2eiq

Design of Disulfide-linked Thioredoxin Dimers and Multimers Through Analysis of Crystal Contacts

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 73.1 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thioredoxin 1

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–109	突变：T89C	CU COPPER (II) ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；277 K；40% MPD, 1MM CUPRIC ACETATE, 10MM SODIUM ACETATE, pH 4.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.218
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 2–109	突变：T89C	CU COPPER (II) ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；277 K；40% MPD, 1MM CUPRIC ACETATE, 10MM SODIUM ACETATE, pH 4.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.218
3	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 2–109	突变：T89C	CU COPPER (II) ION × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；277 K；40% MPD, 1MM CUPRIC ACETATE, 10MM SODIUM ACETATE, pH 4.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.90 Å R-free 0.218

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 2EIQ	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1F6M CRYSTAL STRUCTURE OF A COMPLEX BETWEEN THIOREDOXIN REDUCTASE, THIOREDOXIN, AND THE NADP+ ANALOG, AADP+ 提交 2000-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 1–108（108 aa）链 D 1–108（108 aa）	突变：C35S 突变：C35S	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 3AA 3-AMINOPYRIDINE-ADENINE DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；cacodylate, ammonium sulfate, PEG 3350, 3-aminopyridine adenine dinucleotide phosphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.95 Å R-free 0.247
1F6M CRYSTAL STRUCTURE OF A COMPLEX BETWEEN THIOREDOXIN REDUCTASE, THIOREDOXIN, AND THE NADP+ ANALOG, AADP+ 提交 2000-06-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 G 1–108（108 aa）链 H 1–108（108 aa）	突变：C35S 突变：C35S	FAD FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE × 2 3AA 3-AMINOPYRIDINE-ADENINE DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；cacodylate, ammonium sulfate, PEG 3350, 3-aminopyridine adenine dinucleotide phosphate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.95 Å R-free 0.247
1KEB Crystal Structure of Double Mutant M37L,P40S E.coli Thioredoxin 提交 2001-11-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–108（108 aa）	突变：M37L,P40S	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.8；300 K；100mM sodium acetate buffer, 10mM cupric acetate, 25% ethanol as precipitant, pH 3.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.80 Å R-free 0.222
1KEB Crystal Structure of Double Mutant M37L,P40S E.coli Thioredoxin 提交 2001-11-15	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–108（108 aa）	突变：M37L,P40S	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.8；300 K；100mM sodium acetate buffer, 10mM cupric acetate, 25% ethanol as precipitant, pH 3.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 300K	分辨率 1.80 Å R-free 0.222
1SKR T7 DNA Polymerase Complexed To DNA Primer/Template and ddATP 提交 2004-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–108（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 DAD 2',3'-DIDEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；PEG 8000, ammonium sulfate, aces, ethylene glycol, DTT , pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.40 Å R-free 0.270
1SKS Binary 3' complex of T7 DNA polymerase with a DNA primer/template containing a cis-syn thymine dimer on the template 提交 2004-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–108（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 7.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.266
1SKW Binary 3' complex of T7 DNA polymerase with a DNA primer/template containing a disordered cis-syn thymine dimer on the template 提交 2004-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–108（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 7.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.278
1SL0 Ternary 3' complex of T7 DNA polymerase with a DNA primer/template containing a disordered cis-syn thymine dimer on the template and an incoming nucleotide 提交 2004-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–108（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DAD 2',3'-DIDEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.20 Å R-free 0.351
1SL0 Ternary 3' complex of T7 DNA polymerase with a DNA primer/template containing a disordered cis-syn thymine dimer on the template and an incoming nucleotide 提交 2004-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 D 1–108（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 DAD 2',3'-DIDEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 3.20 Å R-free 0.351
1SL1 Binary 5' complex of T7 DNA polymerase with a DNA primer/template containing a cis-syn thymine dimer on the template 提交 2004-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–108（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 7.5	分辨率 2.20 Å R-free 0.262
