SAXSdb — 2cyh

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

CYCLOPHILIN A

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–164	未记录	ALA ALANINE × 1 PRO PROLINE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取环境条件	分辨率 1.64 Å

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2CYH	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1CWA X-RAY STRUCTURE OF A MONOMERIC CYCLOPHILIN A-CYCLOSPORIN A CRYSTAL COMPLEX AT 2.1 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1995-09-06	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–164（164 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
1CWB THE X-RAY STRUCTURE OF (MEBM2T)1-CYCLOSPORIN COMPLEXED WITH CYCLOPHILIN A PROVIDES AN EXPLANATION FOR ITS ANOMALOUSLY HIGH IMMUNOSUPPRESSIVE ACTIVITY 提交 1995-09-06	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–164（164 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.20 Å
1CWC IMPROVED BINDING AFFINITY FOR CYCLOPHILIN A BY A CYCLOSPORIN DERIVATIVE SINGLY MODIFIED AT ITS EFFECTOR DOMAIN 提交 1995-09-06	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–164（164 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.86 Å
1CWJ HUMAN CYCLOPHILIN A COMPLEXED WITH 2-VAL 3-S-METHYL-SARCOSINE CYCLOSPORIN 提交 1998-05-25	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–164（164 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；PH 8.0	分辨率 1.80 Å
1CWK HUMAN CYCLOPHILIN A COMPLEXED WITH 1-(6,7-DIHYDRO)MEBMT 2-VAL 3-D-(2-S-METHYL)SARCOSINE CYCLOSPORIN 提交 1998-05-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–164（164 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；PH 8.0	分辨率 1.80 Å
1CWL HUMAN CYCLOPHILIN A COMPLEXED WITH 4 4-HYDROXY-MELEU CYCLOSPORIN 提交 1998-05-26	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–164（164 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8；PH 8.0	分辨率 1.80 Å
1MIK THE ROLE OF WATER MOLECULES IN THE STRUCTURE-BASED DESIGN OF (5-HYDROXYNORVALINE)-2-CYCLOSPORIN: SYNTHESIS, BIOLOGICAL ACTIVITY, AND CRYSTALLOGRAPHIC ANALYSIS WITH CYCLOPHILIN A 提交 1995-09-20	聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–164（164 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.76 Å
1RMH RECOMBINANT CYCLOPHILIN A FROM HUMAN T CELL 提交 1995-07-31	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–164（164 aa）链 B 1–164（164 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
1VBS STRUCTURE OF CYCLOPHILIN COMPLEXED WITH (D)ALA CONTAINING TETRAPEPTIDE 提交 1998-06-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–164（164 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.2；pH 8.2	分辨率 2.00 Å R-free 0.247
1VBT Structure of cyclophilin complexed with sulfur-substituted tetrapeptide AAPF 提交 1998-06-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–164（164 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.2；pH 8.2	分辨率 2.30 Å R-free 0.246
1VBT Structure of cyclophilin complexed with sulfur-substituted tetrapeptide AAPF 提交 1998-06-16	聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–164（164 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.2；pH 8.2	分辨率 2.30 Å R-free 0.246
3CYH CYCLOPHILIN A COMPLEXED WITH DIPEPTIDE SER-PRO 提交 1996-02-27	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–164（164 aa）	未记录	SER SERINE × 1 PRO PROLINE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.90 Å
3CYS DETERMINATION OF THE NMR SOLUTION STRUCTURE OF THE CYCLOPHILIN A-CYCLOSPORIN A COMPLEX 提交 1994-02-28	聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–164（164 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
4CYH CYCLOPHILIN A COMPLEXED WITH DIPEPTIDE HIS-PRO 提交 1996-02-27	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–164（164 aa）	未记录	HIS HISTIDINE × 1 PRO PROLINE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å
5CYH CYCLOPHILIN A COMPLEXED WITH DIPEPTIDE GLY-PRO 提交 1996-02-27	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–164（164 aa）	未记录	GLY GLYCINE × 1 PRO PROLINE × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.10 Å

共 14 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CYPH_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–164； UniProt 1–164

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2cyh
沉积日期 deposition_date	1996-02-27
结构标题 title	CYCLOPHILIN A COMPLEXED WITH DIPEPTIDE ALA-PRO
关键词 keywords	CYCLOPHILIN, BINDING PROTEIN FOR CYCLOSPORIN A, COMPLEX (ISOMERASE-DIPEPTIDE) COMPLEX, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	15.45 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	14.32 Å
零角强度 I(0) i0	6262310.00
分子量 molecular_weight	18070.0 kDa
排除体积 excluded_volume	22533 Å³
包络体积 envelope_volume	23802 Å³
水化壳体积 shell_volume	13852 Å³
包络直径 envelope_diameter	47.6 Å
壳层 Rg shell_rg	20.46 Å
包络 Rg envelope_rg	14.50 Å
形状 Rg shape_rg	14.30 Å
总 Rg total_rg	15.47 Å
总原子数 total_atoms	1560
残基数 n_residues	164
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	48.4 Å
Rg (实空间) rg_real	15.32 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.22 Å
I(0) (实空间) i0_real	6.2620e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	6.2900e+04
Rg (倒空间) rg_reciprocal	15.33 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	6262000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8859
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.033
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.402
角度范围 angular_range	— – 0.5000 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	1689000.0000
实空间数据点数 n_real_points	80
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.844; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.984; Smooth: 0.996

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	CYCLOPHILIN A
分子量 formula_weight	17905.3 kDa
EC 编号 ec_number	5.2.1.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1821

VNPTVFFDIAVDGEPLGRVSFELFADKVPKTAENFRALSTGEKGFGYKGSCFHRIIPGFMCQGGDFTRHNGTGGKSIYGEKFEDENFILKHTGPGILSMANAGPNTNGSQFFICTAKTEWLDGKHVVFGKVKEGMNIVEAMERFGSRNGKTSKKITIADCGQLE

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	ALANINE
分子量 formula_weight	89.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PROLINE
分子量 formula_weight	115.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	87

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d2cyha_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.62 — Cyclophilin-like
超家族 Superfamily superfamily	b.62.1 — Cyclophilin-like
家族 Family family	b.62.1.1 — Cyclophilin (peptidylprolyl isomerase)

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	2cyhA00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	100 — Cyclophilin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclophilin-like

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	40.700 Å
晶胞边长 b length_b	52.300 Å
晶胞边长 c length_c	90.400 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.640 Å
最低分辨率 resolution_low	6.000 Å
R 因子 r_factor	0.1850
R_work r_work	0.1850
R_free r_free	—

fit	/app/data/saxs_computation/cy/2cyh/2cyh.fit
pddf	/app/data/pr_computation/cy/2cyh/2cyh.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/cy/2cyh/2cyh.dat

CYCLOPHILIN A COMPLEXED WITH DIPEPTIDE ALA-PRO