← 返回搜索
2e2j

RNA polymerase II elongation complex in 5 mM Mg+2 with GMPCPP

Method: X-RAY DIFFRACTION
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA-directed RNA polymerase II largest subunit

物种未注明

UniProt P04050

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 10 DNA 2 RNA 1 5'-R(P*AP*UP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*G)-3' × 1 27-MER DNA template strand × 1 5'-D(P*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*A)-3' × 1 DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide × 1 （P08518） DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa polypeptide × 1 （P16370） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 27 kDa polypeptide × 1 （P20434） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 23 kDa polypeptide × 1 （P20435） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 14.5 kDa polypeptide × 1 （P20436） DNA-directed RNA polymerase II subunit 9 × 1 （P27999） DNA-directed RNA polymerases I/II/III subunit 10 × 1 （P22139） DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide × 1 （P38902） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 7.7 kDa polypeptide × 1 （P40422） PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ZINC ION × 8 MAGNESIUM ION × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1i3q 1i50 1i50 1i6h 1k83 1nik 1nt9 1pqv 1r5u 1r9s 1r9t 1sfo

共 219 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPB1_YEAST
Isoform —
PDB实体 4
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–1733； UniProt 1–1733

DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide

物种未注明

UniProt P08518

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 10 DNA 2 RNA 1 5'-R(P*AP*UP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*G)-3' × 1 27-MER DNA template strand × 1 5'-D(P*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*A)-3' × 1 DNA-directed RNA polymerase II largest subunit × 1 （P04050） DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa polypeptide × 1 （P16370） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 27 kDa polypeptide × 1 （P20434） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 23 kDa polypeptide × 1 （P20435） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 14.5 kDa polypeptide × 1 （P20436） DNA-directed RNA polymerase II subunit 9 × 1 （P27999） DNA-directed RNA polymerases I/II/III subunit 10 × 1 （P22139） DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide × 1 （P38902） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 7.7 kDa polypeptide × 1 （P40422） PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ZINC ION × 8 MAGNESIUM ION × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1i3q 1i50 1i50 1i6h 1k83 1nik 1nt9 1pqv 1r5u 1r9s 1r9t 1sfo

共 203 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPB2_YEAST
Isoform —
PDB实体 5
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–1224； UniProt 1–1224

DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa polypeptide

物种未注明

UniProt P16370

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 10 DNA 2 RNA 1 5'-R(P*AP*UP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*G)-3' × 1 27-MER DNA template strand × 1 5'-D(P*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*A)-3' × 1 DNA-directed RNA polymerase II largest subunit × 1 （P04050） DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide × 1 （P08518） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 27 kDa polypeptide × 1 （P20434） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 23 kDa polypeptide × 1 （P20435） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 14.5 kDa polypeptide × 1 （P20436） DNA-directed RNA polymerase II subunit 9 × 1 （P27999） DNA-directed RNA polymerases I/II/III subunit 10 × 1 （P22139） DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide × 1 （P38902） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 7.7 kDa polypeptide × 1 （P40422） PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ZINC ION × 8 MAGNESIUM ION × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1i3q 1i50 1i50 1i6h 1k83 1nik 1nt9 1pqv 1r5u 1r9s 1r9t 1sfo

共 201 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPB3_YEAST
Isoform —
PDB实体 6
链与序列区间 作者链 C； PDB构建体 1–318； UniProt 1–318

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 27 kDa polypeptide

物种未注明

UniProt P20434

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 10 DNA 2 RNA 1 5'-R(P*AP*UP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*G)-3' × 1 27-MER DNA template strand × 1 5'-D(P*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*A)-3' × 1 DNA-directed RNA polymerase II largest subunit × 1 （P04050） DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide × 1 （P08518） DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa polypeptide × 1 （P16370） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 23 kDa polypeptide × 1 （P20435） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 14.5 kDa polypeptide × 1 （P20436） DNA-directed RNA polymerase II subunit 9 × 1 （P27999） DNA-directed RNA polymerases I/II/III subunit 10 × 1 （P22139） DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide × 1 （P38902） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 7.7 kDa polypeptide × 1 （P40422） PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ZINC ION × 8 MAGNESIUM ION × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
1dzf

共 1 个 assembly

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1i3q 1i50 1i50 1i6h 1k83 1nik 1nt9 1pqv 1r5u 1r9s 1r9t 1sfo

共 277 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPB5_YEAST
Isoform —
PDB实体 7
链与序列区间 作者链 E； PDB构建体 1–215； UniProt 1–215