1SL2 Ternary 5' complex of T7 DNA polymerase with a DNA primer/template containing a cis-syn thymine dimer on the template and an incoming nucleotide 提交 2004-03-05	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–108（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 DAD 2',3'-DIDEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, pH 7.5	分辨率 2.30 Å R-free 0.279
1SRX THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF ESCHERICHIA COLI THIOREDOXIN-S2 TO 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1976-05-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–108（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
1T8E T7 DNA Polymerase Ternary Complex with dCTP at the Insertion Site. 提交 2004-05-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–108（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 SO4 SULFATE ION × 1 DCT 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 PG4 TETRAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.54 Å R-free 0.255
1THO CRYSTAL STRUCTURE OF A MUTANT ESCHERICHIA COLI THIOREDOXIN WITH AN ARGININE INSERTION IN THE ACTIVE SITE 提交 1993-01-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–108（108 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.30 Å
1TK0 T7 DNA polymerase ternary complex with 8 oxo guanosine and ddCTP at the insertion site 提交 2004-06-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–108（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 SO4 SULFATE ION × 2 DCT 2',3'-DIDEOXYCYTIDINE 5'-TRIPHOSPHATE × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；PEG8000, Amonium Sulfate, PEG400, Ethylene Glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 21K	分辨率 2.30 Å R-free 0.263
1TK5 T7 DNA polymerase binary complex with 8 oxo guanosine in the templating strand 提交 2004-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–108（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1 SO4 SULFATE ION × 2 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；PEG 8000, Ammonium Sulfate. PEG400, Etylen Glyco, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 100K	分辨率 2.20 Å R-free 0.246
1TK8 T7 DNA polymerase ternary complex with 8 oxo guanosine and dAMP at the elongation site 提交 2004-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–108（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 2 D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；PEG 8000, Ammonium Sulfate, PEG400, Ethylene Glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.50 Å R-free 0.261
1TKD T7 DNA polymerase ternary complex with 8 oxo guanosine and dCMP at the elongation site 提交 2004-06-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–108（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 SO4 SULFATE ION × 3 D3T 2',3'-DIDEOXY-THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MES 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；294 K；PEG8000, Ammonium Sulfate, PEG400, Ethylene Glycol, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K	分辨率 2.49 Å R-free 0.265
1TXX ACTIVE-SITE VARIANT OF E.COLI THIOREDOXIN 提交 1999-04-07	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–109（108 aa）	突变：P33V, G34W	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.2；DROPS (6 ML) OF 0.050 M SODIUM SUCCINATE BUFFER, PH 4.2, CONTAINING CVWC THIOREDOXIN (10 MG/ML), METHYL-ETHER PEG2000 (10% W/V) AND CUPRIC ACETATE (1 MM) WERE SUSPENDED OVER 1.0 ML WELLS OF 0.10 M SODIUM SUCCINATE BUFFER, PH 4.2, CONTAINING METHYL-ETHER PEG 2000 (20% W/V) AND CUPRIC ACETATE (2 MM)., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.20 Å
1X9M T7 DNA polymerase in complex with an N-2-acetylaminofluorene-adducted DNA 提交 2004-08-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–108（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 7.5；295 K；PEG 8000, ammonium sulfate, magnesium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 295K	分辨率 2.10 Å R-free 0.236
1X9S T7 DNA polymerase in complex with a primer/template DNA containing a disordered N-2 aminofluorene on the template, crystallized with dideoxy-CTP as the incoming nucleotide. 提交 2004-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–108（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；PEG 8000, ammonium sulfate, magnesium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.70 Å R-free 0.279
1X9W T7 DNA polymerase in complex with a primer/template DNA containing a disordered N-2 aminofluorene on the template, crystallized with dideoxy-ATP as the incoming nucleotide. 提交 2004-08-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–108（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；PEG 8000, ammonium sulfate, magnesium chloride, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.30 Å R-free 0.258
1XOA THIOREDOXIN (OXIDIZED DISULFIDE FORM), NMR, 20 STRUCTURES 提交 1995-11-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–108（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1XOB THIOREDOXIN (REDUCED DITHIO FORM), NMR, 20 STRUCTURES 提交 1995-11-28	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–108（108 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
1ZCP Crystal Structure of a catalytic site mutant E. coli TrxA (CACA) 提交 2005-04-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–108（108 aa）链 B 1–108（108 aa）	突变：G33A, P34C, C35A 突变：G33A, P34C, C35A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；30% PEG4000, 0.1 M Tris, 0.2 M Magnesium chloride, 4% acetonitrile, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.281
