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2dmo

Refined solution structure of the 1st SH3 domain from human Neutrophil cytosol factor 2 (NCF-2)

Method: SOLUTION NMR Dmax: 47.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Neutrophil cytosol factor 2

Homo sapiens

UniProt P19878

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 242–297 片段：SH3 domain 无其他共同聚合物 SOLUTION NMR NMR测量条件：pH 7；296 K；离子强度（mmCIF原始值）120mM；压力 ambient NMR样品组成：1.3mM SH3 domain U-15N,13C; 20mM d-Tris HCl; 100mM NaCl; 1mM d-DTT; 0.02% NaN3; 10% D2O | 90% H2O/10% D2O 分辨率未提供

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 2DMO Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1E96 Structure of the Rac/p67phox complex 提交 2000-10-10 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 1–203（203 aa） 片段：YES
未记录 GTP GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 10.5；0.1 M CAPS PH 10.5, 0.2 M LI ACETATE, 0.8 M NAH2PO4, 1.2 M K2HPO4
分辨率 2.40 Å R-free 0.284
1HH8 The active N-terminal region of p67phox: Structure at 1.8 Angstrom resolution and biochemical characterizations of the A128V mutant implicated in chronic granulomatous disease 提交 2000-12-21 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–213（213 aa） 片段：N-TERMINAL DOMAIN, RESIDUES 1-213
未记录 FLC CITRATE ANION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 4.5；100 MM NA CITRATE PH 4.5, 17% PEG 2K MME, 10% GLYCEROL
分辨率 1.80 Å R-free 0.204
1K4U Solution structure of the C-terminal SH3 domain of p67phox complexed with the C-terminal tail region of p47phox 提交 2001-10-08 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验环境不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 S 455–516（62 aa） 片段：C-TERMINAL SH3 DOMAIN (RESIDUES 455-516)
突变：C499S/C514S 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7.1；298 K；离子强度（mmCIF原始值）100mM KCl；压力 1
NMR样品组成 0.7mM p67SH3(C) U-15N,13C; 0.77mM p47 tail peptide; 5mM MOPSO buffer; 30 mM d10-DTT; 100mM KCl | 90% H2O, 10% D2O; 100% D2O
NMR样品组成 0.5mM p47 tail peptide U-15N,13C; 0.55mM p67SH3(C); 5mM MOPSO buffer; 30mM d10-DTT; 100mM KCl | 90% H2O, 10% D2O; 100% D2O
分辨率未提供
1OEY Heterodimer of p40phox and p67phox PB1 domains from human NADPH oxidase 提交 2003-04-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 352–429（78 aa） 片段：PB1 DOMAIN, RESIDUES 352-429
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 9；18% PEG 3350, 17% PEG 400, 4.8% ISOPROPYL ALCOHOL, 0.1 M CAPSO PH 9.0
分辨率 2.00 Å R-free 0.252
1OEY Heterodimer of p40phox and p67phox PB1 domains from human NADPH oxidase 提交 2003-04-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 352–429（78 aa） 片段：PB1 DOMAIN, RESIDUES 352-429
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 9；18% PEG 3350, 17% PEG 400, 4.8% ISOPROPYL ALCOHOL, 0.1 M CAPSO PH 9.0
分辨率 2.00 Å R-free 0.252
1OEY Heterodimer of p40phox and p67phox PB1 domains from human NADPH oxidase 提交 2003-04-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 352–429（78 aa） 片段：PB1 DOMAIN, RESIDUES 352-429
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 9；18% PEG 3350, 17% PEG 400, 4.8% ISOPROPYL ALCOHOL, 0.1 M CAPSO PH 9.0
分辨率 2.00 Å R-free 0.252
1OEY Heterodimer of p40phox and p67phox PB1 domains from human NADPH oxidase 提交 2003-04-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 D 352–429（78 aa） 片段：PB1 DOMAIN, RESIDUES 352-429
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 9；18% PEG 3350, 17% PEG 400, 4.8% ISOPROPYL ALCOHOL, 0.1 M CAPSO PH 9.0
分辨率 2.00 Å R-free 0.252
1WM5 Crystal structure of the N-terminal TPR domain (1-203) of p67phox 提交 2004-07-03 构建体不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–203（203 aa） 片段：TPR domain
未记录 SO4 SULFATE ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.9；277 K；ammonium sulfate, HEPES, pH 6.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
分辨率 1.95 Å R-free 0.224

共 5 个其他 PDB 条目、8 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NCF2_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 8–62； UniProt 242–297

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2dmo

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2dmo
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2dmo
沉积日期 deposition_date2006-04-22
结构标题 titleRefined solution structure of the 1st SH3 domain from human Neutrophil cytosol factor 2 (NCF-2)
关键词 keywords;SH3 domain, Neutrophil Cytosol factor, Structural Genomics, NPPSFA, National Project on Protein Structural and Functional Analyses, RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative, RSGI, SIGNALING PROTEIN ;; SIGNALING PROTEIN
实验方法 methodSOLUTION NMR
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier12.41 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron11.87 Å
零角强度 I(0) i0294475000.00
分子量 molecular_weight143580.0 kDa
排除体积 excluded_volume179230 ų
包络体积 envelope_volume26747 ų
水化壳体积 shell_volume14278 ų
包络直径 envelope_diameter51.6 Å
壳层 Rg shell_rg21.83 Å
包络 Rg envelope_rg16.60 Å
形状 Rg shape_rg11.85 Å
总 Rg total_rg12.28 Å
总原子数 total_atoms19940
残基数 n_residues1360
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax47.7 Å
Rg (实空间) rg_real12.41 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.42 Å
I(0) (实空间) i0_real2.9450e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.8040e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal12.41 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal294500000.0000
解质量估计 total_estimate0.7710
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary15.1 Å
偏度 Skewness skewness0.399
峰度 Kurtosis kurtosis0.187
角度范围 angular_range— – 0.5000 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha193200.0000
实空间数据点数 n_real_points80
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.369; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.911; Smooth: 1.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (1)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd2dmoa1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.34 — SH3-like barrel
超家族 Superfamily superfamilyb.34.2 — SH3-domain
家族 Family familyb.34.2.1 — SH3-domain
结构域编号 domain_idd2dmoa2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2dmoa3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id2dmoA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture30 — Roll
拓扑 Topology topology30 — SH3 type barrels.
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily40 — SH3 Domains
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)