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 23 kDa polypeptide

物种未注明

UniProt P20435

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 10 DNA 2 RNA 1 5'-R(P*AP*UP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*G)-3' × 1 27-MER DNA template strand × 1 5'-D(P*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*A)-3' × 1 DNA-directed RNA polymerase II largest subunit × 1 （P04050） DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide × 1 （P08518） DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa polypeptide × 1 （P16370） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 27 kDa polypeptide × 1 （P20434） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 14.5 kDa polypeptide × 1 （P20436） DNA-directed RNA polymerase II subunit 9 × 1 （P27999） DNA-directed RNA polymerases I/II/III subunit 10 × 1 （P22139） DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide × 1 （P38902） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 7.7 kDa polypeptide × 1 （P40422） PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ZINC ION × 8 MAGNESIUM ION × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1i3q 1i50 1i50 1i6h 1k83 1nik 1nt9 1pqv 1r5u 1r9s 1r9t 1sfo

共 294 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPB6_YEAST
Isoform —
PDB实体 8
链与序列区间 作者链 F； PDB构建体 1–155； UniProt 1–155

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 14.5 kDa polypeptide

物种未注明

UniProt P20436

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 10 DNA 2 RNA 1 5'-R(P*AP*UP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*G)-3' × 1 27-MER DNA template strand × 1 5'-D(P*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*A)-3' × 1 DNA-directed RNA polymerase II largest subunit × 1 （P04050） DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide × 1 （P08518） DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa polypeptide × 1 （P16370） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 27 kDa polypeptide × 1 （P20434） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 23 kDa polypeptide × 1 （P20435） DNA-directed RNA polymerase II subunit 9 × 1 （P27999） DNA-directed RNA polymerases I/II/III subunit 10 × 1 （P22139） DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide × 1 （P38902） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 7.7 kDa polypeptide × 1 （P40422） PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ZINC ION × 8 MAGNESIUM ION × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
1a1d

共 1 个 assembly

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1i3q 1i50 1i50 1i6h 1k83 1nik 1nt9 1pqv 1r5u 1r9s 1r9t 1sfo

共 277 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPB8_YEAST
Isoform —
PDB实体 9
链与序列区间 作者链 H； PDB构建体 1–146； UniProt 1–146

DNA-directed RNA polymerase II subunit 9

物种未注明

UniProt P27999

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 10 DNA 2 RNA 1 5'-R(P*AP*UP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*G)-3' × 1 27-MER DNA template strand × 1 5'-D(P*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*A)-3' × 1 DNA-directed RNA polymerase II largest subunit × 1 （P04050） DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide × 1 （P08518） DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa polypeptide × 1 （P16370） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 27 kDa polypeptide × 1 （P20434） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 23 kDa polypeptide × 1 （P20435） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 14.5 kDa polypeptide × 1 （P20436） DNA-directed RNA polymerases I/II/III subunit 10 × 1 （P22139） DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide × 1 （P38902） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 7.7 kDa polypeptide × 1 （P40422） PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ZINC ION × 8 MAGNESIUM ION × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1i3q 1i50 1i50 1i6h 1k83 1nik 1nt9 1pqv 1r5u 1r9s 1r9t 1sfo

共 200 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPB9_YEAST
Isoform —
PDB实体 10
链与序列区间 作者链 I； PDB构建体 1–122； UniProt 1–122

DNA-directed RNA polymerases I/II/III subunit 10

物种未注明

UniProt P22139

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 10 DNA 2 RNA 1 5'-R(P*AP*UP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*G)-3' × 1 27-MER DNA template strand × 1 5'-D(P*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*A)-3' × 1 DNA-directed RNA polymerase II largest subunit × 1 （P04050） DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide × 1 （P08518） DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa polypeptide × 1 （P16370） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 27 kDa polypeptide × 1 （P20434） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 23 kDa polypeptide × 1 （P20435） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 14.5 kDa polypeptide × 1 （P20436） DNA-directed RNA polymerase II subunit 9 × 1 （P27999） DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide × 1 （P38902） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 7.7 kDa polypeptide × 1 （P40422） PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ZINC ION × 8 MAGNESIUM ION × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1i3q 1i50 1i50 1i6h 1k83 1nik 1nt9 1pqv 1r5u 1r9s 1r9t 1sfo

共 277 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPAB5_YEAST
Isoform —
PDB实体 11
链与序列区间 作者链 J； PDB构建体 1–70； UniProt 1–70

DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide

物种未注明

UniProt P38902

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 10 DNA 2 RNA 1 5'-R(P*AP*UP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*G)-3' × 1 27-MER DNA template strand × 1 5'-D(P*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*A)-3' × 1 DNA-directed RNA polymerase II largest subunit × 1 （P04050） DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide × 1 （P08518） DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa polypeptide × 1 （P16370） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 27 kDa polypeptide × 1 （P20434） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 23 kDa polypeptide × 1 （P20435） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 14.5 kDa polypeptide × 1 （P20436） DNA-directed RNA polymerase II subunit 9 × 1 （P27999） DNA-directed RNA polymerases I/II/III subunit 10 × 1 （P22139） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 7.7 kDa polypeptide × 1 （P40422） PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ZINC ION × 8 MAGNESIUM ION × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1i3q 1i50 1i50 1i6h 1k83 1nik 1nt9 1pqv 1r5u 1r9s 1r9t 1sfo

共 201 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPB11_YEAST
Isoform —
PDB实体 12
链与序列区间 作者链 K； PDB构建体 1–120； UniProt 1–120

DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 7.7 kDa polypeptide

物种未注明

UniProt P40422

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 其他组合 异源复合物 蛋白 10 DNA 2 RNA 1 5'-R(P*AP*UP*CP*GP*AP*GP*AP*GP*G)-3' × 1 27-MER DNA template strand × 1 5'-D(P*CP*TP*GP*CP*TP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*TP*A)-3' × 1 DNA-directed RNA polymerase II largest subunit × 1 （P04050） DNA-directed RNA polymerase II 140 kDa polypeptide × 1 （P08518） DNA-directed RNA polymerase II 45 kDa polypeptide × 1 （P16370） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 27 kDa polypeptide × 1 （P20434） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 23 kDa polypeptide × 1 （P20435） DNA-directed RNA polymerases I, II, and III 14.5 kDa polypeptide × 1 （P20436） DNA-directed RNA polymerase II subunit 9 × 1 （P27999） DNA-directed RNA polymerases I/II/III subunit 10 × 1 （P22139） DNA-directed RNA polymerase II 13.6 kDa polypeptide × 1 （P38902） PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID GUANYLATE ESTER × 1 ZINC ION × 8 MAGNESIUM ION × 2 与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体

暂无

同源二聚体

暂无

同源四聚体

暂无

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
1i3q 1i50 1i50 1i6h 1k83 1nik 1nt9 1pqv 1r5u 1r9s 1r9t 1sfo

共 277 个 assembly，这里只显示前 12 个

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RPAB4_YEAST
Isoform —
PDB实体 13
链与序列区间 作者链 L； PDB构建体 1–70； UniProt 1–70

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id2e2j
沉积日期 deposition_date2006-11-14
结构标题 titleRNA polymerase II elongation complex in 5 mM Mg+2 with GMPCPP
关键词 keywords;TRANSCRIPTION, MRNA, MULTIPROTEIN COMPLEX, MOLECULAR MACHINE, DNA, TRANSCRIPTION-DNA-RNA COMPLEX, TRANSFERASE-DNA-RNA HYBRID COMPLEX ;; TRANSCRIPTION,TRANSFERASE/DNA-RNA HYBRID
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

2e2j__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

2e2j__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 108 109 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

2e2j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）47.80 Å
Rg（电子密度）47.27 Å
总 Rg47.58 Å
原子数29206
残基数3593
排除体积517690 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 2e2j__assembly_1__model_1 tridecameric （13） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (16)

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 34 domains

SCOP 2.08 (13 domains)