1ZCP Crystal Structure of a catalytic site mutant E. coli TrxA (CACA) 提交 2005-04-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–108（108 aa）链 D 1–108（108 aa）	突变：G33A, P34C, C35A 突变：G33A, P34C, C35A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；277 K；30% PEG4000, 0.1 M Tris, 0.2 M Magnesium chloride, 4% acetonitrile, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.30 Å R-free 0.281
1ZYQ T7 DNA polymerase in complex with 8oG and incoming ddATP 提交 2005-06-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–108（108 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 3 DAD 2',3'-DIDEOXYADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；291 K；PEG, amonium sulfate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.272
2AJQ Structure of replicative DNA polymerase provides insigts into the mechanisms for processivity, frameshifting and editing 提交 2005-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 B 1–108（108 aa）	突变：Residues 5 and 7 mutated to Ala	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；273 K；A complex of 1x10^-4 M T7 DNA polymerase 5A7A:thioredoxin was assembled with an equimolar amount of double stranded DNA substrate. Crystallization was achieved using a buffer containing 50mM HEPES pH 7.5, 10mM MgCl_2, 2mM DTT, and 0.5 mM terminal ddTTP Seed crystals were grown by hanging drop vapor diffusion by mixing 1ul each of protein-DNA solution and a reservoir solutions containing between 16 to 20% PEG 8000, 100mM ACES pH 7.5, 120 ammonium sulfate, 30mM MgCl2, and 5mM DTT. These crystals were used to streak-seed a grid of protein/reservoir solutions with concentrations of PEG 8000 between 13 to 15%. Pyramidal crystals appeared overnight and reached a maximum size of ~150 X 150 X 100 um3 after 3 to 4 days. Crystals were harvested overnight in mother-liquor containing 10 % PEG 400, temperature 273K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.60 Å R-free 0.284
2AJQ Structure of replicative DNA polymerase provides insigts into the mechanisms for processivity, frameshifting and editing 提交 2005-08-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 I 1–108（108 aa）	突变：Residues 5 and 7 mutated to Ala	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；273 K；A complex of 1x10^-4 M T7 DNA polymerase 5A7A:thioredoxin was assembled with an equimolar amount of double stranded DNA substrate. Crystallization was achieved using a buffer containing 50mM HEPES pH 7.5, 10mM MgCl_2, 2mM DTT, and 0.5 mM terminal ddTTP Seed crystals were grown by hanging drop vapor diffusion by mixing 1ul each of protein-DNA solution and a reservoir solutions containing between 16 to 20% PEG 8000, 100mM ACES pH 7.5, 120 ammonium sulfate, 30mM MgCl2, and 5mM DTT. These crystals were used to streak-seed a grid of protein/reservoir solutions with concentrations of PEG 8000 between 13 to 15%. Pyramidal crystals appeared overnight and reached a maximum size of ~150 X 150 X 100 um3 after 3 to 4 days. Crystals were harvested overnight in mother-liquor containing 10 % PEG 400, temperature 273K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.60 Å R-free 0.284
2EIO Design of Disulfide-linked Thioredoxin Dimers and Multimers Through Analysis of Crystal Contacts 提交 2007-03-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–109（108 aa）	突变：E101C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；20% PEG 3350, 0.1M TRIS, 0.2M MAGNESIUM CHLORIDE, pH 8.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.60 Å R-free 0.292
2EIO Design of Disulfide-linked Thioredoxin Dimers and Multimers Through Analysis of Crystal Contacts 提交 2007-03-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–109（108 aa）	突变：E101C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；20% PEG 3350, 0.1M TRIS, 0.2M MAGNESIUM CHLORIDE, pH 8.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.60 Å R-free 0.292
2EIO Design of Disulfide-linked Thioredoxin Dimers and Multimers Through Analysis of Crystal Contacts 提交 2007-03-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 2–109（108 aa）	突变：E101C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；20% PEG 3350, 0.1M TRIS, 0.2M MAGNESIUM CHLORIDE, pH 8.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.60 Å R-free 0.292
2EIO Design of Disulfide-linked Thioredoxin Dimers and Multimers Through Analysis of Crystal Contacts 提交 2007-03-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 2–109（108 aa）	突变：E101C	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；289 K；20% PEG 3350, 0.1M TRIS, 0.2M MAGNESIUM CHLORIDE, pH 8.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.60 Å R-free 0.292
2EIR Design of Disulfide-linked Thioredoxin Dimers and Multimers Through Analysis of Crystal Contacts 提交 2007-03-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–109（108 aa）	突变：E101C/A105C	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；277 K；45% MPD, 5MM CUPRIC ACETATE, 0.1M SODIUM ACETATE, pH 4.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.311
