2dwd

crystal structure of KcsA-FAB-TBA complex in Tl+

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 124.4 Å Quality: REASONABLE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Voltage-gated potassium channel

Streptomyces lividans

UniProt P0A334

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 12 PDB 声明:dodecameric(12) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 22–124 片段:residues 22-124 突变:L90C ANTIBODY FAB HEAVY CHAIN × 4 ANTIBODY FAB LIGHT CHAIN × 4 F09 NONAN-1-OL × 4 TL THALLIUM (I) ION × 16 L2C (2S)-3-HYDROXY-2-(NONANOYLOXY)PROPYL LAURATE × 4 TBA TETRABUTYLAMMONIUM ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 6.5;293 K;18-25% PEG 400, 50mM MG(AC)2, 50mM NaAc(pH 5) or Na cacodylate(pH 6) or HEPES(pH 7), pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K 分辨率 2.60 Å R-free 0.263

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 86 个其他 PDB 条目、96 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KCSA_STRLI
Isoform
PDB实体 3
链与序列区间 作者链 C; PDB构建体 1–103; UniProt 22–124

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 2dwd

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 2dwd
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2dwd
沉积日期 deposition_date2006-08-10
结构标题 titlecrystal structure of KcsA-FAB-TBA complex in Tl+
关键词 keywordspotassium channel, membrane protein, tetrabutylammonium, K+, KcsA; MEMBRANE PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier30.79
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.80
零角强度 I(0) i058346900.00
分子量 molecular_weight59087.0 kDa
排除体积 excluded_volume73186 ų
包络体积 envelope_volume93217 ų
水化壳体积 shell_volume28130 ų
包络直径 envelope_diameter129.2
壳层 Rg shell_rg33.93
包络 Rg envelope_rg32.05
形状 Rg shape_rg30.65
总 Rg total_rg31.55
总原子数 total_atoms4113
残基数 n_residues534
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax124.4
Rg (实空间) rg_real31.44
Rg 误差 (实空间) rg_real_error1.76
I(0) (实空间) i0_real5.8350e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.0000e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.16
I(0) (倒空间) i0_reciprocal58330000.0000
解质量估计 total_estimate0.5038
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary29.3
偏度 Skewness skewness0.887
峰度 Kurtosis kurtosis0.718
角度范围 angular_range— – 0.2550 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5810000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.362; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.115; Positv: 1.000; Valcen: 0.202; Smooth: 0.911

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_idd2dwda1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd2dwda2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd2dwda3
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd2dwdb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)
结构域编号 domain_idd2dwdb2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamilyb.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family familyb.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)
结构域编号 domain_idd2dwdc_
类 Class classf — Membrane and cell surface proteins and peptides
折叠类型 Fold foldf.14 — Gated ion channels
超家族 Superfamily superfamilyf.14.1 — Voltage-gated ion channels
家族 Family familyf.14.1.1 — Voltage-gated potassium channels

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id2dwdA01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2dwdA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2dwdB01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2dwdB02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Immunoglobulins
结构域编号 domain_id2dwdC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily70

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)