2den

Solution Structure of the Ubiquitin-Associated Domain of Human BMSC-UbP and its Complex with Ubiquitin

Method: SOLUTION NMR
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Immunoglobulin G-binding protein G,Ubiquitin-like protein 7

Homo sapiens

UniProt P06654

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 信息不足 异源复合物 蛋白 2 Polyubiquitin-B × 1 (J3QS39) 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 SPG1_STRSG
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 9–62; UniProt 229–282

Immunoglobulin G-binding protein G,Ubiquitin-like protein 7

Homo sapiens

UniProt Q96S82

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 信息不足 异源复合物 蛋白 2 Polyubiquitin-B × 1 (J3QS39) 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UBL7_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 64–108; UniProt 336–380

Polyubiquitin-B

Homo sapiens

UniProt J3QS39

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 信息不足 异源复合物 蛋白 2 Immunoglobulin G-binding protein G,Ubiquitin-like protein 7 × 1 (P06654,Q96S82) 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 J3QS39_HUMAN
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–76; UniProt 1–76

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2den
沉积日期 deposition_date2006-02-14
结构标题 titleSolution Structure of the Ubiquitin-Associated Domain of Human BMSC-UbP and its Complex with Ubiquitin
关键词 keywordsA:alpha-alpha-alpha, B:beta-beta-helix-helix-beta-beta-helix-beta, PROTEIN BINDING; PROTEIN BINDING
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2den__assembly_1__model_7

Assembly 1 · Model 7 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2den__assembly_1__model_7 | I(q)

10-2 10-1 105 106 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

2den__assembly_1__model_7 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)16.17 Å
Rg(电子密度)14.81 Å
总 Rg15.85 Å
原子数1912
残基数122
排除体积16870 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2den__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 2 2den__assembly_1__model_2 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 3 2den__assembly_1__model_3 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 4 2den__assembly_1__model_4 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 5 2den__assembly_1__model_5 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 6 2den__assembly_1__model_6 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 7 2den__assembly_1__model_7 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 8 2den__assembly_1__model_8 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 9 2den__assembly_1__model_9 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
1 10 2den__assembly_1__model_10 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_idd2dena_
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.5 — RuvA C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamilya.5.2 — UBA-like
家族 Family familya.5.2.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd2denb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.15 — beta-Grasp (ubiquitin-like)
超家族 Superfamily superfamilyd.15.1 — Ubiquitin-like
家族 Family familyd.15.1.1 — Ubiquitin-related

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id2denA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ubiquitin-associated (UBA) domain
结构域编号 domain_id2denB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily90 — Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1
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7. 引用文献 (1)