2EIR Design of Disulfide-linked Thioredoxin Dimers and Multimers Through Analysis of Crystal Contacts 提交 2007-03-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–109（108 aa）	突变：E101C/A105C	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；277 K；45% MPD, 5MM CUPRIC ACETATE, 0.1M SODIUM ACETATE, pH 4.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.311
2EIR Design of Disulfide-linked Thioredoxin Dimers and Multimers Through Analysis of Crystal Contacts 提交 2007-03-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 2–109（108 aa）	突变：E101C/A105C	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；277 K；45% MPD, 5MM CUPRIC ACETATE, 0.1M SODIUM ACETATE, pH 4.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.311
2EIR Design of Disulfide-linked Thioredoxin Dimers and Multimers Through Analysis of Crystal Contacts 提交 2007-03-13	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 2–109（108 aa）	突变：E101C/A105C	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.5；277 K；45% MPD, 5MM CUPRIC ACETATE, 0.1M SODIUM ACETATE, pH 4.50, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.50 Å R-free 0.311
2FCH Crystal Structure of Thioredoxin Mutant G74S 提交 2005-12-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–108（108 aa）	突变：G74S	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 5.4；277 K；60% (v/v) MPD, Hepes 15 mM, 1 mM Ac2Cu, pH 5.4, Counter-diffusion, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.276
2FCH Crystal Structure of Thioredoxin Mutant G74S 提交 2005-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 10 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–108（108 aa）链 C 1–108（108 aa）链 D 1–108（108 aa）	突变：G74S 突变：G74S 突变：G74S	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 5.4；277 K；60% (v/v) MPD, Hepes 15 mM, 1 mM Ac2Cu, pH 5.4, Counter-diffusion, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.276
2FCH Crystal Structure of Thioredoxin Mutant G74S 提交 2005-12-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 11 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–108（108 aa）链 G 1–108（108 aa）	突变：G74S 突变：G74S	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 5.4；277 K；60% (v/v) MPD, Hepes 15 mM, 1 mM Ac2Cu, pH 5.4, Counter-diffusion, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.276
2FCH Crystal Structure of Thioredoxin Mutant G74S 提交 2005-12-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 12 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–108（108 aa）链 D 1–108（108 aa）	突变：G74S 突变：G74S	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 5.4；277 K；60% (v/v) MPD, Hepes 15 mM, 1 mM Ac2Cu, pH 5.4, Counter-diffusion, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.276
2FCH Crystal Structure of Thioredoxin Mutant G74S 提交 2005-12-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–108（108 aa）	突变：G74S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 5.4；277 K；60% (v/v) MPD, Hepes 15 mM, 1 mM Ac2Cu, pH 5.4, Counter-diffusion, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.276
2FCH Crystal Structure of Thioredoxin Mutant G74S 提交 2005-12-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–108（108 aa）	突变：G74S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 5.4；277 K；60% (v/v) MPD, Hepes 15 mM, 1 mM Ac2Cu, pH 5.4, Counter-diffusion, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.276
2FCH Crystal Structure of Thioredoxin Mutant G74S 提交 2005-12-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–108（108 aa）	突变：G74S	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 5.4；277 K；60% (v/v) MPD, Hepes 15 mM, 1 mM Ac2Cu, pH 5.4, Counter-diffusion, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.276
2FCH Crystal Structure of Thioredoxin Mutant G74S 提交 2005-12-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 E 1–108（108 aa）	突变：G74S	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 5.4；277 K；60% (v/v) MPD, Hepes 15 mM, 1 mM Ac2Cu, pH 5.4, Counter-diffusion, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.276
2FCH Crystal Structure of Thioredoxin Mutant G74S 提交 2005-12-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 6 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 F 1–108（108 aa）	突变：G74S	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 5.4；277 K；60% (v/v) MPD, Hepes 15 mM, 1 mM Ac2Cu, pH 5.4, Counter-diffusion, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.276
2FCH Crystal Structure of Thioredoxin Mutant G74S 提交 2005-12-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 7 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 G 1–108（108 aa）	突变：G74S	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 5.4；277 K；60% (v/v) MPD, Hepes 15 mM, 1 mM Ac2Cu, pH 5.4, Counter-diffusion, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.276
2FCH Crystal Structure of Thioredoxin Mutant G74S 提交 2005-12-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 8 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 B 1–108（108 aa）链 C 1–108（108 aa）链 D 1–108（108 aa）链 F 1–108（108 aa）链 G 1–108（108 aa）	突变：G74S 突变：G74S 突变：G74S 突变：G74S 突变：G74S	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 5.4；277 K；60% (v/v) MPD, Hepes 15 mM, 1 mM Ac2Cu, pH 5.4, Counter-diffusion, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.276
