_atoms9882
残基数 n_residues1215
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax147.0
Rg (实空间) rg_real45.02
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.42
I(0) (实空间) i0_real2.7360e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.9780e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal44.92
I(0) (倒空间) i0_reciprocal273500000.0000
解质量估计 total_estimate0.8675
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary42.0
偏度 Skewness skewness0.266
峰度 Kurtosis kurtosis-0.699
角度范围 angular_range— – 0.1750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha23520000.0000
实空间数据点数 n_real_points36
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.922; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.896; Smooth: 0.612

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id2cgeA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80
结构域编号 domain_id2cgeA02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily11260
结构域编号 domain_id2cgeA03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily790 — Heat shock protein 90, C-terminal domain
结构域编号 domain_id2cgeB01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80
结构域编号 domain_id2cgeB02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily11260
结构域编号 domain_id2cgeB03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily790 — Heat shock protein 90, C-terminal domain
结构域编号 domain_id2cgeD01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology230 — Ribosomal Protein S5; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily80
结构域编号 domain_id2cgeD02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily11260
结构域编号 domain_id2cgeD03
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology120 — Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily790 — Heat shock protein 90, C-terminal domain

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)