结构域编号 domain_idd2e2ja1
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.29 — beta and beta-prime subunits of DNA dependent RNA-polymerase
超家族 Superfamily superfamilye.29.1 — beta and beta-prime subunits of DNA dependent RNA-polymerase
家族 Family familye.29.1.2 — RNA-polymerase beta-prime
结构域编号 domain_idd2e2jb1
类 Class classe — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold folde.29 — beta and beta-prime subunits of DNA dependent RNA-polymerase
超家族 Superfamily superfamilye.29.1 — beta and beta-prime subunits of DNA dependent RNA-polymerase
家族 Family familye.29.1.1 — RNA-polymerase beta
结构域编号 domain_idd2e2jc1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.74 — DCoH-like
超家族 Superfamily superfamilyd.74.3 — RBP11-like subunits of RNA polymerase
家族 Family familyd.74.3.1 — RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain
结构域编号 domain_idd2e2jc2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.181 — Insert subdomain of RNA polymerase alpha subunit
超家族 Superfamily superfamilyd.181.1 — Insert subdomain of RNA polymerase alpha subunit
家族 Family familyd.181.1.1 — Insert subdomain of RNA polymerase alpha subunit
结构域编号 domain_idd2e2je1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.52 — Restriction endonuclease-like
超家族 Superfamily superfamilyc.52.3 — Eukaryotic RPB5 N-terminal domain
家族 Family familyc.52.3.1 — Eukaryotic RPB5 N-terminal domain
结构域编号 domain_idd2e2je2
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.78 — RPB5-like RNA polymerase subunit
超家族 Superfamily superfamilyd.78.1 — RPB5-like RNA polymerase subunit
家族 Family familyd.78.1.1 — RPB5
结构域编号 domain_idd2e2jf1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.143 — RPB6/omega subunit-like
超家族 Superfamily superfamilya.143.1 — RPB6/omega subunit-like
家族 Family familya.143.1.2 — RPB6
结构域编号 domain_idd2e2jh1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.40 — OB-fold
超家族 Superfamily superfamilyb.40.4 — Nucleic acid-binding proteins
家族 Family familyb.40.4.8 — RNA polymerase subunit RBP8
结构域编号 domain_idd2e2ji1
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyg.41.3 — Zinc beta-ribbon
家族 Family familyg.41.3.1 — Transcriptional factor domain
结构域编号 domain_idd2e2ji2
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyg.41.3 — Zinc beta-ribbon
家族 Family familyg.41.3.1 — Transcriptional factor domain
结构域编号 domain_idd2e2jj1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.4 — DNA/RNA-binding 3-helical bundle
超家族 Superfamily superfamilya.4.11 — RNA polymerase subunit RPB10
家族 Family familya.4.11.1 — RNA polymerase subunit RPB10
结构域编号 domain_idd2e2jk1
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.74 — DCoH-like
超家族 Superfamily superfamilyd.74.3 — RBP11-like subunits of RNA polymerase
家族 Family familyd.74.3.2 — RBP11/RpoL
结构域编号 domain_idd2e2jl1
类 Class classg — Small proteins
折叠类型 Fold foldg.41 — Rubredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyg.41.9 — RNA polymerase subunits
家族 Family familyg.41.9.2 — RBP12 subunit of RNA polymerase II

CATH v4.4 (21 domains)

结构域编号 domain_id2e2jA03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology40 — Barwin-like endoglucanases
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id2e2jA04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily180 — RNA polymerase ii
结构域编号 domain_id2e2jA05
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology274 — Enzyme I; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily100 — RNA polymerase Rpb1, domain 3
结构域编号 domain_id2e2jA06
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology132 — Topoisomerase I; Chain A, domain 4
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — RNA polymerase Rpb1 funnel domain
结构域编号 domain_id2e2jA09
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 —
结构域编号 domain_id2e2jB04
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1110 — Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA polymerase Rpb2, domain 2
结构域编号 domain_id2e2jB05
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1070 — Hypothetical Protein Ta0175; Chain: A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 —
结构域编号 domain_id2e2jB06
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology270 — Dna-directed Rna Polymerase Ii 140kd Polypeptide; Chain: B; Domain 6
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, domain 6
结构域编号 domain_id2e2jB07
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily150 — RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain
结构域编号 domain_id2e2jB08
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology1800 — DCoH-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA polymerase alpha subunit dimerisation domain
结构域编号 domain_id2e2jC01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit
结构域编号 domain_id2e2jC02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology120 — RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily12 — DNA-directed RNA polymerase, insert domain
结构域编号 domain_id2e2jE01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology1340 — Dna-directed Rna Polymerases I, Ii, And Iii 27 Kd Polypeptide; Chain: A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA polymerase, Rpb5, N-terminal domain
结构域编号 domain_id2e2jE02
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology940 — Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — RPB5-like RNA polymerase subunit
结构域编号 domain_id2e2jF00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology940 — Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA polymerase subunit, RPB6/omega
结构域编号 domain_id2e2jH00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily140 — Nucleic acid-binding proteins
结构域编号 domain_id2e2jI01
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology25 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id2e2jI02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology25 — N-terminal domain of TfIIb
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 —
结构域编号 domain_id2e2jJ00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Homeodomain-like
结构域编号 domain_id2e2jK00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology1360 — Gyrase A; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — RNA polymerase, RBP11-like subunit
结构域编号 domain_id2e2jL00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture20 — Single Sheet
拓扑 Topology topology28 — Rubrerythrin, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily30 — RNA polymerase ii, chain L
▶

7. 引用文献 (1)