2FCH Crystal Structure of Thioredoxin Mutant G74S 提交 2005-12-12	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 9 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–108（108 aa）链 E 1–108（108 aa）	突变：G74S 突变：G74S	MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 5.4；277 K；60% (v/v) MPD, Hepes 15 mM, 1 mM Ac2Cu, pH 5.4, Counter-diffusion, temperature 277K	分辨率 2.60 Å R-free 0.276
2FD3 Crystal Structure of Thioredoxin Mutant P34H 提交 2005-12-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–108（108 aa）	突变：P34H	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 8；277 K；60% (v/v) MPD, Hepes 15 mM, 1 mM Ac2Cu, pH 8.0, Counter-diffusion, temperature 277K	分辨率 2.45 Å R-free 0.305
2FD3 Crystal Structure of Thioredoxin Mutant P34H 提交 2005-12-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–108（108 aa）	突变：P34H	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 COUNTER-DIFFUSION；pH 8；277 K；60% (v/v) MPD, Hepes 15 mM, 1 mM Ac2Cu, pH 8.0, Counter-diffusion, temperature 277K	分辨率 2.45 Å R-free 0.305
2TIR CRYSTAL STRUCTURE ANALYSIS OF A MUTANT ESCHERICHIA COLI THIOREDOXIN IN WHICH LYSINE 36 IS REPLACED BY GLUTAMIC ACID 提交 1993-01-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–108（108 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å
2TRX CRYSTAL STRUCTURE OF THIOREDOXIN FROM ESCHERICHIA COLI AT 1.68 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1990-03-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–108（108 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.68 Å
2TRX CRYSTAL STRUCTURE OF THIOREDOXIN FROM ESCHERICHIA COLI AT 1.68 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1990-03-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–108（108 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 1 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.68 Å
2TRX CRYSTAL STRUCTURE OF THIOREDOXIN FROM ESCHERICHIA COLI AT 1.68 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1990-03-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–108（108 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 8	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.68 Å
2TRX CRYSTAL STRUCTURE OF THIOREDOXIN FROM ESCHERICHIA COLI AT 1.68 ANGSTROMS RESOLUTION 提交 1990-03-19	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–108（108 aa）	未记录	CU COPPER (II) ION × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 6	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 1.68 Å
3DYR Crystal structure of E. coli thioredoxin mutant I76T in its oxidized form 提交 2008-07-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–109（108 aa）	突变：I76T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.290
3DYR Crystal structure of E. coli thioredoxin mutant I76T in its oxidized form 提交 2008-07-28	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–109（108 aa）	突变：I76T	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.290
4HU7 E. coli thioredoxin variant with Pro76 as single proline residue 提交 2012-11-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–109（108 aa）	突变：P34A, P40A, P64A, P68A	CU COPPER (II) ION × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；277.15 K；20 mM acetic acid-NaOH, 2 mM CuCl2, 35 % (v/v) MPD , pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K	分辨率 1.40 Å R-free 0.198
4HU7 E. coli thioredoxin variant with Pro76 as single proline residue 提交 2012-11-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–109（108 aa）	突变：P34A, P40A, P64A, P68A	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；277.15 K；20 mM acetic acid-NaOH, 2 mM CuCl2, 35 % (v/v) MPD , pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K	分辨率 1.40 Å R-free 0.198
4HU7 E. coli thioredoxin variant with Pro76 as single proline residue 提交 2012-11-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–109（108 aa）链 B 2–109（108 aa）	突变：P34A, P40A, P64A, P68A 突变：P34A, P40A, P64A, P68A	CU COPPER (II) ION × 2 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；277.15 K；20 mM acetic acid-NaOH, 2 mM CuCl2, 35 % (v/v) MPD , pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K	分辨率 1.40 Å R-free 0.198
4HU9 E. coli thioredoxin variant with (4S)-FluoroPro76 as single proline residue 提交 2012-11-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–109（108 aa）	突变：P34A, P40A, P64A, P68A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；277.15 K；20 mM acetic acid-NaOH, 2 mM CuCl2, 30 % (v/v) MPD, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K	分辨率 1.55 Å R-free 0.210
4HUA E. coli thioredoxin variant with (4R)-FluoroPro76 as single proline residue 提交 2012-11-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–109（108 aa）	突变：P34A, P40A, P64A, P68A 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	CU COPPER (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.5；277.15 K；20 mM acetic acid-NaOH pH 4.5, 2 mM CuCl2, 35 % (v/v) MPD, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K	分辨率 1.10 Å R-free 0.172
4X43 Structure of proline-free E. coli Thioredoxin 提交 2014-12-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：Monomeric	链 A 2–109（108 aa）	突变：P34A, P40A, P64A, P68A, P76A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；10% (w/v) PEG 1000, 10% (w/v) PEG 8000	分辨率 1.65 Å R-free 0.218
4X43 Structure of proline-free E. coli Thioredoxin 提交 2014-12-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：Monomeric	链 B 2–109（108 aa）	突变：P34A, P40A, P64A, P68A, P76A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；10% (w/v) PEG 1000, 10% (w/v) PEG 8000	分辨率 1.65 Å R-free 0.218
4X43 Structure of proline-free E. coli Thioredoxin 提交 2014-12-02	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：Monomeric	链 C 2–109（108 aa）	突变：P34A, P40A, P64A, P68A, P76A	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；10% (w/v) PEG 1000, 10% (w/v) PEG 8000	分辨率 1.65 Å R-free 0.218
5XOC Crystal structure of human Smad3-FoxH1 complex 提交 2017-05-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 B 2–109（108 aa）片段：UNP residues 2-109,UNP residues 322-345	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.4；293 K；0.1 M citrate pH 5.4, 0.8% ethylene imine polymer and 0.5 M NaCl	分辨率 2.40 Å R-free 0.235
6GD1 Structure of HuR RRM3 提交 2018-04-21	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–109（109 aa）链 B 1–109（109 aa）	未记录	NA SODIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；23% (w/v) PEG 2000 MME, 0.1 M potassium thiocyanate	分辨率 2.01 Å R-free 0.244
6H1Y CRYSTAL STRUCTURE OF A CHIMERIC VARIANT OF THIOREDOXIN FROM ESCHERICHIA COLI 提交 2018-07-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–14（13 aa）链 A 24–109（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Crystals were obtained with a protein concentration of 20-25 mg/ml. The composition of the reservoir solution was 17% (w/v) PEG10000, 0.1 M ammonium acetate and 0.1 M BIS-TRIS buffer, pH 5.5.	分辨率 2.99 Å R-free 0.259
6H1Y CRYSTAL STRUCTURE OF A CHIMERIC VARIANT OF THIOREDOXIN FROM ESCHERICHIA COLI 提交 2018-07-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–14（13 aa）链 B 24–109（86 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；Crystals were obtained with a protein concentration of 20-25 mg/ml. The composition of the reservoir solution was 17% (w/v) PEG10000, 0.1 M ammonium acetate and 0.1 M BIS-TRIS buffer, pH 5.5.	分辨率 2.99 Å R-free 0.259
6H7J ACTIVATED TURKEY BETA1 ADRENOCEPTOR WITH BOUND AGONIST ISOPRENALINE AND NANOBODY Nb80 提交 2018-07-31	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 2–109（108 aa）	突变：C32S,C35S	5FW ISOPRENALINE × 1 NA SODIUM ION × 1 2CV HEGA-10 × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M Hepes-NaOH pH7.5 and 21-24% PEG1500	分辨率 2.80 Å R-free 0.317
6H7J ACTIVATED TURKEY BETA1 ADRENOCEPTOR WITH BOUND AGONIST ISOPRENALINE AND NANOBODY Nb80 提交 2018-07-31	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 2–109（108 aa）	突变：C32S,C35S	5FW ISOPRENALINE × 1 NA SODIUM ION × 1 2CV HEGA-10 × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M Hepes-NaOH pH7.5 and 21-24% PEG1500	分辨率 2.80 Å R-free 0.317
6H7L ACTIVATED TURKEY BETA1 ADRENOCEPTOR WITH BOUND PARTIAL AGONIST DOBUTAMINE AND NANOBODY Nb6B9 提交 2018-07-31	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 2–109（108 aa）	突变：C32S,C35S	2CV HEGA-10 × 6 NA SODIUM ION × 1 Y00 DOBUTAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M Hepes-NaOH pH7.5 and 21-24% PEG1500	分辨率 2.70 Å R-free 0.278
6H7L ACTIVATED TURKEY BETA1 ADRENOCEPTOR WITH BOUND PARTIAL AGONIST DOBUTAMINE AND NANOBODY Nb6B9 提交 2018-07-31	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 2–109（108 aa）	突变：C32S,C35S	2CV HEGA-10 × 3 NA SODIUM ION × 1 Y00 DOBUTAMINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M Hepes-NaOH pH7.5 and 21-24% PEG1500	分辨率 2.70 Å R-free 0.278
6H7M ACTIVATED TURKEY BETA1 ADRENOCEPTOR WITH BOUND PARTIAL AGONIST SALBUTAMOL AND NANOBODY Nb6B9 提交 2018-07-31	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 2–109（108 aa）	突变：C32S,C35S	2CV HEGA-10 × 3 68H SALBUTAMOL × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M Hepes-NaOH pH7.5 and 21-24% PEG1500	分辨率 2.76 Å R-free 0.285
6H7M ACTIVATED TURKEY BETA1 ADRENOCEPTOR WITH BOUND PARTIAL AGONIST SALBUTAMOL AND NANOBODY Nb6B9 提交 2018-07-31	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 2–109（108 aa）	突变：C32S,C35S	2CV HEGA-10 × 4 68H SALBUTAMOL × 1 NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M Hepes-NaOH pH7.5 and 21-24% PEG1500	分辨率 2.76 Å R-free 0.285
6H7N ACTIVATED TURKEY BETA1 ADRENOCEPTOR WITH BOUND PARTIAL AGONIST XAMOTEROL AND NANOBODY Nb6B9 提交 2018-07-31	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 2–109（108 aa）	突变：C32S,C35S	FVK ~{N}-[2-[[(2~{S})-2-oxidanyl-3-(4-oxidanylphenoxy)propyl]amino]ethyl]morpholine-4-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 1 2CV HEGA-10 × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M Hepes-NaOH pH7.5 and 21-24% PEG1500	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
6H7N ACTIVATED TURKEY BETA1 ADRENOCEPTOR WITH BOUND PARTIAL AGONIST XAMOTEROL AND NANOBODY Nb6B9 提交 2018-07-31	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 2–109（108 aa）	突变：C32S,C35S	FVK ~{N}-[2-[[(2~{S})-2-oxidanyl-3-(4-oxidanylphenoxy)propyl]amino]ethyl]morpholine-4-carboxamide × 1 NA SODIUM ION × 1 2CV HEGA-10 × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M Hepes-NaOH pH7.5 and 21-24% PEG1500	分辨率 2.50 Å R-free 0.266
6H7O ACTIVATED TURKEY BETA1 ADRENOCEPTOR WITH BOUND WEAK PARTIAL AGONIST CYANOPINDOLOL AND NANOBODY Nb6B9 提交 2018-07-31	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 2–109（108 aa）	突变：C32S,C35S	P32 Cyanopindolol × 1 NA SODIUM ION × 1 2CV HEGA-10 × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M Hepes-NaOH pH7.5 and 21-24% PEG1500	分辨率 2.80 Å R-free 0.274
6H7O ACTIVATED TURKEY BETA1 ADRENOCEPTOR WITH BOUND WEAK PARTIAL AGONIST CYANOPINDOLOL AND NANOBODY Nb6B9 提交 2018-07-31	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 2–109（108 aa）	突变：C32S,C35S	P32 Cyanopindolol × 1 NA SODIUM ION × 1 2CV HEGA-10 × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M Hepes-NaOH pH7.5 and 21-24% PEG1500	分辨率 2.80 Å R-free 0.274
6IBL ACTIVATED TURKEY BETA1 ADRENOCEPTOR WITH BOUND AGONIST FORMOTEROL AND NANOBODY Nb80 提交 2018-11-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–109（108 aa）	突变：C32S,C35S,C32S,C35S	H98 ~{N}-[5-[(1~{R})-2-[[(2~{R})-1-(4-methoxyphenyl)propan-2-yl]amino]-1-oxidanyl-ethyl]-2-oxidanyl-phenyl]methanamide × 1 NA SODIUM ION × 1 2CV HEGA-10 × 5	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M Hepes-NaOH pH7.5 and 21-24% PEG1500	分辨率 2.70 Å R-free 0.277
6IBL ACTIVATED TURKEY BETA1 ADRENOCEPTOR WITH BOUND AGONIST FORMOTEROL AND NANOBODY Nb80 提交 2018-11-30	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 2–109（108 aa）	突变：C32S,C35S,C32S,C35S	H98 ~{N}-[5-[(1~{R})-2-[[(2~{R})-1-(4-methoxyphenyl)propan-2-yl]amino]-1-oxidanyl-ethyl]-2-oxidanyl-phenyl]methanamide × 1 NA SODIUM ION × 1 2CV HEGA-10 × 3	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；0.1 M Hepes-NaOH pH7.5 and 21-24% PEG1500	分辨率 2.70 Å R-free 0.277
6LUR Human PUF60 UHM domain (thioredoxin fusion) in complex with a small molecule binder 提交 2020-01-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足同源多聚体；蛋白 × 8 PDB 声明：octameric	链 A 1–109（109 aa）链 B 1–109（109 aa）链 C 1–109（109 aa）链 D 1–109（109 aa）链 E 1–109（109 aa）链 F 1–109（109 aa）链 G 1–109（109 aa）链 H 1–109（109 aa）	未记录	EVU 4-[2-[4-(aminomethyl)phenyl]phenyl]piperazin-2-one × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；1.3-1.6M AmSO4, 0.2M potassium formate	分辨率 2.00 Å R-free 0.253
6Y4Y The crystal structure of human MACROD2 in space group P41212 提交 2020-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–109（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；293 K；0.2 M Ammonium tartarate dibasic pH 6.7, 20% PEG 3350	分辨率 1.75 Å R-free 0.227
6Y4Y The crystal structure of human MACROD2 in space group P41212 提交 2020-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–109（109 aa）	未记录	TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；293 K；0.2 M Ammonium tartarate dibasic pH 6.7, 20% PEG 3350	分辨率 1.75 Å R-free 0.227
6Y4Y The crystal structure of human MACROD2 in space group P41212 提交 2020-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–109（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；293 K；0.2 M Ammonium tartarate dibasic pH 6.7, 20% PEG 3350	分辨率 1.75 Å R-free 0.227
6Y4Y The crystal structure of human MACROD2 in space group P41212 提交 2020-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–109（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；293 K；0.2 M Ammonium tartarate dibasic pH 6.7, 20% PEG 3350	分辨率 1.75 Å R-free 0.227
6Y4Z The crystal structure of human MACROD2 in space group P43212 提交 2020-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–109（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；293 K；0.2 M Ammonium tartarate dibasic pH 6.7, 20% PEG 3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.228
6Y4Z The crystal structure of human MACROD2 in space group P43212 提交 2020-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 1–109（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；293 K；0.2 M Ammonium tartarate dibasic pH 6.7, 20% PEG 3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.228
6Y4Z The crystal structure of human MACROD2 in space group P43212 提交 2020-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 1–109（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；293 K；0.2 M Ammonium tartarate dibasic pH 6.7, 20% PEG 3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.228
6Y4Z The crystal structure of human MACROD2 in space group P43212 提交 2020-02-24	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 1–109（109 aa）	未记录	TLA L(+)-TARTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.7；293 K；0.2 M Ammonium tartarate dibasic pH 6.7, 20% PEG 3350	分辨率 1.90 Å R-free 0.228
6YEV Crystal structure of MsrA C206 and Trx C35S complex from Escherichia coli 提交 2020-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 1–109（109 aa）	突变：Cys35Ser	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.1M BIS-TRIS propane pH 6.5, 0.2M trisodium citrate, 20% PEG 3350	分辨率 2.94 Å R-free 0.258
6YEV Crystal structure of MsrA C206 and Trx C35S complex from Escherichia coli 提交 2020-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–109（109 aa）	突变：Cys35Ser	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.1M BIS-TRIS propane pH 6.5, 0.2M trisodium citrate, 20% PEG 3350	分辨率 2.94 Å R-free 0.258
6YEV Crystal structure of MsrA C206 and Trx C35S complex from Escherichia coli 提交 2020-03-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 1–109（109 aa）	突变：Cys35Ser	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；277.15 K；0.1M BIS-TRIS propane pH 6.5, 0.2M trisodium citrate, 20% PEG 3350	分辨率 2.94 Å R-free 0.258
7SCD Ternary complex of fixed-arm Trx-3ost5 (I299E) with 8mer-1 octasaccharide substrate and co-factor product PAP 提交 2021-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–108（108 aa）	突变：I299E	A3P ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；295 K；0.2M ammonium tartrate, 20% (w/v) PEG3350	分辨率 2.90 Å R-free 0.252
7SCE Ternary complex of fixed-arm Trx-3ost5 (I299E) with 8mer-2 octasaccharide substrate and co-factor product PAP 提交 2021-09-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 信息不足单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–108（108 aa）	突变：I299E	A3P ADENOSINE-3'-5'-DIPHOSPHATE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；295 K；85mM sodium acetate pH 4.6, 0.17M ammonium acetate, 25.5% (w/v) PEG4000, 15% (v/v) ethylene glycol	分辨率 2.75 Å R-free 0.246
8KGZ Crystal structure of single-chain Fv antibody against antigen peptide from SARS-CoV2 S-spike protein 提交 2023-08-20	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–109（109 aa）链 B 1–109（109 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；25% PEG 3350, 0.1M HEPES pH7.5	分辨率 2.21 Å R-free 0.321
8S2N Xenorhabdus bovienii Rhs toxin TreTu complex with TrxA and TriTu immunity protein 提交 2024-02-18	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 2–109（108 aa）	未记录	PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 3 SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；0.2 M Ammonium sulfate, 0.02 M Sodium chloride, 0.02 M Sodium acetate pH 4.0, 33 % v/v PEG 200	分辨率 2.11 Å R-free 0.232

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查看构建体与数据证据

UniProt名称	THIO_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–108； UniProt 2–109 作者链 B； PDB构建体 1–108； UniProt 2–109

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SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	2eiq
沉积日期 deposition_date	2007-03-13
结构标题 title	Design of Disulfide-linked Thioredoxin Dimers and Multimers Through Analysis of Crystal Contacts
关键词 keywords	THIOREDOXIN, MUTANT, DI-SULFIDE BOND, ELECTRON TRANSPORT; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	21.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	20.78 Å
零角强度 I(0) i0	9270670.00
分子量 molecular_weight	23489.0 kDa
排除体积 excluded_volume	29766 Å³
包络体积 envelope_volume	35786 Å³
水化壳体积 shell_volume	15375 Å³
包络直径 envelope_diameter	71.8 Å
壳层 Rg shell_rg	25.51 Å
包络 Rg envelope_rg	20.82 Å
形状 Rg shape_rg	20.80 Å
总 Rg total_rg	21.43 Å
总原子数 total_atoms	1645
残基数 n_residues	214
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	73.1 Å
Rg (实空间) rg_real	21.69 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.69 Å
I(0) (实空间) i0_real	9.2710e+06
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2570e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	21.67 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	9271000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8378
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	20.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.448
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.467
角度范围 angular_range	— – 0.3700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	3081000.0000
实空间数据点数 n_real_points	69
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.691; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.823; Smooth: 0.993

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Thioredoxin 1
分子量 formula_weight	11689.4 kDa
突变 mutation	T89C
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	1767

SDKIIHLTDDSFDTDVLKADGAILVDFWAEWCGPCKMIAPILDEIADEYQGKLTVAKLNIDQNPGTAPKYGIRGIPTLLLFKNGEVAACKVGALSKGQLKEFLDANLA

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	562
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	COPPER (II) ION
分子量 formula_weight	63.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	122

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d2eiqa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.1 — Thioltransferase

结构域编号 domain_id	d2eiqb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.1 — Thioltransferase

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	2eiqA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	2eiqB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	89.209 Å
晶胞边长 b length_b	49.557 Å
晶胞边长 c length_c	59.427 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	113.33 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.900 Å
最低分辨率 resolution_low	41.600 Å
R 因子 r_factor	0.1873
R_work r_work	0.1837
R_free r_free	0.2185

fit	/app/data/saxs_computation/ei/2eiq/2eiq.fit
pddf	/app/data/pr_computation/ei/2eiq/2eiq.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/ei/2eiq/2eiq.dat